1884—1885年的中法战争，是对中国过去二十年间所执行的新式陆海军计划的第一次外部考验。中国的日子并不好过。在两年之内的陆上和海上的零星战斗中，中国人在经费、人力、物力和威望上都遭受了巨大的损失。中国丢失了对安南（中国人对越南的称呼）传统的宗主权，而且必须让法国人在商业上侵入华南内地诸省（见第二章）。
可是，法国的胜利也远远不是决定性的胜利。在中国于1884年“非正式”宣战之前的一年多时间里，刘永福的黑旗军有效地在东京困扰法国人，有时设壕作战，有时巧设埋伏以伺机狙击。1884年6月后期，原左宗棠所部的军官王德榜统率勇营参加作战，在北黎附近经过三天苦战之后打败了法国人。8月初，著名的淮军将领刘铭传率领的军队打退了法国舰队司令礼士卑士对台湾基隆要塞的进攻；10月份，法国人又在淡水遭到严重的挫折。1885年3月23日，中国人在中国-安南边境的镇南关击败了法军，并且在往后的两个星期中接连收复了重镇谅山和安南的其他据点。在某些人看来，当和平谈判迫使双方在1885年4月4日停止了敌对行动时，中国人正在胜利的边沿。
然而，中国的外交和战略形势实际上处于非常不利的地位。中俄关系和中日关系因中国在朝鲜的地位问题而闹得很紧张，而且谣传法国人正想在北面帮助日本人与中国交战。此外，中国也因行政和后勤方面的严重困难而大伤脑筋。正当北京的决策人继续举棋不定时，省一级督抚官员却完全陷于思想混乱之中。这种混乱特别明显地表现在福州地方上，因为1884年8月23日这里的十一艘舰只组成的中国建造的“现代”舰队，不到一小时就被法国人摧毁。随着福州这次创巨痛深的惨败之后，以江苏为基地的南洋舰队也由于领导无方、训练糟糕和纪律松弛，在试图打破孤拔将军对台湾的封锁时大败亏输。
甚至中国在陆战中的胜利也被吹得有些玄而又玄。比如刘永福在东京取得的有限的胜利，部分是由于黑旗军在非正规战争中东奔西突的勇气，但是这些遭遇战也表明了法国人的弱点：犹疑不定，后勤困难，战术措置失宜，完全缺乏准备。当1883年12月13—16日法国人在山西发动一次协同一致的攻势时，黑旗军便受到了“一次可怕的——即使不是致命的——打击”。法军在四个月后占领北宁的时候，刘永福据说是不战而退的。甚至经常被吹嘘为中国大捷的谅山之战，法军之战败似乎不是由于清军的战斗力高和训练有素，而是由于人数上占压倒优势以及法军供应上存在的问题。目击者的记述表明，尼格里将军的部队极端缺乏火药和其他供应，因为法国的“苦力队”大批地开了小差。根据一位西方观察者（此人被其他外国人认为是同情中国人的）的说法，谅山地区的清军装备得很好，但训练和领导都极差。胜利之取得并不是由于中国军事制度起了作用，恰恰是因为没有中国军事制度影响的缘故，而且中国人的伤亡几乎总是比法国人的伤亡大得多。只有在台湾的中国军队才能够一比一地坚持与法国人交战，这大部分应归功于刘铭传的精明的准备工作和几位淮军军官的指挥才干。
李鸿章通常被指责应对中国海军在中法战争中的覆没负有责任。批评家们认为，如果他一旦接到请求就愿意立即派遣北洋舰只南下，他是有可能保住福州舰队的。他和南洋大臣曾国荃都受到警告，不要在战时只顾本省一地之利。但是，李鸿章之专注于北方防务是情有可原的，甚至连张之洞也认识到这一点，这特别是因为日本在朝鲜的活动正在日益加紧。此外，就法国人来说，他们实际上也打算进犯北方。他们之所以还不敢放手进攻华北，部分原因就是那里有李鸿章的部队。李鸿章虽然很明显地不急于以反对法国人来考验他的舰队，但他并不缺乏爱国精神。中国所处的复杂的国际局势以及整个清帝国的行政制度，很不利于对法国的挑战作出迅速而举国一致的反应。
