义和团事件之后，清朝改革的主要目标就是从西方采纳某些东西。为此，某些政府官员必须通晓西方文化。因此政府命令翰林院学士研究西学。它把留学生召回本国，授予官职，还为由京师和各省高级官员推荐的那些人开了一次经济特科考试。
在实行这一权宜措施的同时，政府企图在选择官员方法方面作一全面的改革。自七世纪以来，中国历代统治者就已规定了文字考试，人们通过这种考试就有资格成为高级文职官员。科举曾经是一种优越的制度，它在一千多年时间的实践中逐步趋于完善。不过与此同时，这种制度也陷入了形式主义。它的大部分试题要求人们在儒家经典中寻章摘句，然后加以释义和说明。在明清时代，每一部儒家经典都有官方的注释，它们是科举用的钦定版本。结果，应考人得努力把各经典著作的全文及官方注释都死记硬背下来。科举考试就仅仅成了记诵之学与书写能力的考试，它要求的不是逻辑性强和论点明晰的文章，而是堆砌着骈偶和典故的华丽词藻的文章。此外，一篇文章必须包括八段，写成所谓的“八股”体。甚至字迹也必须是“小楷”。
有清一代的实际情况就是如此。说中国所有的学生学习都是为了科举考试，决非言过其实。无怪乎在正统教育下培养出来的学生，在大多数情况下都是呆板、因袭和没有创造性思想才能的人。在这种情况下，如何能够希望得到一个新时代所需要的那种人呢？
显然，改革考试制度是不可避免的了。1901年，清政府开始废除八股文章。代替它的是要求更清楚地解说《四书》、《五经》以及论述中国历史、政治和西方政治及学术的文章，并在1902年的各省考试中开始实行。
其次，政府认识到需要一种西式公立学校制度，决定把书院改建为西式学堂。自甲午战争以来，张之洞和盛宣怀就提倡过这种学堂，而且他们在武昌、天津和上海也建立了这种学堂。然而，几乎不可能使学生入学，因为教育的最强烈的动机仍然是在政府中作官。因此，为了吸引学生进入新学堂，政府同意给予学堂毕业生文官候选人的待遇。
清政府也鼓励学生去国外学习，因为将要在中国建立起来的新式学堂中缺乏合格的师资。从国外延请教师花费太大；此外，即使花费大量钱财，也难于得到好的外国教师；因此，较快的办法就是派遣中国学生出国。特别是鼓励到日本去留学。与去西方相比较，去日本的旅费和生活费都便宜得多，日本人与中国人同文字，习俗又相近（见第六章）。另外，人们认为西方文化几乎已原样传入日本，因此就没有多大必要费事到西方去了。
由此可见，教育改革是从改革科举、创办新学堂和鼓励出国留学开始的。沿着这个方向，新学堂越办越多，但是它们的课程和学习年限差别很大。政府认为有统一标准的必要，于是在1904年制定了一套以日本为模式的学堂行政管理规章。在这种制度下，学堂正规教育分为初、中、高三级。为7至12虚岁的学生开办初等小学堂，为12至16虚岁的学生开办高等小学堂。中学堂则为16至21虚岁的学生开设。高等学堂收21至24虚岁的学生。分科大学则收24至28虚岁的学生，最高一级则为通儒院。通儒院或分科大学的毕业生被授予进士功名；高等学堂毕业生被授予举人功名；中学堂和高等小学堂的毕业生则取得生员（秀才）的功名。这就使新式学堂的毕业生有了正规官员候补者的资格。
政府在纸面上定下这一制度后，就在1905年12月建立了学部，作为中央的教育行政机构。在过去，礼部曾负责科举考试以及与此有关的传统教育事项。可是在甲午战争之后开办的一些西式学堂的行政就没有授权礼部管理。1898年京师大学堂已经成立，由它负责管理新式学堂。但是这所京师大学堂实际上是集大学和学部组织于一身的机构，由于新式学堂的数量增加得太快，它已不能起到管理学堂的最高机构的作用。因此，京师大学堂这时就被定为最高学府，另设学部来管理学堂。
