在1820年，主张经世致用的学者龚自珍发表了两篇文章，一篇主张将新疆改设行省，另一篇则要求结束广州的贸易。新疆和广东是清朝臣民经常和外国人进行贸易的地方，这两个地区的相似之处在二十年后变得更显而易见了，因为那时政府把六城地区的教训应用到了它与英国在中国沿海的争端上。
1817年，浩罕汗反复提出在喀什噶尔享受贸易特权的要求，并以要放出和卓们相威胁。清朝的答复是停止对他的茶、钱赏赐，并撤销他派遣使节到北京的有利可图的特权。浩罕于是派遣两名使节提出一个折衷方案：浩罕派遣两名没有司法权限的代表驻在喀什噶尔，简称为“阿克沙哈勒”（直译为“灰白胡子”，即长者）。清朝再次拒绝，打发使节们回去，并对他们的货物足额征税；因此，浩罕汗就利用在浩罕的萨木萨克之子张格尔和巴布顶，放出了宣称要发起一场圣战的张格尔。张格尔召集了一支主要由柯勒克孜人组成的数百人的军队，打回他祖先的“六城”地区。
清朝的军队很快击溃了入侵者，张格尔逃回浩罕时只剩下二、三十人，但是他的入寇表明阿法其·玛赫杜姆的事业仍然活在人们心里。当浩罕在1821年再次和喀什噶尔交涉，试图再次取得1809年的免税常规时，清政府恢复了汗国的贸易和进贡权利，但不许免税，并且仍然拒绝一名浩罕使节留驻在清领土内的要求。然而，就在这一年，浩罕的统治者死了，张格尔逃进了他的柯勒克孜盟友的领土上。于是，清朝和浩罕政府便失去了达成互利协定的机会。1824年，和卓开始以一支有数百名柯勒克孜人的队伍骚扰清朝边境。这时否认了对张格尔的一切责任的浩罕，在1825年又一次试图为他的商人取得免交关税的特权，但没有成功。但收获是可观的，因为根据一份俄国的报道，每天有一百到三百头骆驼从中国本部驮来货物。
如果不是一个清朝官员的愚蠢，张格尔的圣战也许已成泡影：这官员带着二百名骑兵在1825年攻打这个和卓时，没有捉到他，反而屠杀了一处未设防营地的柯勒克孜妇孺。当这位柯勒克孜首领发现这一暴行后，他召集了两千名骑兵把清军围困在一处峪谷中，最后把他们全都杀死。张格尔的同盟者已经击溃一支清军的消息迅速传遍塔里木盆地各城镇。和卓自己“看到中国人已经多么不得人心”，就通知浩罕汗、乌腊提尤别的统治者、昆都士的首领、各支哈萨克的头人以及柯勒克孜的首领们说，这是夺取六城地区的机会。张格尔逐渐召集起一支由喀什噶尔人、浩罕人、柯勒克孜人和哈萨克人组成的超过五百人的军队；军队中还有哈尔查斯人（山区塔吉克人），他们的黑色服装在西伯利亚引起了有欧洲人在和卓军队中战斗的流言。
1826年张格尔入侵，在进攻喀什噶尔之前先去牙忽都的阿法其陵墓祭扫，并在交战中损失了四百名士兵。当退入牙忽都时，侵略者被清帝国军队所包围，但是用火绳枪武装起来的张格尔军队突破了包围，人民随着这一胜利而纷纷起义，使和卓的队伍扩大到大约一万人。参赞大臣庆祥在此期间组织了相应的抗御，但是圣战的力量太强大了，清军不得不在喀什噶尔城堡中设置防御，在那里庆祥处死了阿奇木伯克玉努思以及许多被认为同情侵略者的城市居民。市场位于满城外边，这使张格尔能够抢劫有助于他取得成功的贵重货物，同时起事者发泄了他们对汉族商人的愤恨。
在此以前张格尔曾派遣一名使者去浩罕要求增援，将来以分享掳掠物为酬报（当时有“百回兵不如一安集延”之语）；但把张格尔的军队看作“兵痞”的浩罕政府，宁愿自己主动参加这场冲突。总之，浩罕汗穆罕默德（旧译“马哈木”）阿里亲自带领一支八千至一万人的骑兵到来，张格尔骑在马上和他相会，以表示和卓拒绝承认浩罕统治者是他的汗。根据一个史料记载，汗的军队“对在据点中的中国将军发动突然袭击”，并“歼灭了中国军队”。其他史料记载却指出，当汗到达时张格尔自己已经控制了局势；或者说，汗被告知，张格尔已安排了一个在宴会上杀死他的阴谋计划。汗无法使张格尔“信赖”；而和卓又妒忌阿里并且“怀疑他不可靠”，就撤军北去。汗对喀什噶尔城堡进行了几次不成功的攻击，试图用火药炸开城墙。但是守卫者用箭、滑镗枪、掷石器、大炮（？）和火油来回击。这场屠杀的规模是如此之大，以致“地脉中沸腾着一条血的河流”。经过十二天的战斗并失去他的一千士兵之后，阿里汗灰心丧气地撤走了。张格尔说服了一部分浩罕骑兵留下来参加他的队伍。
十个星期以后，清朝驻军耗尽了水和粮食；它的指挥者自杀，士兵们乘着夜色逃走，但被追上和遭到屠杀，只有四百名东干人或信伊斯兰教的清兵除外。张格尔进入了喀什噶尔城。英吉沙尔、叶尔羌与和阗的居民也叛乱了。玛赫杜姆家族的军队夷平了这些城市中的满城，并且派遣使节将俘虏送到布哈拉、昆都士、巴尔赫、基发等地，在哈萨克人中间示众，以炫耀胜利。
张格尔没有再从浩罕那里取得援助，而东突厥斯坦人却因和卓的事业而仍然深深地陷于分裂。黑山派出于反对他们的白山派敌手的目的依旧依附清朝。在某些地方白山派试图促使黑山派转变，但是在别处，特别是在和阗，他们用他们的转为优越的地位来算老帐。因而，亲清的阿克苏的阿奇木伯克伊萨克穆罕默德鄂对（亦即在十八世纪曾帮助清朝征服六城地区的库车鄂对的玄孙），就派遣密使到和阗去散播不和。伊萨克本人是哈迪里亚派的信徒，没有发现他与纳赫什班迪教团的黑山派有什么联系，但黑山派的伯克们响应伊萨克煽动，夺取了和阗的控制权并宣称他们效忠于清帝国。由于大雪阻碍了满洲人派兵来援，白山派的军队重新恢复了张格尔的权威，只有黑山派的和阗伯克中一个名叫阿明的人带着两千名属民逃到阿克苏。张格尔在此期间编造了喀什噶尔的财产清册，把没收来的巨额公私财产的大部分当薪饷付给了他军队中的浩罕人。他抢掠了伯克们的家，“向富商大量敲榨勒索”，并“对人民实行暴虐统治”。他纵人大肆屠杀，甚至使得白山派的支持者都感到了失望。
1827年初，总数为二万二千人的卷土重来的清军，从阿克苏出发攻打张格尔。荒凉的土地迫使他们差不多要携带人和牲畜所需的全部粮秣，才能勉强满足军队的巨大的给养需要。张格尔逃往山区，他的士兵带走了“巨大价值的资产”，这些都是清军快到来时他们从六城地区居民那里抢来的东西。最富有和最重要的白山派同情者同他们一起迁居到浩罕领土内。当清军八千人在帕米尔搜捕和卓未能得逞之后，政府转而对那些和侵略者合作的人进行报复，并在喀什噶尔安排了一支八千人的驻军，而把九千名军队撤回中国本土。一支穆斯林民兵也编成了。
清朝接着向所有邻近的统治者发出牒文，要求引渡张格尔。穆罕默德阿里厚着脸皮接连派了两个使者到喀什噶尔去，否认他曾援助过张格尔，并提出愿意派遣一支万人的军队去捕捉他，假如北京愿意付出费用的话。清政府被激怒了，一度想要切断六城地区的全部对外贸易。
当帝国军队前进时，清帝要求他的最高级官员考虑在西部六城地区废除伯克官制，用一种象青海和东部康区那样的土司制度来取代。伊犁将军长龄提出这样的建议：任命一个羁养在北京的玛赫杜姆家族成员做喀什噶尔统治者，用以赢得人民的同情，并保护六城地区不受张格尔和浩罕的侵犯。武隆阿则主张一并放弃喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌与和阗，而在它们的东面设置一道坚固的防线。由于这些建议被认为是失败主义的和不能接受的，清帝委派直隶总督那彦成去管理六城地区，并颁布赏格，对凡能俘获张格尔的人给予官爵和酬金。控制六城地区是很重要的。在发生麻烦的那一年，清当局曾发现一个名叫亚历山大·加德纳的英国人，他乔装打扮，穿着土著服装，从巴达赫尚通过叶尔羌进入拉达克。
