天山山脉的山脊把天山两边隔成两个不同的地区。天山南部的东突厥斯坦是农业区，天山北部的准噶尔是草原世界。在十八世纪五十年代，乾隆帝的军队征服了天山南北，占据了这块当时在亚洲腹地要算人种最复杂的领土。他们称准噶尔为天山北路，称东突厥斯坦为天山南路。清军把这两个地区当作清帝国的属地予以管辖，统称之为新疆，意为甘肃的“新疆域”。这里盛产玉、金、铜和棉花，富于耕地和牧草。政治动乱也发生频繁。
同以前的准噶尔人一样，满人也把他们的行政中心设在伊犁。他们将以前的准噶尔部首府——哈萨克人和其他穆斯林称为固勒扎——改称为宁远，并且在其以西另建一座新城，即惠远。哈萨克人称此新城为新固勒扎或小固勒扎，1762年清朝即置将军于此。宁远被称为老固勒扎，继续作为源源前来伊犁的穆斯林移民的经济文化中心。在十八世纪，清政府还在伊犁地区建立了另外七座城市。但不出所料，发展最快的是将军衙门所在的新固勒扎。
新疆的全部行政机构实质上是一支由将军统率的巨大戍军部队。从理论上讲，他还对洛罕、塔什干、布哈拉、博洛尔、巴达赫尚、阿富汗和乾竺特等外部地区实行“羁縻”政策。他对准噶尔的厄鲁特（加尔梅克人）各旗，对柯勒克孜和哈萨克各部、对平民移民地、对哈密和吐鲁番王公领地、以及对所有六城等，都有行政管辖权。但是，清政府的政策是尽量不插手当地民族的内部事务。在新疆的官员“既不尊重也不熟悉治下诸民族的语言和习惯”。
清政府还在乌鲁木齐（迪化）设置都统协助伊犁将军，前者负责管理天山北部和维吾尔斯坦（哈密和吐鲁番）的官员。新疆驻军还分别在伊犁的新固勒扎和新疆西北部的塔尔巴哈台（楚呼楚）设参赞大臣；在喀什噶尔也设参赞大臣，东突厥斯坦人称之为“汗昂邦”，他负责管理六城的官员（从字面上讲，“六城”即除哈密和吐鲁番在外的东突厥斯坦）。将军一职和各地高级官员均由旗人担任。驻军总数在一万到两万三千人之间，主要是来自热河和中国本土的旗人，但也有游牧民（内蒙察哈尔人和降清的厄鲁特残部，有些是热河牧民，以及从伏尔加河归来的沙比）、满洲诸部（来自奉天省的锡伯人、来自黑龙江省的索伦和达斡尔人），以及甘肃和陕西的绿营汉军。他们作为无限期的占领军携家带口而来，实际上乃是永远留驻新疆的移民。
这些军队分驻南、北、东三区戍守。北区由伊犁将军直接管辖，兵员一万三千多人，是最大的一个区。到十九世纪之初，北区达九万八千余人，包括附属人员在内。北区驻军主干（实际上也是全疆驻军主干）是驻在新固勒扎的主力旗兵；还有一支庞大的旗兵归惠宁领队大臣统辖，附近则是锡伯、索伦、察哈尔和厄鲁特四营，各有其领队大臣；此外还有沙比营、达斡尔营和从绿营来的汉族军事移民。察哈尔营和厄鲁特营主要从事放牧，向驻军供应马匹以及其他作战、运输和食用牲畜。
东区由驻乌鲁木齐的都统管辖，有兵员五千到六千，绝大部分是旗人。其中驻奇台（古城）一千、驻巴里坤（镇西）一千，此外还有数量不断增加的绿营兵。
南区不同于东区和北区，没有常驻军，大部分驻军是来自其他两区的换防兵。他们五年（最初为三年）一换，不得携眷前往。旗人和绿营兵驻守喀什噶尔、叶尔羌、英吉沙尔和乌什吐鲁番。来自天山北部的绿营兵则驻守焉耆、库车、赛里木、阿克苏、和阗等地。陕甘总督派来新疆的其他绿营兵则驻守哈密和巴里坤。总计在南部的清驻防军约在六千人左右。此外，喀什噶尔还有一支由五百名东突厥斯坦士兵组成的小部队，他们由本族一名总管和六名属官率领。当地居民也执行站岗放哨等半军事性勤务。
在刚进入十九世纪时，即当浩罕崛起为地区性强国和英俄势力渗入清代中亚的前夕，清政府似乎把外有天山和帕米尔作为屏障的东突厥斯坦视为政治和军事上的死胡同。因此，清政府集中注意于防卫和开发天山北路，把六城视为维持军队的大税源。
在新疆驻军乃是耗资巨大之举，仅士兵每年薪饷一项就要耗费白银约三百万两，而当地每年税收远不及此数。向六城居民每年征收的税银和生铜仅达一千三百五十万蒲尔（指六城铜币），但此数不包括外贸关税和其他杂税在内。根据1801年的铜银兑换比价（220个蒲尔等于一两白银），这笔收入还不到六万二千两。政府每年征收的谷物总计达六十四万九千担，主要来自准噶尔地区。即使算上一切货币和实物的附加税收，包括政府经营的铜矿和牧场的收入，新疆也是自力难支的。到1800年，驻军的官仓是满的（伊犁粮仓储备有五十多万担小麦，这是政府的唯一储备粮），但是每年为维持新疆的耗费得从中国本土提解白银一百二十万两。
新疆货币有两个分割的流通区。第一个流通区是在准噶尔和维吾尔斯坦，远至西部的喀喇沙尔（焉耆），货币用白银，按重量计值，一如这些银两的来源地中国本土那样。但是，早在1814年，北京政府就已开始努力减少向新疆输出白银。伊犁也铸造中国的标准合金铜币（制钱）。第二个流通区是在六城，它的货币制度为铜本位，但不是使用伊犁铜币，因为整个新疆铸造铜币没有标准化。六城货币的基本单位是蒲尔，这是一种纯红铜钱币，汉语称之为“红钱”。币面象中国本土的钱币，铸币地则铸以阿拉伯文和满文，五十蒲尔合一个坦伽。在1800年，六城仅有一家造币厂在阿克苏，六城以外地区则不流通蒲尔。六城以内没有金币或银币。不过，半锭和四分之一锭的银元宝以及少量甚至很普通的碎银也在市面流通，按重计值。
阿克苏造币厂年产两万六千吊（每吊一千蒲尔）。伊犁造币厂平均年产量为一千七百二十二吊（每吊一千文）。两家造币厂每年各铸币两次，一在春季，一在秋季。阿克苏蒲尔钱和伊犁制钱重量一样，均为一钱二分，但是蒲尔钱为纯铜，一蒲尔钱值伊犁钱五文。大部分生铜，尤其是阿克苏造币厂用铜，都是来自浑巴什的官办铜矿，那里由清军工兵开采，年产铜两万一千英磅（16，200斤）以上。由于当地产铜，而白银必须从外地输入，铜的价值与白银相比就日益低落。
从文化和历史方面来说，天山北路的牧区乃是蒙古地方的展延。统治游牧民的世袭扎萨克处于伊犁、库尔喀喇乌苏（乌苏）、塔尔巴哈台和焉耆的清军官员的严密监视之下。来自伏尔加河的加尔梅克人的两个盟也在准噶尔放牧。乌纳恩素珠克图盟由旧土尔扈特十旗组成，分四路安置：北三旗在塔尔巴哈台，西路一旗在精河附近（艾比湖南部），东二旗在库尔喀喇乌苏，南四旗在喀喇沙尔西北、裕勒都斯河地区的天山南麓。青色特启勒图盟由和硕特四旗组成，放牧在裕勒都斯地区的南路旧土尔扈特附近。土尔扈特和和硕特部除免交牲畜税以外，其他如行政管理、进贡纳税和社会组织等都与内、外蒙古各盟相同。伏尔加河来的加尔梅克人也同其他蒙古人一样，信仰西藏黄教，因此黄教在北疆的文化生活中具有重大影响。清廷作为黄教的保护者，也同支持蒙古各地的黄教寺院一样，向准噶尔的黄教寺庙作布施。
