1854年初，曾国藩的军队在长江中游地区与太平军迎面相撞。太平军曾经发起过一次声势浩大的西征，成功地攻占了南京上游的大部分沿江重要城市。由于北伐失败，湖北、安徽、江西和江苏等省这时成了太平天国军事行动的广阔战场。叛军的战略意图是确保南京的水道交通和占据它周围的农业地区。几支湘军在湘潭的关键之战（1854年5月1日）中击退了太平军对湖南的入侵，而曾国藩的水师则扬帆前进，向太平军控制的江河湖泊发出挑战。但太平军才干出众的翼王石达开在水陆两路都曾多次重创曾国藩，使反叛者于1856年中在军事上处于极盛时期。太平军在长江流域占据了西起武昌东到镇江一线近三百哩的许多战略城市，他们对水道的控制由于曾国藩的大部分船队在鄱阳湖被围而更有了保障。石达开的军团征服了江西大部分富庶的府县。太平天国最后一次军事胜仗的消息是1856年6月在南京城外对清军的大捷，清军统帅向荣就在是役之后不久死去。
作为一个新皇朝，太平天国在巩固其统治的过程中遇到了难题。在对儒教的既成体制进行了殊死的挑战以后，它不得不建立自己的各级社会机构。它在宣传激进的空想主义社会纲领以后，此时不得不使理论迎合现实。1856年是太平军胜利与危机纷呈的一年，它所特有的一些制度即于这一年诞生。
太平天国官僚政治的特征体现在两个相互抵触的原则中：一方面全部重要职位都由广西帮控制，另一方面通过传统的科举制度广泛寻求新兴文士的支持。太平天国的文官考试在定都南京后即行开始，在整个统治期间未曾中断。考试形式在许多方面与清制相同，定期在地方和京城举行考试。但是内容包括基督教的主旨和对太平军领袖的颂词；此外，考试的社会基础比较广泛。投考者的背景完全无需考虑，这表明太平天国渴求才智之士以及他们在放宽参与政治生活方面所作的努力。考试似乎相当容易被通过。1854年在湖北省举行的一次考试中，投考者不到一千人竟出了八百多名举人，同年在安徽的考试中，仅一个县就出了三十名举人。
尽管太平天国明显地大力争取正统的优秀人物，然而应试的文士还是寥寥无几。投考者的社会出身似乎很庞杂，有以前的僧侣、占卜者和其他一些从事为新政权所取缔的“迷信”职业的文人。太平军占领区的文人经常被责成参加考试，违者处死，但他们的热情一直不高。偶尔被迫的应试学子宁可在试卷写上嘻笑怒骂之词而以身殉〔旧传统〕。一个仍未解决的问题是，考试制度对确立太平天国官僚政治的实际贡献究竟如何。不过有证据表明，重武轻文，战略形势变幻不定，以及太平军历来对乡土和宗教资格的重视：所有这些都意味文官考试没有起过重大作用。不过，在作为宣传手段和正统的象征方面，太平天国的考试制度是不应被忽视的。
太平天国的官制本身由王、侯两级世袭贵族以及十一个等第的官员构成。在这十一个等级中，前六等官职名称可在历代王朝的历史中找到，虽则它们一般表示等级而非具体职能。后五等则与军事指挥或地方政府的某些较为具体的职能有关。由于在太平天国的空想模式《周礼》中不存在文、武之分，因而任何一级官员都既可被委任为文官，也可去充任军队指挥。在这种等级森严的统治集团内，实际权力中心是各个王的行政幕僚班子。每个王都在其随从人员中设置一个机要机构，内分六个传统的施政部门（相当于“六部”）。不过，由于东王杨秀清僭取了总理军政两方面的权力，他的机要班子到1856年在整个太平天国官僚体制中曾经起着中枢协调的作用，所以各王自立班子的情况并没有引起行政上的完全混乱。
太平天国的地方政府建置仍以清朝旧时的府县区划为基础，而在县以下则以《天朝田亩制度》为基础，即规定以25家为一“两”到13，156家为一“军”，各单位等级森然。府县官员的职能与他们所取代的清朝官员的职能相似。至于太平天国县级以下编制的实际情况，其材料是零散的，也往往自相矛盾。但是有两种需要考虑的情况，都表明太平天国地方控制的脆弱性。第一，太平天国制度具有与清制相同的缺陷，即正规地方官员稀稀拉拉地分散在各地。跟清制一样，朝廷命官仅到县一级，县以下的所有职位都由当地提名地方人士充任。因此对太平天国的社会改组如此重要的地方政府基层结构，便由一些往往充其量仅对政权纲领承担有限义务的人去填补。与此有关，第二个缺陷是太平军发现，很难把他们那些人为的、不可胜数的小部门强加于原有的地方组织身上，而且往往发现只不过给现存结构（例如传统的“乡”、现存的“保甲”或“里甲”一类居民单位）换个新名称而已。这意味着在太平军占领区，这些单位的头头有时就是在旧政权下把持村社事务的那些人，因此很难出现一种或者有利于巩固地方控制、或者有利于真正改造地方社会的形势。
