蒙古始终是中国典型的边疆，因为蒙古的游牧民自古以来就几乎是对于中国农业文明的经常不断的军事威胁。但是到十世纪之末，蒙古的游牧生活方式已经完全衰退。昔日游牧民的强盛和独立已成过去。战争一度曾给游牧民带来荣誉和团结的基础，这也变成了过去，清朝把内蒙和外蒙的蒙古人——尽管他们的生活是流动的——同中国紧紧连在一起。由于缺乏人口统计资料，只能作一个最粗略的估计，但以下的估计并非臆测：在1800年之际，清帝国全部操蒙古语者可能多达三百五十万人（不包括旗人），其中多达七十万是在外蒙（大量居住在北部中央地带），两百六十万是在内蒙（集中于东部）。其余二十万是在新疆和青海。如果这个估计正确，也许从十八世纪前半期或更早以前，蒙古人口就已经在逐渐减少。
畜牧是游牧民的传统生计，蒙古人在这方面已陷于困境，因为他们要经常从西伯利亚输入牛马。当然，偶尔输入牛马并不表明游牧已长期衰退，因为天灾有可能随时来袭。有时“积雪过多而无法出去放牧，有时降雪不足而不能在干燥的寒冬维持牧场的饮水”。有时过多的牲畜集中于小块牧地而糟踏了牧草，使牲畜无草可食；最常见而危害最大的是一阵异常的暖潮过后继之以突如其来的冷冻，使牧草为薄冰所覆盖，困于寒冬的牲畜无草可食，几天之内就可能死亡成千上万。然而有证据表明，蒙古从西伯利亚输入牛马并非在一场不可避免的天灾之后为了补充牲畜而偶一为之。
无论在内蒙或外蒙，都没有一个本族的全民族政府。清帝国在内蒙是通过驻扎在其南部和东部边境的军事力量实施统治的。这些军队紧密地控制着内蒙事务，所以到十九世纪内蒙并无实际的自治而言。外蒙也有清军驻扎，它因远离中国本土而享有较多的自治，不过清朝在这里的控制也是严格的。按照规定，全外蒙是归只有旗人才能充任的乌里雅苏台将军管辖。但在实际上，到了1800年是由库伦的大臣总管外蒙东部，即土谢图汗和车臣汗地区的事务，乌里雅苏台将军则掌管赛因诺颜汗和扎萨克图汗的领地。外蒙最西部的科布多周围地区，最初归属乌里雅苏台，此时则划为行政特区。清政府是根据《大清会典》及其前身《则例》（1818年以后为《事例》）管理内外蒙古的。只有在内部纠纷方面，外蒙古人（喀尔喀人）才被允许依照传统的喀尔喀法解决分歧。
蒙古社会主要是由两个阶级组成：贵族和平民。扎萨克（即旗的王公）由贵族产生，是清代为游牧民设置的基本政治单位——旗（和硕）的世袭统治者。旗下划分“苏木”（“箭”），六苏木设一扎兰（参领）。蒙古诸旗的属民应与满、蒙、汉军旗人严加区别，因为后者是支撑清朝的基本力量。“旗人”一词仅用于称呼清朝的八旗军成员，蒙古诸旗的属民则称为“旗下属民”。
每一个蒙古贵族都接受清朝贵族爵位，分成从和硕亲王到四等台吉的十个等级。只有扎萨克即旗的王公才有世俗统治权。为了表示对清朝的臣服关系，扎萨克每年要按规定向皇帝进贡，主要是进献一定数量的牲畜和畜产。其中最有名的是外蒙古诸汗进献的“九白”之贡，即八匹白马和一匹白骆驼，不过到了1800年，“九白”实际上已改用其他物品，诸如毛皮、兽革和精选的家畜。蒙古的进贡者则得到绸缎、布帛、瓷器和金银作为回赏。这些回赠之物至少与贡品价值相当，因此可以设想，清政府并不认为进贡是对进贡者的一种经济负担。
蒙古的平民（阿拉特）绝大部分是阿勒巴图（旗下属民），他们要向清政府和扎萨克纳税和服役。这种税通常用实物，主要是用牲畜，后来多用银两。阿勒巴图还要交纳特种税，例如每年要交纳清帝所需的牲畜、毛皮、毡、帐、珠宝和其他土产；此外还有一些别的摊派，例如1819年嘉庆帝出巡多伦诺尔，喀尔喀人就曾进献幼畜四万头。徭役则包括戍边、驿役和其他官私差遣。每个旗下属民都属于某一旗，未经旗扎萨克许可不得擅自离去。扎萨克斟酌情况，把放牧权分配给其属民，分配的多寡是根据男丁的人数而不是根据他们需要放牧的数量来进行的。所分牧地面积以肥沃程度来定。有时扎萨克为了牟利，竟不顾本旗属民的牧地不足，非法允许外旗属民前来放牧。这便迫使本旗属民侵入邻旗以谋生。