虽然某些文人和官员相信，中国在1884—1885年与法国作战时实际上是打赢了陆战，但是，中国海军的缺点却是暴露无遗了。有许多人要求作出新的努力，例如应谋求更集中的协同作战。早在187O年，政界元老曾国藩就已经提议，需要把海军船只置于单一的指挥之下。1885年这个意见至少在名义上突然变得可行了。1885年10月北京成立了海军衙门，以醇亲王为总理海军事务大臣，而以庆亲王奕訢（1836—1916年）和李鸿章为会问办理大臣。这一“中国海军部”的组织可以比得上总理衙门，它最后拥有六名帮办，而分九批工作的三十名官员则主要是满人。醇亲王本人这时似乎已转而相信自强运动。但海军衙门应该主要被看做是慈禧太后及其宠幸们所搞的鬼把戏，意在与李鸿章分享北京能从各省提取的经费，虽然它表面上的动机是无可指摘的。
它的背景是1884年4月宫廷政治中发生的一件大事。一位御史攻击恭亲王和军机处应对东京的军事挫败负责，作为摄政者的慈禧太后便降旨解散了整个军机处，而以礼亲王（世铎）为首的五名新军机大臣来接替。恭亲王也和其他三名大臣一起从总理衙门免职，它的领导权交给了庆亲王。作为年轻皇帝的父亲，醇亲王不便在军机处或总理衙门供职，但慈禧太后再次降谕，“着醇亲王奕訢（就军机处事宜）一并与议具奏”。醇亲王的心腹顾问中有孙毓汶：这是一位精明而贪得无厌的翰林院出身的官僚，他曾得到慈禧的信任而被任命在军机处供职，直至1895年，即醇亲王死后的第四年。
虽然醇亲王在伊犁和安南危机期间也站在“主战派”一边，但他过去对海军事务却不感兴趣。他曾给神机营买过西洋军火，但直到1881年初他才开始以矛盾复杂的心情对铁路和机器开矿表示兴趣。50000444_298_3他和慈禧太后之决定成立海军衙门，无疑是受了李鸿章1885年9月份在北京作三个星期逗留时的影响的结果，那时这个计划正被提出来反复加以研究。
李鸿章非常急需经费来维持和建立他的舰队及其相关的设施。虽然他同伊藤博文在4月份就朝鲜问题签订了协议，李鸿章仍然相信，中国迟早会因它的这一最邻近的藩属而与日本相对抗。醇亲王也能够看到朝鲜的重要性，但他也知道，他的异母兄弟和政敌恭亲王由于反对慈禧太后喜爱豪奢的苑囿宫殿而在很大程度上招致了太后的愤怒。李鸿章在十九世纪八十年代初期每年只从各省收到约六十万两用作海防经费。他把有清帝支持的海军衙门看做是这样一种手段，即它将迫使各省在满足皇室的园林建造的需求之外，更为海军多出经费。李鸿章别无其他选择，实际上只能跟清帝本人串通在一起。
清帝现在给各省施加压力，要他们给海军衙门每年送足原定的海防经费四百万两，按照上谕所说，甚至为此削减绿营和勇营兵额以及废除海军的中国帆船式战船和无用的陈旧轮船也在所不惜。除此之外，又宣布新设“海防捐”。为此目的，公开实行卖官鬻爵，官员被鼓励出钱来“报效”，以使自己能够晋升或使过去的渎职行为得到宽恕。
慈禧的当务之急是首先重新修建皇宫西面围绕三海的、有许多亭台楼阁的御花园，它位于北京的中心；然后是建造在城外西北的避暑离宫。早在1885年6月，她曾命令满洲的四大富裕贵族（包括不幸的崇厚在内）帮助苑囿的建设，即伸手要他们捐钱。这四大家族和另外其他几家共捐出二十四万两。1886年1月的一道上谕，公开为三海建设要求粤海关监督帮助经费，而且还要求海军衙门本身作为“借款”提供款项。醇亲王在12月份写信给李鸿章说：神机营和海军衙门已从当时筹措到的二百二十万两中提供了七十五万两，但池苑工程还需要更多的钱。因此，醇亲王建议李鸿章应该筹集更多的经费。他希望李鸿章的衙署能帮助弄到一笔七十万两的外债，其名义是“可否指称创建京师水操学堂或贵处某事”。李鸿章只得照办，而且他显然在这笔外债中增借了二十二万七千两，以用于他的舰队。这笔钱由当时正在帮助李鸿章搞直隶北部铁路计划（这计划得到海军衙门的赞助）的伍廷芳来筹措，而由德商泰来银行的天津代理人提供。总数为五百万马克，年息五厘五，由天津、牛庄和芝罘海关收入于十五年内偿清。李鸿章最后放弃了他筹款不举外债的原则——但只是在北京的命令下才这样做的。
