太平天国战争使士大夫制度的政府经历了一场严厉的考验。即使充分利用了帝王的权威，也不能确保军事上的胜利。后来，随着从造反者那里收复了城市及其周围地区，就必须把民政恢复起来。复兴的问题紧接着一次次的胜利而出现了。而儒家的经世致用之道再一次要经受考验。归根到底，在进入战后时期的地区，行政的首要任务是哪些事情呢？究竟哪一方面更为紧迫——是帝国政府的安定的社会秩序和财政要务呢，还是迅速恢复农村的生活？假定少数几个政治家怀有最善良的愿望，他们是否有可能改变太平天国叛乱前地方政治的习俗和制度？
曾国藩到达南京后只有八天，就已经决定解散他指挥的全部十二万名湘军（但不包括左宗棠的部队）。早在1864年8月14日，大约二万五千名曾国荃最精锐的军队连同其将领一并退役，可能他们已经掠夺了足够的财富，说什么也要解甲归田了。剩下的十二万人分期退役，大部分在1864—1865年进行，有的在1866年退役，因为还需要这些人来守卫安徽江西地区，以防止太平军残余死灰复燃。
从自己解散湘军这一点来看，曾国藩显示出他没有追求个人权势的野心。他还认为，李鸿章的淮军和左宗棠的另一部分湘军将有足够的力量去对付仍在帝国其他地方肆虐的叛乱。但不管怎么说，曾国藩的决定是由于以下两个痛苦的现实造成的：他的军队的军纪进一步败坏了，同时他发现非常难于及时筹措足够的饷金按期发给军队。自他担任两江总督及钦差大臣以来，他有权处理大量财政收入。但他的支出却增加得更快。在1862年，对驻安徽的湘军饷银的发放有时拖欠八个月；而在1863年末，驻南京地区军队的饷银被拖欠了十六个月。同时，许多已经取得绿营的总兵或提督军衔的统领比以往任何时候都想“肥私囊”，而更糟糕的是，他们的军队正在变成老百姓的祸灾。鲍超麾下经常打胜仗的军队更是臭名远扬。即使象不识字的朱品隆和唐义训等曾国藩的贴身将领，也树立了很坏的榜样。曾国藩获悉朱、唐二人虚报他们所辖各营兵员名额，要对他们的部队作彻底的核查，但却找不到一名将领愿意出头去干这种有损友情与面子的事。此外，将领们常常争吵不休。朱品隆与唐义训除了放任士兵肆意掠劫城镇的店铺住家外，还被发现犯有曾国藩认为是不可宽恕的罪过，即甚至在面临全军惨败时也不互相支援。对这类行为的失望心情以及南京发生的屠杀，使曾国藩对是否值得保持他的官兵队伍产生了怀疑。
曾国藩保卫从皖北到江西这条漫长战线的行动以及他指挥的围攻南京之战，使他的财源非常拮据。长江流域各省许多地方的农业已经遭到破坏，唯一大量而且可靠的收入是厘金税——内地过境税或货物税（见第六章）。湘军将领偶尔也接管了民政并设立厘卡，不过地方官员一般禁止他们这样做。但是考虑到征税机构的“中饱”以及各省的财政需要，即使厘金税也不是取之不尽的财源。胡林翼在1855年当了湖北省巡抚后，为了与贪污作斗 争，也学唐代政治家刘晏（715—780年）的著名税收制的榜样，只用文人当厘金税的税吏。1860年，曾国藩决定采纳同样的政策，委任绅士来当地方厘卡的税吏。他希望在这一社会集团中，会有“有操守而无官气，多条理而少大言”的人。为了吸收这种理想的管理人员，他依靠他部下中表现出有能力和有主见的幕僚做基础。例如，曾国藩特别信任李鸿章的哥哥、一名应试中选的贡生李瀚章（1821—1899年）。李瀚章早在1854年在湖南当了一名代理县官以后，就为曾国藩效劳。他担任过湘军粮台的主要官员，曾国藩赞他为人正直、灵活，办事一贯谨慎。1860年6月，当曾国藩上疏清廷，要求把江西全省的厘金税拨给湘军时，他保举李瀚章任省内两大厘金局之一的负责官员，同时兼任江西南部的一个道台。
