嘉庆政府的省一级新官员上任时带着皇帝的诏书，要他们在自己权限内改革官僚行政。可是，中央政府的改革办法在省一级遇到了和珅时代流毒的干扰。由于这种干扰，产生了在对待平定白莲教叛乱和对待地方政府腐化问题上的冲突。第三方面的冲突是漕运制度的行政问题。
漕米是中央政府在省里经管的三大要政之一（其余两件是盐务和黄河的河道管理）。漕米之政是征集中国南部和中部八个省份的租米，然后运来北京用以供养京师的宫廷成员和贵族，并储积在仓廒中以待在中国北部分配。这种征集和运输制度有它自己的主管部门，它与正规的省级官制相平行，并且与河道总督衙门相重叠。它的主管叫“漕运总督”，衙署设在江苏省的淮安。漕运总督之下设省一级漕官，担负漕米之省各设一人，这些漕官直接向漕运总督负责，不向他驻在省的总督负责。漕官则监管征集漕米的体系，其人员大部分是非官制的人员。这些人员中多数是由住在运河边的屯田的世袭船户“旗丁”组成。雇用这些船户的运粮船组成了多达一百只船的船队。漕运衙门也有它自己的用于护卫运粮船的民兵，沿运河的河闸有它自己的检查员和检查站，也有它自己雇用的肩夫，后者把粮米从县的征集站运往运河上的仓库中。
在嘉庆时代，这个庞大的漕米机构由于各级组织都人浮于事，也由于粮米每易一次手或通过检查站都要交付陋规而变得腐化了。世袭船户，或“旗丁”阶层，形成了清代社会中许多集团之一，原来指望他们在一个经济增长、通货不断膨胀和人口增加的时代依靠固定收入生活。由于他们人数加多，“旗丁”阶层中的许多人不能取得他们的合法的、赖以生活的世袭田地（“屯田”）。此外，漕运制度越来越依赖被称为“水手”的那个被雇佣的游民劳动者阶级。这一帮人逐渐取代了曾经作为明代漕运制度支柱的“旗丁”，他们需要在自己的工钱之外索取租米中自己的一份小费。在嘉庆年代，“水手”的人数增加了两倍多，估计增加到了四、五万人。同时，漕运站又是官场中庇护制的焦点之一。数以百计的候补官员麇集于此，作为中央政府的委员（“差委”或“漕委”）领取薪饷。
由于漕运机构的人员增加，十八世纪的价格也上涨，所以应交给每一条粮船的船费也相应地上涨不已。1732年每条船的船费为一百三十两到二百两，1800年涨到三百两，1810年涨到五百两，到道光初年（1821年）甚至涨到了七百或八百两。粮税费用的增加使得地方上的绅士谋求谈判免税，这就增加了纳税户的负担，并且最后也使得征集的实际数量下降，因为贫苦的纳税人已被剥夺得精光了。它的一个结果便是漕米的逐渐商品化，因为地方官吏被迫从私商手中购买稻米，以补足他们的定额。
弥补漕粮定额是省一级粮官唯一的最重要工作。为了达到这个目的，他们与北京仓廒的监管官密切地合作。这些京官的职位是形成官吏侵吞公款的重要根源，甚至也许是省里漕米机构与北京官吏之间的关键性的中介人。漕米定额是向县里征收的，但征收本身在县里不是归漕米机构经办，而是由正规的地方政府经办。纳税人交给地方经纪人，由后者把漕米送到县的征集点；在这里由县长验收，他负责把它交到漕运机构的代理人那里去。因此，漕运制度催征的负担最后落到了内外交困的县长身上，县长只好向他自己的法定的省一级行政上司那里去发牢骚。④
这些抱怨最后就导致某些省级官员与在漕运中有既得利益的官员发生冲突。1803年之后当漕运制度已露出百孔千疮的苗头时，利害的冲突开始集中在向皇帝提建议是否赞成使用海路的问 题。与漕运有联系的官员力图保持运河的内陆运输体系；许多正规省一级官员则希望放弃它，主张利用沿海的海运。1824—1825年的海运辩论达到高潮，那时内陆漕运体系已暂时瓦解。
漕运危机早在1803年就已见预兆，那时黄河的涨水淤塞了运河，使开往京师的运粮船运行不畅。那时有许多长篇大论的计划和奏疏上呈给皇帝，主张另辟新径发展海路，象元代和明初所实行过的那样。黄河大水一退这些建议就又都消声匿迹，但它们在1810年又被提出来考虑，因为运粮船这时再度被延误，因而迫使皇帝急于征询关于运河河道与海运同时并举的意见。绝大多数省一级官员这时的反应是持否定态度。在浙江和江苏两省高级官吏的支持下，南京总督勒保上疏条陈十二大理由，说明海运为什么既不可行，也不可取。1815年问题再次被提出，又再次被否定。一个最重要的理由是说不应该改变祖宗的成法。持这种观点的人后来能把皇帝本人在1816年否决海运建议的措辞强硬的上谕当作护身符。