与此同时，李鸿章每年从海军衙门收取他的应得份额约一百五十万两（其中一部分直接解往天津，不过是记在海军衙门帐上）。他也从海军衙门接受数额较少的不定期付款，以应付特殊需要。他分别通过驻英国与驻德国公使曾纪泽和许景澄在1886—1887年定购了两艘新的英国巡洋舰和两艘德国巡洋舰。（前驻德国公使李凤苞在定购李鸿章的头三艘德国舰只时被指控收受了大量个人佣金，因而已在1884年被撤职。）1888年当新的巡洋舰到达时，李鸿章订出一套北洋海军章程，重新组织了他的舰队。这个章程的内容把英国海军的实际做法、勇营的制度和绿营兵的术语，都兼收并蓄于其中。丁汝昌提督将由两员小军舰舰长辅佐，他们被授以总兵衔，各指挥一艘7，430吨的铁甲舰。从2，300到2，850吨的几条巡洋舰则交给军衔为副将的舰长统带。这些舰长一方面得服从提督调动，一方面对自己的舰艇又享有完全的权威，并完全有权指挥支应委员以及管好受训的学生。这是一支给人印象深刻的舰队，它拥有两艘铁甲舰、七艘巡洋舰、六艘炮艇和六艘鱼雷艇。
可是，李鸿章发现他不能进一步扩充他的舰队，虽然他已知道日本正在购买一种更新式的、经过改进的船只。困难是在财政方面，因为慈禧现在正致力于在北京西北建造颐和园的计划。她从海防经费中究竟提取了多少钱来盖造颐和园，其确切数目是难以弄清楚的。但是我们发现，醇亲王在1888年11月给李鸿章写信，要求他向几个省的督抚们筹款二百万两，存入天津洋行，以其利息用于进一步修造这座避暑离宫。可是，这只不过是刚刚开始，因为1891年3—6月清帝批准了海军衙门本身的奏折，公然建议颐和园的建筑款项应取自海防捐款和驻外使团专款。早在1888年3月，清帝本人就已在一道上谕中宣称，他愿为皇“母”提供休憩颐养的环境以娱其晚年，就象乾隆帝对待他的母亲那样。皇室的伦常显然允许这样胡乱花钱，以尽孝道。
在这同时，北洋海军在1889—1890年继续每年收到约一百二十万两，勉强够维持它现有的舰队、设备和人员。1890年，旅顺口海军基地装备了一个四百英尺长的砖石船坞，以蒸汽作动力，俯临一个疏浚达二十五英尺深的海港，全部基地的工程总共花费了三百多万两（主要工程由法商承包）。可是，李鸿章因此不能给他的舰队增添一条船了。显然由于慈禧太后的需求不断增加和许多谄谀之徒从夏宫的修建中渔利，海军衙门向清帝建议“停购船械”。
可是，经费来源不足还不是李鸿章的海军所面临的唯一困难。在筹措经费和保护自己的权力的同时，李鸿章还在想方设法解决对合格人员日益增加的需要的问题。随着福州船政局的日就败落，李鸿章的天津水师学堂成了培养下级海军军官的主要来源。1888年，李鸿章在琅威理的帮助下改组了水师学堂；琅威理是在1886年初返回中国的。水师学堂的重订章程表明，它愿意使中国的海军训练赶上西方的现代实际水平。入学要求被提高了，学习年限延长到六年零九个月（包括二十七个月的舰上训练），定期考试也被规划出来了。章程也包括了关于奖惩、提升和海军礼仪等复杂细致的规定。毕业生还被授予候补千总的身分。旅顺口、威海卫、大沽和北方海岸的其他据点，还提供船上和岸上的训练设施。