但在1862年，原江西省的一名知府沈葆桢经曾国藩保举被任命为该省巡抚，当时沈葆桢出于责任心，认为必须把江西省的防务需要放在更优先的地位。他不愿把该省厘金税的全部收入移交给曾国藩，也不愿把那部分折征的漕粮所得提前分配给曾。曾国藩不得不求助于清帝，希望沈葆桢能拨更多的款。江西省虽然没有满足曾国藩的愿望，但从1860年中至1864年中确实为湘军提供了八百五十万两纹银，此数大致相当于这四年曾国藩直接指挥的军队全部上报收入数的一半（也就是说，不包括胡林翼和左宗棠指挥的以及分配在广西和贵州两省服役的几支军队的上报收入）。江西提供的税款对曾国藩来说是必不可少的，因为上海区的大部分厘金收入主要被李鸿章用作淮军军费。李鸿章除定期给曾国荃运送大批弹药外，只能从他的厘金收入中每年约抽三十万两纹银给曾氏兄弟。
曾国藩的厘金税制扩大到两江辖境以外，1860年夏，他得到湖南巡抚骆秉章的同意，在长沙成立东征局。曾国藩的一位绅士出身的老友黄冕被任命主持局务。他在1855年曾协助制订湖南省的厘金税制。东征局当时得到湖南巡抚的批准，对盐、茶和其他主要商品增收厘金税五成，特别用于曾国藩部队的需要。此事于1861年1月上报清帝，从这时到1864年中期为止，这四年多中用于该省征募新兵的费用以及拨给曾国藩作军饷的湖南厘金税款共达二百万两。1862年4月，清帝批准曾国藩的请求，把广东省的厘金系统扩大供湘军使用。于是在广东北部的韶关和广州设立新的厘金局，这两个机构的办事人员都从曾国藩的大本营中抽任。这种跨省的措施只是因为曾国藩得到清帝的支持才得以实现。
但是曾国藩的厘金系统必然会碰到传统的人员培训和根深蒂固的陋习等方面的明显缺陷。就象大部分将领重视军衔和财富更甚于慎独德行那样，少数具有理财能力的文人也被发现缺乏献身公益的精神。虽然曾国藩继续对黄冕和李瀚章等人的廉洁深信不疑，但在1860年中期随着他控制的厘金系统迅速扩大，他不得不把他了解的那些才干胜于清廉的人派进厘金局。早在1861年春，曾国藩手下的厘金税吏及其将领的贪污已恶名远播，曾国藩自认，胡林翼两次写信责备过他，说他“嫉恶不严，渐趋圆熟之风，无复刚正之气”。曾国藩辩解的唯一理由是战争形势紧急，而他能使用的只有这些人，别无其他选择。1862年，左宗棠写信给曾国藩说，不幸的是，他也发现那些能实干的人格外贪婪。曾国藩答复道：“鄙意好利尚有偏裨之才。惟没干者，决当屏斥。” 他哀叹道，“为德为才，得一已难，两者兼全，更不数觏”。
曾国藩认为，厘金税之所以腐败，并非全是他下属的过错。因为他的助手充其极只能在地方绅士中选用比较廉明的人，这些人不仅愿意屈尊俯就，而且还有足够的才干设法征收大量税款。李瀚章在江西的经验使曾国藩相信，只有地方上那种追逐私利的小绅士才对经管厘金税卡感兴趣。曾国藩断言，“江西厘务，立法不为不密；只因各卡贤员过少，遂觉前此之成法皆虚”。尽管他信仰程朱的道德学说，但到1863年时却无可奈何地退而承认，在教育儒家君子时，应考虑到“利”。他痛感自北宋王安石变法失败以来，儒生中鲜有谈“利”之风。曾国藩发现自己与南宋的实用主义者叶适（1150—1223年）的观点是一致的，后者写道：“仁人君子不应置理财于不讲。”
曾国藩与归他管辖的三省巡抚，有责任监督地方的吏治，包括征收田赋和司法行政，并且还要在经济和道德风尚方面医治地方上的战争创伤。在皖南曾国藩进行指挥的第一个大本营所在地，他发现城乡都遭到彻底的破坏。“无不毁之屋，无不伐之树，无不破之富家，无不欺之穷民。”在1860年夏，他感到应“一面治军剿贼，一面择吏安民，二者都不可偏重”。可是军情非常紧急，所以曾国藩必须更加全力以赴。虽然非常需要恢复被破坏地区的经济，但也必须尽快恢复征收田赋，这不但是为了满足军事需要，也是为了使北京宫廷能取得它需要的经费。对一位钦命大员来说，国计毕竟与民生一样重要。在缴税方式方面，不应只由肩负厘金税重担的商人来表示臣民的忠君爱国之心，大小地主在一旦土地有收成时也应同样报效。此外必须采取行动来加强正统的伦理教育以及文人的道德观。应把谥号授予为王朝殉难的义士和为贞操殉节的烈女。
