奖励和法规一样，都是由北京颁发和公布的。颁发奖励属于中央政府的职责范围。它们促使地方商人更加了解北京，并且使北京更有力地指导国家经济政策。有鉴于在1900年以前中央政府没有订出新制度措施领导工业发展，所以此后北京千方百计想用建立新制度和开展新项目来抵消各省的优势。
地方对工业发展的指导是在固有的限制之下勉力进行的。第一，各省官员通常要轮换。工业提倡者的努力常常被继任人所否定。第二，虽然中央政府没有用财政的力量帮助它自己所有的大工业，它仍然保留着核准各省分配财政收入的权力。不过一经中央政府核准，实际支出和由于这些支出而需要的一切赞助都是在省级领导人权力之下安排的。这就分散了中央和省政府之间的权力，从而不可能按照国家的轻重缓急使工业能够井然有序地发展。但另一方面，由于清朝末年北京各部员司的品质愈来愈坏，所以北京各部的工作不见得比各省做得更好。
适用于商人和公司的不完善的商业法规，是中央官僚机构进行基本改革的产物。改革首先是精简传统的六部，增设了一些新的部（见第七章）。其次是在思想上确立了新的任务，即要增加新的管理领域和树立中央政府的权威。因此，在工商业方面北京组织了一个新的部，各省下设分署，并且鼓励商人组织商会。
自从十九世纪八十年代以来，关于商部的概念已由著名商埠的商人如郑观应等播诸文章，但大约到1902年盛宣怀对它发生兴趣时才予以认真考虑。盛宣怀对此事的关心反映出，他不仅理解现代的经济需要国家的指导，而且还因为他和各省工业领导人的关系并不那么融洽。虽然盛宣怀在担任几个大公司的官方督办时颇有成就，但他的官阶一向不够高，所以他无论是在各省或是在北京都没有独立的权力基础。他在李鸿章手下开始他的官宦生涯，而在1895年以后李鸿章失势的时候，张之洞成为他的新的庇护人。但是，张之洞宁愿躬亲监管他的工业项目，所以他的庇护往往不足恃。1902年，盛宣怀任宗人府丞和会办商约大臣，这是中央政府的一个中等官员。他建议设立一个新的部来指导工业和贸易事务。
盛宣怀的建议恰好和两个满族亲王的类似意见相吻合。醇亲王二世（清帝的异母兄弟）和庆亲王的儿子载振两人刚刚分别从海外旅游归国，显然因受到华侨商人的热烈招待而深受感动。虽然军机大臣荣禄带头提出过一些反对意见，但是当他在1903年4月去世的时候反对意见便渐趋消失。五个月以后商部正式宣告成立。
新成立的商部在开始时工作热情很高。它在官方地位上高于传统的六部，仅次于外务部。它拥有广泛的管辖权，并且受权接管所有已由传统各部和机构建立起来的重大工商业计划。它还计划在各省建立直接对它负责的商务局。商部尚书是载振。他的父亲庆亲王为新成立的财政处起草一个全面改革国家财政的方案。甚至传说庆亲王意欲将这个有权力的财政处置于新的商部之下。报纸报道，北京书肆内关于工业和国际商业的书一售而空；官僚把这些书全部买去，准备自己参加新商部录用人员的考试。
但是商部的存在没有能满足这些期望。矛盾发生了，它未能促使其他各部和机构放弃它们的管辖权限。例如，钦命的商务、商约和铁路等官署都一如既往地进行工作，完全独立于新成立的商部。同时，商部的财政经费也少得可怜；它的主要收入来源是偿付庚子赔款之前的海关存款的利息。由于存款利率以及大部分存款存在银行的时间长短每年不同，因而商部花在拟订新的经费方案上的时间比花在拟订新的工业计划上的时间要多。不过，商部失败的最关键原因是载振及其同僚领导无方。载振因放荡腐化而声名狼藉。1907年5月，他被迫辞职，理由是他自己接受了某官员的一个身价很高的歌妓，并为他的父亲庆亲王弄到一笔十万两银子的巨额贿赂。英国训练出来的一个律师和外交家伍廷芳曾对商部的组织和章程有所帮助，在1903年担任了四个月的商部左侍郎。伍廷芳为人干练正直，后来，陈壁接任了三年，而陈壁却是个有名的贪官。
在1906年进行大整顿的时候，商部进行了大改组。它对铁路、船舶、邮电的管辖权都转给新设的邮传部。由于这些交通通讯工业占用了当时用于开发的大部分资金（特别是外债），所以改组后并另外改名的农工商部就无职守可言了。在1907年，它想法收回管理轮船招商局的权利。但是，邮传部则声称船政理应属于它的权限。农工商部争辩说，轮船招商局是商办，因此得属于它的管辖范围。最后它们同意让邮传部监管招商局的运输政策（如经营的航运路线），而让农工商部监管它的业务经营。
还不清楚为什么要把指导国家的近代企业的责任如此是非不分地加以划分，使之形成两个部。主要受益人看来就是袁世凯，他在1907—1911年期间不同程度地控制了邮传部。因此，在盛宣怀在1911年成为邮传部大臣之前，该部先后由袁世凯的门生陈壁、徐世昌和唐绍仪所领导；而部中一个有势力的铁道部门一直是由袁世凯的另一名幕僚梁士诒领导。这在中央和各省的利害关系中间不是一个简单的冲突。1907年9月，袁世凯和张之洞都从外省任所被召回到北京任军机大臣。中央政府这时大概想把交通通讯工业——在当时主要是铁路——集中于一个部管辖，以便进行统一发展铁路的新的努力。铁路管理引起北京的特别注意——不仅因为它具有经济和战略上的重要性，而且因为需要借大量外债作筑路资金。袁世凯和张之洞调任军机处，部分原因可能是要利用他们办铁路的长期经验和兴趣。在1908年，张之洞又被任命为粤汉路和川汉路的督办。不过，如果说北京曾希望抓住铁路经营的主动权的话，那么它的策略又失败了。无论是袁世凯或是张之洞，都无法使各省的绅士和有名望的商人就范。