旗下属民分为苏木属民（苏木阿勒巴图）和属于旗扎萨克及本旗其他贵族的农牧奴（khamjilgha）。从理论上说，前者只要向清廷进贡，向政府纳税和服役，而扎萨克只能靠清政府分给他的农牧奴和俸银俸缎过活。但是到十九世纪，苏木阿勒巴图与农牧奴变得界线不清了。虽然法律禁止，扎萨克还是经常篡改簿籍，或者用较穷的农牧奴交换较富的苏木属民，或者勒索苏木属民以供自己挥霍。社会上还有另一类人为宗教仆役，即所谓沙比，其原意为“弟子”，但他们不是佛门弟子，而纯粹是仆人。他们是属于寺院或某些活佛（呼毕勒罕）的免税奴；扎萨克有权把自己管辖下的平民户拨给寺院或活佛充当沙比。这些平民户充当沙比以后，即不再属于原在之旗，他们的劳动及其产品则用于供养寺院或活佛。处于社会最底层的是奴隶，其中大多数是政府判刑的罪犯。这种奴隶不是永久的，也不是世袭的社会阶层。
除了草原比不上中国本土的工业和技术以外，还有三大因素促使蒙古游牧部落一度称雄的军事力量中落，使游牧经济走向衰退。第一就是分旗制度，满人用这种方法划分蒙古，割断了诸部之间的传统联系。各旗的牧地都有严格的限制，不象清代以前的蒙古那样可以比较自由地放牧（这在经济上也能高产），从而使得没有一个王公能够扩张而取得优势。更重要的是，那些从前从属于一位首领的诸大部落，现在被划分为几个旗，每旗各有在本旗享有自治权的扎萨克，他们各自直接向清政府负责。
原有的艾马克——或部落领地，仅仅留下一点痕迹，取而代之的是满人建立的盟；盟受清政府的严密控制，每三年聚会一次，除了调解各旗间的纠纷以外，别无更多权力。在外蒙喀尔喀人中，诸如车臣汗、土谢图汗、赛因诺颜汗和扎萨克图汗的后裔虽仍有汗号，且其品位在清代贵族等级中高于和硕亲王（“汗”在满语中指皇帝），但就政治权力而言，他们也不比那些著名的旗王公大多少。他们的领地名存实亡，因为满人已经将它们改变为盟，它们以三年一次盟会的所在地命名。除外蒙四盟和内蒙六盟外，还有一些大区，如达里杭爱、察哈尔、归化城土默特旗、阿拉善地区、科布多边境和沿中俄边境的巡哨区等；清政府对这些地区的控制是更严更直接的。在青海，蒙古人（主要是属于和硕特部的厄鲁特人，还有喀尔喀人的一个苏木）组成一盟，拥有二十九旗，由驻西宁的将军管辖。
旗王公或盟长犯事，清政府则予以夺职削爵而不论其血统多么高贵。例如在1800年，清政府即曾革退车臣汗桑斋多尔济的盟长职务，尽管他是成吉思汗之后裔，并剥夺他本人及其子孙的汗称号。成吉思汗家系的成员也通过结亲与清王朝联系在一起，满人总是小心翼翼地让这些王公感到他们在清帝国占有特殊地位：清廷曾将他们擢升为清朝贵族，并使他们意识到，他们作为最早的军事盟友，地位高于被征服的中国官僚。但是到了1800年，清王朝久已接受汉族的文化价值和标准，蒙古人显然不是盟友而是臣属了。
第二个使称雄一时的蒙古人驯服的因素是西藏的黄教，即格鲁派。对于内蒙来说，住在北京的活佛章嘉呼图克图是清廷支持的集权寺院体系的首领，也是内蒙最重要的宗教领袖。他属下的寺院和喇嘛免税免役，还享有许多特权。内蒙也有不属于章嘉呼图克图为首的北京系统的寺院。它们虽无皇家寺院那样的法律地位，不过清朝官员、扎萨克和老百姓也习惯地给予他们许多同样的特权。基本上每个活佛都各有寺院。只有一个特别的例外是多伦诺尔的大寺，这里是章嘉呼图克图和其他十二位活佛的卓锡之所。