曾国藩认为在地方上实施良好的吏治的关键也在于“贤且智者”，这与他的信仰是一致的。虽然他不象胡林翼当过府县的亲民之官，却没有忽视下层衙门的根深蒂固的弊病。他也深知：地方县官常常巧立名目征收苛杂；上面的省级官员又对县官提出各种要求。但他认为，如果使贤明当道，这些陋习是可以改变的（这正是他梦寐以求的事）。曾国藩对胡林翼任湖北省巡抚时的政绩非常赞赏。该省在1856—1857年肃清太平军时，胡林翼获敕让他自己选用代理知县补缺，而不是由北京朝廷按常规选任知县。胡林翼在一封信中写道：“办事全在用人，用人全在破格。”
从1857年起，对田赋和漕粮（折征）的征收已在湖北省大部分地区恢复。胡林翼不断写信给州县官员，告诫他们要按规定税率公平地向所有地主征税和贯彻“寄抚字于催科”这一传统的格言。这种貌似矛盾的说法也可自圆其说：既然税收为国家所必需，则在征收过程中只有尽可能做到公平合理，才能保护人民的福利。清廷自十八世纪以来已经制定了较轻的土地税税率，但是浮收在这时常较正规的赋税重得多。有些浮收，如火耗和某些与漕粮有关的征收，是得到清帝批准的，但有许多项目则为“规费”，它们从未被正式规定，但却是包括县衙门在内的地方各级官府的必要收入来源。有的浮收干脆被称为“陋规”，它们有时尚可被辩解为官方支出的必要补充，但经常成了税吏纯粹为私利而进行的一种勒索。
胡林翼特别感到痛心的是，一些有足够权势能把衙役拒之门外的所谓“大户”通常能免缴浮收，甚至免缴正规的赋税。大部分田赋实际上落到了“小户”身上，这些通常是平民身分的小地主防止额外课税的最好办法是贿赂胥吏衙役以换取较轻的税额，或者去寻求绅士（他们通常为了从中获利，包揽了小土地主赋税和浮收的缴纳）的帮助。胡林翼把小户的苦难主要归之于衙门胥吏差役，这些人与权势者相勾结，但对农民却冷酷无情，恰似禽兽之于“周围民居所在啄食之也”。他要县令对违法衙役严惩不贷，直至将他们撤职或拘禁。但胡林翼也了解“陋规”常常是上面压力的结果，这种压力不但来自知县，而且来自府道。他在1857年的奏折中写道：“欲禁浮收，当先革冗费”。他确实下令废除了数十种长期在许多省成为定例的小额冗费。但胡林翼自己承认，湖北省的许多地方继续在搞枉法徇私的活动。
曾国藩刚被任命为两江总督，几乎就立刻物色能代署知县的贤员，以便在安徽树立清廉的榜样。他请他的朋友们择才，“唯须得极清廉极贤之州县一二人，来此树之风声”。他因公务繁忙，无暇亲自过问，就把选用皖南代理官员之事交由有举人功名的学者和湘军统领李元度去办。他告诫李元度说，“与民更始，庶几渐有转机”。曾国藩在安徽巡抚翁同书的勉强合作下，还想更换皖北的大部分官员。他写信向胡林翼求助：“皖北州县，一一皆请公以夹袋中人才换之，俟当附片奏之。”鉴于还有战争的紧急任务，看来在曾国藩自己的幕府中被认为适合当地方官或可调任地方官的人为数甚少。
曾国藩显然坚持他的“人存而后政举”的信仰。然而要举者是何政？曾国藩似乎把重振儒家守则放在比复兴经济更优先的地 位。他在1860年7月署理总督时就向两江各省的官员和文人颁发文告，敦促官员要克勤克俭，并请绅士保举有才之士为政府效劳。他强调地方官员的紧急任务是提供救济，但不是给予农村居民，而是给落魄绅士和文人的家庭，特别是给予那些其家属因战争死亡的人。曾国藩任总督后的第一个行动实际上就是设立忠义局。他请官员和文人向局提供殉国者的事迹，加以核实后上报清帝，以便能获准立碑和祠祀。
曾国藩在1861年9月收复安庆后，确实与绅士们一起主办过济贫事业，给充斥在街头的难民施舍钱粮。但同时又在附近确有收成的农村每亩地征钱四百文，以应付紧急的军需。他还优先重新开办敬敷书院，这是为应乡试的士子在安庆设立的学术机构。
曾国藩这时向三种人发出一系列恳挚的劝诫，他们是州县官员、委员（曾国藩称之为“向无额缺现有职事之员”）和绅士。官员们应“以重农为第一要务”，这不仅是因为农民受害最深，更因为“军无粮则必扰民，民无粮则必从贼，贼无粮则必变流贼，而天下无了日矣”。地方官员应尽量减轻农民赋税，减少徭役，帮助治水，甚至帮贫苦农民购买牲畜。州县官应俭朴不肥家私；他们应停止向上司送礼，这样就不需要再征收某些浮收了。州县官应迅速公正地解决诉讼，不惜严惩“恶人”。他写道，这是“不得不刑恶人以伸善人之气也”。但曾国藩没有强调也要严惩衙门胥吏差役。他在谈到他们时，只说州县官自己应该“一分一毫，一出一入，无不可对人言之处”，以为其部属树立榜样。