1828年，伊萨克穆罕默德鄂对派了一名间谍到山中散布清军撤退的假消息，并收买了张格尔的柯勒克孜族岳父他依拉克，使和卓带着五百人回到了新疆。当和卓发觉到自己是受骗上当时他逃跑了，但这时害怕清朝报复的柯勒克孜人出卖了他，一个后来在鸦片战争中扮演重要角色的中国官员杨芳将他捕获。张格尔的一部分追随者逃掉了，其中有一大批刀朗人（即和卓的家奴——译者）逃到了浩罕。另一些人逃到了拉达克，拉萨的驻藏大臣派遣特使到列城去要求引渡他们，拉达克王即予照办。白山派认为伊萨克穆罕默德鄂对应对张格尔的被俘直接负责。作为奖赏，清朝指定他当喀什噶尔的阿奇木伯克。民间将他依拉克出卖张格尔的故事编成了一首流行的突厥语歌谣。
北京极力把捕获和卓看作一项光辉成就，同时却掩饰只有少数兵力的张格尔却能困扰帝国的军队逾七年之久的事实。讨伐张格尔之役曾经需要调动三万六千人的军队，花费了政府一千多万两银子。事实上许多人相信，张格尔“失败的真正原因”完全不是清朝的军事力量，而是在于东突厥斯坦白山派和黑山派的分裂。清朝的将军们向北京的清帝献俘，政府将张格尔寸磔处死。长龄传檄谕知柯勒克孜人和浩罕，要求引渡张格尔家族的全部成员。但是勒柯克孜人没有照办，浩罕则以伊斯兰法律为由公开拒绝引渡（张格尔家族是伊斯兰教祖的后裔）。
那彦成到达喀什噶尔以后提出大量行政改革措施，建议将犯叛乱罪的人（包括本地人和安集延人）的土地和财物加以没收。这些土地每年可收粮五万六千担，他主张以三万八千担作驻军饷项，其余一万八千担用来提高官员们的俸禄。
从国内观点看，这些主张不管有多大价值，却从未付诸实施，因为那彦成的对外事务的建议带来了灾难性的后果。简言之，那彦成的建议是要完全停止对浩罕的贸易，直到汗国交出阿法其·玛赫杜姆家族为止。所有在六城地区居住不满十年的浩罕人应予放逐，他们贮藏的大黄、茶叶和其他财物应予没收。在六城地区居住十年以上的全部浩罕人应使之归化；应与柯勒克孜人和解，以便使他们与玛赫杜姆家族及浩罕人疏远。“叛民”的妻子儿女应发配为奴和流放到乌鲁木齐和伊犁等地。
清政府不但想用这些措施平息山区来的骚乱，还想使浩罕统治者安分守己。北京已经注意到，浩罕君主在十八世纪之采用汗的称号是一种僭越，特别因为在突厥语和满洲语中，“汗”是清帝本人的称号。因此，北京拒绝承认浩罕统治者为“汗”，继续用早些时候的头衔“伯克”来称呼他。然而，浩罕的战略位置促使清帝在藩国谒见时称呼浩罕统治者为“吾儿”（在亚洲腹地的词语中仅次于皇帝），而不是用“吾臣”，而在浩罕的信件中，统治者继续称自己为汗。此外，在喀什噶尔的每次朝见中，穆罕默德阿里的使节并未能履行规定的礼仪，也许更为过分的是，在正式文书中他的名字是有泥金书写的。
清朝政府立即赞同实施那彦成的建议。那彦成回到了北京。他的继任人喀什噶尔参赞大臣札隆阿和叶尔羌办事大臣壁昌在1828年着手行动：没收安集延商人的大黄和茶叶，把他们从六城地区赶走。在准噶尔地区，官府也驱逐那些居住在伊犁的安集延商人。清朝重新建起各地的满城，与回城离得较远，但在英吉沙尔、叶尔羌及和阗，商业区仍旧留在城外。只有在喀什噶尔，清政府方将商业区安置在满城之中。
非浩罕人为了商业事务可以照常入境，政府允许布哈拉人经由巴达赫尚和喀尔提锦来喀什噶尔，但是，当局对外国人课以重税，以维护一种新的官铺制度的利益。旨在开辟财源以供养新疆驻军的官铺是仿效政府垄断对准噶尔地区的哈萨克人贸易的办法建立起来的，它享有和所有外国人——包括柯勒克孜人在内——优先进行贸易的权利。但是，清朝给予柯勒克孜人一份从安集延人那里没收的大黄和茶叶，用以保持他们的好感。一所官办茶局（创始于1826年）于1828年在古城开始顺利地向陕西私商运入准噶尔地区的各类茶叶征税。然而到1829年末，官铺在六城地区引起的不满和困难多于收入，因此当局废除了这些官铺。
其他为驻军而开辟财源的一些努力是采取了扩大和改良六城地区耕地的方式。张格尔的圣战中断了前此为东突厥斯坦日益增长的人口而开垦未经灌溉的土地（“死地”）的努力，1828年六城地区的严重粮荒使得大量建议涌向清帝面前。松筠主张在东突厥斯坦开展军屯。长龄建议把所有从叛逆者那里没收来的土地上的佃户转为国家农户，使之为驻军生产粮食。武隆阿和署理陕甘总督鄂山极力主张从中国内地招徕移民。虽则这一意见预示着将来的趋势，但却是同清朝将汉人和亚洲腹地居民加以分隔的长期实行的政策背道而驰的；因此，新疆当局不得不满足于灌溉计划、已增加的户口登记数和税收。但是，六城地区的人口因圣战而减少了，这些措施是不够的。
那彦成提出的停止和浩罕贸易的措施，从根本上打击了汗国的财富和力量。浩罕已经获得了对喀什噶尔的东西方商队贸易的控制权，并以损害塔什干和突厥斯坦的城市而扩大了这种控制，它又一直在寻求柯勒克孜和哈萨克同准噶尔地区的商业贸易，还想控制印-俄贸易的东方路线。
“披巾和其他印度商品”、狐皮和羊羔皮有东、西两种商路：一是经由西边的一条迂回路线，通过喀布尔和巴尔赫到布哈拉，然后运到浩罕；一是由夏季线和冬季线这两条东边路线通过拉达克到叶尔羌的市场，浩罕商人就在叶尔羌购买这些货物。清政府是否曾经允许商队享有通过帝国领土的特权，这还不清楚，但是政府完全了解汗国力图垄断新疆的对外贸易，所以为了防范这种企图，它正式拒绝批准浩罕商队经拉达克去印度。因此，浩罕商人只好在色勒库尔和叶尔羌购买印度货物，把它们经过浩罕运到俄国市场去出售。叶尔羌于是成了印俄贸易的一个中心。浩罕商人享受了能够将他们购买的货物经由自己的国土运到俄国的好处，但是汗国不能阻止非浩罕人在叶尔羌或色勒库尔购买印度货物，也不能阻拦这些货物运往伊犁或塔尔巴哈台再往前运到俄国领土去。
清朝的禁商政策甚至不许浩罕商品通过伊犁和塔尔巴哈台，因而在浩罕引起物价飞涨，随之而来的是两年经济困难。清政府对于浩罕高级官员的恳求书信无动于衷。但在此期间，浩罕把禁商看成是侵略六城地区和汗国加紧控制新疆贸易的一个机会。白山派在喀什噶尔的势力仍是如此强大，浩罕的贸易又是如此重要，因而浩罕实际上在六城地区处于支配的地位。只要有玛赫杜姆家族的侵略，人民中至少有些人必定会闹事。“浩罕如狼，东突厥斯坦人如羊”。况且，在被驱逐和没收财产的浩罕商人中间情绪激昂，特别是当柯勒克孜人带着他们被没收的大黄和茶叶出现在浩罕市场上时更是如此，而柯勒克孜人却夸耀说，这些东西是“大清皇帝”送给他们的礼物。
1830年秋天，浩罕汗带着一支主要由柯勒克孜人，也有一些安集延人、流浪的刀朗人和其他喀什噶尔亡命者组成的军队，侵入六城地区。然而，在跨过清朝边境以前，在乌什地方，决定让汗留在浩罕，张格尔的大哥穆罕默德玉素普被指定为名义上的统帅。真正的指挥官是浩罕汗国的高级官员哈克·库里明巴希，他是最高司令，第二把手是穆罕默德沙里夫阿塔利克。跨过边境后侵略者分兵三支，几乎同时包围和攻打喀什噶尔、英吉沙尔和叶尔羌三地。清朝驻喀什噶尔的戍军本已缩减，现在又被攻其无备。玉素普进入了自己的原籍城市，指定了他自己的地方长官（阿奇木）。喀什噶尔地区的黑山派人民大批逃往阿克苏（虽然他们中约一千人在喀什噶尔的满城中避难），甚至白山派中的许多人也不愿响应侵略者要他们拿起武器的号召。但是，这次侵略并非搞复辟，其性质马上变得很明显，因为玉素普本人没有行使什么领导权，而且一千多名浩罕商人跪在满城外面向清当局申述说：侵略是由清政府不公正地处理无罪的商人引起的；他们要求恢复贸易和发还被没收的财产。