在边卡以西的各部地区和清帝国边境以外的草原地区，操突厥语的穆斯林游牧民（哈萨克人）可以随意放牧，事实上不受当局干涉。他们被视为外国纳贡者，每三年可到北京进贡一次，拥有同清政府进行双向贸易的垄断权：按官方规定，当局垄断着对哈萨克人的贸易，在理论上讲，准噶尔官员不许其他外国人在北疆经商。清廷与哈萨克之间这种以物易物的官方贸易，仅限于伊犁和塔尔巴哈台。哈萨克按规定价格用牲畜（主要是马）交换衣物（主要是丝绸），因为察哈尔部和厄鲁特部的养马不能满足军队的需要。然而哈萨克人还利用其进贡权另外私自进行交易。当局虽然向东突厥斯坦驻军供应哈萨克马，却不允许哈萨克人到东突厥斯坦出卖牲畜，东突厥斯坦人也被禁止前往哈萨克牧地购买牲畜。1808年曾有一些哈萨克人前往喀什噶尔出卖牲畜，当地官员便狠狠杀价，使哈萨克人只好带着牲口失望而返。在准噶尔和蒙古，政府当局限制稍宽。有时哈萨克商队以各种借口绕过政府限制，不时前往乌鲁木齐、科布多、乌里雅苏台、乌梁海地区和喀什噶尔。但是，清政府严禁向哈萨克、柯勒克孜和其他中亚商人出卖金属制品。
哈萨克人作为进贡者，是允许在清帝国边境之内放牧的。如遇暴风雪，清政府甚至让他们进入边卡区度冬，只征收百分之一的马匹作为报偿。新疆当局每年都派员前往草原向他们征税。由于哈萨克是外国人，清政府就没有在他们中间任命扎萨克，也不打算把他们划分为旗。在清帝国境内放牧的哈萨克人可以随意来，虽然哈萨克的首领们享有作为清朝进贡者的好处，但他们大多数人同时也承认自己是俄国的依附者。
对哈萨克的内部组织，清政府的了解是模糊的，这是因为在十八世纪，中帐首领阿布赉既是中帐的汗，也统治大帐。在十八世纪五十年代，清朝当局大概是按照准噶尔或哈萨克当时的分法把哈萨克人划分为两部：由阿布赉领导的极东部中帐和大帐称为左部；其余部分由阿布赉·穆罕默德领导的西部中帐哈萨克人称为右部。后来发现极西部还有小帐，他们又划出第三类而称之为西部。这种划分反映了十八世纪后期哈萨克草原的实际政治现实，不过，清政府虽然知道哈萨克有三帐，却有张冠李戴之失。1782年出版的第一部官方新疆地方志正确地把左部同阿布赉和中帐联系在一起，右部却被编者误认为小帐和大帐，还说中帐首领阿布赉·法伊德（阿布赉·穆罕默德之子、阿布赉的对手）是大帐的汗。1821年官方出版的《新疆识略》，部分地更正了这些错误。但是，史学家和政论家魏源迟至1842年仍把小帐和大帐视为右部。④显然，十九世纪之初清政府对哈萨克人的“羁縻”政策是极为松散的。
另一支在新疆西部边境说突厥语的穆斯林游牧民是柯勒克孜人。清代史料称他们为布鲁特（柯勒克孜人并不使用这个名称），俄国人则称他们为石山野人、石山里人或石山人（由于他们是住在难以攀登的山区里），或称喀喇（黑）柯勒克孜人（因为与哈萨克人不同，他们的统治者不是王族，即非成吉思汗的子孙）。十九世纪的俄国需要使用这些称呼来区别柯勒克孜人和哈萨克人：俄国人称两者为柯勒克孜-哈萨克人、柯勒克孜-凯萨 克人、凯萨克人或迳称柯勒克孜人，以区别于俄国本土的哥萨克人。
清朝政府把柯勒克孜人分为两部：东部在天山之西，西部在帕米尔。但这种划分对柯勒克孜人的自我看法没有什么关系。事实上，他们分成许多单个的小部从事游牧，没有什么政治总体，在情况需要时，他们随遇而安，可以自称是浩罕，或巴达赫尚，或喀尔提锦（希萨尔的东布哈拉省），或清帝国的臣民。在清廷看来，他们是贡民，在某些情况下，甚至是帝国的臣民。他们被要求每年进贡马匹，获准在新疆（远至东部阿克苏之地）放牧；还可以在喀什噶尔进行贸易，即在这里购买棉布和其他产品，而以出卖牲畜为主。他们支付的牲畜税是每三十纳一。至于其他货物，标准的税率是货价的百分之三又三分之一。但是在实际上，这些人几乎完全不受法律的约束，清政府也不曾打算限制他们的进出国境。
准噶尔除了牧场以外，还有适于农耕的大片土地；所以，清政府曾将大量东突厥斯坦人的家庭迁至旧固勒扎地区（被称为回屯）生产粮食以充军政之需。这些人被称为塔兰奇人，到1800年之际已达三万四千人之多。清朝还派遣汉族绿营兵、锡伯、索伦和察哈尔兵携眷屯居于天山北部而组成非旗人的永久性兵屯，他们每年向新疆驻军交纳一定数额的收成。不过在十八世纪之末，这些兵屯的生产力显然不高；因此当局在1802年又在伊犁河北岸新固勒扎以东开凿了一条大型灌溉渠，创建了旗屯。尽管清政府对需要使用这些旗人农民干什么还拿不定主意，最终还是宁愿把他们训练为士兵，而允许他们将土地租给佃农，通常是租给塔兰奇人。政府当局曾不断完善灌溉系统，因此伊犁的农业地区得到不断发展。
从长远意义说，更重要的是政府决定从中国本土将普通汉人和中国穆斯林举家移居到北疆，这一政策是清廷在满洲北部未曾采取，而在蒙古地区当局也只是后来才被迫予以默认的。征服新疆以后不久，清政府就鼓励从中国本土移民定居于天山北部，把大片大片不用的牧场变为户屯。到十九世纪之初，定居北疆的中国穆斯林和非穆斯林汉民即达数十万人，他们主要是在巴里坤、吐鲁番和乌鲁木齐等地。象在满洲一样，清政府也把罪犯流放到准噶尔来耕种流犯垦地（即犯屯，或遣屯）。到1777年，天山北部约有一万另七百五十户绿营兵和将近五百户流犯和配军，他们耕种着总面积约二十二万七千三百亩的土地。在天山南部，主要是在哈密和吐鲁番，也有一些屯垦地，但其总面积不到上述数目的三分之一。
在十八世纪的最后几年，屯田的绿营兵并没有大增，流犯的人数也从未超过二千，这是因为政府在1804年开始取消了犯屯。但是，由于被政府给每户提供三十亩土地的措施所吸引，户屯的人数则大大增加。在1775年，户屯数目不足一万七千二百户，约七万二千人，主要是在乌鲁木齐一带，开垦的土地总面积将近280，253亩。到1800年，操汉语的人口肯定已翻了几番，因为在1808年，乌鲁木齐各县的民户农田数量已是1775年的十倍。伊犁的垦地和客户也增多了，到十九世纪新来的移民已有在库尔喀喇乌苏和精河定居者。他们取得了土地，象在中国本土一样纳税服役。清政府也允许工匠和商人携家从中国本土移居北疆，准许他们在北疆和哈密地区做买卖。