曾国藩对绅士，特别对那些组织地方团练并在开征维持它们的捐税中从中渔利的人，责难最为严厉。虽然湘军在早期已经吸收了一些团练，但他对它们是否有用则非常怀疑。他在1861年写道：“弟在军数年，一无所解，唯坚不信团练。闻人言团练大捷破贼者，则掩口而笑，掩耳而走耳。”他这时警告绅士，不论谁利用团练局向“愚懦”榨取钱财，将严惩不贷，“虽巨绅也属可诛”。在当时的一封信中，曾国藩含糊地提出，“古来保甲之法”足以维持地方的治安。但没有详细谈到怎样恢复此法。
虽然曾国藩了解中国农村的一些根深蒂固的问题，但因显然全神贯注于军事和财政问题，无力再兼顾吏治。他对“成法”坚信不移。他希望任地方官的正人能“随事纳之准绳，庶不泥于例而又不悖于理”。但他对他治下的新任州县感到失望。他在1862年初写信给安徽巡抚李续宜时承认，他选用的州县官员“皆不惬物望”，而李巡抚留用的那些人“也非称意之选”。曾国藩这时感到选用地方官的标准应予放宽：“中材”对事也许无大妨碍。他又准备了另一份候补官员的名单，要李续宜与他一起向清帝保举，以接替一些在职官员。但新名单证明同样令人失望。1863年夏初他向郭嵩焘承认，自他任总督以来，“吏治毫无起色，可愧之至”。他又告诉郭嵩焘，他已上疏要求十六名新获进士功名的人为江西的州县官员。显然他又恢复了传统的观点，认为那些通过最高级科举考试的人可能会成为最优秀的地方官。
虽然曾国藩力图继续相信贤人的影响，但他偶尔也考虑到制度调整之事，即在受战争创伤的省份恢复征收田赋的同时，减收课税和浮收。幸亏有佃农和自耕农等黎民的勤劳，所以有一些地方的农业恢复得比预料的要快。官绅进行了一定的帮助；已经知道他们分配过家具和纺织工具，甚至鼓励从其他省份移民到被破坏的土地上重新安家。曾国藩估计，江西1862年的秋收可能达到正常年景的七成，而在安徽，大约不到五成。清帝一般会批准一名总督如下的意见：在新收复区至少在一年内全部或部分免征田赋和漕粮。但北京要立刻在长江流域诸省恢复征收漕粮。虽然用船沿运河北运漕粮证实已行不通了，但朝廷希望至少把应缴的稻米折钱征收，以便在上海购米海运至天津。征收漕粮的需要自隋朝（589—618年）以来早有先例，可是因长江下游诸省本身紧急的军事需要而受到了挑战。不可能全部放弃征收农业税。但对太平天国以前若干年的抗租暴动所留存的记忆，以及太平军在一些地方的田赋问题上采取的开明态度，都表明必须减轻农民的负担。
在1855年至1863年期间，长江各省的官员对田赋问题考虑采取三种办法。（一）由于农业税中最重要的部分并不是根据法定税率征收的田赋和漕粮，而是所加的浮收，所以要减轻赋税必然要涉及到削减这些不合规定的浮收。北京预期收到的那部分赋税不会受到影响，因为浮收除了少数事例外都由省的或地方的政府使用，并由地方官员及其下属得益。（二）必须禁止区别对待大户和小户这种长期以来视为惯例但仍是不合法的偏袒，这不仅是为了公平，而且也为了安抚大部分纳税人。（三）江苏东部和浙江北部这两处较小的地区深受战争之害，但每年负担的漕粮份额却特别重。自道光以来，这两个地区的税额实际上只上缴了一部分，清帝也不得不年复一年地批准免征。所以大量减轻这两个地区分担的税额不会使北京真正受到损失。
省级官员按照这三种办法主动采取了行动。在湖南，经左宗棠建议，巡抚骆秉章早在1855年初秋决定对田赋和“折征漕粮”作新的估算。新税率各县不同，是经过知县和推选的地方绅士共同商定的。新统一规定的田赋税率加上浮收约比原来总税率低二成，而折征漕粮加上浮收不到原来的五成。为了能够减低税率，骆巡抚取消了许多归地方各级官员所有的津贴。他还要县令与德高望重的绅士讨论节制包揽（即包征）之法。“许地方公正晓事士绅条陈积弊，设局稽查。”衙门的吏役以及衿棍从此不得包揽完纳。从1855年起的几年中，湖南每年征收田赋和漕粮的总收入（包括浮收在内），与战前相较，据推测减少了四分之一。幸亏有了厘金税，该省仍能支援曾国藩进行战争。