1904年当政府建立这种学堂制度时，它企图在1906年以后逐渐减少旧式科举考试功名获得者的人数，并在全国各地建立起足够数量的新式学堂之后最后废除科举考试。然而日俄战争的结果加速了这个进程，因为日本的胜利被看作是立宪政体战胜专制政体的事例。很多中国人认为，对中国来说，立宪几乎是势在必行的。但是为了成立一个立宪政府，百姓就必须独立思考和判断。因此，传统教育很不能令人满意，而且确实可以说是很有害的。在日俄战争期间，越来越多的人主张废除科举。1905年9月，在日本的胜利已成定局时，政府决定在下一年废除科举。
当这一持续了约有一千三百年之久的科举制完全被废除时，它确实是一件划时代的大事。此后，新式学堂的毕业生在政府中占有重要的职位，代替了传统的有功名的人。同时决定在国外高等学校水平以上学校毕业的学生也有资格取得进士或举人的功名，但这部分地要按照他们回国时考试的成绩来决定。
教育改革的成效究竟如何？根据学部的统计，在1904年学堂总数为4，222所，学生总数为92，169人；在1909年学堂为52，348所，学生为1，560，270人。这些数字表明学校教育有惊人的发展。然而随着这种发展，教育的内容是否有任何实际变化，这还是有疑问的。
首先，由于难以得到合格的新式教育的教师，在大多数新式学堂里不可避免地仍然按旧课程教课。1909年，在教初等小学堂的教师中，百分之四十八是有传统功名的人，他们是毫不了解新式教育的。这就说明为新式学堂获得新教师是多么困难了。
其次，几乎所有私立学堂都由绅士-文人所办，而且大部分公立学堂也是由他们发起而开办的。然而绅士阶级基本上反对政府废科举、建学堂和鼓励出国留学的政策。他们有许多理由来反对。绅士们在地方上享有种种特权，这并非因为他们富有和出身于望族，而仅仅是因为他们曾经科举及第。废除科举就意味着他们的特权要消失。此外，由于他们的子弟通常准备参加这种考试，所以科举的废除将会毁坏所有绅士家庭所享有的和期待着享有的那些特权。因此，绅士-文人作为一个阶级，是始终反对废除科举的。但清政府终于还是公布了废除科举的法令，此后绅士们机敏地停止了反抗，另辟办学堂以保存他们特权的新出路，因为学堂也能授予毕业生进士、举人和生员的学衔。绅士家族送其子弟入学，希望以此保持他们的特权；因此他们非常热衷于开办学堂，甚至不惜自己花钱来办。
第三，新制度中尽可能地保留了旧东西。例如，由皇帝从高级官员中任命最后考试的总监，让他与学部大臣或督抚一起主持考试，然后对考试合格者授予功名。显然这一程序和以前的程序并无二致。“学堂”与科举考试仅仅一词之异而已。
儒学仍然被认为是学业的基本内容，即使在新式学堂中也不得忽视。每月的初一和十五学堂要举行一次祭孔仪式，而且很多学时花在阅读和讲授经典著作上。以初等小学堂为例，在每周三十个学时当中，有十二个学时是朗读和讲解儒家经典。一年级学生每天要读《论语》和《孝经》四十个字；二年级学生每天要读《论语》、《大学》和《中庸》六十个字；三年级学生每天读《孟子》一百个字；四年级学生读《孟子》和《礼记》一百个字；五年级学生读《礼记》一百个字。除所有这些规定之外，还有两个学时的修养课，它是一种儒家的教育方法。显然儒家学说是被强调的；甚至学习的方法也是老一套。
在学堂的礼堂和课室中都贴有雍正皇帝的《圣谕广训》，每月初一由大家齐声朗诵，而且被用作教官话的课文。这些都说明了传统的民众教育或对乡民的教导（即“乡约”制）这时改由新式学堂来负责的情形；与此同时，还通过口语的标准化来试图统一国民的思想感情。
政府当局对于任何新鲜事物都是极端慎重的。例如在初等学堂不教外语，因为害怕孩子们在幼年学外语会忽视传统的学业。此外，还认为不应使用外国术语，因为这样就不可能保持中国语言的纯洁性和坚持正当的学业。举例来说，诸如“社会”、“影响”和“牺牲”这些术语不久前从日本传入，但这些近代术语的意思与原来汉文的涵义不同。另外，“团体”、“国魂”、“膨胀”、“舞台”和“代表”这些术语此时已经流行，但它们被认为是不优美的，因为它们原来不是汉文的词汇，而是日本人创造的。所以这类术语不该使用，免得使中国语言陷入混乱。