太平天国在征服地区实施的土地政策，总的表明了对农村的控制是脆弱无力的。应当认为，这是急需财政收入，缺乏可靠骨干从而必须使农村社会关系基本不受扰乱的结果。实行激进的土地政策是需要时间和安全保证的，这两者太平天国从来都不具备，所以一旦实行，就不可避免地要造成生产和岁入的暂时下降。我们已经谈过，《天朝田亩制度》干脆删除了定期重分土地的规定，这样就暗示了已经重新分配的土地可以成为耕作者的财产。实际上，太平天国的土地纲领既不是国家所有制的纲领，也不是耕者有其田的纲领。虽然中国的历史学家对这一点仍有很多争论，但大量的证据表明，在太平天国占领的大部分地区，地主和佃户的关系始终存在。尽管与地主和解的趋势在运动后来年代中才似乎更为明显，但是有迹象表明它在此以前也是存在的。如果说在某些地区太平天国曾试图把所有权授予佃户，那么，主要的考虑似乎也是出于在地主逃走之后向原佃户征税的需要。太平天国的赋税手续很快发展起来，不再实行通常作为他们侵入一个地区的标志的那一套没收和勒索的粗暴做法，除了税额稍轻以外，田赋制度经过系统化，与清制区别不大。
一般说来，在太平天国控制的那些未受战争严重破坏的地区，农民的状况是有所改善的。叛军的存在似乎坚定了佃户抵制苛租的决心，有时地主也只好满足于部分的收入。1860年以后在长江下游的某些地区，向佃农征课各种直接税与一项官方的减租纲领同时并行。这便是另一种与地主分享农村剩余产品的形式。太平天国占领区的经济，无论是商业或是农业部门，租税负担一般都比旧政权时要轻。太平天国的商业税不象无处不施行的厘金税那样泛滥成灾，而且显然条文比较合理，施行中的弊端也少一些。
1856年发生的震撼太平天国的那场灾难，既不是它在地方行政管理方面的某些缺陷造成的，也不是由于它的敌对力量所致，而要归咎于他们自己中央领导方面的动荡不定。如前所述，这种动荡性在运动最初年代中就已经孕育于太平军的制度之中。政权要继续存在下去，就需要有一种在共同事业中形成的兄弟情谊，以煞住诸王之间的不和。但是兄弟情谊不久都被东王杨秀清的无情野心所毁。1853年在定都天京时，他那已经巨大的权势由于冯云山和萧朝贵都在战斗中死去而更形膨胀。杨秀清在行政地位上的加强是在损害北王韦昌辉、翼王石达开和秦日纲（1854年封王）以至洪秀全本人的利益的情况下取得的，洪秀全本人也往往跟其他人一道蒙受杨秀清的羞辱和威吓。洪秀全智虑逐渐衰退的状况最终使他事实上不能再积极参与行政决策。杨秀清马上以新的精神权威自认，宣称他是圣灵的化身，地位甚至在上帝次子之上。许多历史家都鄙弃杨秀清为毫无信仰可言的阴谋家，认定他个人的宗教主张（反之，洪秀全则有至诚的信念）只是一些诡计而已。杨秀清是不是邪恶的阴谋家暂且不论，有一点是很清楚的，如果没有杨秀清的卓越行政才干和集权本能，太平军运动决不会取得那么大的成就。
杨秀清的垮台看来是他试图取代洪秀全本人以篡夺最高权力的行动促成的。1856年8月，当杨秀清逼洪秀全封他为“万岁”（这是迄今为止仅为洪本人保留的一项帝王特权）时，洪意识到自己处境的危险。天王于是把韦昌辉和石达开秘密召回天京，降诏要杀死杨秀清；这个行动也许是书昌辉、石达开和秦日纲蓄谋已久的。韦昌辉当时正在江西作战，距离最近，他率领几千精兵迅疾返回南京。韦昌辉出身于富有的地主家庭，对自己长期蒙受象杨秀清这样一个出身贫穷的劳工的迫害可能倍加恼恨。9月1日夜间他迅猛出击，把杨秀清杀死，并下令屠杀杨的随从人员，据说约屠杀了二万人。屠杀在南京蔓延了将近两周，其规模显然远远超出了洪秀全的预料。当石达开在约十天以后到达南京时也为之震惊，力劝韦昌辉住手。韦昌辉这时已经杀红了眼，竟怀疑石达开同情东王集团。石达开十分谨慎地逃离天京，重返他的前线部队，韦昌辉因此也杀害了他的全家。石达开带领了一支庞大的军队向南京进发，想来报仇。这时洪秀全也感到韦昌辉的权势咄咄逼人，象杨秀清以前那样又成了一个潜在的威胁。洪获悉石达开受到太平军全军的普遍支持，便于11月中旬调集了他的军队把韦昌辉及其同伙二百多人杀掉。在这个屠场上，贪欲和偏执狂使太平军运动原来理想的任何残迹都已澌灭无余。