胡林翼在1857年秋季着手搞减税，作为他整顿湖北省的活动的一部分。由于战争和洪水造成的破坏，他要求让一批县暂时免除田赋和漕粮的份额。但对三十三个应照常征缴漕粮的县，他争取清帝的批准进行一次大改革——大量削减极重的浮收和取消名义上有数十种他称之为“浮费”的收入。这里面包括过去巡抚本人、布政使、督粮道以及府道都享受的津贴。他还认为，只有官僚机关和基层机关的弊病得到纠正，“刁绅劣监”才不会再要求分润从包揽完纳中取得的好处。这些无耻的权贵也真能以揭发县衙腐败为手段来进行威胁，从而迫使知县及其下级默认他们包揽赋税的作法。在太平军叛乱之前，湖北省大户用米缴纳漕粮，小户则按过高而不合理的米折银和钱折银的折算率缴现钱。现在所有的户都按照以钱计算的统一税率用现钱来缴纳，但胡林翼却不得不依靠知县们来约束吏役以使新税率真正得到贯彻。湖北省的督粮道及其助手到各个县，先与知县和地方“绅耆”协商，把每地米价和银-钱折换率以及州县衙门的财政需要等因素考虑在内，才能决定一项新的当地划一税率。大部分县每担米应缴的新税率在铜钱四、五千文之间，而在以前，各种税款合计有时高达一万二千甚至两万文。
胡林翼完全相信这种“中饱”之款可以为政府所有或留在百姓手中。他有时采取有力措施来推行新规定。在1858年初，他解除了一名容许征收浮收的知州的职务。但看来他更多的只是严词训诫地方官员，要他们保持警惕和严惩违法的吏役。他说过一段有代表性的话：“州县亲民之官，一吏胥之不能制，即不免于率兽以食人，尚何能与民众分忧耶？”在此期间，湖北的许多地方恢复了正规的田赋。胡林翼之信写于他在1861年9月末死去之前不久，这说明“陋规”仍在该省地方行政中盛行。
1860年后期，曾国藩向江西当局建议，田赋和折征漕粮都应当在次年恢复。代理布政使李桓因此开始与地方官员协商；1861年9月，他起草的章程被曾国藩批准。该省与湖南湖北一样，许多上级向县摊派的费用都被取消了；但全省的田赋和漕粮却被订成统一的新划一税率，这又是与湖南湖北不同的。当曾国藩写信给李桓和江西巡抚时正对胡林翼之死深为悲痛，他似乎已决定在江西省进行田赋改革。他希望新税率会在百姓之间产生新的印象，从而使他们能“踊跃输捐”。但他担心由于这项计划“不利于官”，官府会多方加以阻挠。他决心要弹劾那些“违抗新章” 的州县官员。
虽然曾国藩作出这种告诫以纪念胡林翼，但江西省地方官员德才俱劣，所以他怀疑浮收是否真能大量削减。但在1862年，当为人非常谨慎负责的江西知县丁日昌提出了减轻地方官员负担的具体措施以答复曾国藩的问题时，曾十分高兴。他与新任巡抚沈葆桢联名上疏并得到清帝的批准，取消江西州县亏空的高达二百余万两的巨额应缴税款（此款的大部分事实上在出现亏空时每年已由江西省府向北京垫交）。曾国藩和沈葆桢还为该省在1861年遭太平军侵袭的地区争取到了削减田赋和漕粮的负担。
尽管这些措施能使江西的知县们办事更加方便，但曾国藩发现在以后两年中他们的负担并未大大减轻，其中有些人为了完成任务还陷入困境。这部分是由于白银贬值，而在1864年的规定中改铜钱为征税单位前，白银是江西省征收农业税的法定通货。1863年6月，曾国藩在描述江西局势时说：“州县之入款顿绌，而出款则不少减。牧令深以为不便，而绅民于大减之后仍尔催征不前。”1863年期间湘军军费增加，此事使曾国藩越加后悔不该把江西省田赋税率定得偏低。
这时曾国藩考虑的一个重大问题是关于减少江苏省漕粮份额（还有法定税率）以及把一个浮收份额特重地区的负担予以减轻的建议。他支持这个主张，不过鉴于最近江西省税制改革的经验，他对诸如浮收等有关问题仍然犹豫不决。