还强调在学习外国的政治和法律时宜看全文，而不是学习其细枝末节。政府解释说：“外国之所以富强者，良由于事事皆有政治法律也。而中国今日之剽窃西学者，辄以民权自由等字实之。”“殊不知民权自由四字乃外国政治法律中半面之词。”“外国所谓民权者，与义务对待之名词也。所谓自由者，与法律对待之名词也。法律义务者，臣民当尽之职；权利自由者，臣民应享之福。不有法律义务，安得有权利自由？”政府之所以对这些词语特别加以阐明，是因为它害怕学生们可能会反对它而闹事，会蔑视皇帝的权威和不分轻重地一味坚持他们的权利。
妇女不许受新式教育，因为在中国，男女在公共场所是严格隔离的，决不允许他们一起上学堂，也不许在大街上一起行走；如果妇女阅读太多的西方书籍，使她们误入歧途而模仿外国的风习，那就会贻害不浅；如果竟然发生这类情况，她们就会开始闹婚姻自由而无视父母和丈夫的权威了。然而，妇女需要受教育的必要性在1907年还是得到了承认，于是制订了关于女子师范学堂和女子小学的章程。即使如此，妇女受教育的目的也只限于培养贤妻良母和一些教师而已。男女平等和婚姻自由仍旧被否定。结果，甚至受初等教育的男女儿童也要分校就读，而且妇女不得参加政治集会。
在初等小学堂、中学堂和高等学堂中都有军事训练课。在高等学堂中，增加了三学时的军事学，讲授不同国家的军事制度、军事史和战略。与政治学和法律一样，军事学也只有官办学堂才有。这些课程私文学堂是不准开设的，这件事表明政府是多么怀疑人民办事的动机。
从以上各点看来，人们会怀疑政府办新式教育的态度会认真到什么程度。政府诸公可能并不认为官办学堂教育实际上是可取的，而是勉强采纳了这种新制度，因为它不仅已由立宪派康、梁等人要求过，而且各省督抚也提出过这种要求。正象1904年皇帝批准的《奏定学堂章程》所说的那样，新制度的目的是要培养“尊崇孔教，爱戴大清国”的人。这里不是不可能把“大清国”解释为“中国”，但是它似乎更可能指满洲王朝。不妨考虑以下的事实：即法律、政治和军事学在私立学堂被禁止讲授；而教育的目的正如在1906年所宣称的那样是谆谆教诲忠君、尊孔、尚公、尚武和尚实，其中以“忠君”为最高美德。换言之，清政府开始办学堂教育是很勉强的，是受外界压力的结果，它的目的并非培养宪政时代的一代新人或者能使国家臻于富强的人民，而是培养一种热爱清王朝和始终忠于清帝的人。
事态的发展与清政府袞袞诸公的意图恰恰相反，反满运动在学生之间扩大了。1907年，政府禁止学生干政或集会，而且对此三令五申。结果国内学堂中的反满运动一般说来是被镇压下去了，但是在留日学生中间却发展了起来。在义和团事件之后清政府推行改革计划时期，它极力鼓励到日本留学，于是留日的中国学生逐年递增无已。至1905和1906年，人数曾达到大约一万人（参看第六章）。在日本比较自由的环境里，中国学生对清朝的批评要尖锐得多，而且加入立宪运动或革命运动的人数也逐年增加，在日俄战争之后尤其如此。面对这个问题，1902年，北京派遣一位中国留学生的监督到日本，1903年，发布章程禁止留学生议政，不准出版有关政治的报章杂志或者作任何会影响公共道德或扰乱社会秩序的事情。中国政府要求日本政府协助管制中国学生。东京对此作出了反应，它在1905年发布了“关于招收清国人入公私立学校的规定”。日本政府的这一行动引起了留日中国学生的极大愤慨。
不久，中国政府就不依靠日本政府的协助而自己采取更直接的行动。1906年2月，它拟定一项决议：凡派去日本留学的，只限于那些擅长中文并精通儒家经典的学生。12月，中国驻日公使被任命为留日中国学生总监督，使之可能进行更严密的监督。但是，无论清政府如何试图加紧控制留日中国学生，其结果恰好与愿望相反。控制愈严，学生中的反满情绪就愈强烈。最后，在日本的中国学生团体自然而然地成了反清运动的核心。