在叶尔羌，壁昌在城内只带有清兵五、六百人，还有大约四千五百名本地民军，但是他有较多的时间做防御准备。他很快把商人和小商贩都搬入满城，把市场的摊子和建筑物烧个干净，什么也没有给侵略者留下。在和叶尔羌地区伯克们慎重计议之后，壁昌派遣他的军队出外封锁通向叶尔羌的主要战略据点。他配置一千名本地民军防守回城和满城；他从所辖地区各个据点集结军队，同时又派出四百名清军在叶尔羌东门外把守。逼近叶尔羌的侵略军大约有步、骑兵七千到一万人。清守军用大炮轰击他们，杀死了三百多人，侵略者终于撤走。在作第二次尝试时他们 再次被击退，这时他们已经听到清援兵正从阿克苏开来的消息。柯勒克孜人和安集延人都撤退了，只留下刀朗人，他们试图以玉素普的名义召集一支叶尔羌土著的军队。然而，叶尔羌主要是黑山派的地方，大多数居民宁可逃走也不愿参与白山派的事业。因此，刀朗人抢掠城镇和乡村，在纠集起一支千人的队伍之后，对叶尔羌进行了第三次和第四次攻击，但都被壁昌的军队击退。
与此同对，在喀什噶尔的札隆阿却无法迫使和卓停止围攻。在喀什噶尔和英吉沙尔，如同在叶尔羌一样，侵略者从未能攻克满城，但是他们控制着这个地区的全部乡村和城镇。
突然传来消息说浩罕和布哈拉之间出现了风波，还说浩罕国内需要军队。安集延人因此抛弃了玉素普而转回浩罕，带走了许多俘虏和战利品。浩罕人将他们俘虏的“中国人”勒逼为奴隶，浩罕汗还将其中一些人作为礼物送给彼得堡的俄国沙皇。甚至在白山派势力最大的喀什噶尔地区，浩罕的柯勒克孜人和安集延人所组成的军队贪婪成性，所以使得许多历来和白山派联合的人感到恐惧和痛苦，转而和清朝当局合作。白山派的事业在六城地区已经大失民心，玉素普及其追随者除了跟着撤退的安集延人翻越山岭逃回浩罕之外是别无长策了。在清朝援兵从阿克苏到达以前，大约有二万名东突厥斯坦人逃往安集延和塔什干。玉素普继续住在浩罕，直到1835年死去为止。
浩罕已经达到了它的目的。六城地区是偏僻的，难于保卫的，而且依赖国外贸易。独立的、靠近高大绵亘的山脉而又以它为屏障的浩罕，已在六城地区取得一种特殊地位，除非清朝让步，它要无休止地进行骚扰。在1830年的侵略中清帝国失去了它讨价还价的地位，同时阿法其·玛赫杜姆家族失去了六城地区人民的忠诚。只有浩罕得到了好处。
1831年，满洲人扬言要组织一次惩罚性的远征。据说这消息吓得浩罕沿着边境建造堡垒，还派使节去俄国请求军事援助，俄国人闻讯甚至拒绝浩罕使节入境。事实上，浩罕人建立了一些据点，但它这样做的目的是扩张主义的，是为了控制哈萨克人和柯勒克孜人并向他们征税。浩罕和俄罗斯帝国之间可能进行的任何商讨看来不会是由于害怕中国而激起的。浩罕已在六城地区暴露了清朝的虚弱，因此，熟悉新疆情况的兵部尚书松筠建议，取消对浩罕停止贸易的禁令，允许东突厥斯坦当地人象以前那样和安集延人通婚。他认为，只有当地人对他们的命运感到满足，六城地区才能够安宁。
当被任命为六城地区钦差大臣的长龄在1831年到达喀什噶尔时，署理阿奇木伯克作霍尔敦台吉领着“二万大小不等的”喀什噶尔人对他郊迎十里，感谢皇恩浩荡，誓不追随叛乱者。长龄然后从清朝驻军那里获悉，浩罕接连派来三名使者说，“五年”的中断贸易引起了困难，他们抱怨清政府的没收和驱逐出境政策，并要求恢复贸易。长龄将此事向清帝报告，也许北京这才第一次充分感到那彦成的政策惹起了战争。
长龄留下浩罕使节一人，派遣作霍尔敦台吉和其他二人回浩罕。作霍尔敦原是喀什噶尔征税人，土鲁番首任扎萨克额敏和卓的后裔。当张格尔发动圣战时他离开六城地区曾前往浩罕、彼得罗巴甫洛夫斯克和喀山旅行，经由塞米巴拉金斯克回到新疆。在固勒扎他曾晋见伊犁将军，声称曾被拐骗为俘虏，清朝于是指定他为喀什噶尔的土著帮办大臣，然后任命他为阿奇木伯克。作霍尔敦的旅行使他通晓中亚的贸易活动。在和浩罕的谈判上，长龄不可能派出比他更合适的人选了。
长龄在开始时曾直接坚持要浩罕交出1830年侵略的魁首，将全部战俘放回本国，但是北京对于艰苦的谈判没有思想准备。甚至不等到汗国回答，皇帝已允许重开新疆与浩罕的贸易，豁免关税，并且指示长龄放弃引渡要求和不再强要二万东突厥斯坦流亡者回来，“以示大方”。在1831年底，两国之间的贸易恢复了。
确切地说，作霍尔敦在浩罕的谈判看来未曾公开发表过。浩罕和六城地区当局交换了几次书信，在1832年达成协议，清朝允许“旨在经商”的浩罕臣民“自由来往”于六城地区，并且允许“托钵僧”入境，但是与以前一样，没有北京明确的批准，不允许任何人进入中国本部，甚至对使节也是如此。政府用银子赔偿了浩罕商人被没收的财产，对浩罕商人豁免关税。作为报答，浩罕愿意将清朝的战俘遣送回国，但不包括流亡者，同时汗国将阻止玛赫杜姆家族入侵清朝的领土。长龄报告说，浩罕的统治者自愿抱经盟誓，“永远翊戴”。清朝当局作为戒备，还派了一名使者去向布哈拉艾米尔“请求帮助”，使之在浩罕汗国“侵犯时能帮忙维持中国西部边境的和平”。但是布哈拉艾米尔“婉言谢绝了要进行任何干预”。
根据长龄的建议，清朝在1832年对所有各国在喀什噶尔和叶尔羌贸易的商人一律豁免关税，甚至包括柯勒克孜人在内。这是为了避免造成这样的印象：曾经威吓满洲人的浩罕商人，现在是这个地方的主人；也为了禁止浩罕人利用一种关税特权去垄断贸易。
浩罕派来一名商人头目，他将八十余名喀什噶尔战俘释放回国，并带来一百余名安集延商人。新疆当局不许地方官员干涉浩罕与喀什噶尔的商业事务，并且命令喀什噶尔商人对“夷商头目”公平定价。1832年末，清朝用银两赔偿浩罕商人全部被没收的茶叶，并且叶尔羌的参赞大臣花了一万余两银子解决了浩罕人的土地要求，尽管外国人购买土地始终是不合法的。清朝根据那彦成的建议驱逐了居住在新疆不到十年的安集延人，付给赔偿的土地就是属于他们的。
六城地区的骚乱已表明，清朝在塔里木盆地西端的驻军远远不够用。因此政府把参赞大臣衙门和塔里木盆地的统帅部从喀什噶尔迁到叶尔羌，这是六城地区的主要城市：它很漂亮，多舞女和乐师，一个访问过叶尔羌和孟买两处地方的浩罕人认为，叶尔羌可以和孟买媲美。它的中心位置有利于在喀什噶尔、英吉沙尔、巴尔楚克（即玛喇巴什，它的战略重要性终于得到了承认）与和阗地区之间相互援助。在1830年入侵期间壁昌将叶尔羌商民移入满城，这一行动已被证明在阻遏侵略者方面是如此有效， 因此某些人关于在六城地区商场周围建立城堡的建议就被认为没有必要了。
政府任命壁昌为叶尔羌的首任参赞大臣。在新疆南部防区的六千名士兵之外，清朝增加了三千名从伊犁来的骑兵和四千名从陕甘绿营调来的士兵，再把阿克苏和乌什吐鲁番每处一千士兵计算在内，南部防区总兵力达一万五千人。迟至1835年这些军队中没有一个东干人，因为政府害怕一旦发生叛乱，作为穆斯林的东干人可能参加。后来政府改变了关于这一政策的想法。为了应付增加军队后的费用和口粮，北京削减了各省绿营饷粮的百分之二，以便每年能多筹银三十余万两。
然而，政府认为各省的分摊只是权宜之计，它继续努力从当地收入中寻求维持六城地区驻军的办法。为此目的，按照长龄的建议，北京中止了满人的隔离亚洲腹地的长期实行的政策，迟至1831年已许可汉族平民由中国本部迁到六城地区。允许移民接受抛荒地和被没收的土地，开垦死地，甚至也可当东突厥斯坦人农庄的佃户。1832年出现了第一次移民浪潮，在喀什噶尔地区的喀拉科依和巴尔楚克附近建立了汉人居民点。北京一度仍为六城地区土著居民的态度感到忧虑，在1834年甚至撤销原议，命令汉人居民点解散。但于明年在汉人移民尚未迁徙之前，政府又一次取消它的决定，恢复移民。
从1834年起，北京鼓励穷人从中国本部向新疆迁移，特别是移到六城地区。汉族移民的核心开始形成。在十九世纪三十年代中期，仅叶尔羌就有二百名定居的汉族商人，还有许多其他时来时去的人。那里有一个东干商人团体和一些汉人工匠。汉语现在和突厥语同样“通行无阻”。