当淮军在1863年春季已经巩固了松江区并迫近太仓时，对许多达官显绅来说，早就需要进行的财政改革的可能已经在望了。自从明初以来，苏松太道分担帝国漕粮数量之大很不成比例。这里面积约四千平方英里，在十九世纪五十年代人口大致为一千万，分布于三十一个县，它得天独厚，盛产米棉，虽然它每年米的收成很可能超不过湖北湖南两省中的同类地区。但在十九世纪初期，根据漕粮税制，苏松太被规定要提供年征大米总数的32.7％，即全国法定总数五百二十万担中的一百七十万担。这种不正常的状况是由于从南宋到明代这段时期中不幸的历史发展变化造成的——向在国有土地上耕种的佃户征收的租，在土地转到私人手时转变成税；明代开国皇帝根据租率向江南几个府开征实物税，但遭到那里激烈的顽抗。虽然向苏松太开征以白银缴纳的税在清初已经稍减，但漕粮份额的严重不公平的现象从没有改正；它们的负担至少是近邻常州府的三倍，而后者也盛产大米，并且同样靠近运河。从明代到清初，苏松太道规定的漕粮份额甚至很少缴足一部分。只是从十八世纪六十年代至十九世纪二十年代当长江流域特别繁荣时，它应缴的漕粮才相当及时地全部上缴了。但自从1833年的大水灾和大饥荒以来，江苏省不得不以天灾和歉收为由，每年请求清帝部分豁免负担的漕粮。
很明显，到十九世纪中期，这种税制不能再长期推行了。这时，苏松太道已成战争的关键地区，最后说服北京改变这种不现实的税额的时机到来了。早在1863年2月，松江知府方传书要求李鸿章奏请大量削减苏松太的税额。苏州人冯桂芬在1862年4月就进了李鸿章的幕府并且长期以来主张改革苏松太的财政，他实际上一直就此事在给李鸿章出主意。减低过高的赋额显然是可取的。各方许多人都表示支持。1863年6月，北京的两名官员在同一星期奏请减赋，但回避了与漕粮一起开征的浮收（合法的和不合法的）这一有分岐的问题。这两人就是潘祖荫和丁寿昌，前者是苏州人，任光禄寺卿，其祖父当过军机大臣；后者是苏北人，任御史之职。同时曾国藩和李鸿章就苏松太负担的份额问题于6月27日联名上疏。新任江苏省督粮道的郭嵩焘以及该省巡抚李鸿章本人都推测，清帝可能在太仓和苏州尚待收复和需要民众支持之时批准减赋，而不会拖到战后的将来。
但在上海进行的讨论实际上超出了负担份额的问题。冯桂芬和郭嵩焘曾请教过的前苏州知府吴云也强调同时减收浮收的必要性。浮收项目在苏松太地区为数极多，其中既有为“耗米”和漕运征收的合法浮收，也有一些违法项目，它们或入衙门吏役（这些人负责征收漕米及其折征的现钱）之手，或入仓吏、船户或旗丁等人的私囊。在大户中较正派的人最多只缴纳规定的浮收，那些狡猾的大户则与衙役串通，使其地“注荒”而逃避一切完纳（甚至连漕粮也不缴）。“以江苏大户之众多，其力足以陵压州县，州县不敢校也。一切浮费皆取给于小户。”
冯桂芬和吴云生动地描述了小户的苦难。有些小户认为明智之举是向包揽税赋的人——如衙役或“刁生劣监”——行贿，这些人能把小户重新划分为大户，使他们免缴赋税。“于是大户日益增，小户之困日益甚。”而孤立无援的农民土地所有者则倍蓰加算沉重的浮收，并以折磨和拷打迫使他们缴纳。有人弃地外逃，有人则可能聚众抗税。
吴云和冯桂芬都认为这种局势不能容忍，至于怎样补救，两人则不一其说。吴云认为，规定的沉重份额一旦被减轻，一切就会顺利。在战后的恢复时期，“每邑延请公正绅士出为襄理，官绅合力，可期弊绝风清”。换句话说，他希望派地方上流绅士中较正派的人来抵销“巨室土豪”和衙门吏役的影响。
冯桂芬则坚持，衙门吏役在浮收中有着巨大的既得利益，所以他们必然要进行勒索。他认为，实际从漕粮中贪污的所得，绝大部分落到了他们之手，其数十倍于州县官员，三至五倍于地方绅士。他还坚持，只有清帝批准的浮收才应予保留；而如果漕米改由海运，连这些浮收也可以减轻。他为李鸿章和曾国藩起草的奏议的第一稿，强调了一切非法浮收应予取消，“大小户名目”应予禁止。冯稿从李鸿章转到曾国藩那里，但郭嵩焘私下警告曾总督说，要完全平均征税可能是不切实际的。他很现实地承认了衙门吏役的实际存在，而清朝的官僚机器也正是靠了这些人的歪门斜道才得以维系于不坠。“无君子莫治小人，无小人莫养君子；今将立法制，垂久远，而必取州县之吏，束缚之，困苦之，亦非与民求安之道也。”