准噶尔地区最宝贵的资源就是这里的地下矿藏。在1801年，清帝由于担心淘金热会从中国本土引来大批人口而造成政治麻烦，降旨禁止在准噶尔开采贵金属，但是，黄金和炼矿却由政府管制，交私商开采。计有金矿十四座，雇工1，223人，每人每月向政府交黄金三分。这样，政府每月的黄金收入就有36.69两。铁矿和锡矿（主要用于造子弹）也曾开采；在十九世纪头十年，准噶尔的铜矿也开始被采掘，主要是供伊犁铸币厂使用。
伊犁的农业人口在行政上由驻新疆的将军管辖，但是驻乌鲁木齐都统管辖的东部地区的汉族农民、工匠、商人和矿工，归甘肃省政府节制。治理他们的是驻在乌鲁木齐的镇西（巴里坤）和迪化（乌鲁木齐）道台，他负责三个行政分辖区的军政事务：镇西府、迪化独立州和吐鲁番厅。
来自陕西、甘肃和四川的中国穆斯林被东突厥斯坦人称为东干人，他们占操汉语的移民之绝大部分，仅在新固勒扎一地就有一千五百户。东干人是逊尼派（正统的穆斯林），他们有些法官是属于哈乃菲法学派，有些是属于沙菲伊法学派。苏菲教团（神秘兄弟会）也在他们的宗教生活中起重大作用。其中最重要的有纳赫什班迪派的“老教”或“旧教”（库菲亚，即“静默”兄弟会），他们同十八世纪早期的传道者马来迟有关系；还有马明心（1781年去世）的新教，这是纳赫什班迪派的另一支，人称札里亚派，即“口传”兄弟会。东干人读阿拉伯文祷告书，用汉语传教和解说。他们过着严格的生活：剃须、戒烟酒、不食猪肉。他们逐渐离开镇西、迪化和吐鲁番屯区，不久就在伊犁和塔尔巴哈台成为主要的居民。尽管清政府禁止向东突厥斯坦移民，他们还是有许多人来到天山南部的绿洲，在那里开饭馆和贩茶叶为生。
不过，东干人的穿着同汉人一样，很不容易同东突厥斯坦人和其他中亚穆斯林相混淆，因为后者都把东干人看成异己和入侵者，容易把东干人看成一般汉人。然而，不论东干人走到哪里，他们的经商才能及其处于汉文化和穆斯林文化之间的中介地位，使得他们在商业方面发挥着重大作用。所有非穆斯林的汉人实际上都是陕西人或甘肃人，大多数属于绿营兵。其他汉人则是书吏、商人、工匠，当然还有农民。因为东干人操汉语，所以他们能与那些人打交道，这就使他们得以接近政府的低级官员，并能加强他们自己同熟练的汉族工匠和中国本土商号的联系。东干族男子通常也娶汉族妇女。因此，通过婚姻纽带进一步扩大了商业联系，并且通过用伊斯兰宗教灌输子女而扩大了穆斯林团体。又因为许多东干人会讲一点鞑靼语，所以他们也能在伊犁和塔尔巴哈台同哈萨克人作买卖中沾光。当地戍军看中东干人不贪污受贿，便宁愿使用东干人而不用其他少数民族成员充任警察。随着时间的推移，东干人的人口、经济势力以及政治和文化的影响也不断地增长。
东突厥斯坦，即小布哈拉，位于天山之南，由东北区和西南区两部分组成。东北区旧称维吾尔斯坦，西南区即塔里木盆地，比东北区大得多，称为六城或喀什噶里亚；有时六城或喀什噶里亚之称也表示整个东突厥斯坦。在维吾尔斯坦和六城两地区，居民几乎全部操突厥语。只有少数人还懂得塔吉克语这种中亚形式的新波斯语，而到十九世纪，懂塔吉克语的人就更少了。在宗教方面，东突厥斯坦人是逊尼派穆斯林，奉哈乃菲派法律。他们虽然不无自己的文化特点，但仍是中亚突厥-伊朗文化的一部 分。如果不算外国人和外国人娶当地妇女所生的子女，这里土生土长的人口大概不到三十万，其中百分之七十以上住在塔里木盆地的西端，即喀什噶尔地区，东部的维吾尔斯坦人口仅约占此数的十分之一。从1759年到1820年代清朝进行征服期间，东突厥斯坦的人口和耕地似已增加一倍。
作为一个整体，东突厥斯坦人除了耶里克（意即“本地的”）以外没有一个共同的族称。他们分别用所在绿洲的名称来称呼。在喀什噶尔的本地人自称喀什噶尔人，在吐鲁番者自称吐鲁番人，余类推。甚至外国穆斯林也不把东突厥斯坦人视为单独的人种集团，例如十九世纪头二十五年内曾在新疆经商的西伯利亚鞑靼商人穆尔塔德·法伊德·阿丁·玛尔真就曾混淆东突厥斯坦人和西突厥斯坦人，而统称之为“乌兹别克人”。
但是，也有几个人种集团不同于绿洲操突厥语的一般居民，例如焉耆、库车、阿克苏、乌什吐鲁番和叶尔羌等地区的刀朗（多兰）人。他们讲突厥语带有自己的口音，他们的妇女则象柯勒克孜人用白巾裹头。在阿克苏和乌什吐鲁番地区，他们饲养那种厄鲁特人普遍饲养的羊，还为新疆驻军管理驿站。乌什吐鲁番地区还有一种牛盖特人，显然是柯勒克孜人血统。他们夏居毡帐，冬返定居点，依靠饲养牲畜为生，专司为清政府扫除木扎提山口的冰雪。英吉沙尔和叶尔羌两地之间的居民中，也有这种夏居帐篷冬返村居的人群。罗布泊地区的定居者多少不同于其他东突厥斯坦人，他们可能并不都是穆斯林。在1800年，除了少数例外，乌什吐鲁番的居民似乎不是当地土著，他们的父祖是大约三十年前被清政府从塔里木盆地各地迁来这里的。远至东部的甘肃肃州还通行突厥语；过了肃州，中亚商人就需要会讲汉语的译人了。
在塔里木盆地的西端，主要是在喀什噶尔、叶尔羌、和阗一带，有一大批外国商人，其中包括一些与外商有联系的工匠和越来越多的混血儿。清政府曾于1795年禁止外国人娶当地妇女为妻，但这禁令难以贯彻，天长日久，外国穆斯林（主要是浩罕属民）与喀什噶尔妇女成婚者越来越多。他们的子女被称为察尔虎特，尽管其语言、住地和文化不同，但仍随他们父亲的国籍。这种混血儿所生子女同样被认为是察尔虎特，不算清朝属民。旗人也有娶当地妇女为妻者，不过法律是禁止清朝官吏娶东突厥斯坦妇女的。这类婚生子女则被认为是当地人。
在喀什噶尔地区的塔什密里克居住着柯勒克孜的土拉吉尔钦察部，该部在十九世纪五十年代约有五百户。这是清政府唯一允许住在东突厥斯坦而与绿洲定居居民同等看待的柯勒克孜人。在叶尔羌地区的有些村落中，还有一些从奇特拉尔和瓦罕释放出来的奴隶前来定居，他们就是所谓的什叶派（拉菲迪）。在许多山区则有塔吉克人、哈尔查斯人（山地塔吉克人）和瓦罕人，他们都讲伊朗语，在清国领土上过着半游牧生活。虽然他们现在是穆斯林，却还保留着伊斯兰时期以前的伊朗拜火教残余。甚至在塔里木盆地绿洲的东突厥斯坦人当中，也还有着前伊斯兰文化层的遗迹，尤其在社会底层人民当中是这样。例如祈雨巫师还有其市场，他们将巫石涂上动物之血，或将它放置在“甜水”中，就可以作法降雨降雪。还有萨满教徒也仍然行他们的旧法。