浩罕努力要继续控制新疆的对外贸易，这仍然是一个严重的问题。汗国已经基本控制了从塔什干和突厥斯坦城市进入新疆北部的草原商队的贸易，以及所有通过它自己领土的商务活动。仍在浩罕控制之外的有准噶尔人同俄罗斯帝国的交易，有从巴达赫尚到色勒库尔的商队贸易以及从拉达克到叶尔羌的商队贸易。“由于中国政府的猜忌”，浩罕“不能”通过清朝领土与印度“直接来往”。对于浩罕商人们来说，“通过西藏（拉达克）”去印度的道路是“被禁止的。”
1833年，浩罕派了一名使节（额尔沁）“照料”贸易，并要求它有权在叶尔羌和其他城市任命自己的政治和商务代办，授权他们向所有来到六城地区从事贸易的外国商人征收关税。这等于要求垄断贸易，所以北京不愿意答应。清帝以只恢复成例这一不成理由的理由同意在叶尔羌和其他地方设立浩罕的商务代办（商头），但不准浩罕向其他国家的商人征税。
在清朝的记载中，甚至使节本人也承认这个要求是愚蠢的。但是浩罕的军事扩张立刻促使北京采取一种较为和缓的方针。一支五百余名柯勒克孜人的浩罕军队侵入色勒库尔地区；一名浩罕使节谒见伊犁将军要求清朝把所有哈萨克人赶出卡伦，以便浩罕能向他们征税；浩罕同时明确声明它正在向帕米尔柯勒克孜人征税。这些柯勒克孜人的地位从来没有明确规定过，但是他们和哈萨克人——其中某些人同时承认浩罕、俄国和清朝的权威——一起至少是被当作藩属的。
浩罕要求驱逐哈萨克人一事，是对王朝在新疆统治他们的权力的公开挑战。伊犁将军拒绝将他们赶出卡伦之外以免使之落入浩罕税收官之手。诚然，在清朝看来卡伦全然不是国境线，只不过是一条深入新疆边境之内一百余英里的军事防线。由于浩罕未能就范，北京就援引它不干涉尼泊尔内政的先例（1814—1816年），完全否认它对卡伦之外浩罕-哈萨克关系负有责任，并且警告说，它将不为那些逃避浩罕赋税而进入卡伦之内的哈萨克人提供保护。对于那些在1832年和外国商人同样得以豁免进口税的柯勒克孜人，清政府也同样对待。政府不打算保护柯勒克孜人使之不被帕米尔的浩罕所吞并，而1835年的中国-浩罕协定将立即给予浩罕向清朝国土上的柯勒克孜商人征税的权力，从而使浩罕汗处于“对柯勒克孜人负责”的地位，还使他必然“将柯勒克孜人置于隶属的地位”。
色勒库尔虽在卡伦之外，却是叶尔羌地区的一部分，而且是和印度、阿富汗斯坦进行贸易的主要中心，浩罕通过占领色勒库尔用军事压力来支持它提出的向六城地区外国商业征税的要求。当浩罕军队进入色勒库尔时，浩罕的使节已经出现在叶尔羌；因此谈判立即重新开始了。几个月以后，在1834年的夏天，浩罕从色勒库尔撒退了。然而，浩罕这时向北京派了一位名叫爱连巴 依的使臣（他后来被称为爱连拍迪沙），重新提出汗国的要求，即在喀什噶尔派驻享有领事权和向六城地区所有外商征税权力的代表。清朝的官方报道没有提到任何要求，也没有提到政府的最后的妥协。所有清朝的资料都说爱连巴依使团的前来是为了感谢清帝豁免浩罕贸易的关税的，又说它释放了若干战俘回国，并在京师呈献贡物和上了奏折。北京命令色勒库尔的阿奇木伯克加强防御工事，但是浩罕在帕米尔的力量不断增加。汗国的军队在同一年占领了喀尔提锦。
按照清朝的记载，爱连巴依的第一个要求是浩罕应和那些有权每年入贡的六城地区的伯克们一样，按照同样的条件，一年一贡。其他被提到的要求是赔偿、释放战俘回国和某些优惠条件。浩罕还要求清政府对六城地区外国商业豁免关税的范围扩大到包括巴达赫尚和克什米尔的商人在内。浩罕使节主要和理藩院打交道，但是也到以前帝国在六城地区的钦差大臣长龄家中去看望。长龄拒绝了爱连巴依的礼物，只接受了一些葡萄，皇帝提醒他：“人臣义无外交。”
在回答爱连巴依的请求时，清帝同意让浩罕每年派遣商队从喀什噶尔经过两个月的旅程来北京进贡。其他要求则用这种或那种方式加以处理，但爱连巴依被告知：巴达赫尚人和克什米尔人在叶尔羌的贸易不关浩罕的事情。使节在1835年回国。清朝的资料没有叙述爱连巴依在离开之前已将1832年的谅解变成与清帝的直接协定，并加以扩大，迫使清帝承认浩罕派遣使节到北京来的真正的目标，即：
（1）浩罕有权在喀什噶尔派驻一名政治代表（即阿克沙哈勒），并在乌什土鲁番、阿克苏、英吉沙尔、叶尔羌与和阗派驻商务代办（也称阿克沙哈勒），他们受喀什噶尔代表的管辖。
（2）这些阿克沙哈勒应有领事权力，对来到六城地区的外国人有行使司法和治安权限。
（3）阿克沙哈勒有权对外国人运入六城地区的全部货物征收关税。50000443_0420_0一份浩罕的资料甚至主张要求更大的特权：“隶属于喀什噶尔、叶尔羌、和阗、阿克苏和乌什土鲁番的商人们的扎卡特税（天课）、察台〔蒙兀儿草原〕的赋税、伊犁地区的赋税、莫卧里亚〔准噶尔？〕一直远至希齐札尔地区的赋税……都在穆罕默德阿里汗的权力控制之下”。清当局在六城地区对浩罕的这种让步不包括克什米尔人（这个概念包括巴尔提人）、巴达赫尚人和那些在叶尔羌贸易的布哈拉人。这些人归巴达赫尚和克什米尔的阿克沙哈勒管辖，不属于浩罕阿克沙哈勒的权力范围。
清《实录》没有提及这些情况。事实上，清朝记载中唯一提示爱连巴依为之进行谈判的要点的史料是叶尔羌参赞大臣的一件复奏，其中说，从1832年起，克什米尔人和巴达赫尚人一直与 浩罕人享有同样免税的权利，因此爱连巴依的要求“实属贪诈”。除了把它归之于贪婪成性之外，关于浩罕不仅在清朝领土上征收关税，而且要求把克什米尔和巴达赫尚的商人归入汗国的阿克沙哈勒能向他们征税的外国人之中，这件事在《实录》中并没有线索可寻。
这是中国的第一个“不平等条约”，它为以后西方与北京之间的不平等条约铺平了道路。清帝此时已经给予了全部治外法权，就象他不久就要在沿海给予贸易飞地以治外法权，和达赖喇嘛政府将在1856年对待西藏的尼泊尔那样。只有这样说才恰当：在中国穆斯林边境上第一次正式承认了治外法权，因为商人自治在穆斯林中间是一种由来已久的习惯。在宋代，福建刺桐（泉州）的阿拉伯商人归他们的头人管辖。欧洲贸易列强之所以要在亚洲要求治外法权，部分原因是由于受到从君士坦丁堡奥斯曼政府那里获得治外法权条款的鼓舞。在十六世纪的卡利卡特，土耳其商人便有自己的头人，甚至连当地的商人也都有他们自己的头人，如同从开罗和红海来的商人那样。在卡利卡特又有一名高居于全部外国商人之上的头人，他实际上管理和惩罚他们，不受政府法律的干涉。远在十七、十八世纪荷兰、英国和法国的航运业统治马六甲以及亚洲最南部和东南亚诸港口以前，这些地方也盛行同样的情况。即使在六城地区，清帝对爱连巴依的让步也许不过是对已成惯例的事态的一种官方认可而已。这样做就简化了有关北京对外贸易的行政和政治问题。
从中华帝国的观点看来，天子对普天之下拥有最高权力，所以治外法权丝毫没有损害清帝的主权。同样地，浩罕在清帝国境内对其他外国人实行管辖，或是汗国有权向非浩罕人征税，这也无损于清帝的主权，尽管这后两种让与（它们是清朝体制能够容忍到什么程度的有趣标志）在政治上是不可取的。浩罕取得的让与权并不比俄国人已在恰克图享受了一个多世纪的那些权利更大一些，浩罕并不坚持要求民族平等的原则。
中国与浩罕的1835年协定为六城地区的外国人贸易树立了新的样式。浩罕的阿克沙哈勒们从浩罕统治者那里“承包”他们辖区的岁入，他们享有对汗国臣民的完全管辖权，并用有利于穆斯林的新税率来取代旧关税，但进口