曾国藩很快把郭嵩焘和冯桂芬二人的观点加以折衷，主张把主要力量放在减轻规定的赋额方面。曾国藩也持郭嵩焘的现实态度。他在6月2日复信郭嵩焘时提到了江西的经验，那里由于大量减征浮收，致使“州县穷苦异常，而民仍征输不前”。经验迫使曾国藩实际上放弃了桐城学派的基本信仰（即适当的领导和学者的努力可以移风易俗）。他这时承认，吏治中的一些倾向确实已不能纠正。他说：“大抵风俗既成，如江河之不可使之逆流。虽尧舜生今，不能举斯世而还之唐虞。贤者办事贵在因俗而立制。所谓‘除去泰甚’者耳。”曾国藩感到冯桂芬的奏稿“陈义过多”，其中建议裁减浮收一节“断不可遽奏”。他劝李鸿章，即使苏松太地区的浮收在将来得到核减，“浮收竟可不必入奏，不必出示”。他还建议各县征收浮收可按该县风俗人情而为之制。“大户名目可革则革，办法不必一律，减法不必一价，但使小户实有所减而已。”
曾国藩的这些折衷说明了联名奏议的最后内容。奏议的唯一提议是把苏松太道的“浮赋”减到该道在十九世纪五十年代实际缴纳漕米数量较大的七年的平均数字，即定额的一半左右。据说，核减不但公平，而且有助于医治松江和太仓的战争创伤和鼓励民众支持清廷即将进攻苏州之战。显然出于冯桂芬的劝告，李鸿章决定在联名奏议后加一“附片”，建议如果裁核苏松太的赋额，还应“裁减陋规为禁止浮收之委”，同时还要“革除大小户名目”。李鸿章与曾国藩还有不同之点，他建议设局来为苏松太的漕粮定出适当的浮收额，由“绅衿平民一律完纳”。
使许多人惊奇的是，清帝分别在7月9日和18日两道上谕中迅即批复。第一谕表达了对苏松太纳税人的同情，下令永远革除大小户名目，并命曾、李二人考虑取消浮收、陋规和包户的措施。第二谕是根据户部对丁寿昌御史的答复作出的，它原则上同意（细则尚待拟订）把苏松太的漕粮份额在原来规定征收额基础上减少三分之一，同意负担份额较轻的常州和镇江两个府减少十分之一。把核减浙江省三个府过重的漕粮负担之事交左宗棠办理。清帝重申了他经常反复提起的格言，即财政政策应“上顾国家之本计，下悯百姓之余生”。
不幸的是，进一步的斟酌引起了争论，因而并没有产生真正的改革。为苏松太减赋而设立的局于1863年8月在上海成立，冯桂芬任委员。但江苏省布政使兼该局的当然负责人刘郇膏却反对彻底检查战前的税制。刘郇膏是河南人，得过进士，曾在十九世纪五十年代连任苏松太道三个县的知县，熟悉当地情况。他和冯桂芬都认为减赋三分之一为数太少。冯桂芬劝李鸿章再上奏本，要求把原来的漕粮份额再减一成。但刘郇膏出于某种原因，强烈地坚持应把以白银缴纳的规定的田赋减二成或二成五为宜。他虽然也要求减税，但念念不忘的是减税在衙门胥吏中是否行得通的问题。他坚持要保留官府簿册上登记的五十多种土地的等级，簿册上每种土地各载有一种税率。冯、刘二人对浮收问题也有分歧。冯桂芬坚持，通过海船运输的漕米数量必然越来越多。海运比腐败的运河运输的费用要低得多。当刘郇膏明显地考虑到苏松太州县官员的利益而提议增加一千文“运输津贴”的浮收和一千文“杂费”时，冯桂芬大为愤怒。他与几个绅士朋友强烈地抗议，因为他们担心刘郇膏会把增收这些浮收的内容塞进曾国藩和李鸿章准备上呈的第二个奏议之中，从而抵销了减赋的好处。冯桂芬本人从未为维护县的定制而提议过任何规定。他直率地引用过一句古代的格言：“作法于凉，其弊犹贪；作法于贪，弊将若之何？”
冯桂芬的建议得到苏松太区一些知名绅士的支持，这些人都拥有大量的地产。由于地主要依靠他们佃户的劳动，所以象潘曾玮（1819—1886年，道光时期军机大臣潘世恩的幼子）那样的隐退官员并不一定同情为了微利与衙役又倾轧又勾结的小绅士。此外，在冯桂芬与潘曾玮那样有名望的绅士和几十万属于苏松太小户的自耕农两者的经济利益之间，并没有必然的冲突。
李鸿章以他一贯的实用主义态度，对冯、刘二人的观点兼收并蓄。最迟到1863年12月当他的衙门搬到已被收复的苏州时，他要冯桂芬起草第二份准备与曾国藩联名的奏议。此奏遭到当时任布政使的刘郇膏的严厉批评，但曾国藩并不是一点也不同情冯桂芬的。刘郇膏受命重新起草，但他到1865年6月9日才送上来，这时曾国藩已经赴山东剿捻去了。