还有一个令人痛心的损失，那就是失去了一度集于中央的权威。幸存下来的领袖没有人能行使位极人臣的东王有过的权力。石达开被洪秀全召回南京主管行政，他发现自己处处受到一个由洪氏兄弟和佞臣蒙得恩结成的宫廷集团的掣肘。六个月后石达开出走，领着自己的队伍开赴西南长期单独作战，没有再加入太平军运动了。清朝的保皇派马上对太平天国的分崩离析加以利用。1856年12月，胡林翼的军队把太平军逐出武昌。1857年下半年曾国藩夺走了太平天国在江西征服的大部分土地。这样便使太平军在长江上的要冲安庆受到威胁。自1856年下半年至1858年年中，太平天国在军事上的颓势终以战略要地九江的易手和清军重建其对南京的包围圈而达于顶点。
尽管太平军的中央已陷入混乱，但这运动在普通士兵中仍保有旺盛的活力。1858年下半年太平天国在军事上主要靠陈玉成和李秀成（此二人出身于广西最贫苦的农民阶层，又都从叛军的各军阶上缓缓晋升上来）的努力而取得了转机。作为最高统帅，这两位才华卓越的军事家于1857年逐渐恢复了攻势，并成功地使江北的清军处于一片混乱之中。1858年9月他们在淮北三河镇重创湘军，11月又在南京对岸的浦口击溃了清朝的正规军。由于这两次打击，太平天国解除了安庆的压力，并重开了天京往北的交通。
太平天国复原的第二个因素在于天王的堂弟洪仁玕（1822—1864年）的个人集权得到了有限的和暂时的恢复。洪仁玕是受洪秀全影响的第一批改宗者之一（他跟洪秀全一样，也是因科场 失意而成为村学塾师），自1852年以来他一直未曾介入运动。在香港期间跟他相过从的，最初有新教传教士瑞典人韩山文，后来有包括苏格兰汉学家理雅各在内的伦敦会的一些成员。他除神学以外，还探讨了西方的科学和政治经济学，这些研究不仅使他成为太平军人物中受教育最广泛的人，也使他成了中国最早介绍西方文化的人士之一。1859年4月当他最后安全抵达南京时，受到了天王热情的欢迎，并被擢升为最高行政长官，受封为“干王”。
洪仁玕在1859年发表的《资政新篇》中概括地提出了强化中央集权、采用西方技术以使中国经济和交通现代化以及发展与西方列强友好关系的政策。洪仁玕所提出的开设现代银行、颁发专利权、建造铁路和轮船以及发展采矿业等项建议表明，他对西方力量所在的若干因素抱着全心全意的、虽然认识很不全面的赞赏态度。这些建议是太平天国经济理论的一个重大转变。洪仁玕在另一部著作里提出要在太平天国考试制度方面实行一些重大改革，目的在于倡导一种更注重实用的文风并促使文武结合。新型的太平军的杰出之士应当是，文“可兼武，韬略载在诗书”，武“可兼文，干戈化为礼让”。此外，洪仁玕孜孜不倦地争取中国正统的优秀之士来效忠，根据传统的种族理由重新向他们发出呼吁。
到1860年中期，太平天国在江北的军事胜利虽然解除了清朝对它的一些战略要地的压力，但它并没有建立起可靠的经济基础。更重要的是它未能占领湘军在长江中游的防区。在安徽新增加的兵力大部分是政治上不甚可靠的捻军（他们不久又投靠了清朝），这也使太平天国不能长期依靠此地，把它当成作战基地。不过江南大营于1860年5月的再次被摧毁，大大振作了太平军的士气，于是洪仁玕便策划了一次规模很大的战役以征服长江三角洲地区。有了长江三角洲作为经济基地，就可以再度攻占远至武昌和汉口的长江中游地区。洪仁玕认为，据有长江下游城镇的另外一些好处是，太平军将有机会使用西方的轮船，派它们到上游去打仗。