斯兰法典规定的税率），从非穆斯林（“基督教徒”）那里征收5％。从六城地区向浩罕出口是免税的。柯勒克孜人象外国人一样，在叶尔羌，清朝任命了其他两个阿克沙哈勒，一个代表巴达赫尚的统治者，另一个代表克什米尔。巴达赫尚的阿克沙哈勒事实上按照承包赋税的条件从巴达赫尚政府那里得到他的职位，就象他的同事从浩罕得到职位那样。在扎巴德（巴达赫尚的首都）的商人们一年一度带商队来到叶尔羌，在那里他们用奴隶、宝石换取银锭（元宝）以及茶叶。有些布哈拉人和其他民族也在叶尔羌冒充巴达赫尚人，于是便受他管辖并向他纳税。
克什米尔的阿克沙哈勒对于经过拉达克而来的商人有审判权和征税权，他完全是清朝当局加封的，只在名义上代表克什米尔政府（臣属于旁遮普的锡克王国）。实际上，他并不为克什米尔或拉达克政府征税。清当局选择了一个叫喀西姆阿里和卓的人担任克什米尔阿克沙哈勒，他是一个在叶尔羌建立了长期商务联系的阿姆利则商号的代理人。和克什米尔的贸易（首先去列城，然后到印度、旁遮普、巴尔提斯坦或克什米尔）是由马帮运输的，主要包括来自中国本部的银子、小量金子、上好茶叶、丝、钢铁和药材，以及从新疆或是经由新疆从俄国或西部中亚来的羊毛披巾、羔羊毛毡、丝、驼绒羽纱、羊皮、马匹、绿松石、冰糖、皮靴、皮革、锦缎、天鹅绒、细平布、大麻汁和烟草。这些东西主要用来交换披巾、绣花制品、漂白布匹、鸦片和皮革。除由巴达赫尚和克什米尔阿克沙哈勒管辖的以外，其他所有外国商人都归浩罕阿克沙哈勒治理。
清朝官员继续称呼浩罕的阿克沙哈勒为“安集延商务监督（胡岱达）”，将所有在六城地区的外国商人——巴达赫尚人和克什米尔人除外——称为安集延人，以此来贬低对浩罕所作的让与权，从而想给人们以没有任何变化的印象。但是，侨居的安集延商人立刻达到数千人，喀什噶尔于是便和浩罕之间通过马匹、骡子和骆驼增加了贸易，输入布匹、鸦片和其他东西，输出纯银、磁器、箱茶和砖茶。在对外贸易中，清朝的臣民（其中多数大概是东突厥斯坦人）仍然遵从以前的进口税率，即牲畜纳5％，丝和毛皮纳10％，其他货物纳5％。因此这个协定进一步不利于本地的进口商，六城地区的关税衰落到实际上没有岁入的地步。
由于清朝在1832年已经停止了向外国商人征收关税，政府 以为这就解除了为在清朝境内的商路提供安全保证的责任。叶尔羌当局将他们的管辖区域收缩到以卡伦线为限（这远在帝国境界之内），而将商路的安全推给浩罕、巴达赫尚和克什米尔的统治者。“被错误地称为柯勒克孜人”的乾竺特、什克南以及瓦罕的强盗们越入清境，开始出没于喀喇昆仑山脉和叶尔羌河之间的地区，掠夺商队，“绑架并贩卖男人、妇女和儿童，用暴力劫取畜群”。甚至商人也变成了他们的牺牲品，强盗们将他们带到巴达赫尚和西部中亚，卖作奴隶。作为对清朝终止治安力量的反应，浩罕和巴达赫尚政府对沿路他们自己的商队提供保护，但无论是锡克人或是拉达克人，都没有为列城-叶尔羌路线的清朝部分提供任何安全保护措施。
虽然喀喇昆仑以东的盗匪活动远在南边，对于浩罕-喀什噶尔贸易活动并无多大影响，但是穆罕默德阿里汗仍乘机侵犯清朝在色勒库尔的领土，将浩罕的势力扩展到帕米尔。在张格尔圣战失败后不久，色勒库尔的阿奇木伯克已经请求新疆驻军前来帮助抵抗由巴达赫尚、什克南、瓦罕和乾竺特政府屡次发动的奴役和掠夺的远征。“突厥中国的中国政府”（英属印度对新疆当局的一种称呼）没有采取行动，而且，在沿贸易路线的清朝治安力量中止以后，乾竺特、什克南和瓦罕的匪徒袭击使得色勒库尔帕米尔草原的柯勒克孜人难以生活下去。色勒库尔要求浩罕保护，结果穆罕默德阿里侵入色勒库尔，劝诱塔哈尔满和瓦塔哈伊夫河流域的塔吉克人和大多数帕米尔草原的柯勒克孜人迁移到浩罕境内去。剩下的柯勒克孜人搬到叶尔羌和喀什噶尔盆地。因此，色勒库尔的大部分实际上变得渺无人烟了。
当1834年浩罕人从色勒库尔撤走和中国-浩罕协定缔结之后，新疆当局重申他们在那里的管辖权，但在1835年和1836年浩罕军队再次侵入色勒库尔，带有大炮和两千名兵士。汗重新提出他有权向六城地区所有外国人征税的要求，并试图在色勒库尔向来往于巴达赫尚和叶尔羌之间商路上的客商征收关税。色勒库尔采取武装抵抗，北京命令六城地区当局警告浩罕说：皇上可能愤然再次断绝贸易。但是将它的霸权扩展到帕米尔的浩罕，占领了色勒库尔地区的“回庄十四处”的一半以上，并派遣武装分队进入达尔瓦斯、什克南、乾竺特和瓦罕。浩罕武装继续袭击各处，但终于遭到奕山（他是皇帝的侄子，当时在六城地区协助政务）坚决领导下发起的反击。
此后，新疆当局试图把清朝对色勒库尔的义务降到最低限度。色勒库尔的首领事实上成为“一个独立的君主”，但由于他没有自己的军队，结果是通过与乾竺特和什克南的统治者联姻的办法来解除盗匪的袭击。由于巴达赫尚对叶尔羌的贸易要经过色勒库尔，所以巴达赫尚的统治者也沿着色勒库尔道路给予某些援助；他是完全能够这样做的，因为什克南和瓦罕是他的属地。色勒库尔的首领“吞并了叶尔羌的皮尔河、良戛尔河、听杂阿布尔河和巴巴扎河诸流域”。
与此同时，浩罕允予防止将来对清朝边境的侵犯。很可能，内部问题或布哈拉侵略的威胁迫使它搁置在色勒库尔向外国人征税的要求。但也可能是浩罕害怕把清朝逼得太甚，反而丧失了1831—1835年得到的利益。确实，汗国的恭顺立即受到考验， 因为鸦片输入新疆的数量激增，并且经过哈密及嘉峪关进入了中国本部。1839年，北京提出的禁毒措施也扩展到新疆。在乌鲁木齐，当局逮捕了有关的商人和消费者。在六城地区，清朝立即没收了克什米尔、巴达赫尚和印度（音底）商人的六万两鸦片。大多数鸦片是克什米尔人输入到叶尔羌的。例如，1840年，当局仅从一个叫卡里姆·阿里的克什米尔人那里就没收了九万七千九百两。但是，鸦片也经过浩罕运至喀什噶尔，大约也在此时，当局从喀什噶尔的外国商人手中没收了二千二百六十两，从和阗的安集延商人手中没收了五百四十两以上。浩罕的阿克沙哈勒对于此事是不会愉快的，但是汗国并未以中断和好相威胁。
清朝政府相信它的浩罕政策是成功的，甚至浩罕似乎也理解，“万一将来在中国鞑靼地区发生任何叛乱”，浩罕汗将有义务给清朝以援助。在六城地区签订的这一“不平等条约”制度看来终于产生了清朝的政策制定者长期努力以求的安定局面。
回顾一下历史就可以理解，清政府在十九世纪三十年代处理渴望贸易的浩罕人的成功的政策，为几年以后清朝处理渴望贸易的英国人的问题树立了一个最近时期的榜样。与英国之间的敌对行动开始于1834年的虎门交火，在无结果地拖延了几年之后（这与前几年浩罕侵略六城地区和袭击色勒库尔的事件在新疆一拖几年是极其相似的），北京撤换了海岸的军事长官，指派奕山前去，使他能在多事的沿海运用他在新疆取得的经验。政府还派杨芳作为奕山的助手：这个官员曾在1828年俘获张格尔，并在1830和1831年打浩罕的战役中效过力。1843年署理两江总督时受命开放上海的壁昌，就是1830年叶尔羌的保卫者。这样的例子还有好几起。
当实际的军事考虑决定用谈判解决问题时（如同1831年对付浩罕的战略形势那样），清朝在1842—1844年对沿海贸易列强所给予的让与权是可以拿来和1831—1835年对浩罕的让与权相比的。它们有以下这些相似之处：
（1）治外法权，即外国有权指派领事管辖自己的公民。
（2）赔款，尽管鸦片贸易是非法的，仍用银子偿付了被没收的鸦片。清廷曾用银子付给浩罕人以补偿他们非法获得的土地。
（3）“公平正规”的关税以及和海关的直接关系。1843年的税则所作的让与比起清朝对浩罕的让与要适度得多，因为在六城地区清朝对所有外国商人一概免税，甚至包括柯勒克孜人在内。浩罕并不需要去要求和征税机关直接发生关系，因为在六城地区的外国商人一直直接和清朝税务机关打交道。废除外国商人进口货物的关税甚至使这种要求成为不必要的了。