可是，有些中国的高级海军人员的特点是骄傲自大和尔虞我诈。福州船政学堂出身的高级军官与其他地区来的军官之间的关系十分紧张。有些高级军官对琅威理的非常宝贵的工作表示不满，所以琅威理称这般人为“既愚昧、又嫉恨别人的人”。这些紧张关系，再加上琅威理在中国军队中的地位不明确，造成了一次事件，从而使他在1890年辞职。琅威理的去职特别不幸。它不仅促使中国学生被排除于英国海军学校之外，而且使北洋海军内部的标准也为之下降。赫德曾经非常痛惜琅威理的辞职，可是也承认他的僵硬态度使他陷入了麻烦的境地。
与此同时，其他地方的官员都正在试图改进海军训练，当然，他们的资源必然比李鸿章更受限制。在广州，总督张之洞在1887年开设了广东水陆师学堂，其基础是原淮军将领张树声总督1881年在黄埔早已开办的一所训练学校。虽然在理论上张之洞认为海陆军训练同样重要，实际上广东地处沿海，所以他更加重视海军。黄埔学堂的航海部分是仿照福州船政学堂和天津水师学堂开办的，它吸收了这两个学校原来的师生员工。吴仲翔曾在福州做过十年学监，并帮助李鸿章创办过天津学堂，现在当上了张之洞学堂海军部分的第一任负责人。虽然海军部分在1887年开始时有七十多名学生，后来又至少从福州转来了三十七名学生，但到1893年只剩下了二十五名士官生。财政拮据可能是享受公费补助的学生人数严重下降的部分原因，但张之洞又要强调中文学习，又要强调海军技术，这也一定打击了许多学生的学习情绪。士官生在学堂里每一天都奉命读经，以“巩固根本”。李鸿章的天津水师学堂不允许学生应科举考试，可是，张之洞却准许他的士官生这样做。张之洞在1889年后期的调任是对学堂的一个打击。他的继任李瀚章对扩充学堂的计划横加阻挠，而在1892—1894年，臭名远扬的保守派、广东巡抚刚毅则蓄意摧毁了这个计划。在刚毅的任期内，广东水陆师学堂遭停办，洋员被解聘，广东小舰队的现代化船只常年投闲置散，抛锚而不开动了。
在北京避暑离宫附近，于1887年创立了一所所谓昆明湖水师学堂，以此来证明海军衙门的开支已用于正途，它培训了约四十名满洲生员，以便他们去天津水师学堂深造。曾国荃在南京迟至1890年才开设的南洋水师学堂则不那么被人们所耻笑了。它仿照天津水师学堂的榜样，意在为南洋舰队提供军官。据报道，它的入学要求是严格的，课程是完备的，师资（有几位教师是天津水师学堂的毕业生）是合格的。但它也不能吸收优秀学生，而且经费显然也很短缺。它的第一批士官生直到中日战争后才毕业。
1885年，清廷采取另一步骤以加强帝国的海疆。10月12日，即宣布海军衙门成立之当日，宣布了一道上谕：把前此为福建之一部分而受治于道台的台湾单独另设行省，而以刘铭传为第一任巡抚。刘铭传是原淮军将领，以打败太平军和捻军而蜚声国内，他曾在1884—1885年的法国人入侵中负责防守台湾。1884年他曾任福建巡抚，驻节在台湾。现在他将就任清帝国第二十个行省的巡抚。（福建巡抚之职将由驻节福州的闽浙总督兼任。）刘铭传将单独负责台湾的人事安排，特别要对军事方面的人事安排负责。清廷终于迟迟地认识到了台湾的战略重要性及其经济潜力。
自1683年清朝征服台湾岛上国姓爷的后裔之后几乎两百年期间，被葡萄牙人称为福摩萨的这个岛，对满洲人来说是一个边境地区，要放弃它就太危险了。它那里隐匿着许多不同政见者，这些人可能有朝一日再度利用它来反对清朝。可是，北京还不能贯彻限制中国人从大陆移向台湾的法令。清朝自十八世纪中叶以来在那里的记录是贪污腐化和政令不行，在此期间它不时对起义进行镇压。英国舰船在鸦片战争中炮轰基隆和在十九世纪六十年代初期开辟淡水及打狗（今高雄）为条约通商口岸，才开始使北京憬悟到这个岛的重要性。可是，1874年日本入侵该岛一事，才真正使几位政治家相信加强其防务的迫切需要。1874年危机期间任钦差大臣的沈葆桢在台湾呆了一年，他安装了海岸炮台，并且计划在基隆搞一个机器开采的煤矿。