六城和维吾尔斯坦两地的经济都依靠绿洲农业以及手工业和贸易；除少数人外，东突厥斯坦人几乎或者从事耕种，或者在城市经商为生。绿洲的两大生活区一方面是天山、帕米尔和昆仑山，另一方面是塔克拉玛干和罗布泊沙漠。山脉是河流的发源地，最终提供了地下水，沙漠则吸收水，并形成了一个逾此界限即不能定居的区域。在靠山一侧，这个区域与牧场混然一体。在沙漠一侧，它的宽度仅达人力灌溉所及之处。这里的雨量少得“几乎满足不了放牧所需之水”，即使下雨也不一定是好事，因为春天下雨能把阳光挡住，而雨量却不足以“弥补太阳不能融雪为水的损失”。据一个旅行家说，叶尔羌这地方是烟尘迷漫，难见新月，降雨如降泥水。④
除缺水和偶尔发生地震外，东突厥斯坦的环境是合乎卫生的。与相邻的甘肃相反，这里夏季气候干热少雨，冬季严寒，流行病不易发生。性病在城市和牧民中倒是常见，但流行性伤寒却很少，流行性霍乱则更为罕见。偶尔也有结核病，但是没有疟疾。
灌溉方法最初是从西部传入东突厥斯坦的，它广泛利用水沟、水管和地下水渠——坎儿井，以适应透水性强的黄土和沙砾地区，因为这里地面水会很快被吸干。某些作物收获量是很高的。特别出名的是维吾尔斯坦的葡萄和瓜，最好的是吐鲁番葡萄和哈密瓜。吐鲁番出产的无核葡萄干誉满中亚，远销印度和中国本土。农业技术和销售方法虽然实用，但比较原始，总的说来，粮食产量可能远较中国本土为低。农民种植苜蓿以肥田，不采用轮耕法。储粮的普通方式是建仓库，但因气候干燥、冬天寒冷，粮食也可以储藏在地下，所以贫苦农民一般都采用地窖，特别在不太平年月居民普遍采用此法。
叶尔羌与和阗地区盛产长毛羊的披巾羊毛，“这种羊几乎每个地主都有一大群”。六城西部多种桑树，这里产丝，主要靠妇女劳动。不过大宗经济作物仍是短纤维棉花，农民用棉花交税，或把原棉卖给政府和新兴的纺织工厂。大麻也是有价值的农作物，和阗就有规模相当的制绳厂，并且也有地毯织造业。大麻还用以提取麻醉品和其树脂汁（charas）。④罂粟壳之汁液（kōknār）也颇受人欢迎。大概在十九世纪之初也已开始种植烟草，而且汉人随着清军的征服而流入北疆，也带来了酒类，可能还扩大了鸦片的使用。但是对天山以南这些工业在1800年之际的发展情况，则不甚了解。在十八世纪早期东突厥斯坦就已开始酿酒，但对十九世纪早期的制酒情况还一无所知。
政府在阿克苏地区的浑巴什开办了一个重要的炼铜厂，在乌什吐鲁番设立了一家硝石公司。塔里木盆地的西南端出产玉石，是由政府垄断的。和阗地区的河流出产白玉，美玉的价值同银相等。叶尔羌地区出产绿玉，这里也开采金矿，同样由政府垄断。克里雅有一个产量很高的金矿。和阗诸矿经常雇用的工人约二、三百人。在冬季，和阗“全体居民”都得前往路程有四十天之远的地方为政府采金。在克里雅金矿附近的河砂中，也发现有黄金。还在焉耆、库车和乌什吐鲁番等地开采硝石。在阿克苏和库车开采琉璜。阿克苏、库车和赛里木的居民则开采附近的铜矿。
绿洲之间也有一些贸易往来。例如和阗就有贩卖玛什鲁（mashrū‘，一种丝、棉混纺布）、绸缎、纸张、金砂（尽管有政府垄断）、丝、葡萄、葡萄干和其他商品的商队前往叶尔羌，叶尔羌也向和阗输出铜壶、皮革和靴子。和阗的收入超过叶尔羌。
在清朝统治之下，东突厥斯坦社会仅有三个官方承认的阶级：土官（伯克）、宗教上层人士（瓣）和普通属民（阿勒班克什，意即纳税人）。对伯克和瓣是免税的，法律对一般宗教人士来说，解释是很宽大的；赛伊德、毛拉、派尔札德和法基尔等人都免交人头税（阿勒班）。普通属民则要向政府交纳人头税和服役。城市的普通属民用货币纳税，农民则交纳谷物。居住在六城地区的外国人，即使同妻子老小一起定居在这里，也依然 被视为过客，免交人头税。
普通属民当中人数最多的是：（1）自由农民（rā‘āyā’，拉阿雅），他们自有土地；（2）官地或官田（khāniyya，卡尼雅）上的佃农；（3）私有土地者的佃农。少数有地的农民——主要在哈密和吐鲁番——拥有免税的财产。其他从清代以前继承所有的土地拥有者，则应缴纳什一税，即向清政府交纳其收成的十分之一。此外，自由农民还要为政府举办的公共事业服役。政府的佃农可以得到种籽、耕畜和农具，但要向政府交纳一半的收成。私有土地者的佃农则要定期重新商订租约，条件当然前后不会一样；但是也要向政府交纳其收成的十分之一。交给地主者大概至少要占十分之二。清政府尽管确实采取了某些专门措施，但在1800年之际，东突厥斯坦的土地租佃、纳税和服役方式基本上是一仍旧贯，同中亚其他穆斯林地区的方式非常相似。还有一种农民叫“烟齐”（ynchi，即家奴），他们不以自己的名义纳税，所以不在普通属民之列。家奴最初是犯人，为伯克干活。后来因为伯克强迫农民当“烟齐”，而有些农民为了逃税和避债也自愿当“烟齐”，所以家奴的数目增长了。
宗教组织由三种人组成。在清政府看来，第一种是瓣。他们凭借其能力和教养行使宗教职能，是唯一拥有官方地位的宗教阶层。他们当中有法官、法学顾问（穆夫提，旧译木甫提）、清真寺神职人员和经文学校（madrasa）教师。政府从所收人头税中拨出一小部分给经文学校学员、毛拉、法基尔和游方教士。第二种是圣族（赛伊德与和卓），他们在东突厥斯坦的居民中最受尊敬，其中最重要的是玛赫杜姆家族，他们是十六世纪著名的纳赫什班迪教团的教长（谢赫），即玛赫杜姆·依·阿扎姆的后代。另一个是库车的纳赫什班迪教团的和卓们的圣族，他们是十五世纪阿勒沙德·阿丁教长的后裔，使莫卧儿人皈依伊斯兰教的就是这位教长。第三种是出身比较卑微的谢赫和苏菲兄弟会的成员，尤其是纳赫什班迪教团的几个分支，也包括乌瓦依什亚、库布拉维亚、哈迪里亚教团等等。苏菲兄弟会在东突厥斯坦也同在准噶尔的东干人当中一样，具有很深的影响。
在清朝征服以后，也许除了哈密和吐鲁番当地的统治者有权视需要任命毛拉担任政府职务外，东突厥斯坦的瓣已经没有其他中亚地区的毛拉所享有的那种政治权力了。这样便没有人沟通土官与被统治的民众之间的鸿沟了。只有瓣在经文学校学习阿拉伯文、波斯文、可兰经及其各种注释；因此，宗教教育在东突厥斯坦的影响便不如在土耳其-伊朗世界那样大，虽然单是在叶尔羌一地就有十所用捐款建立起来的宗教学校。
清政府似乎承认大部分瓦库夫（waqf，宗教捐赠）的土地、墓地建筑和其他圣地有免税特权，免税甚至包括距离喀什噶尔旧城东北十里左右的牙忽都地方的阿法其墓在内。清政府在牙忽都还派兵保护和卓的陵墓，这可能是别有动机的，因为牙忽都乃是新疆的阿法其·玛赫杜姆家族最神圣的中心，也是此派同情者的集会场所。既然有私人提供新的宗教捐赠，政府显然就毋需资助了。如果阿奇木伯克，即当地统治者，把政府官地作宗教捐献，那些土地也免税。瓦库夫财产为照看墓地和寺院的谢赫提供了经济基础，甚至 使他们生财有道。其中许多谢赫是苏菲，都出身于圣族。