（4）最惠国待遇。人们猜测，中国人过去的行为启发了义律船长想获得任何别国可能获得的一切特权。巴麦尊子爵已把这个想法作为璞鼎查在商谈南京条约时的几个选择之一，后来最惠国条款即包含在1843年的虎门条约中。最惠国条款决非承担法律义务的一种让步，它纯粹是表示中国长期实行的“一视同仁”的政策：中国利用这一政策可以防止任何一个外国强国取得高居其他国家之上的领导地位。在清朝看来，和欧洲人订立的协定，至少就最惠国条款而言，其与中国原则妥协的程度比北京在1835年给予浩罕的特殊地位与之妥协的妥协程度要小得多。
（5）废除公行垄断，以及允许中国臣民与外国商人之间有发生商业关系的权利。在六城地区，外国人一直直接和地方的商人做买卖，不受任何公行之类垄断机构的牵制，他们也能雇用仆人、翻译、买办，租用房屋、营业处、货栈等等。
在中国与西方协定中的其他条款还反映了沿岸贸易的特殊状况。“中英两国及其君主的地位绝对平等”，这个原则事实上并未被浩罕所坚持，因为在中亚主权国家之间，形式上的平等不是一种基本的条件；不过清朝也没有强迫过浩罕使者履行藩属进贡的全部礼仪，而且清帝国早已承认了与俄国平等的原则。
对照清朝在亚洲腹地的经验，它在鸦片战争以后与西方海上列强达成的协定，有不同于通常所说的那种意义。最重要的是，清朝认为这些协定不是新的发明。英国的海军力量在十九世纪四十年代为旷世所无，但是缔结的条约不足以证明清朝已经认清了这个事实。常被征引的马士的那本研究著作指出：“直至1839年为止，使西方国家听从条件方可允许双方关系存在的是中国；自从1860年以后，把和中国共同来往的条件强加于中国的却是西方国家；这当中的二十年是一个摩擦时期”。考虑到清朝政府对小小的浩罕作出了重要的让与，对马士的观察最可能的解释是，在这二十年中，中国仍未认识到它已相对地衰落下来。正如阿瑟·韦利所恰当地叙述的那样：“满洲是一个征服种族，所以很难接受这一事实：他们在二百年前用来征服中国的武器，现在已经过时了。”
在北京看来，1842—1844年条约的唯一真正新情况是把它们应用于中国本部。在亚洲腹地有共同边境的两个伟大的非汉人 帝国的君主——满洲人和莫斯科人——之间讲求平等，是很容易做到的。治外法权在六城地区是完全可以被接受的，臣属于清朝的说突厥语的穆斯林在那里是和来自中亚西部说突厥语的教友同仁做买卖。但是，要在沿海一带允许施行象国家平等这样一种非中国的原则，确实将会引进一项中华帝国迄今仅限于在亚洲腹地推行的政策。在中国本部以内，这是不容易被接受的。
清朝的边疆政策作为整体来说并没有被系统地作过任何研究，但是很清楚，在沿海政策与亚洲腹地政策之间是有相互联系的，这种联系比历史学家迄今所揭示的要更多一些。值得注意的是，松筠、杨芳、龚自珍、魏源等这些十九世纪初的经世致用论学者兼改革家，都有研究新疆政策问题的初步经验。
以七和卓闻名的七个阿法其·玛赫杜姆家族著名成员住在浩罕领土上。他们是穆罕默德玉素普之子卡塔汗和克希克汗、巴布顶之子倭里汗、张格尔之子布素鲁汗、卡塔汗之子爱克木汗和阿希木汗，以及布素鲁汗的一个堂兄弟，人称铁完库里和卓。虽然卡塔汗和倭里汗是主要的领导者，但玛赫杜姆家族的宗教继承权似乎已从张格尔传给他年青的儿子布素鲁汗。在十九世纪三十年代初经过印度去麦加途中的东突厥斯坦人报告说，在新疆的清朝统治日益丧失人心。这种情况显然继续存在，但是只要浩罕为了享有它的贸易利益而要保持和平，那么七和卓是不能有所作为的。
在十九世纪三十年代后期，许多安集延商人居住在固勒扎，浩罕的阿克沙哈勒开始被指派驻在伊犁。准噶尔当局不能获得足够的布来使官方的哈萨克贸易垄断保持在一个满意的水平上，于是便放宽限制，允许汉商参加更多品种的货物的贸易，开始是在塔尔巴哈台实行，后来在1845年时也在伊犁实行。准噶尔居民一直在某种程度上负担着六城地区的军费，在十九世纪三十年代又遭受严重的粮荒。因此，政府努力增加准噶尔的农田，并且着手实施各种增加那里收入的计划。由于中国本部缺少土地和政府希望缩减因驻军给养而输到新疆的白银数量，从前的障碍开始崩溃了。北京以越来越大的决心努力劝诱汉人移居新疆，耕种交纳租税的土地。1835年，政府答应汉商的要求，让他们带家属定居在喀喇沙尔。
最初并没有很多汉族移民被吸引到边远的六城地区来。他们就是到了那里，生活也是很不容易的。在汉族移民和当局之间发生了几次事件。1837年，在喀什噶尔地区的清驻军派出士兵烧毁了汉族移民房屋和抢劫他们少量财物。在巴尔楚克，移民的工作搞得如此之糟，以致在1838年移居者竟不顾军队的制止，弃地而逃。政府没有钱为日益增加的移民建造新的灌溉工程或提供种子、工具和耕畜，就向六城地区的伯克们要求私人捐助，而以给予擢升作为回报。在伊犁，布彦泰将军委托因积极反对鸦片而被黜的林则徐在1844年整顿移民事宜。1845年，清朝中止了对新到六城地区的汉族移民豁免地税的规定，提高了准噶尔地区移民的赋税，而且传令嘉奖林则徐，允许对那些为开垦新土地作出贡献的失宠官员缩短流放期限。在1845到1848年之间，在六城地区（不包括喀喇沙尔地区）开垦了将近八万英亩（约五十二万五千亩）农田。其中四分之一是汉人完成的，其余则由东突厥斯坦人完成。
1839年开始，政府还用汉族移民来补充六城地区的驻军，允许以移民志愿者来补足缺员的部队。由于士兵得随时被征召作战而使军垦趋于衰落，1843年军队开始放弃农地，让位给平民移民来耕种。在1845年以后，六城地区换防的士兵得到准许作为农民和他们的家属一起留在那里，政府又命令所有获赦而有家口的流犯都应送往六城地区从事农业。这些措施使减轻中国本部的人口压力有了一些希望。它们加强了清朝在东突厥斯坦的存在；它们使六城地区更充分地和清帝国的其余部分融为一体。
一方面北京因从中国本部流出白银支付驻军的饷项而发愁，一方面还要为白银从新疆流出国外而感到困恼，这种情况更由于在沿海偿付鸦片的白银损失而加重了。从伊犁和塔尔巴哈台流出白银的情况还不算严重，但是从六城地区外流的情况却是严重的。张格尔的圣战和1830年浩罕的入侵已经引起了物价暴涨。铜钱不足和大量清军的来到（部分军饷是用从中国各省拨来的白银付给的）降低了白银折换铜钱的比价。在1827年兑换比例已跌到每两八十蒲尔，并且在准噶尔地区产生了影响。在喀什噶尔和叶尔羌的外国人利用这种低价买了大量白银运往国外。
当局试图铸造一种新的六城地区纯铜蒲尔来对付通货膨胀，它仅重一钱五分，但有“当十”字样。他们把这种蒲尔的官价定为十个杂铜标准伊犁钱，并且允许新蒲尔与旧的同时流通。当局擅自决定一个新蒲尔可换两个旧蒲尔，虽然价值五个伊犁钱的旧蒲尔每个重一钱二分，这样折换是不成比例的。这种新货币有可能增加流通中的铜币数额，使军队可以在军饷上增加铜钱对银的比例。从1838年起，阿克苏的造币厂甚至进一步降低了铜币的重量，把铸造的新蒲尔从一钱二分降到一钱。
到十九世纪四十年代，新增的铸币，再加上白银普遍流出清帝国境外的情况，使下跌的银价恢复了元气。在1845年，兑换 率提高到每两白银换四百蒲尔。此后，新疆驻军的饷项主要似是“出自地方收入中的地方货币”。在叶尔羌市场上，白银从原来一锭（50两）换三、四百腾格（一万五千至二万蒲尔，约九百至一千二百印度安那）涨到换一千腾格（五万蒲尔，约三千安那）。
