话说中山舰事件发生后，周恩来立即带了四名卫士去造币厂见蒋介石，路上巡逻的士兵见是周主任，都没有阻拦他。到了造币厂门口，只见门口排列着许多士兵，个个端着刺刀，如临大敌。以往周恩来去见蒋根本不需要通报，今天却不同了。他刚走到门口，一个军官走过来，"啪"地敬了个礼说：
"校长有令，任何人不得擅入。请周主任稍候，我进去通报一声。"周恩来在门口等了好一会，不见那个军官出来。再看看那些士兵，个个脸色铁青。周恩来一阵心寒，一种不祥的预感掠过心头。但被捕的那些共产党员的安危扯着他的心，即使是赴汤蹈火，他也得闯闯这阎罗殿。
正在周恩来等得不耐烦的当口，那个军官出来了，把手一摊说："周主任，请！"周恩来随即带了四名卫士跟着军官走了进去。刚走几步，忽然哗啦一声，一下子拥出十几个全副武装的士兵，把枪口对准周恩来和卫士，大声喝道："不许动！"随即缴去了卫士的枪。周恩来怒斥他们："我以东征军政治部主任的名义命令你们，快把枪还给我的卫士。"那个带他们进来的军官陪着笑说："周主任不要误会，这也是校长的意思。"周恩来正要发脾气，蒋介石的警卫连长金佛庄从里院走出来说："周主任，请你不要生气，这是不得已的事。校长正在办公室等你呢，请走吧。"周恩来知道士兵们是奉令办事，和他们再讲也没有用，见了蒋介石再说，便急步向蒋介石的办公室走去。
蒋介石正在屋里等他。一看他进来，连忙招呼："周主任，请坐。"又吩咐卫士泡茶。周恩来摇摇手说："不要泡了。请问蒋校长，你为什么要逮捕李之龙和共产党员？"蒋介石把手往下按按说："周主任，不要这么大火气嘛，你听我解释。"蒋介石故作亲热地朝前凑凑说："今天的事和共产党没有一点关系，这都是娘希匹汪精卫搞的名堂。我先把李之龙他们集中起来，是为了避免他们上汪精卫的当，这也是为贵党好啊！你今天来了，也别出去了，就在我这里住上一天，看汪精卫还能造你的什么谣。"周恩来抗议说：
"你是要软禁我？"蒋介石"这个""这个"地哼了几句说："不要说那么严重嘛。棉湖一战，你帮了我，我是信得过你的。现在外面乱得很，我有责任保护你。"说完叫来卫士，吩咐说："你们送周主任去休息。要好生伺候，不许怠慢。”
就这样，周恩来被送到造币厂的一个豪华客房软禁起来。直到晚上，蒋介石才跑过来看他。一进屋就说："周主任，好了，事情搞清楚了。贵党总书记陈独秀给我发来电报，说这件事完全是一场误会，国共两党还要精诚合作。"周恩来说："什么误会？这完全是你借右派来打击共产党。我对此表示抗议。"蒋介石说："不要这样嘛，这是误会，咱们一起吃饭去吧。"周恩来问他："你既然连连说是误会，那些关在造币厂的共产党员什么时候放？"蒋介石说："就放，就放。不过事情既然到了这个地步，我希望共产党员从第一军和黄埔军校退出去，以免再发生误会。"周恩来反驳说："黄埔军校和第一军都是国共合作的武装。你要共产党员退出去，是不是要和共产党分裂？"蒋介石一听慌了，忙解释说："不要误会，不要误会。我是非常尊重贵党的。我不止一次在军校讲演说过，谁反对共产党那就是反对我，是反对革命。我怎么会和贵党分裂呢？我只是担心就这样下去，军心不稳，指挥不统一。你还记得吧，第二次东征途中，胡宗南和陈赓为了一点小事吵起来，结果两党军人在餐厅里用餐具打斗。这样下去怎么得了？"周恩来说：
"我没有忘记，第二次东征途中，当改编的第三师兵败如山倒的时候，是陈赓把你从阵地上背下来，救了你的命。你现在屁股刚坐稳，就把第一军的共产党员抓起来，你对得起谁？"蒋介石听了，似有所动，"这个""这个"地支唔了几句，下令把关在造币厂的共产党员放了，把缴的枪还给周恩来的卫士。