在东突厥斯坦的两大地区中，维吾尔斯坦（主要是哈密和吐鲁番）与中国交往的历史较长，清朝对那里的控制也有很深的根基。象蒙古的旗王公一样，哈密王和吐鲁番王也属于清皇家贵族之列，是世袭统治者（扎萨克），而不单纯是清廷官员或代表。因此，哈密和吐鲁番的地位与蒙古诸旗相等，驻乌鲁木齐的都统仅对他们的事务实行单纯的监督作用。清政府直接控制的只有将近两千四百名绿营兵和约二百名汉民流犯（流犯都在哈密境内），他们耕种着总数约四万五千二百亩土地。受清政府直接控制的还有汉族移民和来自中国本土的汉商。不过对于维吾尔斯坦当地定居民的治理，哈密和吐鲁番的扎萨克享有完全的自治权。他们自己向清廷进贡，但只有他们才有权向所辖属民征税。不全适合这条规矩的唯一例外就是：耕种清政府官地的当地人（主要是在辟展），每年得向清政府交纳土地使用税（其总数约为粮食三千五百担）。
东突厥斯坦的另一主要地区——六城，在政治设置方面大大有别于维吾尔斯坦，因为塔里木盆地的整个官僚机构是直接受清廷驻喀什噶尔的参赞大臣统辖，参赞大臣则归伊犁将军节制。来自伊犁的旗兵和来自甘肃、陕西、乌鲁木齐的绿营兵组成的主要戍军，指挥部设在乌什吐鲁番，该地是通向连接六城与伊犁的木扎提山口的要冲。在喀什噶尔、英吉沙尔和叶尔羌，有一支较小的戍军是八旗兵和绿营兵；焉耆、库车、赛里木和阿克苏等地也有绿营兵驻守。主要的军事垦区在焉耆和乌什吐鲁番。和阗也有绿营兵。但是在一般情况下，乌什吐鲁番以西之地不驻汉军，以免引起六城居民——最集中的地方是在塔里木盆地的两端——的反感。
清政府担心汉族商人会控制六城的经济（就象汉人商号和钱庄在满洲和蒙古所作所为那样），从而激起东突厥斯坦人的愤怒和反叛，因此采取一种严禁六城与汉人接触的政策。派到六城的清军也采取换防制，以防他们久留当地；清政府还尽量少用绿营兵，而把六城官地租给当地农民生产粮食以供军政之需。清政府不在六城设立流放地，也不许平民移民和商人进至哈密以西各地。没有恰当的理由和合法的护照，清朝当局不许可汉族平民前往东突厥斯坦的任何地区。
清朝政府还竭力把其官吏同六城土著隔开。在塔里木盆地的每一主要城市，清朝都建造了有围墙的要塞，作为衙门所在而与当地土著居民分开，这是满人或汉人的县治，称为焉吉沙尔（新城），或哈拉伊沙尔（城堡），在喀什噶尔和叶尔羌则称为古勒巴格（意为“玫瑰园”）：清守军、官署和非本地官员即居住于此。这些满人城堡位于旧城之外。在某些小居民点，它们仅是一些位于旧城镇旁其围墙仅及肩高的土围子。到十九世纪中期，穆斯林与非穆斯林在库车就已经混杂而居。新城与旧城之间的交通限制是严格的。只有在白天清朝人员才可与当地人接触。入夜则将城堡大门上锁。未经邀请和批准，东突厥斯坦的男女人等不许进入满人城堡。同样，清朝官员也不能随意前往土著村镇。唯一的例外是得到当局许可（但却未必合法）的少数清朝官员在那里开设酒店、客栈和酒厂。政府是限制放债、雇佣当地劳力和订立其他商业合同的。
清政府对于伊斯兰和当地习惯持不干涉政策：允许东突厥斯坦人使用回历，穿着传统服装，除伯克外可不留辫子。不过，比这些象征性姿态更重要的是，清朝尽量保持了许多是在莫卧儿人、准噶尔人和玛赫杜姆家系和卓们统治之下就已存在的当地的统治形式。尽管清王朝象先前加封哈密和吐鲁番的统治者为贵族那样，也把库车、拜城、阿克苏、乌什吐鲁番与和阗的几位东突厥斯坦支持者封为贵族，但在六城却没有设立有统治权的扎萨克，而是建立了一个东突厥斯坦人的官僚阶层。由伯克和瓣组成的这个官僚阶层住在土著城镇和乡村，直接治理当地居民，并按照流行的哈乃菲学派的法律成例审理案件。使外国人印象很深的事实是：穆斯林与“中国人”（指满人、绿营兵和六城地区其他非土著属民）之间的纠纷也用穆斯林法律解决。一位旅行家就曾经指出：“法律执行得很严，即使对贵族也一样；如果某王公杀死一个穷人，凶手也没有指望可免死刑”。不过，在司法方面，清政府至少从中国本土带来了一个新花样：外国的穆斯林曾因看到罪犯戴枷而表示吃惊。
在清朝统治下，土著官吏一经任命便都拥有伯克头衔，即使那些官职是非世袭的也如此；即使任职的官员也不必选自清代以前就有世袭伯克头衔的贵族之家。换句话说，“伯克”过去是贵族的称号，这时已经变成“官员”的同义词。虽然有些伯克因世代为伯克而出于礼貌之故被继续称为伯克，但是清朝采用这一头衔的实际作用在于侵夺塔里木盆地土著传统贵族的领导，并使满人的王朝成为一切世俗权威的来源。
最高级的伯克（清制三、四品）要著汉装和蓄辫。政府对于他们的任命遵循“回避法”，就东突厥斯坦的情况来说，这意味着土著不得担任当地的主要伯克。在理论上，回避法旨在防止贪赃枉法，但是清政府在六城推行回避法的主要理由，还在于它在政治上驾驭哈密和吐鲁番的统治者家族以及库车和拜城的新贵族（因为他们的地位完全是受清朝之赐）比驾驭东突厥斯坦其他地方的上层贵族更有把握。这类伯克的官职不是世袭的，但是除非渎职，都能继续留任，不象清朝驻军员司那样定期更换。换句话说，六城的最高级伯克们都是行政首脑和官员，而且一般都是贵族，但他们与哈密和吐鲁番的统治者不同之处是不能世袭。他们最后要受理藩院管辖。最高层伯克享有每年进京朝贡皇帝的特权，从而使他们得到相当可观的回赏和许多好处；直到1859年，这种作法才被废除。
统率土著官员的是几位阿奇木伯克，即几位地方的总管，其中最重要的是主管八大城行政的阿奇木伯克：这八大城即焉耆、库车、阿克苏和乌什吐鲁番组成的所谓“东四城”，喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌和额里齐（即古和阗，和阗之名此时已用于总称全区）组成的所谓“西四城”。这些城市各有属区，由许多小城镇和乡村组成。喀什噶尔和英吉沙尔的阿奇木伯克有权直接向北京的皇帝上奏，其他地方总管同中央政府打交道则要通过新疆驻军当局，如果必须同北京联系，可以通过驻喀什噶尔的参赞大臣。在阿奇木伯克之下，则是一大批专司其事的小伯克。