在东面发动的这次新战役很快就初战告捷。守卫句容、丹阳和常州的清朝正规军一片混乱，仓皇溃退。6月2日，李秀成的军队进入苏州，这里是江苏东部的经济和政治中心，又是通向沿海城镇的门户。整个这一地区的太平军将领们为了长期占领，他们励精图治，竭力稳定地方经济和控制农村。他们奉行的政策是尽量不打乱地方社会组织，以期确保各种资源能够源源不绝地流入太平天国的国库。这时的急务只是想把清军赶出沿海城镇。除了想张罗轮船以便溯江而上去作战的计划以外，没有证据表明，洪仁玕和其他太平天国首领都已认识到上海作为外贸收入的来源所具有的长期价值。但必须把上海视为在长江三角洲进行较大规模战役的一部分，于是洪仁玕着手铺平与外国列强交往的道路。可是，洪仁玕为争取外国支持或中立所作的种种努力是建筑在天真的乐观主义上面的，以为西方会把太平军看作是进步的基督教同道而报以同情；这些努力都以失败告终。因为西方列强根本无意同叛乱者合作，它们更感兴趣的毋宁是看到清帝国的力量在长江下游各省份复兴起来。
十九世纪六十年代初在保皇派将领系统中发生了一些对清朝的胜利具有决定意义的重大事件。“江南大营”的再次瓦解（1860年5月）不仅使清朝的最高将领张国梁与和春身死，两江总督何桂清被废黜，而且使南京以东的清朝正规军遭到覆灭。在此以后帝国的方针发生了重大改变，曾国藩被授予整个战役的领导权，因为舍此而外已别无其他选择。于是曾国藩于1860年6月8日被任命为代理两江总督和钦差大臣，拥有指挥长江下游地区军事的最高权限。曾国藩在他首次担任的这个封疆大吏职位上，终于能够使他的军队与更充裕的经费，以及与一员高级总督所拥有的巨大权威结合了起来。
对清政府来说，把个人军权与地方省份的正规权力这样结合起来，乃是惊人之举。在这方面五十年代已有过一些先例，即曾国藩的几名部属已经担任了巡抚或代理巡抚，例如安徽的江忠源和后来的李孟群；广西的刘长佑；湖北的胡林翼。但是曾国藩新任的这个地位显赫的两江总督则明显地集中了军政大权于一身，权势更大。这是内战的一个转折点，就许多方面说也是中国近代史上的一个转折点。正是满族君主政体与汉族上层分子中的领袖人物溶为一体的这个强大的保守联盟，才使王朝得以苟延到二十世纪，并对整个共和时期中国政治生活的机制发生了深远的影响。
除了使湘军的财政基础和政治基础得到巩固以外，曾国藩在1860年的擢升最后还为保皇派提供了健全的战略领导。曾国藩持有与太平天国相同的看法，也认为天京安危系于从南京至汉口之间的江面，而控制这段长江的关键则是安庆（自1853年以来一直在太平军控制之下，它是皖北具有战略意义的沿江口岸）。在曾国藩的坚持下，1859年后期朝廷已经认识到收复安庆的重要性，于是曾国藩马上按部就班地进行收复该地的行动，他把这一战斗托付给他的兄弟曾国荃去指挥。1861年9月5日经过激烈战斗后安庆被攻陷，平民大批遭到杀戮。这样便为打败叛军奠定了战略基础。
曾国藩按湘军型式创建了由他先前的幕僚率领的新军，是这个时期发生的具有同等重要意义的事件。构成他本人力量的因素就是这样传到下一代绅士军事家之手的。曾首先看中了他的门生李鸿章（1823—1901年）。李鸿章是一个有能力的进士，抱负很大，颇具才干，其父与曾国藩有同学之谊。李出身于安徽合肥的一个官宦之家，从1853到1857年之间他带领一支勇军守卫乡里，从而开始了自己的军事生涯。安徽上层人士整军经武的行动开始原是针对豫皖边界的捻军叛乱的，太平军的猛攻则加快了这一行动。李鸿章的作用似乎可与湖南的王鑫和罗泽南相比拟：他根据团练名册征募人员并将他们编入正式作战部队。李不久辞去直接的军队指挥职务，转到福济（任安徽巡抚，是江忠源的后继者）手下任幕僚。在安徽过了六年，后来李鸿章决定与其兄李瀚章一起去投靠老师曾国藩。1859年1月，他到达曾国藩设在江西的行辕。
曾国藩认为李鸿章担任幕职是大材小用，于是设法委以实职，使之独立指挥军队。曾国藩和胡林翼久已留意安徽淮阳一带是军旅的来源，曾国藩多次想安排李鸿章编练一支该地区的军队。1861年时机终于来到，当时有一名上海流亡绅士代表从上海围城中来到曾国藩设在新近收复的安庆大营请求援助。李鸿章便马上开始召募军队。他的新军从团练中征召，又得到一些勇军的补充，后者已经组成并由于有了能征善战的湖南人组成的八个营而使战斗力得到了加强。1862年4月，富裕的上海绅士把一个向外商租来的船队派到安庆。李的军队随即被运往下游去占领上海。