周恩来见援救共产党员的目的已经达到，就告辞走了。蒋介石望着他气昂昂的身影，感慨地想到：英才啊，英才！为什么杰出的人才都跑到共产党里去了呢。过了一个多月，他在国民党二届二中全会上提出整理党务案，要求共产党员不要跨党，但可以退出共产党，保留国民党党籍。他本想通过这个办法把周恩来、蒋先云、陈赓、聂荣臻，这些黄埔军中的共产党员都拉到国民党内来，今后好为他所用。他估计许多共产党员会这么做的，俗话说识时务者为俊杰嘛，现在谁不想抱住蒋校长这棵大树好乘凉。没有想到，此案一出，黄埔军中的四百多名共产党员"哗啦"一下子都退出了国民党，连他最信任的黄埔高材生蒋先云也不要国民党的党籍了。这使他感到非常失望，也叫他可怕。他恨恨地对黄埔军校教育长张治中说："都退出了？好嘛，娘希匹，他们总会有后悔的一天。”
整理党务案后，周恩来再不能担任第一军的党代表了，专门主持中共两广区委军委的工作。这时，两广已经统一，国民革命军即将开始北伐。独立团团长叶挺忙着出征前的准备工作，他的团将担任北伐军的先遣工作。收拾停当后，他正准备和家人聚聚，因为后天部队就要开拔了。正在这时，门外闪进一个人影。叶挺惊喜地迎上去说："周主任，我还没有去看你呢，你倒先来了，请坐。"周恩来摇摇手说："不要忙活了，我想和你们团的党员干部见见面，你看方便吗？"叶挺连连答应："方便，方便。我们本来就受两广区委的领导嘛！"说着命令副官把连以上的共产党员找来。人员到齐后，周恩来站起来说："同志们，你们心里明白，我们这个团是唯一由共产党领导的武装。革命没有革命军队不行，以后我们还要建立更多的由党直接领导的队伍。我希望你们奋勇作战，打出威风来。"大家听到这里都鼓起掌来。女佣端上酒来，每人拿了一杯。周恩来举杯祝酒："祝你们克复武汉，饮马长江，干！"说完一饮而尽。军官们也都一口喝下了这杯送行酒，相继离去。周恩来又和叶挺谈了一会儿。忽然两广区委的女同志陈铁军跑来，气喘吁吁地说："你快回去吧，邓大姐肚子疼得要命。"周恩来一惊，忙与叶挺告别，赶回家去，把邓颖超送到医院。医生仔细地作了检查后，告诉他们说："太太没有什么病，吃几片药就好了。太太腹中的胎儿是横位，恐怕将来难产，这倒要非常注意。"周恩来点点头，扶着邓颖超回了家。
斗转星移，眼看着到了1926年底。北伐军自7月中旬在广州誓师北伐后，一路势如破竹。叶挺独立团更是能征善攻。汀泗桥、贺胜桥一战，叶挺团如锋利的尖刀，率先突破军阀吴佩孚的阵地，为歼灭吴军主力立下了首功，接着又率先登上武昌城头，克复武汉。这期间他接到了周恩来的信，按信中的指示，扩编了独立团，把两广区委派来的许多共产党员安插到独立团里去。周恩来得到这些消息后非常高兴，他以叶挺独立团为基础建立共产党领导的红色军队的计划正在实现。但是一想到上海陈独秀、彭述之、张国焘等中央领导成员的妥协退让，又感到一种沮丧。正在这时，陈独秀来信要周恩来去中央担任组织委员和军事委员。这是中央的命令，他不得不执行，可是邓颖超怎么办？她正怀着孕，将来还可能难产。邓颖超看出了他的不安情绪，宽慰他说："你放心地走吧，这里还有妈呢，还有铁军他们。"周恩来到此，也没有好的办法，只好安排了一下家事，便登上了去上海的轮船。这一走就是三个月，音讯全无。直到1927年3月下旬，上海发生了第三次工人武装起义占领了上海，邓颖超才知道周恩来去上海是为了组织这次起义。起义成功了，邓颖超感到很高兴。可是接着她又从报纸上看到蒋介石调二十六军进驻上海的消息，不禁为周恩来的安全担心起来了。北伐以来，蒋介石收买流氓，在九江、安庆捣毁左派领导的党部和总工会，打死打伤共产党员多名。攻下南昌后，又擅自把北伐军总司令部迁到南昌，与武汉的国民政府对抗。现在他又把上海的革命军队调开，专门把由军阀部队收编的二十六军调驻上海，肯定没安好心。