伯克没有直接薪俸，他们的收入来自赏赐的官地（多寡视品级而定），享有官地的全部收成；还有赏赐的奴隶为他们耕种和承担其他劳役。按照清朝惯例，国家还给予他们少量养廉银，在调动工作时由政府出盘费。作为一种权力象征，伯克坚持要下属叩头，且蓄发留辫。浩罕和布哈拉的官员往往不通文墨，六城的伯克则不同，他们既通汉文和满文，也懂得一点宗教和历史。伯克们可能遇到的一项令人头痛的礼仪就是每月月初清晨都要到孔庙祭孔，不过他们似乎已将这种国家大典同自己的宗教调和起来了，伯克们在这里要向皇帝画像跪拜。他们也模仿清朝旗人，又喝酒，又吸鸦片。
官方所承认的一部分宗教集团不受当地官吏的管辖，但是按照惯例，必须在公共道德和宗教教育方面受他们的司法官员的监督。同土著民政官员拥有伯克头衔一样，那些教团的成员也都有瓣的头衔。瓣，实即东突厥斯坦的官员乌列玛，他们执行地方司法职能，组织和领导居民的宗教和文化生活。各地教团的主要人物是大法官（阿拉姆瓣），其下属有法官（哈孜瓣）和顾问（穆夫提瓣）。大清真寺的掌教、捐施收集人、教区清真寺主事以及在经文学校传经授课的瓣，都对当地的大法官负责。瓣们的生活来源还不清楚，不过他们似乎是依靠捐赠和不动产收入。许多瓣，特别是最富有的瓣，都从宗教布施中获得收入。
六城地区土著的内部事务虽然掌握在当地的伯克和瓣手中，但是东突厥斯坦人还是要直接向清政府纳税服役。上面提到的六城年产铜价值一千三百五十万蒲尔，其中价值一百六十万蒲尔的生铜系产自浑巴什，其余全是当地的税收，绝大部分是向喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌与和阗居民征收的。六城居民每年要纳粮六万六千余担，缴棉布十四万三千余匹，其中大部分也同原棉一样是来自塔里木盆地西端。
这些收入的主要来源就是用铜或粮食的形式收缴的人头税（相当于“每人每月一卢比加上土地收成的十分之一”）。政府也允许用铅、棉花、布匹或琉璜、硝石（火药原料）代缴。此外，个人的商业交易、店铺、市场、菜园、果园、煤矿及其他建筑物等等，也都要交税。在另一方面，政府把黄金和玉石视为贡品，要求直接送往北京，新疆驻军不得征税。参加守望哨所的东突厥斯坦户和五百名喀什噶尔兵则免人头税。还有一种特别税用于维持木扎提山口通道（这门差事主要是由牛盖特人担当）的开支。关于地方官员的开销，由阿奇木伯克在六城对每户征收一种半官方的四十取一税（qrqlq），如有不足，阿奇木伯克还可征收附加税。每遇清军驻军官员巡视六城哨所，阿奇木伯克还要加征税项以充迎送费用。伯克有时还向普通属民无偿征收衣食和其他用品；若有清朝旗人征用财产，伯克便加征特别税以补偿财产主的损失。除了这些捐税以外，还有一种中亚传统的驿马税（ulagh），那是向有马之家征收的。城市官员要定期向户部报告税务；尽管税额固定，贪污现象显然是很普遍的。
当地的伯克及其上司清朝官吏还以其他方式滥用职权。各级政府之间都是贿赂公行。阿奇木伯克并利用职权在市场按固定价格收购货物，到收获季节以高价卖出。伯克们还非法买卖官地以谋利。他们操纵着农民灌溉用水，而不公平合理地分配。他们开垦荒地而不上报。他们向小农放款，使他们债台高筑而沦为“烟齐”（家奴），伯克则占有其财产和劳力。货币作为纳税和市场支付的规定手段用得越来越多，这便加强了伯克上下其手的能力。农民实际上只得出卖自己的作物去“买”钱，然后用钱去买生活必需品和交纳政府的需索，特别是那些非正式的需索。
货币的使用便利了对外贸易，对外贸易也促进了货币的使用。十九世纪前二十五年的材料表明，这里贸易是自由的：就卖给东突厥斯坦人的货物而言，并无走私货。进口货主要是牲畜、水果、披巾羊毛、毛皮、鸦片、吸烟用印度大麻、欧洲制品（多数是俄国货）以及奴隶——男女孩童（他们的价格从二百到五百卢比不等）和成年奴隶。这些奴隶是由巴达赫尚、瓦罕和什克南的商人从乾竺特、吉尔吉特和奇特拉尔贩到叶尔羌来出卖的。合法的出口货主要是珍珠、宝石、生丝（此项货物也进口）、绸缎、羽纱、棉布、棉纱、瓷器、基连（kiriana，即香料和药材，尤其是大黄，后者是向中亚西部出口用作药材和染料的大宗货物）、大麻汁和茶叶等等，其中最重要的是茶叶，那是从华南用马队驮运到和阗转口的。茶叶分箱装散茶和茶砖（每驮载三十到四十块）两种；茶砖质量低下，只有穷苦人家使用。非法的输出品以金银锭（金锭、银币和银元宝）为主，其中许多是来自中国本土，特别是茶叶、金银、宝石、丝绸和香料药材（基连）等，主要是山西、陕西、江苏、浙江一带的商人运来的；商人们又从这里购买当地出产的丝绸、牲畜和其他货物运回中国。
关于中国本土与新疆之间的商业往来还有待研究，不过很清楚的是，清朝的歧视性税制偏向汉族商人。输入中国本土的货物只有玉石在嘉峪关纳税。中国本土与六城之间的贸易在乌什吐鲁番是合法的，东突厥斯坦人把丝绸、粗白布、毛革和其他商品卖给来自中国本土的商人，要照价纳税十分之一，而在喀什噶尔和叶尔羌出卖，只要纳此数之半。在乌什吐鲁番，安集延人和其他外商出卖货品仅纳税百分之五，汉商把除茶以外的货物卖给六城商人，所纳之税甚至更低，只交百分之三又三分之一。
从甘肃运到新疆供本地消费的茶砖是由特许商和政府经营的。根据1760年的法令，政府也允许非特许的山西私商经由蒙古向准噶尔贩运少量布匹和未分类的茶叶，主要供输出到中亚去。四川商人则在古城出卖大米和白面。江浙商人经常设法到叶尔羌经商，但是在政策上汉商是不准进入六城的。部分例外就是允许甘肃茶砖特许商前往六城，然而随着时间的推移，未经特许的山西商出卖的茶叶和其他商品在六城市场上日见增多。就往来新疆的汉族茶商而言，非特许的山西未分类的茶叶贸易（当局是不大容易控制的）比特许的甘肃茶砖贸易获利更多。但是从政府的观点来看，得自甘肃特许商的收入要比山西商人交纳的税为多。
除了乌什吐鲁番之外，六城、准噶尔与中国本土贸易的主要集散地是焉耆，这是六城地区唯一允许蒲尔和伊犁铜币同时自由流通的城市。焉耆的人口大部分为厄鲁特人（加尔梅克人），它的周围地带又是六城唯一允许汉移民定居和拥有私人土地的地区。因此，根据清朝的隔离政策，和阗、叶尔羌、喀什噶尔的居民和外国商人都不许进入焉耆城内。其他地方的居民虽可进入该城，但是不准定居于此。