外蒙人的宗教领袖是库伦的哲布尊丹巴呼图克图，他是一位有很高声望的活佛，在蒙古人心目中居黄教第三位，仅次于西藏的达赖和班禅。清政府极力阻止蒙古发展一个统一的宗教，免使蒙古社会借此重新统一，因此有意扶植章嘉呼图克图来抵消哲布尊丹巴的影响，并且精心地策划在蒙古保持达赖喇嘛与这两位蒙古活佛之间的权力平衡。为了防止世俗贵族同喇嘛教结盟而造成蒙古社会团结的危险后果，清政府还不许从贵族之家寻觅转世活佛。
另一方面，清政府又想把蒙古同清帝国结合在一起，因此在蒙古宗教感情许可的限度内，采取一种使喇嘛教与汉族宗教观念相融合的政策。例如，第二代章嘉呼图克图（1717—1786年）就曾受到鼓励用藏、满、蒙三种文字编写祷词，把汉族的关帝君同黄教三大神相扯在一起。在十八世纪之末，清朝还资助在满洲和亚洲腹地周边各省建造关帝庙，作为旗人官员的监护神。关帝被视为与毗沙门天相同，而毗沙门天则长期以来被视为西藏和蒙古的民间英雄格萨尔汗的化身。汉人流传的有关关帝的种种谶言，也开始被译成蒙文，进一步推进了清朝的宗教融合政策。在十九世纪下半期，清朝支持的蒙古僧侣干脆就把关帝-格萨尔汗奉为佛教的守护神。
寺院和活佛本人愈来愈靠日益增多的沙比——即扎萨克赏赐的农牧奴——的供养。扎萨克还为牧放寺院牲畜提供大片牧地，喇嘛们则经常向旗下属民勒索贡品。普通牧民不敢拒绝；每逢举行宗教仪式，寺院还要挥霍大笔资财，如用黄油塑造佛像等，穷人则忍饥挨饿。到十九世纪之初，外蒙的哲布尊丹巴呼图克图得到大量的沙比和牧地，致使他的财产要由沙比专衙管理，实际上已形成了一个独立的艾马克。其实清政府在1822年就已把沙比衙署的商卓特巴（司库喇嘛）提到相当于盟长的地位，以承认这一既成事实。由于政府对寺院及其沙比免税，便大大加重了旗下属民的赋税负担。与此同时，寺院还利用其财产从事各种商业交易，其中获利最多的是放贷。
在蒙古人看来，佛教及其教义是与成吉思汗以来蒙古古老的世俗文化及其传统的领导力量相抵触的。所以有些陈巴尔虎的蒙古人仍然信仰萨满教，而且直到十八世纪之末萨满教在俄境布里亚特蒙古人当中还有强烈的影响。直到十九世纪头几十年，布里亚特人的萨满教用具与衣着才被搜出焚毁。另外，蒙古佛教的兼容并包倾向使得许多萨满教的传统也能披上佛教外衣而残存下来，但是，萨满教作为蒙古社会一支不可轻视的力量则已成为过去。在整个十八和十九世纪，许愿当喇嘛的蒙古优秀青年越来越多。但是他们并非全都脱离畜牧劳动而住进寺庙。约有三分之二的喇嘛留在旗内；一个喇嘛兼作世俗贵族的农牧奴倒没有什么不合适的。然而，进入寺院的年轻人确实越来越多，结果越来越多的蒙古牧场和牧产被用来支付寺庙繁文缛礼的开支，而不是用于供养人民。
虽然人口不断减少，寺院却不断增加。到二十世纪初，内蒙寺庙之数或已逾千，外蒙的寺庙也有约七百五十处，而且两地还有大量的小庙。估计内蒙竟有百分之三十至六十五的男子出家（至少平均每家一个儿子），外蒙在1918年出家者占男人的百分之四十五左右。同西藏相比，十九世纪末期的西藏估计也只有三分之一的成年男子当喇嘛。这些估计同1800年的蒙古形势有何联系，还不得而知，不过很可能的是，僧侣的人数和寺院的数量在十九世纪都增加了。
到了1800年，寺院及其庇护下的商业活动也促成了社会另一方面的发展，即发展了城市中心，它们最初是在内蒙发展，后来逐渐扩大到外蒙。在大寺庙的附近，尤其是在库伦——哲布尊丹巴呼图克图的驻地，集市发展成为喇嘛、汉商、手工匠和穷苦流浪汉云集的城镇。在库伦、乌里雅苏台和科布多等外蒙的要镇，戍守的清军也是促使城市化发展的另一因素。