在此期间减赋之事无独有偶。负担漕米份额分外沉重的第二个地区是浙江省富饶的杭嘉湖道。这里有着与苏松太同样的历史背景（原来的租率都已经改为税率），它负担的漕粮份额在十九世纪初也高达一百一十万担。但早在1823年以来，几乎每年都要豁免一部分份额。与苏松太一样，有权势的地方也搞“注荒”，地方官除了向小户加征浮收以弥补大户逃避的完纳外，别无他法。沉重的浮收中包括运输费（1852年后浙江漕米开始通过海路运往北京时，已被核减）。自耕农有时在所谓“包户”的帮助下也取得大户的名分，这与苏松太的情况一样。
在1863年大部分时期中，闽浙总督兼浙江巡抚左宗棠设大本营于严州，向杭州的进攻进展缓慢，所以杭州到1864年3月31日才被收复。十天之前，李鸿章的部队已经收复嘉兴，但湖州到1864年8月才攻取，那是南京失守后一个多月的事了。对清廷答应核减杭嘉湖漕粮份额之举，左宗棠的第一个答复颇有卓见地说明了漕粮为什么象苏松太那样已成为民众暴乱的常见的原因。自耕农在应缴的每担漕米外，通常至少还要另缴八、九斗。他说：“竭小民终岁之力，徒为胥吏中饱、衿棍分肥之资。”
1864年11月，左宗棠报告了关于他设立一个制定章程的局所拟定的新漕粮之事。他指望把规定的份额减少三分之一。每亩地的税率也作相应的调整。这项工作较苏松太所进行的要简单得多，因为只需把土地分成九等。左宗棠还打算解决浮收问题。他知道地方政府的开支必须有来源，所以提出了一种规定的浮收，名叫“运费”。这项运费是在清帝批准的漕米浮收之外以运输名目另外征收。左宗棠暗示，县令可以视情况需要使用附加的“运费”收入，不用说明用途。但他规定的“运费”不高，对每担应缴的漕米只收八文，这比十九世纪五十年代向杭嘉湖征收的海运特别费用多四文半钱。与冯桂芬的意见不同，左宗棠不认为他征收的“运费”会引起更强烈的贪婪。他认为制度应“因俗”制宜，这点与曾国藩是一致的。结果，户部提出减赋三十分之八，此议在1865年5月被清帝批准。在杭嘉湖恢复征收糟粮的工作落到了新任浙抚马新贻身上。负责征税的局拟订的税率表比左宗棠设想的要高，从1865年秋季开始按新税制征税。
同时，关于苏松太漕粮的争论仍在苏州继续进行。该城最有影响的绅士学者可能是潘曾纬，他力图说服布政使刘郇膏接受冯桂芬的观点，但没有效果。在北京当官的苏州府吴江人殷兆镛在1865年5月中旬曾上疏，列举江苏省税制的弊病，其中不但攻击了李鸿章严厉的厘金税赋，而且还攻击了似乎与田赋一起恢复的沉重的浮收。
曾国藩和李鸿章1865年6月9日的第二次奏章，要求把苏松太以及常州府和镇江府的规定田赋核减二成。它还提出应把上述地点的漕项核减二成；漕项是经过清帝批准的浮收，它征收白银，并且是以运输漕米的名目开征的。一份附片报告说，在过去一年当苏松太根据临时税制恢复征收田赋时，凡是“火耗”浮收都已被核减一半。对大小户也不再作区分，并且今后不管是官是绅，凡再进行包税者，都将受严厉惩处。
曾国藩和李鸿章的第二次奏议可不象他们前一次的要求，它直截了当地被户部拒绝。1865年8月的一道上谕宣称，由于运输漕米需要漕项，核减这项收入只会引起地方征收数目不等的“津贴”。随着太平军的消灭，朝廷不打算在农业赋税方面让步了。
李鸿章的所谓腐败的厘金税制被殷兆镛激烈攻击，特别使李对他的理财名声不安。作为两江代理总督，他通过江苏代理巡抚刘郇膏在苏松太地区核减了诸如火耗、耗米和银钱折换差额等浮收。但在1866年当李鸿章离开南京去征剿捻军以后，刘郇膏指令，按照新税率对苏松太自耕农应缴的每担漕米增收八百文浮收。这等于恢复已经取消的额外负担。代理巡抚做的事也许是势在必行的，因为他不管出于合法或非法的目的，必须去弥补那些已被取消但又需要用来维持地方官府的陋规。此外，曾国藩和李鸿章的第二次奏议已被驳回，苏松太的正规税额依然过于沉重。随着长江地区的安全有了保证，朝廷不大愿意在那里进行田赋改革了。