1875—1877年任福建巡抚的丁日昌对台湾事务给予很大的注意，并在1876—1877年冬春之际视察过该岛。他目睹过基隆各矿第一次用机器采煤，又由于他的出力，台湾府（台南）和打狗之间的一条三十英里长的电报线在1877年才得以铺设。丁日昌还有一些雄心勃勃的计划：他想把台湾建成华南的海军基地；建一条纵贯该岛南北的铁路以便利战时运兵。这些设想原则上虽已被清帝批准，但各个方面都不给予财政支持，尤其是掌握福建财源的闽浙总督更加如此。丁日昌视察了岛上的绿营兵，发现贪污成风，例如有许多“士兵”只在花名册上列有虚名。由于他的建议，至少台湾的十名绿营军官被裁汰，包括总兵和一员副将在内。可是，丁日昌本人对有机会在台湾贯彻他正在进行的各项革新事业的这一幻想也破灭了。从1875年以来他被士大夫之流大肆攻击，其凶险程度较之李鸿章所受到的攻击有过之而无不及，而攻击得特别厉害的是他想拥有铁甲舰和倾向西学的观点。丁日昌于是乞病（这也是实情），请辞去福建巡抚职务；这辞呈在1878年4月被清帝接受。
丁日昌对台湾的幻想现在等待刘铭传巡抚去实现了。刘铭传在中法之战之后来到台湾就任，他得到的财政支持比丁日昌所得到的要多。淡水和打狗（以及它们的外港基隆和安平）的关税收入在1886—1889年每年达四十五万两，后来还略有增加。这笔款项都被拨做台湾陆军费用。1885年，清帝每年另给刘铭传八十万两，为期五年。这个数目由福建省库和福州海关出资四十四万两，另由上海、九江、汉口、宁波和广州等海关出三十六万两。鉴于他的计划庞大，刘铬传的总收入还是不丰裕的。他被当时的外国人誉为“非凡的中国官员”，不过，一位现代的审慎的学者把他五年的巡抚政绩评为“最多也不过是一个瑕瑜互见的记录”。
刘铭传忠实信奉李鸿章关于武装备战的重要性的主张，所以他马上通过欧美商号大批订购大炮和枪支。在刘铭传以前，沈葆桢、丁日昌和其他人士已经用大炮装备了台湾和澎湖的要塞。从1856年开始的三年内，刘铭传给台湾和澎湖的炮兵掩体增加了三十一门新的阿摩士庄大炮。其中三分之二的口径是九至十二英寸。他还买了一万支后膛枪，并计划在台北附近搞一座兵工厂，他到1886年花了二万多两建造工厂，花了八万四千两买机器、金属和更多的枪支及子弹。这座新兵工厂约有三百名雇工，在一员德国工程师的带领下工作，它向刘铭传的部队提供枪炮的子弹，而且当1887年刘铭传为台湾铺设铁路的计划开始的时候，它的金工车间被证明是极其有价值的。
早在1886年，刘铭传就计划在台北和台南之间搞电报，搞海底电线把台湾、澎湖和福州连接起来：所有这一切计划都被认为在军事上是必不可少的。由于与德商泰来洋行和英商怡和洋行签订了合同，这两条线路在1887年完成，此时正是李鸿章在天津创办了电报总局以后的第五年。
正如他在打太平军及捻军的年代那样，刘铭传这位目不识丁的纠纠武夫不仅容易接受西洋武器，他还急于让他的士兵实行西法操练。刘铭传认为，台湾岛上的绿营兵在全国是最下乘的。它的名义上编制是一万四千名，实际数字在1884—1885年是四千五百名。刘铭传着手搞一项重新训练的计划，从优秀射手中挑选新军官。刘铭传也不满意台湾的勇营。他在1885年的奏折中说，湘淮两军已成“强弩之末”。他主张，实行新的训练是绝对必要的，特别是现在当后膛武器已引进国内的时候。“倘令枪码不明，则远近高低茫无准的，是有枪与无枪同矣。”
1885年后期有十六营楚勇在台湾，由左宗棠原来将领之一刘璈率领，此人在1881—1885年任台湾道台。刘铭传现在接管了刘璈的楚勇，还统带着他本人带到台湾来的十营淮军。淮军的补充兵员主要从刘铭传的家乡合肥取得，这使他到1888年拥有总数达四十三个营，即二万二千人马。两位欧洲教官训练着他的士兵。