邓颖超的担心并非多余。1927年4月11日，二十六军的一个军官到商务印书馆来找周恩来。这里是上海工人纠察队总部所在地。门口的警卫看了他的证件后，就把他带到周恩来办公室。这个军官掏出一封信递给周恩来，毕恭毕敬地说："我是二十六军第二师师部的副官。我们师长怕部队和工人纠察队发生误会，特请周先生到师部一晤。"周恩来看完信笑着说："原来是斯烈师长请我去。我记得他的弟弟叫斯励，是黄埔军校毕业的，是我的学生嘛。好吧，你先到楼下等等，我收拾一下就下来。"副官下楼去了，总部的一个工作人员叫黄澄镜的劝阻道："周总指挥，现在二十六军处处向我们工人纠察队挑衅闹事，这时候他请你去会谈，恐怕没安好心，你还是不去的好。"周恩来神色严肃地说："你说的不错。不过斯烈和我既然有他弟弟这层关系，我们还是去和他谈谈。如果能谈出个结果，那也是个好事嘛！"说完就下了楼，和副官坐车到了宝山路第二师师部。斯烈迎出来，把周恩来一行让到客厅，一连声地吩咐勤务兵泡茶递烟，极为诚恳地说："舍弟常有信来，每每提到周先生对他的教导。我对周先生的人品学问真是敬佩得很，故不揣冒昧，特请周先生来，以便移樽请教。"周恩来说："建立黄埔军校，培养革命人才。是总理三大政策的结果。我们作为一个革命军人，应该遵从总理遗嘱，顺应历史的潮流，万不可逆历史潮流而动，做对不起总理的事情。"斯烈点点头说："周先生所见极是，这也是鄙人的想法。”
两人正说着，忽然商务印书馆方向响起了一串急促的枪声，周恩来"霍"地站起来问："斯师长，这是怎么回事？"斯烈摇摇手说："周先生，不要紧张。现在上海这么乱，哪一天没有几声枪响。"周恩来一想也对。正迟疑间，一个军官跑来报告："报告师长，一批流氓和工人纠察队械斗，我们已奉令把双方都缴了械。"周恩来一听，立刻变了脸，指着斯烈的鼻子骂道：
"好你个斯烈，背信弃义，人而无信，不如猪狗。"说着就向外走，斯烈也没有阻拦。谁知周恩来还未走出客厅，一批武装士兵冲进来，挡住了他的路，斯烈乘机溜掉。周恩来见自己被骗，气得把屋子里的花瓶什物砸了一地。正在怒不可遏之时，斯烈和二十六军党代表赵舒、工人纠察队总部的黄澄镜进来了。斯烈连声说："周先生，误会，误会，现在您可以走了。"周恩来怒斥道："你还自称是总理的信徒呢。什么信徒？是总理的叛徒！你们这样是不会有好结果的。"斯烈说："周先生别误会，鄙人只不过是奉令行事。"周恩来没有理他，同黄澄镜急步走出这虎狼窝，坐上汽车来到北四川路的罗亦农办公室。在汽车上他才知道，罗亦农知道他被扣后，让黄澄镜找二十六军党代表赵舒，由赵舒说服了斯烈放了他。周恩来听了后悔地说："这是个教训。我们青年人革命热情很高，但把天下大事看得那么容易，头脑发昏，结果被敌人骗了。我们不能就这么完了，要动员群众，向斯烈施加社会压力，释放被捕工友，发还纠察队枪支。”