尽管六城的贸易兴旺，东突厥斯坦的商人却没有发财，这是因为有权势的官僚对私商横加干涉，敲榨勒索。这里官吏的贪婪和儒家的一向轻商这两者互为影响。这样的商人不论如何富有，都没有社会地位；一度起过相当作用的贸易公会，在清朝征服之后也失去影响，不再成为沟通官商的桥梁。甚至就教育程度而言，当地商人也比中亚西部的商人为差，因为在中亚西部，商人一般都在宗教学校受过教育，学识仅次于毛拉。
喀什噶尔商人到国外经商，是在1794年开始受到限制的。他们只能获得通行证，成群结队越过边境哨卡到最靠近的柯勒克孜人 当中进行交易，仅此而已。他们受到官方税收的歧视，进口税负担沉重，官吏又勒索敲榨。他们甚至必须用钱购买经商权利。
一般说来，清朝推行的政策在效果上是有利于外国商人、而不利于六城商人的，因此当地商人在某种程度上只得依附于外商。发了财的六城商人要留居塔里木盆地就得隐瞒资财，假装贫穷。否则，如果买卖做得相当大，他们就得前往伊犁或乌鲁木齐去住，那里的官府压力要轻一些。对于作为清朝贡民的哈萨克人和柯勒克孜人所进口的牲畜，政府照价征收关税5％，而对于外国人所输入的牲畜，政府只征税3 ％。喀什噶尔商人输入的丝绸制品和毛皮要纳税10％，外国人输入的同样货物仅纳此税之半数。就大多数商品说来，当地的进口商要交税5％，外国商人只交纳3 ％，但若系“克什米尔人”（包括巴尔提人和帕米尔诸国的商人）则只交2.5％。从巴达赫尚进口宝石，税率是每斤五百蒲尔。这项政策的后果之一是白银外流，清政府曾经试图制止而未能奏效。
大多数外商都是来自浩罕、布哈拉、巴尔提斯坦、巴达赫尚、乾竺特、克什米尔或哈萨克草原，但也有伊朗人、希尔凡人、俄国鞑靼人（或诺盖人）、印度人、中亚犹太人（他们聚居于浩罕者人数很多）和亚美尼亚人。帕米尔的柯勒克孜人大概总是冒充当地属民前来的。清朝当局弄不清这形形色色的外国人，便统统把他们看作“安集延人”（安集延是浩罕控制下的费尔干纳一个城市和地区）或“克什米尔人”，所以政府甚至许可非进贡国的商人前来新疆做私人买卖。其实所谓“安集延人”就是在喀什噶尔经商者，所谓“克什米尔人”就是在叶尔羌经商者。但是，作为贡使似乎更有利可图，外国使节往往向驻新疆的将军和其他高级官员赠送马匹，得到的回赠总是比原来礼物的价值更高。
浩罕的属民和来自布哈拉及中亚西部其他地方的商人，都在喀什噶尔（它在十九世纪头二十五年比布哈拉更大）进行大宗的对外交易。因为清帝国的官方态度是把贸易看作一种给予外国人的特许（认为是他们需要富饶的中国的物产），以换取安定和对清廷的忠顺姿态，所以外国商人就取得可以讨价还价的地位和一定程度的自治，这两者都是本地商人所没有的。浩罕的属民，即真正的安集延人，地位尤其出众（因为“他们的举止和习惯很象”喀什噶尔人），④是喀什噶尔的外商当中人数最多的集团，因此，在当地的外商界占支配地位。为了替这些商人说话和监督日常的市场活动，喀什噶尔的阿奇木伯克与外国商界共同指定一位高级外商作监理（满语hda-i da，即商目）⑤：他也象中国沿海商埠的大班那样并不是清朝的官员。但监理又不同于大班，他（至少在起初）对一切外商进行监督，而不是一个监理单独监督与新疆通商的某一国属民；外国商界有此监理，便享有高度自治权，摆脱了清朝统治的干涉。
这种外商监理通常是用浩罕人，后来这一职位逐渐变成浩罕政府试图控制喀什噶尔对外贸易的工具。喀什噶尔的对外贸易大部分取道浩罕，这一事实就进一步促使浩罕政府插手于喀什噶尔，而喀什噶尔的贸易又反过来促进了浩罕经济，对十八世纪之末浩罕国的迅速发展大有裨益。起初，清政府对此采取妥协态度。1809年清朝通知浩罕统治者阿里汗说，鉴于他们的行为恭顺，着令该国当年输入新疆的商品免缴关税。清朝又说，以后浩罕输入商品的关税将减半征收。
同印度、西藏、拉达克、巴尔提斯坦、阿富汗和帕米尔诸国的贸易则集中在叶尔羌（此地人口甚至比喀什噶尔更多）和色勒库尔地区，这些地方也是印度与俄国通商的会合点。在这里和在和阗，安集延人在外商中所占的比重都小得多，更多的是巴达赫尚人、克什米尔人、阿富汗人、巴尔提人、西藏人和印度人，但是没有犹太人或俄国鞑靼人。这使外国人的成份比在喀什噶尔更复杂。是否也有象喀什噶尔“商目”那样的单一的外商监理，目前还不得而知。
准噶尔与六城之间的贸易集中在阿克苏，这是因为此城靠近经由木扎提山口越过天山的通道。在阿克苏的市场上，东突厥斯坦人同哈萨克人和天山柯勒克孜人的贸易占重要地位，至少早在十八世纪七十年代，每逢集市就已经是“街市纷纭，摩肩雨汗，货如雾拥。”到八十年代末，大量俄国商品开始涌入阿克苏，清朝不能制止，其部分原因是恰克图的中俄贸易已经终止，清朝商人便从阿克苏把这些商品转运到清帝国各地。越来越多的外国商人在阿克苏定居下来，到十九世纪二十年代中期，阿克苏的人口包括本地人和外国人，合计似已超过一万户。其中约有八千四百户登记为清朝属民。
入境外商到达清帝国境内的第一道关卡是要出示护照，获得许可以后方能通行，这需要得到一名新疆保商——类似中国沿海商埠的“行”商（见第四章）——提供的书面保证，其中言明：“被保人向无债务，其出境后如有涉讼事项，均由保人负责承担”。外商将此文书提交当地伯克，伯克转呈清朝驻军当局。后者留下原件，将汉文译件交给外商。来自中亚的外商用这种方式取得合法护照后即可前往六城西部和准噶尔经商，但是不准去库车、焉耆、吐鲁番、哈密和中国本土。有些外国人，其中多是浩罕人，但也有布哈拉人、巴达赫尚人和克什米尔人，甚至设法（常是借助于伯克）把商业利润投资于六城土地。外商在清帝国境内购买土地是非法的，然而安集延人显然用银子购买了土地。甚至也有官地流入外商之手。外人拥有的土地主要集中于喀什噶尔、英吉沙尔和阿克苏地区，它们被租给当地农民。
六城大概没有类似广州公行那样的官商帮，主要的往来似在外商与六城伯克之间。这种往来基本上是融洽的，偶尔也有过冲突。例如在1808年，清朝驻喀什噶尔的参赞大臣斌静污辱了一位“商目”的女儿。其父为浩罕商人，怒而杀女，持头挥舞闯进斌静衙门：他这种公开抗议行动，毫无疑问表明他根本无惧于清朝官府。塔里木盆地的官员得到外商贿赂，给予外商以特别照顾而减收关税。边境官员有时只检查外商的部分行李。象硝石这样的军用物资是不许卖给外国人的，但也有竟然得以出口的事情（即使这项禁令有重要意义，其有效程度也大有可疑，因为十九世纪中叶的旅行家曾亲见硫磺在浩罕公开出卖，并且看到过“当地制硝”的情况）。浩罕人前往麦加朝圣时佩带的那种“中国短剑”是否也在禁止出口之列，现在还不清楚，不过，走私是十分普遍的，当局一般也不予闻问。