曾国藩之所以决心创建新军，部分是由于他认识到湘军业已过了它的极盛时期。它的实力已经由于大部分有才干的将领（罗泽南、江忠源、李续宾和1861年9月死亡的胡林翼）相继死去而遭到削弱；自三河镇之役受挫以来士气问题一直令人头痛；在湖南征募新兵又日渐困难：凡此种种都使湘军前途未卜，难以为继。除此以外，曾国藩还急于通过扩大军政权力结合这种新形式来利用他新近获得的政治权力。就在李鸿章于1861年后期着手募军之后不久，曾国藩决定荐举他为江苏巡抚，而在他抵达上海时被授予此职。在此以前，胡林翼的密友左宗棠受命节制南线，并奉令用湖南勇军收复浙江。左宗棠是一位干练的湖南学者，在曾国藩和其他官员手下任过行政官员。1862年1月左宗棠被任命为浙江巡抚。
促使曾国藩决定把他的权力扩展到上海地区的一个根本原因，是他担心外国军队在江苏内地建立军事基地，因为长时间来在上海逃难的社会名流一直在寻求它们的干预。曾国藩对外国的介入是否有用深表怀疑，他确信利用西方的办法并非雇用外国军队，而是创办中国的兵工厂来制造西式武器弹药。
西方在五十年代初期曾对太平天国抱有超然的、有时甚至抱有温和希望的看法，但到此时这些看法都已化为乌有。到1860年时，叛军主要被看做是对外国贸易的一种威胁。在中国市场上利益最大的英国，它的官方政策是坚持在内战中严守中立，仅仅要求各通商口岸不受骚扰。但是英国领事和武官的一些文书函件则表现了对太平天国日益增加的敌对看法，它们强调“暴乱的破坏性质以及……它所据以存在的那些亵渎神灵和伤风败俗的特征”。英国担心的并不是太平军会对外国贸易甚至外国的条约权利采取敌视态度，它是担心他们不能建立一个有效率的政府，那就会使农村和商业陷入混乱。虽然英国各级行政官员都曾设想过干涉叛军，但它的官方政策始终限于保护英国在贸易港口的利益，实际上仅限于决心保卫上海。法国得出了相同的结论（1855年法国的干涉曾帮助清军从小刀会手中夺回上海）。因此李秀成于1860年8月19日和20日向上海的推进（这次尝试只有三千人参加）被英、法军队所击退。令人好笑的是，这次干涉恰恰发生在英、法另一支军队正在北方猛攻大沽炮台的时候（见第五章）。
在1860年清政府与列强签订条约之后，英国决定暂不介入中国的内部冲突。太平天国被看作长江中游地区事实上存在的政权。1861年2月海军少将何伯领导了一次对南京的考察，谋求达成一项稳定的谅解，使英国得以安全进行贸易，英国则以保证中立作回报。李秀成在南京接见了英国人（洪仁玕此时已被解除了外事职务），甚至答应当年内不对上海发动进攻。太平军将不进入上海周围三十英里之内。英国继续在内战中依法严守中立。但是到了1861年夏，驻北京公使卜鲁斯则明显地倒向了清朝。西方侨民社会对“渎神”的太平军基督教抱有日益增长的反感，而太平天国反对鸦片贸易的无情事实，也必然影响了英国的态度。1861年6月卜鲁斯采纳了赫德提出的建议，即由李泰国出面代表清政府购置一支海军舰队。10月份，即在曾国藩收复安庆后一个多月，卜鲁斯应允了恭亲王的请求：即长江上的外国船只不得在通商口岸附近以外任何地点停泊，以使太平军难于得到外国船只提供的武器和物资。不过，卜鲁斯无意让英国干涉中国内战，伦敦则更无此意图。在12月，只有法国一艘和英国两艘炮舰停泊在宁波港。驻扎在上海的外国军队，英国仅七百人，法国仅五百人。
可是到1861年末，双方都解除了各自的约束。太平军迫于西线危急的军事形势，不得不巩固它在沿海的地位，遂于1861年12月9日占领了宁波，29日占领了杭州。1862年1月李秀成对上海地区发起总进攻，占据了通往该城的河道。
与此同时，英国人开始从一个可以复兴的和更为牢固的清政权的角度来考虑它未来的利益。1861年11月清廷发生的政变使英国萌生了希望，因为已故咸丰帝的弟弟恭亲王在这次政变中成了清帝国的决策者（见第八章）。恭亲王准备与新条约相依为命，英国公使卜鲁斯则准备提供一切机会让他照此办理。此后，英国对太平军进行的干涉应当被视为卜鲁斯为稳定中英关系而作的全面努力的一部分。没有证据表明，英国害怕太平军会成为一个潜在的更强大更排外的政府。恰恰相反，倒是太平军那些不出所料的弱点和无纪律才促使英国反对他们，转而支持清政府。