各省巡抚对在本省设立部属省署的新计划抱有反感，这是可以理解的。不过，既然北京已无其他办法，各省政府就用不同方式象征性地表示服从来搪塞应付。由于各部都设法把新署局强加于省一级，各省便扩展自己的机构，把它们置于北京名义上的控制之下。例如，1904年初，商部尚书载振奉旨计划在各省建立商务局——一个崭新的官僚机构——来为他的商部服务。各省当局的回答是，他们早已有了商务局在执行这些任务。事实上，张之洞在1896年就已第一个开始建立这样的局来计划近代的经济政策，但是不久就利用它来筹集工业资本和谋取贷款。张之洞的榜样被其他省会纷纷效法，直到商人普遍对它们表示不欢迎时才停止。在1903—1904年的某个时候，广州和上海这两个主要的商务局被迫关门，因为它们不受欢迎。
1904年夏季，商部向各省的意愿屈服了。8月，各省原来所有商务局被正式指定为商部的分署，以指导各省一切工商发展事宜。每局由一个经督抚遴选的商务议员领导，但他要经商部批准和任命。商务议员应具备知府或候补道台的官衔，他必须精通工商事务，定期上报，编制统计表，进行调查研究，以及保护当地商人和归国侨商。他可以直接向商部打报告，但报告副本应呈送督抚衙署。这样一来，商部任命商务议员只是一种保全面子的办法，各省却拥有实权，既可以遴选他们自己推荐的候选人，又可以收到他们送给商部的报告的副本。
这一安排促使成立了更多的商务局。1908年末，四十四名商务议员被任命，但是商部立即发现他们不执行商部的指示。下面讲几件北京和各省省会之间行政上勾心斗角的事件，以说明商部的困境及其无能。1904年末，商部已经在奏疏中申诉说，各省选派的商务议员都没有工商业的知识。“在各督抚中关心民瘼，认真遴选者固不乏人，而视为例差者亦复不少。”它请求朝廷命令总督们要更加勉力从事。这说明困难之所在。一个中央政府的部为了强迫一个不顺从的省政府遵从它的指示，竟不得不求助于皇上的权力。商部的创立者们原来希望它在各省做的事能多于传统的一些部所做的事，但不幸的是，这个新部出现时正值中央政府更加依靠各省的新财源以偿还国债之际。
1905年夏季，商部又向清帝诉苦说，所属商务局都不执行它的命令。虽然商部已经主动解决了对江苏、江西、山东等省许多付不出存款的钱庄提出的破产索取权，但上海的一个案例把它基本上排除在外，使它不能插手解决，另的省份对商部的信“有阅六七月未复者，有阅四五月未复者，叠经臣等督饬，文电交催，仍复迟延。”以后不久，有一个人向商部的《商务官报》投稿，表示了普遍存在的沮丧情绪：商部在设法保护商人的时候却无能为力，除非总督及其僚属执行它的政策。
然而，中央和各省官僚之间的这些冲突，常常非各省督抚所能控制。但是北京毕竟对所有省级正规官员仍保留了有效的任命、免职和再委派的大权。特别在清末数年，大多数巡抚事实上是由那个腐败的庆亲王精心挑选的，他们都对庆亲王感恩戴德。各省许多不顺从的表现，是以巡抚、长期留任的胥吏和税吏为一方与控制经济企业乃至税收等公共职能的省的和地方的绅士为另一方这两者之间的复杂关系造成的。这些绅士和各级小官僚——不仅仅是巡抚或他们的属员——才是地方权力增长后的真正的受益者。
1907年改组而成的农工商部又想控制它所属的局（它们已改组成为农工商务局），同时把局的下属对照部中的机构重新作了安排。1908年又采取了进一步的措施，使新设的农工商务局的等级同于盐政局和巡防局，并由正式的官员（劝业道）主持局务。根据谕旨，劝业道同时对农工商部和邮传部负责。作为省一级的高级官员，劝业道可能不再完全由省当局挑选。到1908年年底，已任命了九名劝业道。
虽然这件事实看来是农工商部的胜利，但没有证据表明在1908年以后它对各省产生了任何巨大的影响。这有几个原因。第一，农工商部严重地丧失了热情或使命感。1907年继载振之任的新农工商部尚书是另一个宗人溥颋，他为官直到清朝覆灭时为止，一直没有有力的政治后盾，也没有创造力。第二，在清朝最后几年，朝廷专心于它自己的派别斗争，这显然越来越导致各省高级官员把他们任职的省份视同他们利益之所在。例如，浙江人周善培从1908年10月至1911年夏季任四川省劝业道。当铁路国有化危机爆发时，他却反对中央政府的政策。
最后，北京在工业上的失败只不过是中央对各省的权力进一步减弱的部分表现而已。朝廷允许通过各省谘议局表达民意，原希望使地方绅士和绅商更多地倒向它一边。但是结果使绅士名流和正式官僚之间已经脆弱的关系更加不正常。各省政府的权力被削弱到如此程度，以致在辛亥革命爆发时，多数巡抚只能唯绅士的马首是瞻，或者干脆逃命了事。