由于私营沿海贸易这时正蒸蒸日上，就显得持反对海运的大多数论点是昏庸无知的。虽然海盗猖獗、气候恶劣以及造船费用昂贵（凡此都被用作不便开辟可以行之有效的海运的理由），并没有妨碍在嘉庆时代已有约三千五百条江苏省商船（“沙船”）的长江下游商人进行海上贸易。当时已知有少数企业主拥有三、五十条船的船队，他们主要把华北的豆子运往南方牟利。赞成开海路的人们认为，这种私人贸易可由政府与私商合作来加以发展，其结果是最后会使他们得利。大家知道，大宗沿海贸易是从北到南的走向；北上的船因载货少而往往装载泥沙压舱。户部尚书英和建议，运载漕米的私商在北上时可分拨百分之二十的吨位装私人货物；回船则可以完全装商品货物。
从赞成开辟海道的人看来，海路最重要的是有经济上的优越性，因为它是一个避开运河航道上无数检查站和中间人的办法。海运的倡议也恰恰因为这些理由而遭到得运河之利的既得利益集团的反对。到十九世纪二十年代，这些最有势力的既得利益集团之一便是那些已经出牌在沿运河各站担任“漕委”的候补官员集团。这些官员的任命是受漕运总督本人督办的，因此“漕委”被视为私人庇护制的独立王国，别人是不能染指的。例如，1819年清帝就指斥漕运总督在一年之内增加了他下面的札委人数达一百四十人。
不论运河上的商人或是沿海贸易的商人，都倾向于联合起来反对开辟海路。反对的一个理由是这样一种事实：嘉庆时代运河上的粮运已大大商业化了。北上的粮船上相当大一部分载货是在私人手中，南下的船只则装载着能获利的私盐。④其次，沿海贸易的商人也不愿政府染指私人航运，因为自1684年康熙帝取消沿海商业的禁令以来，海上贸易已是他们的禁脔。那些反对海运的官员最初用的一个法宝是向海员本人调查沿海情况，而他们的报告异口同声地都是使人泄气的。⑤
海运论战中两派的冲突在1824年后期达到了不可开交的地步，因为开往北京的运粮船队陷进了淤泥中，并且长期受阻于高邮南部的洪水地带。这一危机迫使道光帝恢复了他父亲统治时期已开始的辩论。可是，这一次危机的严重程度足够使他们达成妥协。开往北京的粮船仅仅四分之一顺利地通过了黄河；其余船只全被绝望地阻滞在路上。皇帝接受的海运的主要计划是英和写的，由另一满洲政治家琦善监督执行；后者在危机期间曾被任为代理南京总督。琦善在那里与新任命的江苏巡抚陶澍以及布政使贺长龄合作，计划从上海派出海路运粮船只。漕运总督衙署似乎暂时被打入了冷宫，它有两年时间充斥着一批批被札委的官员，其中还一度包括刚刚发迹的、皇帝的年轻宠幸穆彰阿。
从一开始，皇帝就竭力让所有官员都认识到，开辟海路的倡议是临时性质的。事实上，批准启用海运是以在第二年立即着手修复运河为条件的。河运辩护者认为，修复工程本身会为世袭河工提供必要的就业机会，不然，他们就会因使用了海路而变得无所事事了。琦善的继任者在1827年强烈地要求继续使用已被证明是行之有效的海路，但他的建议被驳回了。
直到十九世纪四十年代后期，政府才被迫放弃河道，永远改用海路。这时之所以作出这个决定，是因为有些因素已经改变了权力斗争的格局。水手们已经组成了秘密会社，使他们组织起来的信仰很象把白莲教的信徒们聚集在一起的那种信仰。十九世纪四十年代这些会社开始表现出有政治抱负的样子，并且开始在纤夫，甚至在旗丁中间扩展影响和发展组织。当鸦片战争以后这些组织采取了反满的意识形态时，中央政府继续支持他们的兴趣 便急剧下降了。1845年以后，由于京师又发生了严重的粮食短缺情况，海路便未经什么辩论而被采择施行。太平军叛乱的爆发和1853年黄河灾难性的改道，排除了重新考虑恢复运河体系的可能性。
不管1824年以后清帝主张恢复河道的理由是什么，他在政治上并不反对那些主张改道的人。陶澍做江苏巡抚一直到1830年，后来被擢升为南京总督，在这个总督任上任职九年之久。琦善虽然短期降过级，但仍保持重要的省级职位，一直到他1841年与英国人打交道被贬黜时为止。改革者也有在漕运总署内任过职的，如1830—1832年有吴邦庆，1834年有朱为弼，1837年有周天爵。事实上，1831年正是在陶澍领导下，在两淮地区对盐务进行了第一次、也是唯一重要的一次改革。