外国参与反太平军战斗的方式有下述几种：英、法军队直接进行干涉；为清军提供现代化的武器和训练；为非正规雇佣军分队提供外籍军官。无疑地，其中以外国军队的直接作用最不重要。雇佣军分队（其中以“常胜军”为最突出）在江苏对清朝有相当重要的意义。但历史意义最大的莫过于提供现代化的武器装备；因为武器装备与随之产生的军火制造业，其进步的技术可用来促进中国军队和军事工业的现代化。
长江下游地区的官绅长久以来一直在谋求西方对叛乱者的干涉。上海道台吴煦（他的功名是捐来的）早在1853年便看出外国支持的潜在价值，此后他一直汲汲于谋求得到这种支持。1860年兼任江苏布政使时，吴煦不仅本人热衷于与买办商人合股进行私人商业投资，而且还擅长通过商业行会征收厘金。巡抚薛焕手下有约四万名绿营军和乡勇，但成分复杂，未经训练，纪律很差。早在1860年5月，吴煦便着手征集一支规模不大的“夷勇”。在那个广有资财的同胞和商业合伙人杨芳（此人是浙江银行家，曾当过怡和洋行的买办）的建议下，吴煦得到了华尔（1831—1862年）的效劳；华尔曾在中国轮船上任过职，在马萨诸塞州的塞勒姆度过童年后一直在海上和陆上从事冒险生涯。华尔胆大勇敢，性情急躁，但又胸无城府，一任杨芳摆布（他最后跟杨芳的女儿结了婚）。他和几名高加索同伙领着二百名菲律宾士兵于1860年7月攻陷了位于上海西北（应为西南——译者）的一个重要小镇松江，但不出一个月它又沦于叛军之手。1861年他和其他官佐们（主要是美国人）在他们业已着手训练的“马尼拉兵”外又开始了对几百名中国士兵的训练。在吴煦和杨芳的大量资助下，华尔按照“英国方式”操练他的士兵并用精良的连发快枪装备他们。他们的兵力到1862年已增加到三千人。由于参加了上海附近的战斗，它被官方封为“常胜军”，以象征吉祥。正因为这支混合部队有上述来历——基本上是外国人领导的中国雇佣军团，所以它在以后两年的江苏战役中赢得了普遍的赞誉。
不过在吴煦和江苏巡抚薛焕的心目中，常胜军仅仅是为谋求洋人直接援助所作的努力的第一个步骤。薛、吴二人小心翼翼地听从了那些在上海避难的绅士和著名的在野官员们的意见，这些人现在领头请求皇上“借”洋人军队助剿。请愿书甚至提出引外国军队去攻打苏州和南京。绅士领袖们声称，巴夏礼在1862年1月初就曾表示，倘蒙皇上和卜鲁斯批准，英国军队将不仅帮助防守上海，而且愿意长驱直入，帮助收复宁波、苏州，甚至南京。薛焕起初故作不应，保持观望，只是等到有相当多的卸任高级官员签名于请愿书上后才上奏清帝，赞助“借兵助剿”的请求。关于进攻苏州和南京的建议也包括在内。同时经薛焕批准，吴云（苏州前任知府）和应宝时（吴煦的副手）于1月13日建立了一个“中外会防局”，为期待已久的联合作战筹集经费。2月初发布的两道诏令准许薛焕的建议只适用于上海：“上海为通商要地，自宜中外同为保卫”。至于把外国援助扩大到苏州和南京的想法，则被提交曾国藩征求他的意见。
1862年1月13日当太平军被发现沿吴淞江堤岸行军时，英法军队仅从船上朝他们开炮而已。但是到了2月21日，海军中将何伯便亲自带领远征队向上海东北十英里太平军所占据的高桥发动了攻击。何伯的炮兵得到了三百五十名英军和六十名法军的支援，还有六百名华尔的士兵充作散兵和突击队。接着在整个4月里，对上海附近的几个市镇采取了类似的行动；但它们并不总是成功的，因为有些到手的市镇防卫不当，很快便又被太平军夺了回去。只是在2月22日何伯才致函卜鲁斯要求批准肃清上海周围三十英里以内的叛乱者。直到4月12日才得到卜鲁斯的批准，约在同时，士迪佛立将军带了约一千八百名英军从天津抵达这里。2月25日北京向华尔的中西联合勇军表示祝贺，同时上谕批准了薛焕的建议：授予华尔以四等军衔和花翎顶戴。5月1日至18日，英国、法国和华尔的联军乘坐英国炮舰往返于广阔的内河水网，攻陷了三十英里内的主要市镇。对每个攻克的市镇的大掳掠所得，都是按事先商定的协议进行“公平分配”。防务主要由华尔的士兵担负，颇能胜任，只有两个地方由英法军队自己担任过。