安集延人在六城西部占有的特权地位对清朝造成了严重的后果，因为外商使六城居民与其先前的统治者（即纳赫什班迪兄弟会的阿法其和卓，当时住在中亚西部）保持着联系。纳赫什班迪家族在布哈拉的发迹已有几个世纪之久，它在中亚的苏菲派各团体当中是最有影响的，因此六城的很多外商都是纳赫什班迪教团的徒众。
玛赫杜姆家族是玛赫杜姆·依·阿扎姆的子孙，他们在清代以前就在东突厥斯坦的纳赫什班迪教团中占有统治地位。玛赫杜姆和卓家的两大派即黑山派和白山派，在那时就已在争夺教团的领导权。白山派联合准噶尔人而在1755年基本上消灭了他的对手黑山派以后，又促成了满人对六城的征服。纳赫什班迪教团的某些支派没有抵抗清军，清朝便加封几位不属阿法其派（白山派）的玛赫杜姆和卓为贵族，要他们迁居北京。库车的纳赫什班迪教团的和卓——即阿勒沙德·阿丁（全盛时期约在1450年）之后代，他们和印度的纳赫什班迪教团（穆扎德之后裔）同清朝显然没有冲突。但是在1759年，两位主要的白山派和卓曾被迫逃往巴达赫尚，并且死在那里。六城人跟随他们外逃者有几千户，其中大多数后来都定居于浩罕。
这些外逃的喀什噶尔人，以及被逐的黑山派和白山派宗教领袖，通过在新疆经商的商人与其六城同胞保持着接触。黑山派在叶尔羌的势力尤其强大，早年黑山派的和卓们便葬在叶尔羌的莫卧儿汗的古黄金墓地。在喀什噶尔西南部、英吉沙尔与和阗的居民中，黑山派也占优势。他们指望浩罕境内马儿亦囊地方的和卓能成为宗教领袖，每年都向他们奉献。白山派的主力是在喀什噶尔及其东北城镇，还在阿克苏和库车。1800年时他们期待被清朝赶到巴达赫尚的不儿罕·阿丁和卓的子嗣能进行宗教领导。不儿罕·阿丁之子穆罕默德·阿明便是众所周知的萨木萨克：此人曾遍游中亚西部，晚年定居于浩罕境内，死于1798年或稍晚的时候。清政府为争取浩罕协助保持边境安宁，每年都向浩罕统治者馈银一万到五万两，还赠送大量茶叶，以酬答浩罕对萨木萨克的控制。但是许多来往的商人和柯勒克孜人都是白山派的追随者，他们使萨木萨克同他的六城人民保持着联系。
萨木萨克遗有三子：穆罕默德（马哈木）·玉素普、张格尔和巴布顶。玉素普居长，1797年似曾率领一支柯勒克孜军袭击新疆边境而被清军击走。在萨木萨克死后，约在十九世纪之初， 有个玉素普和卓（可能就是这个穆罕默德·玉素普）曾访问埃及、沙里佐尔和巴格达；他在巴格达，曾被当局逮捕，后未经解释原因便交给了英国领事，由英领事把玉素普和卓作为犯人押送印度。这位和卓在孟买脱身后逃往巴士拉，后往色拉子，以后又到德里兰。他在德里兰设法得到哈札儿政府的恩遇。但是，“他一直念念不忘，只要有可能就要当国王。”
玉素普和卓同约穆特和戈克兰的土库曼人结盟，在1813年进攻哈札儿。第一次失败之后，他又重新组织了二万约穆特和戈克兰兵把哈札儿人击溃，但是按照穆罕默德·塔齐·西皮尔的说法，“一个熟悉喀什噶尔和卓的土库曼人认出了他，便立刻行动，向他开枪。玉素普和卓被击中，落马而死。先是巴达赫尚国王欲为其父苏勒丹沙报仇（据说苏勒丹沙是因为报复白山派和卓们的谋害而被杀的），发誓以金银重赏购买玉素普和卓的首级。当时土库曼人之间为争夺玉素普和卓的尸首曾有一场恶战，死亡甚多。最后是土库曼人夺到了他的首级，伊朗人用战马踩烂了他的尸体，并摘下他的图章、戒指和腰佩匕首，一并献给了哈札儿王。”然而，玉素普和卓在1813年可能根本没有被杀，因为有一位“来自印度或中国边境”并曾经率领土库曼人袭击伊朗边境的神秘的“苏勒丹汗”，据说于1819—1820年曾住在基发，而穆罕默德·玉素普确无疑问地又在1830年露面，领导了一次对六城的入侵。
萨木萨克的次子张格尔似是继承了宗教事业，在十九世纪之初可能住在布哈拉；幼子巴布顶则显然住在浩罕。这两位白山派和卓与其六城追随者的联系基本上保持未断，六城有些伯克还同浩罕政府保持接触，以图进行政治投机。特别是喀什噶尔的阿奇木伯克玉努斯还与浩罕的穆罕默德（马哈木）·乌玛尔汗有通信关系。1813年俄国的译人纳札洛夫就曾在浩罕遇见一位中国“使者”，似为玉努斯商队的头目。
六城伯克和浩罕政府在阻止白山派和卓入侵六城方面，利害关系彼此一致，因为入侵对浩罕与喀什噶尔的贸易不利。玉努斯显然曾鼓动穆罕默德·乌玛尔汗请求清朝当局允许浩罕政府在喀什噶尔派驻一位官方政治代表，以取代半官方的胡岱达。浩罕政府约在1813年年底提出过这一请求，请准许授予浩罕王委任的官员以哈孜《法官》伯克的头衔，并接替喀什噶尔的阿奇木伯克的监督商务和对浩罕商人征税的职责；换句话说，浩罕要求得到治外法权，要求得到在清帝国境内征税的权力。伊犁将军松筠拒绝了这一要求，并且惩罚了玉努斯，禁绝六城伯克与浩罕进行一切联系。
1814年乌玛尔汗以威胁相报。他说他一直约束萨木萨克之子不入侵六城，因此要求减少浩罕商人的关税作为报答。松筠再次拒绝，并且根据前一年所作的调查，表示怀疑萨木萨克是否真有儿子。满人照旧向浩罕汗赏赐银两和茶叶，但是清帝授权松筠警告乌玛尔，他若重提要求就要中断贸易。
到了1814年，清朝当局已经牢牢控制了东突厥斯坦。然而，遭受苛捐杂税折磨的农民和工匠、境况不佳的商人、后悔其收入落入满人手中的伯克等等，都相信这种愚昧的统治是根本不合法的，也不会长久。尽管领导反满圣战最可能的领袖是萨木萨克的儿子，可是浩罕人贪图与中国贸易之利，不让他们越山进入新疆。在黑山派看来，利用这一时机的时候似乎已经到来。
早在1814年，塔什密里克有一位黑山派苏菲名叫仔牙墩，开始与其宗教信徒和一些柯勒克孜人密谋推翻清朝统治。塔什密里克的阿奇木伯克是柯勒克孜人，这里住有数百户士拉吉尔钦察人。1814年秋，柯勒克孜的首领图尔弟迈莫特比根据可兰经发誓要支持仔牙墩起事。许多柯勒克孜人加入阴谋者队伍。叛乱者于次年夏季动手，向清军马厩纵火，攻击驻军并号召居民起事。但居民没有响应。清军展开反击并调集柯勒克孜人驰援，柯勒克孜人见事不成，便协助捉获仔牙墩而恢复了秩序。只有少数人越过边界逃到浩罕境内。
清政府处决了起事者，并追查所有叛乱的参加者。最困难的是分清柯勒克孜人的好坏，因为许多人同双方都合作，例如被判死刑的图尔弟迈莫特比便是这样。这次起事是局部的、短暂的，但它预示着更大的麻烦还在后面。十九世纪的新疆就要成为清帝国最动乱的地区了。