监督这些改革的道光帝被迫从朝廷的高度来考察行政上的问题，因为朝廷仍然是水路航运和官僚行政的庇护制网络结构的最高机构。他看来是一位谨慎小心的，甚至是胆小的统治者，宁可与几个心腹顾问进行密议，而不愿接受实际的批评或警告。只要反对海运的人向他进言海运可能毁弃祖宗成法，而且可能使运河数万雇员有解雇的危险时，他并不是一位可以指望进行漕运改革的君主。
另一方面，盐务则是另一个样子。虽然盐的私运和非法贩卖本身是一件有决定意义的既得利益事业，但私盐贩子和运河工人还是有着重大的区别。第一，运河工人被雇于一个合法的官方机构；私盐贩子则是在国家盐税之外活动并且干着反盐税的勾当的。第二，运河体系是以北京为中心而且与正规官制相平行的等级制行政组织的一个组成部分。反之，私盐贩子常象海盗那样，沿着海岸和南方内地航道，在地方网络结构中活动，最多也只是在地区网络结构中活动。从漕运中的榨取所得是在上层官僚中分享其利，私盐贩子则是私商和投机商，他们侵夺的是正常盐务行政中的官员和商人的收入。
除此之外，朝廷里还有一个有权势的集团想从取消盐务的走私来获利，同时他们又能够限制盐务改革的范围。这个集团就是内务府。这个组织的大部分收入都来自盐政，后者在传统上又被内务府的任命官员所把持。内务府在盐务争论中的作用和在其他争论中一样，也没有留下多少文献记载，但人们已经知道，自从十八世纪初年以来，内务府的财政收入在中国政府的总税收中的比重一直在增加。
自然，盐务改革的建议也会危及乡村的稳定，因为这些建议会把据认为是人数最多和最难驾驭的无业游民和无地捣乱分子弄得无所事事。但是，关键的问题不是怕疏远了乡村的居民；它倒不如说是为了安抚宫廷官员们的利益。可是，我们对这些利益集团的组成、性质和重要性的了解还很有限，必须等待进一步的研究。
漕运危机是这个世纪最初几十年公共职能普遍崩溃的一个方面。它的根源部分地在于官僚的玩忽职守。在漕运方面，除了玩忽职守之外还加上了复杂的运河体系——它的中段与河道总督辖区相交——的自然困难条件。这种自然困难来自严重的土壤侵蚀和华北平原定期泛滥所引起的泥沙。到十八世纪末期，黄河的河床提高到了危险的高度，威胁着堤岸，并引起观察家们预言它可能改道；结果黄河果然在1853年发生了改道。但是，漕船为了到达北京必须在淮安附近之点穿过黄河。在这个危险汇合处的西边有一系列吞吐湖，它们用来容纳黄河的溢水，并且在运河不通的时候提高运河的水位，这个政策被称为“借黄济运”。多年的淤塞改变了运河系统的蓄水状况，致使黄河渡口的积沙和整个运河体系的升高了的河床本身使这个系统没法调节水位，否则势必诱发洪水灾害。淮安的洪水不仅威胁北京的粮食供应，也威胁到盐税的收入，因为受害地区包括两淮的许多盐厂和晒盐设备。
河道总督的粗疏大意、愚蠢的经济措施和玩忽职守，是1780年以后一些官吏奏折中相当注意的事情，但腐化继续在十九世纪初期危害这个机构。根据许多记载看来，河道总督当局的目的不是在防止洪水，而是细心地在财政收支上下功夫，即要使洪水定期地每隔一段时间发一次，以证明资财源源流入河道总督当局是正当的。传说南部河道总督当局三天一巡的宴饮和无休歇的戏剧演出表明，每年拨给它的六百万两银子，只有十分之一是作了正经用途。例如1808到1810年，政府据认为曾用了八百万两来疏浚河口；但在后来的两年中水灾却比以前严重了好几倍。
非官方记述则认为这种腐化的根子是在十八世纪末期，那时河道总督是按照和珅时代的庇护制网络结构组成的。那时进入河道总督机构的人必须给和珅的私人腰包塞钱，以换取他继续给予的恩宠和庇护。和珅死后，这种钱再也没有送到北京过。在道光时代，治黄工程与运河一样，都变成了失业官僚的避难所。据说，拿了一位在朝官员的信件去河工任所的新翰林可以指望得到一万两银子的年俸和其他的好处；如果他是个“举人”功名，仍然可以得到这个数目的十分之一。