上海得以免除太平军的威胁，应当归因于欧洲人在1862年5月下旬主动干涉的结果。然而自此以后，承担主要防卫任务的是新开到的李鸿章军队。李鸿章和他的六千五百名士兵是在4月份从安庆分乘上海绅士向一家英国商号租来的七艘轮船顺江而下，抵达这里的。李鸿章将他的行辕设在上海的县城，他从一开始就决定，他的军队将不作为英、法的附庸来打仗，而要谋求自强，不与洋人相混。
太平军此时动员了约五万军队向上海发起大规模进攻。英、法军队鉴于自己人数很少，便撤走了位于三十英里圈内的嘉定的驻防士兵。华尔防守的松江也危在旦夕。士迪佛立将军紧急要求伦敦从印度派遣大量援军，这个想法一旦实现，很可能使欧洲人在战争中的作用大增。但这样的增援被认为是多余的，因为事实几乎立即证明李鸿章和他的军队能够应付局势。当忠王的大军于6月初从西面进攻上海时，淮军在以6月17日虹桥之役达到最高潮的一系列战斗中击败了他们。忠王看出上海不能很快被攻下，决定折回苏州基地，并在那里着手策划一次解救南京（它此时正受到曾国荃军队的威胁）的远征。在别的将领指挥下几支太平军大军继续进逼上海，但它们也被受到华尔的分队援助的淮军所击败。李鸿章的军队于1862年8月底收复了除嘉定以外的上海周围三十英里以内的所有市镇（嘉定于10月由中西联军收复，这是英法军队在太平天国战争中的最后一次攻势）。
李鸿章确信只有通过独立的活动，才能使淮军获得建立真正的区域性军事霸权所必需的实力和经验。他同样也怀疑西方在军事训练方面的作用。1862年7月，当中央政府制定出由西方军官训练中国军队的试行方案时，李鸿章要求总理衙门不要赞助这种权宜之计，因为他担心“欧洲人会逐渐蚕食对清军的控制权”。关于中国地方政府和中央政府的官员抵制外国直接介入中国内战，以倒霉的“李泰国-阿思本舰队”事件表现得最为清楚，我们将在第九章予以论及，兹不赘。
保皇派于1861年9月攻陷安庆，这非常鲜明地标志着太平天国西线作战中（它曾经是洪仁玕在1860年制定的宏伟战略的一部分）的失败。对太平天国的地位来说，西线战役在某些方面比东进更为重要，它的失败部分是由于叛军将领之间缺乏配合所致。李秀成（他曾因指挥才干于1859年受封为“忠王”）这时更多地关注他自己在长江下游的权势基地，而不是战略全局。这次指挥上的不统一，仅仅是太平军在杨秀清死后企图重建中央统一领导而遭到失败的一个方面。洪仁玕一直不稳固的地位，也由于天王当时已不问政事甚或神智失常而更有所削弱。在战地将领的妒忌和朝臣的诬陷下，他于1861年初被剥夺了总理朝政的职权。嫉妒和野心也使太平军的权贵变了质，因为为了满足军事将领的欲求，册封了许许多多“王”，而其中某些人不过是很勉强地投身于这场运动的。虽然个别叛军队伍仍保持着令人可畏的兵力，但安庆的失守和中央控制的瓦解业已铸成太平天国覆灭的局面。
太平天国的覆灭最后是由曾国荃对南京的围攻，以及李鸿章对沿海地区和左宗棠对浙江省进行的清剿来完成的。李鸿章从东面横贯江苏发动的强攻有着特殊的历史意义，它反映了这位精明而善于应变的首领力求控制上海及其邻近地区的商业财富，因为这是财富和权力的新的源泉。作为中外贸易的新中心，上海因人口急剧增长，并有资财雄厚的流亡绅士阶层以及与内地商业的多方面联系，所以成了一个无与伦匹的军事基地。李鸿章刚就任江苏巡抚，便立即着手控制关税收入和江苏厘金。这两项贸易税，尤其是江苏厘金，确实是他以后几年军事行动的财政支柱。李鸿章经过无情的官场斗争后赢得了对这些财源的控制权，到了1862年下半年，他不仅能够维持他自己迅速扩大的淮军，而且 能够为曾国藩那支因欠饷而日渐不满的军队提供大量的经费。