清朝对六城地区的控制似乎比以前加强了，但是在中亚已开始感觉到英俄之间的对抗；1841年有谣言说，正在和中国以及阿富汗交战的英国将一个玛赫杜姆家族成员召到了喀布尔。东突厥斯坦人的愤怒情绪和圣战精神在潜滋暗长。1845年，一些柯勒克孜人袭击英吉沙尔的郊外，一个名叫阿瓦斯的喀什噶尔铁匠率领一支五百人的造反队伍在索胡鲁克闹事。汉族移民帮助恢复了秩序。布彦泰报告说，柯勒克孜人的袭击是在阿克苏、和阗、叶尔羌和喀什噶尔等地有影响的瓣们的鼓动下进行的，而在阿瓦斯暴动的后面有玛赫杜姆家族，特别有布素鲁汗在活动。在次年（当时有喀什噶尔发生饥荒的报告）所作的更为深入的调查断定，七和卓并没有和暴动发生关系。
名义上由年青的胡达雅尔汗统治、但是事实上因领导分裂而受到损害的浩罕，又故态复萌，在1846年派出一位使者重新提出了汗国的旧要求：向巴达赫尚人、克什米尔人和所有拉达克商人（推依博特——“西藏”）征税，另外还要求向一个主要居住在清朝境内的柯勒克孜部落征收地租。此后不久，一些柯勒克孜人袭击了六城地区的卡伦，然后越帕米尔逃向什克南。什克南的统治者阿布都热依木送来一封信，暗示那些人是一些身份不详的和卓，大概是一些白山派。北京还是不愿满足浩罕的要求。于是，第二年即1847年（在这一年，最后一部分哈萨克大帐正式并入俄国），浩罕发动了白山派圣战，卡塔汗和倭里汗领导了对六城地区的侵犯，名为七和卓之战。一支由喀什噶尔和柯勒克孜逃亡者组成的浩罕军队袭击在明约洛卡的清军，迫使他们退回喀什噶尔。在那里，浩罕的阿克沙哈勒煽动百姓向玛赫杜姆家族的军队打开回城，当时三千名清军困守在满城之内。倭里汗前往攻打英吉沙尔，但失败了。谣言说，七和卓已和英国人取得谅解，但是喀什噶尔人对张格尔的失败以及1830年浩罕的抢掠记忆犹新。虽然有许多人参加了七和卓的军队，玛赫杜姆家族的事业一般来说在人民中间的反应是冷淡的。
北京命令陕甘总督布彦泰克复失地，并以奕山为叶尔羌参赞大臣。奕山带领数千军队由阿克苏出发；一支三千人的援军由甘肃进入新疆，户部拨饷银一百万两。当奕山于秋天到达叶尔羌前，和卓们曾进攻过这个城市，但已被赶走而撤回到了喀什噶尔。奕山的优势火力连战皆捷。围攻英吉沙尔的玛赫杜姆家族的军队甚至未及交战就望风而逃，所有侵略者随即放弃喀什噶尔而逃回浩罕，和以前一样跟着一起逃走的有他们招募的喀什噶尔新兵和成群结队的同情者及其家属。
清帝国的军队再次进行了可怕的报复，但是豁免了喀什噶尔地区的赋税。一支来自伊犁和乌鲁木齐的2，360人的军队加强了喀什噶尔的驻军。枢纽之地巴尔楚克也是通往喀什噶尔、叶尔羌、阿克苏与和阗各条道路的总汇，清朝在这里建造了一座新城（Yangi Shahr），与老回城分开，屯驻一万五千到二万名用步枪 武装起来的步兵。每当西部各地区需要军事力量时，首先就从那里调派。由于入侵而加强了的东突厥斯坦人和汉族移民之间的敌意，暂时终止了向喀什噶尔地区阿奇克雅黑移民的努力，但是政府仍然实行它的移民政策。1848年初，惧怕失去贸易权利的浩罕，派来一名使者否认它对七和卓的入侵负有任何责任，并表示继续对清朝皇帝“恭顺”。北京除了接受这种辩解之外也别无良策，从而再次确认了浩罕的全部权利。
清朝当局——特别是喀什噶尔和叶尔芜的阿奇木伯克们——与浩罕的阿克沙哈勒之间仍“不相合”，后者将“他们所受虐待的怨言”传回浩罕。在喀什噶尔东北约四十里的阿斯图（下）阿尔图什——也叫阿尔泰（金山）阿尔图什——清朝的地位特别脆弱，因为存在着对官方的诛求的愤慨情绪。阿斯图阿尔图什也被认为是十世纪黑汗王朝沙土克·布格拉汗的安葬地，历来传说把伊斯兰教传入东突厥斯坦的成就归功于他，玛赫杜姆家族则宣称是他的后人。这个朝圣的重要地方的护陵人米尔·阿赫麦德·谢赫据说是六城地区仅次于阿奇木伯克的最富有的人，他也是白山派首要的宗教人物，因此浩罕能够在他的帮助下搞一些活动。1852年，倭里汗、卡塔汗、克希克汗和铁完库里和卓带了一支主要是柯勒克孜人的军队，袭击阿斯图阿尔图什附近，进而侵犯乌什土鲁番卡伦，一直到清军把他们打跑为止。有一个时期当局拒绝恐吓，封闭了喀什噶尔-浩罕的道路，停止了浩罕阿克沙哈勒向喀什噶尔外国商人征税的权利。
在叶尔羌则笼罩着全然不同的气氛，那里黑山派占上风，和讨厌的对外关系没有联系的克什米尔和巴达赫尚商人支撑着该地区的经济。印度北部的古拉布·辛格1842年对拉达克的统治建立以后，克什米尔的披巾商人告诉叶尔羌人如何清理粗羊毛，因此叶尔羌所产“土鲁番的”（乌什土鲁番的）和“库车的”羊毛在质量方面与拉达克羊毛相等，或者超过了它。叶尔羌输出的披巾羊毛由此增加了，它全部取道列城运往克什米尔。作为交换，鸦片输入（清朝当局不再禁止）迅速增长，在十九世纪四十年代末期成为贸易的主要项目，总计每年至少一万六千磅，价值达一万二千英镑。因为叶尔羌每年输出到列城的货物值一万八千英镑，并不足以抵补每年由列城输入的价值二万一千英镑的货物，所以叶尔羌商人要用白银支付超过部分。和准噶尔地区对俄国的贸易正好相反，六城地区对印度的贸易出现了逆差。
然而，在七和卓之战以后，收支差额开始改变了。白银和其他中国本土出产的货物原来是叶尔羌-列城-印度贸易的主要商品（茶、丝、宝石、黄金、基连和贵重药材），现在不再大量运来六城地区。因而，在五十年代叶尔羌向列城出口的货物缩减了，输出的大部分是六城地区的本地产品，主要是披巾羊毛和大麻汁。
叶尔羌的对外商业开始衰落了。沿着商路的盗匪增加了。强盗们出没于叶尔羌-列城的诸商路上和通往巴达赫尚的道路上。商队开始武装来往，但不时被一百到二百五十人组成的袭击队伍所击败。虽然贸易衰落，但据1853年访问了叶尔羌三个月的英国代理人阿赫麦德·沙·纳赫什班迪·赛义德和卓说，“人民对他们的统治者是普遍满足和中意的。在乡下除了土地税之外没有其他赋税，土地税约当生产物的十分之一”。在满城中大约有六、七千清军，但是他们“和农村中的百姓很少或没有交往”。
英国和古拉布·辛格（1846年印度政府立他为查谟和克什米尔的大王）两者现在都在探索增加他们对叶尔羌贸易的方法。古拉布·辛格作了一些“软弱而无效的”努力想劝说叶尔羌的官员们给他以在实际和名义上管理克什米尔阿克沙哈勒的权力，因为后者“不听来自查谟的命令”。但是大王在六城地区的影响“不够大，不足以使阿克沙哈勒免职而另委他人”。大约在1856年，古拉布·辛格又转而直接求阿克沙哈勒本人，派了一名代表“去为他（大王）安排向列城商人征税之事”，但是阿克沙哈勒却答复说，古拉布·辛格必须首先为路途上商队的安全提供保证。1857年古拉布·辛格死后，他的儿子兰比尔·辛格派遣另一个代表前往叶尔羌继续提出他父亲的创议，但是清朝当局将代表阻拦在城外的一个卡伦上“达六月之久，以后又将他不体面地赶出叶尔羌”。
英国人自己只限于收集情报，主要交由本地代理人去做。然而在1856年，两个欧洲探险家封·什拉琴威特两兄弟赫尔曼和罗伯特经过喀喇昆仑隘口进入和阗河流域，并由七名叶尔羌人陪同。这两兄弟看到这些牧羊人是用俄国枪武装起来的，就在到达距额里齐两、三天行程的地方后带三名和阗人一起往回转，因为他们担心会与清朝边境官员发生纠纷。什拉琴威特家的第三个兄弟阿道夫在次年进入六城地区，被当时暂时控制喀什噶尔的倭里汗下令杀死。
和平静的叶尔羌相反，喀什噶尔和库车两地区的叛乱情绪在沸腾。1854年，一个叫沙木蒙的人宣称他是张格尔之兄玉素普的后代，在喀什噶尔地区罕爱里克庄领导一次叛乱。在库车，穆斯林与非穆斯林居住在一个城子里，穆斯林劳动者对于官员的暴虐感到愤怒。帝国的代表在1855年未经任何审问或经他上司的同意便处死了大约三十人。象阿斯图阿尔图什一样，库车也是一个朝圣要地，是阿勒沙德·阿丁（兴旺时期约在1350年）的陵墓所在，阿勒沙德·阿丁曾使莫卧儿人改信伊斯兰教，又是库车和卓们的祖先，这是与玛赫杜姆家族没有关系的纳赫什班迪教团的一个单独的分支。地方上针对清朝官吏的怨言加强了这些护守陵墓的库车和卓们的政治上的潜势力。
