嘉庆帝认为，掐断了和珅的庇护制网络结构的花朵，它的根株便会自然枯萎。他逐步地撤换并贬斥了和珅在各省政务中的一大批有权势的追随者。他对和珅时代仍保持廉洁的那些在乾隆时期被重用的顾问们再次表示信任，此即他从前的师傅朱珪、军机大臣董诰和前都御史刘墉。他号召公开批评政府中的问题，命令官员们可以直接和秘密地给他上奏议，不须求助于曾经成为和珅影响的中心的军机处。与此同时，他还强调，他决定要祛除军机处的私人阴谋活动，派了一位御史来监管军机处的科室。但是，上层行政的改革不能医治十九世纪官僚制度中根深蒂固的弊病。省级行政是如此腐化，致使嘉庆帝在掌权六年之后尚未恢复乡村的秩序，尽管他下狠心要根除秕政。
嘉庆帝把他们的改革集中在两方面：撤换官员和节约开支。和珅时代大部分省一级高官都已被撤换。1799年初尚在其位的十一个身居要职的官吏中，六个被迅速撤换：他们是驻南京的总督、陕甘总督、闽浙总督、湖广总督和云贵总督，以及漕运总督。次年又撤换了河道总督二人。
这些改革是把和珅的老朋友换成了原来反对过他的人，在许多情况下，他们曾因和珅的关系受到过贬谪。例如，取代景安为湖广总督的吴熊光，曾经因和珅于1797年用了计谋而未能保持军机处的职务。1799年弹劾和珅的一位副都御史之兄高书麟，因与和珅冲突而被贬往西部边疆地区任职。和珅死后，高书麟当上了云贵总督。其他官员都由朱珪荐举到各省任职：王秉韬被任命为河南的河道总督，荆道乾被任命为安徽省的新巡抚，阮元则被任命为浙江省的巡抚。
在这次改革中下台的这些省级官员，都受到御史们为响应皇帝重新广开“言路”——对政府进行批评的传统渠道——而上呈的弹劾奏章的指控。但是，皇帝左右的一位满族亲王却认为，嘉庆帝早在这时以前就已经听信了忠言，并且在消除和珅集团的行动中乾纲独断地作出了决定。④
根据最近的考察，嘉庆时代开始了汉族官员在清朝省一级政务中占支配地位的局面，而这种种族比例的变化原来被人们认为开始于太平天国叛乱的时期。⑤因此应该注意到，许多满族御史 是属于1799年响应改革的号召和提出弹劾的人。这个时期的任命中是否考虑了种族界限，这还是一个尚待研究的问题。至今尚远远没有证据表明，嘉庆初年的改革是执行了一条种族主义的路线。
1799年迅速接连发布的新任命在事实上是否预告省一级行政在进行一次真正的改革，这一点还不太清楚。所有新的被任命者都是和珅时代官僚政治的一部分，而不管他们是否属于和珅集团。况且和珅集团中许多被撤职的人员，以后又出现在其他官位上，或者准许他们保留爵位舒舒服服地退休。现在正在进行的研究表明，1814至1820年标志着汉人在省级官职中逐渐占上风的转折点。 在以林清叛乱（1813年）和道光帝继位（1820年）为标志的这一时期，也在省一级行政的上层发生了同样迅速的人事变动。这几年让好些新人参加了省一级政府，被任命者都已得到了功名并且在和珅时代之后得到了官职，他们当中越来越多的人都是从汉人占优势的都察院和翰林院提拔上来的。象过去一样，皇帝特色人物是靠几个心腹顾问的推荐。这些新任命者中的许多人，包括改革者湖南人陶澍在内，都是蒋攸铦（当时的御史，后来当了省一级显宦）的同僚或朋友，而蒋攸铦本人则是汉军旗人。他们也因参加了北京的一个非正式诗社——即宣南诗社——而彼此连结在一起，这个诗社后来还包括了著名的“经世致用”论改革者林则徐和魏源。
这个时期的汉族文人在清代官僚行政中重新得势，可以被看作是太平天国叛乱及其后的同治中兴时期以曾国藩及其门徒之兴起为顶点的这一趋势的开端。它也表明，翰林院和都察院中汉人对省一级政府职务的兴趣有了增长。
嘉庆及道光两朝的改革的第二个特点，是大肆宣扬减少宫廷浪费和重大消耗的节约开支活动。嘉庆帝终止了豪华的南方巡游的传统，而这正是他父亲的统治的一个标志。他想通过官方政策和以身作则来放慢中央国库资财流出的速度，来改变贵族和官场成员中泛滥的懒散生活方式。为了达到这个目的，停止了边疆省份省级官员的每年贡奉，皇袍也被人颂扬地说上面打了补钉。可是，这些改变不论在京师地区的满洲贵族身上或在各省的官员中都没有取得持久的效果；在给乾隆皇帝服满国丧之后这些变革便遭到了顽强而成功的抵制。例如，对日益繁衍而贫困的北京旗人人口和内务府的供应，就仍然是财政上的大问题。