当1863年李鸿章的军队节节击破坚守在江苏东部和浙江北部城镇中的太平军时，他的军队已经超过了五万人，这就为中国武装力量具有重大意义的第一次现代化创造了条件。李鸿章与他的作风守旧的老师曾国藩颇不相同：曾国藩不让他的湘军采用外国装备，而李鸿章则敏锐地认识到他控制上海时在技术上得到的意外收获。他不仅从西方购买了大量来复枪轻武器和西式野战炮，而且雇用英、法两国军官来训练他的军队使用这些武器。到1864年春，李鸿章的军队已装备了约一万五千支步枪。为了供应这支军队所需的弹药，还要进行另一项改革：李鸿章从1863年起在上海、苏州，最后还在南京迅速建起了生产现代军火的兵工厂。为镇压国内叛乱而在军事现代化方面所进行的这种种早期的冒有风险的事业，展示了清朝统治最后几十年的态势。把现代化装备用于正统的军队，这意味着在未来五十年内能够相当成功地维持国内的秩序，尽管在这个时期中国尚不能建立一支抗御外国侵略的武装力量。
常胜军自1860年建立以来，虽然有过连续几次领导危机，却安然无恙地维持了下来。它的第一任统领华尔与支持他的中国商人及清朝当局的关系搞得不错。为了显示和加强他作为中国军事制度的助手的作用，华尔被授予了中国绿营军的管带官阶。1862年9月华尔受伤致死。他的继任人是另一个美国人白齐文，此人桀骜难驯，很少顺从中国方面的意图。他被解职以后，常胜军改由英国皇家工兵少校戈登（英国驻上海指挥官士迪佛立将军的密友和亲戚）指挥。他收到了伦敦发来的要他接受中国人指挥的明确指令。上海的英国当局起初不同意扩大分遣队的作战范围，后来才作了妥协，这样分遣队的作战范围就从最初防卫上海地区扩大到协同李鸿章的军队到西线攻打太平军的据点。在这些战役中，戈登的炸炮和突击队证明确是清军手中的得力武器。在整个1863年中，常胜军都在战场上为攻取叛军在江苏东部和浙江北部据守的城镇而冲锋陷阵。在常熟、太仓和昆山取得的重大胜利使清军空前地逼近了该地区的行政和经济中心苏州。1863年12月5日苏州的陷落（部分得力于守城者有人变节）确是叛军遭到的一次重大挫折。戈登作战有两个特点特别值得一提：由于应用了英国按优惠条款提供的现代火炮，在根本上改变了迄今为止内战所特有的古老攻坚方式。许多曾经庇护过太平天国文职政府并成为军事防卫的支撑点的城市，它们的墙垣不再能安全无虞了。其次，李鸿章在江苏东部战场上的胜利，牵制了太平军防御天京的力量（当时它正处在曾国荃的围攻下），从而加速了太平军运动的最后失败。
太平军在都城被围和他们长江下游的经济基地业已丧失的情况下，仍狂热地进行了最后的殊死战。1864年7月19日曾国荃破城而入，大肆屠杀南京居民，并纵火焚烧了这座城市。据说约有十万人在最后的这场浩劫中丧生。洪秀全在南京陷落前就病殁了。其余的领导人被穷追不舍，直到捕获处死为止。逃出来的少数小股部队被赶到广东，第二年也在那里被消灭了。唯一幸存的力量是遵王赖文光的军队：他这时招募了许多被清朝残酷的“剿捻”战争弄得无家可归的安徽难民，并按太平军方式对他们加以组织和进行教育，誓死要继续进行斗争。赖文光和捻军的结盟使太平军的这支残部一直延续到1868年。不过作为一个政体和宗教团体，这个运动在1864年就被有效地扑灭了。应当认为，胜利者一心一意搞横暴行为，它不仅毁灭了太平军的军政机构，而且使太平军的传统本身也实际上在剑与火中烟消云散了。
当考察太平军失败的原因时，我们立刻会遇到的困难是，不能完全用纯军事方面的理由来解释。叛乱在最后三年出现火力方面的差距，但仅归因于这个因素，还不是令人满意。太平军不乏新式武器。众所周知，李秀成到1862年已经通过西方商人和投 机家弄到了几千支步枪。然而太平军在战略上的败局却早在1861年随着西征最后失败就已命定地形成，这时甚至李鸿章的淮军尚未建成。同样，也不能把外国军事力量的介入看成是决定性的因素。其中领导集团的分裂比这些原因都重要：洪秀全在政治上的无能意味着，一元化的集权只能通过他的亲信之间的竞争才会出现。不过即使根据太平天国内部虚弱这一说法仍不能充分解释，何以清王朝的保守派人士在如此可怕的挑战面前而仍能重新控制国内局势。答案只有通过我们重新估价太平军运动的内部特点以及它与其社会环境之间的关系才能找到。为此目的，我们将太平军与捻军这支大约同时在北方和中部各省活动的叛乱队伍作一番比较，可能不无益处。