刘铭传知道，他不能指望在规定的五年期满以后每年还有八十万两协饷收入。可是，他找到了弄到岁收的办法，这就是要使农田的实际所有主缴付更多的税。这一改革首先要求搞一次地籍调查，而这项工作在清代却从未在一省的范围内开展过，除了新建的新疆和台湾二省以外。李鸿章知道中国农村的既得利益集团壁垒森严，所以他在受任直隶总督以后的1870年明确指出：“通省清丈，断办不到”。可是，刘铭传1886年恰恰着手解决了这个问题，结果把台湾地赋的估计收入从183，366两提高到了1888年的674，468两。
在这一时期之前的两年中，刘铭传已经成立了两个清赋局，一在台北，一在台南，挨家挨户编造土地清册。他正在利用渡过福摩萨海峡而来的移民两个世纪以来的开拓成果。从十八世纪初起，数量不大的人们（有人说台湾全部是四万人）曾得到政府的专利执照，准许他们开垦大块土地。可是，这些专利执照持有者中很少有人自己实际从事垦殖。反之，他们把每块土地分给几个开发者，后者又转而把地再租给佃户。当涌入的移民越来越多和地价上涨时，许多开发者实际上又变成了大的外居地主，即人在城市而坐收佃户四成至六成收成的地主。这些地主在台湾被称为小租户：他们应向那些专利执照持有者（被尊称为大租户）交付他原来收到的土地收成的百分之十左右。根据传统，只有执照持有人才付土地税。由于台湾岛上清朝官僚体制的腐朽无能是臭名远扬的，专利执照持有人往往连并不沉重的地税也予以规避。例如，刘铭传惊愕莫名地发现，淡水全县每年的土地税仅能收780两！另外，许多专利执照持有户已日就式微，那些小租户常常是具有绅士地位的很大的地主，他们根本不纳税。
至少在台湾北部，刘铭传赢得了当地绅士领袖人物的合作，税制改革进行得颇为顺利。小租户是实际的土地所有者，所以发给地契，并且每年比照他们的土地征税。原来的专利凭照在理论上仍然有效，但小租户每年向专利执照持有者交付的地租减少了百分之四十。新制度早在1888年就已在台湾北部实行。可是，这改革在台湾中部和南部却遇到了抵抗，这部分是由于土地调查中的种种弊病。1888年，在彰化爆发了一次严重的起事，它是由当地的地主施九缎领导的。虽然新税法最后在中部平原也得到推广，刘铭传认为必须与台湾南部的更加巩固的既得利益集团作出妥协，于是同意了这样一个方案：某些专利凭照持有者可以保留他们与土地的关系，而与小租户一起分担新征的土地税。
同时，刘铭传还想开辟该岛的商业财源。他开征了种种厘金税，但由于外国商人的反对，许多种厘金被停止征收。他向山上的每一座蒸馏厂征收樟脑税，不过他不得不准许外国商人免交厘金税出口。这些收入来源，加上关税和土地税的留成（即平余，这是征税所收之铜钱折算成银两的“成色差额”），使得刘铭传治下的台湾甚至在1889年协饷已经停解之后岁收总数仍能达到二百一十二万两。50000444_310_1
刘铭传用这有限的资财计划了许多亟待开发的项目：办铁路，开航运，采煤，兴建一所洋学堂，聘用外国人训练军队。但不幸的是，正值全中国都必须为防御日本而进行准备之际，刘铭传的部队却必须在台湾的高山密林之中与“凶残的生番”作战。
台湾土著和汉族移民之间的冲突，自然是不可避免的。当移民到十九世纪八十年代估计增加到了二百五十万人的时候，自然要引起对较低山丘可耕地的争夺，土著居民在这些地方或是被消灭，或是被赶跑，或是被降服。那些随波逐流并心甘情愿来到台湾的清朝官员们，从未制定出一项令人满意的“山区政策”。移民和生番之间的冲突历久不衰；后者也购买了火器并且善于把守山隘，他们经常突袭平原，杀人泄忿。刘铭传部分地为了便于同他们作战，部分地为了取得樟脑和木材，就建造了一条横亘东西两海岸的道路，穿山越岭，止于彰化。由于战斗越来越激烈，数以百计的清军士兵和几位最好的淮军军官染病而死于瘴疠地区。刘铭传在台湾任职期间合计对“生番”打了四十次仗。尽管他使用了机关枪和野战炮，他的部队仍吃了几次大败仗，例如1889年在宜兰附近便损失了273名官兵，包括他自己的侄儿在内。清军的士气很低；在旷野地方作战并无战利品可资掳获，这就使得这种对土著的战争完全不同于打太平军、捻军或打回民的战斗。