第三个促使蒙古社会经济衰退的因素乃是第二个因素作用的延伸。建造寺庙为汉商的渗入蒙古开辟了道路。在早期，蒙古人是在草原边境用牲畜和畜产品交换他们所需要的中国等地的物产。另外，他们也随贡使前往中国京城进行贸易，或者同带着商队从中亚前来草原的少量穆斯林商人进行物物交换。除了这些中亚商人的输出、入贸易外，蒙古人内部的商业规模很小，只有相当有限的非市场交换，也没有一个蒙族商人阶级。蒙古人同俄国人也作些买卖，合法的地点是在恰克图，非法的地点是在俄蒙边境的其他地方；1728年的中俄恰克图条约一个主要的后果，就是把对俄贸易转到了汉商之手。
寺庙大大有助于汉商建立对整个蒙古商业的控制。从前除了牧民的营帐以外别无所有的广大草原，后来建起了拥有围墙的寺院，变成了市场和货栈，使汉商得以直接进入草原。这并不意味着中蒙边境的贸易不再存在，因为在有清一代，汉人商号在边境市镇，特别是张家口，都在不断增加。但是汉商主要是北京帮和山西帮，他们带着货物安全地进入蒙古腹地，引起了人们对中国商品的喜爱，打开了销路。过去被牧民视为奢侈品的东西，如茶、烟、杂品等等，蒙古人也认为是必需品了。中国的奢侈品一直是表示游牧贵族富有的象征，但是随着寺院势力的增长，喇嘛也开始追求各种奢侈品，不断向人民榨取供奉来购买。这便引起广大民众的不满。在十八世纪之末和十九世纪，许多地方，尤其是在土谢图汗和车臣汗的领地，发生了排斥汉商的骚乱。暴徒经常痛打汉商，劫掠商店，销毁帐簿。汉商也经常激起寺庙和世俗人的愤怒，不过权衡得失，寺院所起的作用还是支持汉商贸易的。
在十八世纪，清朝的政策是保持蒙古人作为后备军事力量。鉴于汉商渗入蒙古有损于这一目的，清廷曾想方设法限制汉商活动，尤其是在外蒙，但并无成效。清政府要求在蒙古的汉商每年都换领一次执照；禁止他们娶蒙族妇女；禁止他们在蒙古人的帐篷中过夜；除特殊情况外，不许建造永久性房屋。由于汉商不遵守这些限制，清政府便力图将无照商人逐出蒙古，如在1805年就曾这样做过，但这些措施收效甚微。对拥有蒙古债户的商人， 必须让他们继续逗留到收清债款。但是蒙古人不仅不能清偿债务，而且还得继续举债；这样一来，汉商就能留在蒙古照旧经商了。清政府本身也越来越依靠汉商交付的执照费，以维持它在蒙古的行政机构。总之，清政府逐渐转而采取支持在草原的汉商的政策。
蒙古人的畜产品是有季节性的，需要尽快出卖，他们的需求品则有连续性。因此，汉商得以低价买进、高价卖出，并且投放贷款。结果是蒙古人普遍举债，蒙古的财富就这样源源流入汉商之手。汉人的商号也象钱庄一样，向那些未经世故的蒙古人放高利贷。甚至整个旗都被抵押给了这些商号；到十九世纪时汉人高利贷者生意兴隆。随着蒙古人债台高筑，利息也暴涨。扎萨克、喇嘛和商人一起共同提倡赊购办法，当扎萨克本人也因欠债过多而无力清偿时，就非法地将征税事务直接交给汉人商号，从而使那些商号和私商开始“拥有”蒙古阿拉特（平民）。把劳役和实物税折成货币税后，更进一步加剧了这种严重局势。在十八世纪蒙古已经开始转向货币经济的发展，到十九世纪时银两已普遍成为必需的支付手段。寺庙也坚持要其所属沙比交付银两。与此同时，银价不断提高，而沙比必须向寺院支付的和旗下属民必须向旗王公支付的所有这些定额银两，就使他们不堪负担了。这种严酷的经济局面，再加上王公向属民增收赋税以清偿所欠汉商的债务，便逐步导致蒙古民穷财尽。
虽然贸易和借款大部分控制在汉人手中，但是也有旗王公同汉商合作的情况，并且也有旗王公和喇嘛变成汉人商号和钱庄的股东。不管是有意或无意，王公、寺院和汉商的携手合作终于摧毁了蒙古传统游牧社会的残余。与此同时，在草原的边缘开始了另一个具有更深远意义的转变：汉族移民在那些过去是牧场土地的周边从事耕种。