当晚，周恩来和赵世炎、罗亦农研究了局势。工人们这时已自动集合起来。到第二天，也就是4月12日上午时，闸北青云路广场已聚集了十万工人，浩浩荡荡地向宝山路二十六军二师师部进发请愿。鉴于昨天的教训，周恩来担心游行群众恐遭不测，但为了维护党的威信，他毅然参加了游行。工人们见总指挥来了，非常高兴，意气风发地向宝山路前进。队伍还未走到二师师部便在宝山路三德里被二十六军的士兵拦住了。工人们刚想派出代表和军队交涉，军队突然用机关枪向游行的人群猛扫。宝山路本来狭窄，一下子挤满了十万人，躲都没有办法躲，当场被打死打伤近千人。此日又适逢大雨，雨水和血水搅和在一起，宝山路流淌着血的河流。
"四·一二"大屠杀后，南方各省也都开始屠杀共产党人。这时周恩来也转入地下。他奉党中央命令通知邓颖超来上海。从此，他便每天留心《新闻报》上的寻人启事。5月2日，他一下子便看到报上登着寻找"伍豪"的启事，"啊！是小超来了！"他赶快按启事上的地址找到邓颖超。患难之中夫妻生逢，两人都非常高兴，周恩来关切地问道："孩子呢？"邓颖超没有说话，用手捂住睑，泪水从指逢间流下来。邓母杨振德把他拉到一边，难过地说："难产，孩子死了。可惜，还是个男孩子呢！"周恩来听完，也难过得哭了。他看邓颖超身体虚弱，就先给她找了个医院住进去。
要照着周恩来、陈延年的想法，现在反击蒋介石还来得及。怎知陈独秀在武汉看了他们的来信后，回信坚决表示反对。气得陈延年大骂："陈独秀算什么总书记，简直就是个老糊涂，是个混蛋。"从此，形势急转直下。原来服从武汉国民政府的团长许克祥发动"马日事变"，在长沙屠杀了无数的共产党员。7月15日，武汉国民政府首脑汪精卫叛变。为了挽救中国革命，中共中央常委毅然作出决定，要周恩来立即组织南昌起义。这时，周恩来和邓颖超都已回到武汉。周恩来开完常委会议后，又来到中央军委，向聂荣臻作了传达，指定他作为前敌书记，先到九江作准备。部署完毕后，他才回家来。和往常一样，一家子坐在一起吃了晚饭，谈了谈生活上的事就散了。尽管周恩来什么也没有讲，但邓颖超从他那炯炯有神的目光和欲言又止的神情中，估计到党中央作出了重大决定，要派周恩来去组织一次重大军事行动。她很想知道这是一次什么行动，但话到嘴边又咽下去了。直到7月25日，周恩来才在晚饭后说："小超，我今晚就要离开武汉到九江去。此一去不知何日才能相见，你多保重。"邓颖超紧紧地握着他的手说："我们都是党的人，宣誓要把自己的一切献给共产主义事业。你走了，不要想着我，要想着楚女、熊雄这些烈士，多杀几个敌人，为他们报仇。"周恩来紧紧地握着她的手，两人默默地相视了一会，离情尽在不言中。这时陈赓跑来叫了一声"周主任"，周恩来一听，抽出手来，转过身头也不回，和陈赓消失在黑暗中了。
7月的南昌，战云密布。叶挺率十一军24师，贺龙率二十军乘军列开到南昌。7月27日，周恩来在江西大旅社召开了前敌委员会会议，宣布前敌委员会由周恩来、李立三、恽代英、彭湃四人组成。周恩来庄严地宣布："定于三十日晚举行起义。"南昌公安局长朱德按照部署，三十日一早发出请帖，邀请南昌城内的敌军十三军、十六军主官赴宴。就在这时，张国焘以中央代表的身份来到南昌，紧急召开前委会议。张国焘说："你们起义应该征得第四军军长张发奎的同意，否则不能动。"周恩来说："你在整理党务案上一味退让，造成今天这样严重的局面。你还想叫我们放弃党的领导权，当别人的附庸啊！不行，暴动时间断不能变动，更不能停止。"其他委员也都七嘴八舌斥责张国焘。张国焘站起来傲慢地说："这是中央和共产国际的意见，你们眼里还有没有中央？"这时只听山崩地裂般的"啪"的一声，人们吓了一跳。定神看时，原来是周恩来在拍桌子。只见他满脸通红，朝张国焘吼叫道："中央和国际代表给我的任务就是来主持起义，你要阻拦破坏起义，就得承担一切后果。"谭平山大吼道："警卫营，把他捆起来。"哗拉一下子，来了十几个武装士兵来捆张国焘。周恩来劝阻道："算啦，他是中央代表，怎么能捆起来呢？"这时，陈赓跑来，在周恩来耳朵上说了几句。周恩来"啪"地一拍桌子，气愤地说："同志们，我们内部已经出了叛徒，有一个姓赵的副营长向敌人指挥部告密。我是前委书记，要对起义官兵负责。我命令，提前两小时起义。"说完掏出红巾带系在自己脖子上。