在同一年，一个名叫玉散霍卓依善（Husayn KhwājaIshān，由此名字可知他是个宗教领袖）的浩罕人，前来煽动阿斯图阿尔图什铜矿工人的不满情绪。当阿斯图阿尔图什的穆斯林捕获十三名潜入者并将他们递交清朝驻军时，他失败了。紧接着倭里汗和铁完库里和卓派遣数百军队进入六城地区，但是清军的枪声迫使他们退了回去。
1857年，库车居民心中郁积的愤怒引发了一场人民暴动。清朝迅速恢复了秩序，而浩罕（它的阿克沙哈勒仍和六城地区当局不和）利用这种不安的气氛派倭里汗和铁完库里进入清朝边境。入侵者和阿斯图阿尔图什的人民联合在一起向喀什噶尔进军。铁完库里利用喀什噶尔阿奇木伯克的不得人心，广泛散布说：“以前伊萨克穆罕默德鄂对和其他人引诱铁完库里的叔父张格尔，使之被捕并处死。现在伊萨克的儿于爱玛特和穆罕默德充当喀什噶尔的阿奇木伯克，倭里汗是前来报仇的。”浩罕的阿克沙哈勒们和贸易团体以及察尔虎特人集合起来支持入侵者。阿奇木伯克爱玛特逃入满城。叶尔羌参赞大臣庆英立即向伊犁、乌鲁木齐和喀喇沙尔求助，亲清朝的穆夫提们发出“法帖万”（具有法律效力的意见）说：可兰经的法典（沙里阿特）要求穆斯林杀死或者活捉入侵者，他们要穆斯林一定不要和侵略者合作，以防丧失了信仰（伊玛尼）。
在此期间倭里汗攻下英吉沙尔的回城，周围地方的城镇和乡村就与入侵者共命运了。当倭里汗派遣大约七千人分两路攻打叶尔羌时，庆英的士兵迫使和卓的西路纵队撤退，但是东路纵队却对回城发起了突袭。在这时黑山派的徒众远多过白山派的信徒；另外纳赫什班迪教团的另一支穆扎德派的地方领袖（一个名叫阿卜杜尔·拉赫曼·哈达拉特的人）也有很多追随者。老百姓和克什米尔商人就协助驻军抵抗入侵者，结果，倭里汗的军队未能得逞。
在战争中受害最大的也许要数东干人了，他们受到双方的猜疑，因为他们中有许多人信奉另一种教派，即和卓穆罕默德·舍里甫·彼尔（死于1555—1556年或1566年，葬于叶尔羌）的乌瓦依什亚派，这一派最大的力量在伊犁的东干人和塔兰奇人中间。例如，倭里汗的党羽也把东干人以异教徒论处而杀害他们。从处理阿道夫·封·什拉琴威特四个伙伴的方式中还可以看出和卓的宗教政治倾向。叶尔羌的穆罕默德·阿明是一个东突厥斯坦人，他只不过被关了禁闭。克什米尔的穆斯林阿布杜拉是“一个印度人”，被卖给一个叶尔羌人为奴，价值二十五卢比。布哈拉犹太人摩拉达为了活命而改信了伊斯兰教，并获准与穆罕默德·阿明一起入狱，第四个伙伴是一个西藏人，因为属于中国“种族”而被处决。
不久清朝援兵从巴尔楚克前来迎击侵略者，此时包围叶尔羌的入侵军已达数万人。清军获胜，打垮了侵略者，击毙约七百人。叶尔羌在被困约七十天以后被解围，英吉沙尔在被围百余天后也得到解围。在喀什噶尔，倭里汗的军队没有交战就逃走了。他的占领为时不到四个月。
清朝传令嘉奖西迪克比（或伯克），此人是塔什密里克的土拉吉尔钦察部柯勒克孜阿奇木伯克的后代，因为他协助平定了骚乱，并对倭里汗的同情者进行了残酷的报复。其余的人当中，当局处死了沙土克·布格拉汗陵墓的护陵人米尔·阿赫麦德·谢赫和他的长子。表面上是因为谢赫参与了暴动（他将女儿嫁给倭里汗），但是伯克们还要抢夺他的财产。他们没收了他的财产。其他谢赫们开始生活得比较安分了。由于和浩罕的贸易在战争期间已经中断，这时伊犁将军札拉芬泰也力主让安集延商民迁到喀什噶尔城外为他们建造的特设市镇上，就象在伊犁和塔尔巴哈台为哈萨克贸易所作的措施那样。但是，军机处、户部、兵部和理藩院甚至反对给浩罕人以这种小小的不便，因为害怕它会引起进一步的麻烦。
然而在庆英建议下，浩罕表面上被命令引渡倭里汗作为恢复贸易的一个条件。1858年浩罕答复说：“倭里汗闹事后，曾派人挡路，禁人附从。又将倭里汗拿禁。如准其通商，即将逆首罪名 照经典自行惩办。”清政府承认它在新疆的地位软弱，认为立即重开贸易乃属稳妥之举。因此，虽则安集延商人是1857年入侵的积极支持者，但他们未受损失。
安集延商民自身构成了一个庞大的——事实上是自由的——阶级。在1858—1859年，当新的浩罕阿克沙哈勒到达喀什噶尔时，约有六千名安集延人（不包括察尔虎特人）前来欢迎他。在喀什噶尔的外国人据说约占本地人口数的四分之一，即约十四万五千人。其中甚至包括俄国鞑靼人也被官方认为是安集延人，但他们在私下和“中国人”交往时并不隐瞒自己的血统。
喀什噶尔人移居西部中亚者也很多。在十九世纪五十年代有二百多名玛赫杜姆家族的成员住在浩罕和马儿亦囊。大约有五万户喀什噶尔的移民被称为塔合里克，住在安集延、沙里罕（新近由乌马儿汗建立的，几乎专供喀什噶尔移民居住）和卡拉苏周围的农村中，另有许多人住在城镇里。在塔什干外面有另一移民地新城，大约住有五万六千名喀什噶尔移民。几乎所有这些白山派的移民都是一批接一批的逃亡者，即是从清朝统治之下和从对玛赫杜姆家族的历次入侵之后进行的报复之下逃出来的。
1858年，一位新统治者马尔拉汗在浩罕即位，1859年，他根据1835年中国-浩罕协定的规定派遣了汗国每年一度的贡使（从浩罕人的观点来看，这是“礼尚往来”的活动）。汗的主要目的是推卸他自己对入侵六城地区（这一侵略发生在他的前任胡达 雅尔汗统治时期）的全部责任；所以使者米尔扎阿布都剀里木带着马尔拉汗的信，“责备”六城地区清朝当局“软弱和怯懦得可笑，因为他们在现场可指挥大批中国军队，但竟被一个盗匪所吓倒”，此盗匪即指倭里汗。
那一年，作为一种经济措施，清朝停止从六城地区伯克们那里接收贡品。因而，当浩罕使者到达叶尔羌时，参赞大臣裕瑞“害怕这种来往的影响会传到皇帝那里”，托辞不让浩罕人前往京师。然而，使者决心要前往北京传递信件。参赞大臣因此“将整个使节团（包括米尔扎阿布都剀里木和二十四名同伴）送到靠近叶尔羌的古勒巴格（中国城），并在那里将他们暗害”。为了给他的行动辩护，裕瑞编造了一个故事，大意是说，浩罕使者在叶尔羌回城犯下了一系列罪行，殴打人民，强奸本地妇女，最后并侵犯参赞大臣的衙署。裕瑞宣称，浩罕人在那里拔出武器，刺伤了十三个中国士兵，而米尔扎阿布都剀里木和全部他的人在战斗中被杀。浩罕终于向伊犁当局说明了事情的真相，后者向皇帝转呈了此事，裕瑞即被撤职。
清《实录》只记述了裕瑞所说的情节。如果没有英国代理人叶尔羌人穆罕默德·阿明的报告的话，人们就会对清朝关于浩罕随后派来一名使节为米尔扎阿布都剀里木不可理解的举止道歉一事的记述信以为真了。
当浩罕的使者在叶尔羌被谋杀之后，浩罕和六城地区的贸易衰落了。一些令人不安的报告说，有军队在边境外边活动，而 1860年在英吉沙尔地区，当局不得不驱散由浩罕的阿克沙哈勒领导的一次示威，并把他关入狱中。1861年，在中国西北部穆斯林中间日益动荡的背景下，圣战的趋势再次取得势头。米尔·阿赫麦德·谢赫的次子阿布都热依木和布素鲁汗的一个儿子发动了一次约有二百名士兵的远征队进入喀什噶尔地区，然后倭里汗和阿布都热依木又领导了一次兵力达三倍以上的入侵。清朝的火器和大炮占有优势。清帝国的军队俘获了阿布都热依木，并杀死了四百名白山派军队。但是倭里汗逃进了山中。
浩罕的野心和清朝的权威之间仍未取得平衡。圣战仍然在继续。六城地区是清帝国最虚弱的赘疣。它有一个动荡的过去，还可以预言会有一个动荡的将来。