再说南昌公安局长朱德，把敌军的大小主官都请到家里，大鱼大肉地招待，军官们开怀豪饮，吃过饭后，天已黑尽，大家又摆开桌子玩麻将。玩了一会，忽然市内响起枪声，军官们不禁惊疑起来。朱德把麻将牌和得哗哗响，骗他们说："乱世之时，响一阵枪声有什么大惊小怪的，南昌城哪天晚上没有枪声。"军官们一听有理，也就继续玩下去了。枪声越来越密，军官们听得不对劲，都纷纷告辞要走，朱德不敢强留。军官们歪歪倒倒地回去了，但已经晚了，敌军被起义部队打得稀里哗啦。是晚，南昌枪炮声不断。天明检查战果，城内敌军全部肃清，共歼敌三千多人。
周恩来正在点查战果时，陈赓进来报告："有一支部队向南昌开来！"周恩来一惊，忙问："多少人？"陈赓说："两个团，有三千多人。"周恩来下令："进入警戒！"于是起义部队在城墙上架起机枪严阵以待。周恩来和陈赓用望远镜仔细瞭望，只见那支部队的身影很快清晰起来，显然是以强行军的速度前进着。又过一会儿，部队停止了前进，一匹快马离队向南昌跑来。马上的军官取出联络的白旗摇晃着，边跑边喊："别开枪，自己人。"周恩来下令不要开枪。那军官跑到城墙底下勒住马问道："你们是哪个部分的？"陈赓反问他："你们是哪个部分的？"城下的军官一眼看到他脖子上系着的红巾带，便高声说道："我们是聂荣臻将军领导的二十五师，我是二十五师七十三团政治指导员陈毅。"周恩来对陈赓说："不错，他是陈毅。告诉他，叫聂荣臻来，其他部队不要前进！"陈赓便喊道："让聂荣臻将军来，其他部队原地待命。"陈毅闻命回去了。不一会儿，两匹快马跑过来，周恩来用望远镜一看，果真是聂荣臻，忙叫开城门迎接。聂荣臻拍马跑过来喊道："报告周书记，我把二十五师都拉出来了。"周恩来迎上去，紧紧握住聂荣臻的手说："行动很成功，没想到把二十五师都拉出来了。"第二天，周恩来代表前委，任命周士第为二十五师师长，李硕勋为党代表，对他们交待了改编部队的有关事宜。
正谈论间，贺龙的一个副官跑来告诉周恩来：北伐军政治部主任郭沫若到了南昌，正在贺龙那里。周恩来一听非常高兴，拿了自己的新军服和李硕勋一起去看郭沫若。大家见面互相亲热一番，周恩来问道："你刚从外面来，听到什么消息没有？"郭沫若沉痛地说："赵世炎同志牺牲了。"李硕勋听到这个不幸的消息，顿时大哭起来。郭沫若疑惑地问道："恩来，他是……"周恩来叹口气说："他是李硕勋同志，你们四川老乡。他的妻子叫赵君陶，是世炎同志的妹妹。世炎同志牺牲了，我心里很难受。我们要向蒋介石讨还血债！”
当晚，南昌起义军挥师南下，准备在广东再建立根据地。沿途被蒋介石嫡系钱大钧部和国民党广东军阀部队攻击，损失很大。部队冲到汕头附近的普宁县境内的流沙时，又遭广东军阀陈济棠的主力十一师的攻击，部队被冲散。周恩来身边只剩下叶挺和聂荣臻两人。这时周恩来又身染重病，发高烧，昏迷不醒。聂荣臻和叶挺又都不是广东人，语言不通，人地生疏。两人正发愁的时候，远处一阵枪响。他们急忙趴下偷望时，只见一队广东部队鸣着枪，"丢他妈"地骂着，向他们这里搜索过来。周恩来三人性命如何，且看续回。