刘巡抚既是一丝不苟，又富于创造精神。1885年，他指控道台刘璈贪污，由此得罪了台南地区的官僚和地主势力。为了吸引品性卓异的文官到台湾服务，他在1886年上奏说：和在新疆一样，凡到台湾服官积功满三年以上者，准其回大陆后优先擢升。刘铭传不得不从吏部为台湾挂牌的人员中挑选府县长令。可是他在1888年提出要求：鉴于台湾环境的特殊，十年之内那里的县令应由巡抚荐举，特别是要从有地籍调查经验的人员中荐举。吏部认为，该部在台湾十年停止任免人员的时期太长，而清帝则准许他三年之内可自选县长。
和李鸿章一样，刘铭传也设专局来经办他的新事业。但在1889年，清廷强调地重申了1885年的上谕，要求各省裁减这样的局及其人员，而凡属必不可少者，应将它们的财政情况定期上报户部。当清廷的政策实际上决定把力量集中在北京的苑囿方面时，刘铭传的倡议就几乎得不到清帝的支持了。在十九世纪八十年代，甚至李鸿章的轮船招商局也不得不归还七十年代政府所举的公债。
到了1890年，刘铭传也和他的前任丁日昌一样逐渐丧失了希望。甚至他的卓越的地籍调查工作也被御史们攻击一通，说它引起了1888年的叛乱。刘铭传开设了一个商务局（英文名称为The Formosan Trading Company），它的经费来源一为台湾官方资金，一为私人所认捐款，特别是新加坡华侨的捐款。虽然它在1888年拥有两艘英制新轮船，但它在与外国商号的竞争——甚至在与中国轮船招商局的竞争——中，一直赔累。1888年，刘铭传改组基隆的著名煤矿为官办的“基隆官煤厂”。但它缺少周转资本，所以刘铭传打算接受一位英商的一百四十万两的投资，其条件是这个企业应在二十年内在台湾享有垄断机器提炼煤油及机器采煤的权利。可是，北京拒不批准。为了挽救基隆的煤矿，刘铭传在1890年6月重新奏请清帝：这些矿井可以交给一位广东人率领的一批中国人经办。扩资之后，台湾政府将出此资本的三分之一，接受其相应份额的红利。从这个迹象可以看出他在北京失了势，并且也可看出他的庇护人李鸿章的影响下降了；因为他为此受到总理衙门及户部的严厉批评，原因是他重新提出了早已被朝廷批驳的建议：它们耽心这些投资者的后台仍是外国人。1890年10月的一道上谕给刘铭传以“革职留任”的处分。
1891年6月当刘铭传辞去台湾巡抚的时候，他或许有一种慰藉。自从1880年以来他一直为在中国建造铁路奔走呼号，1887年他得到清帝批准在台湾兴建了铁路。在“官督商办”的名义下，刘铭传的商务局从海外华侨那里集资一百万两。工程进展得很慢，但在1891年6月台北和基隆之间长二十英里的路面已被铺轨十五英里，而两年以后，在他的后任邵友濂的任期内，台北和新竹之间四十二英里的铺轨工程也得以完成。它的起步是缓慢的，但在1894年全中国仅有319英里铁路，包括台湾在内。在直隶，李鸿章花了二十年时间才建成一条长257英里的铁路。
中国第一所训练陆战人员的学堂——即天津武备学堂——直到1885年才建立，即在天津水师学堂兴办的五年之后。在这方面迟迟才动手是叫人很难理解的，鉴于李鸿章在七十年代就已经大力向欧洲和美国派遣人员去接受军事训练，这种现象就更是不可理解的了。早在1875年美国将军埃默里·厄普顿即曾向李鸿章建议应开办一所中国的武备学堂，但李鸿章以厄普顿的建议花费太大而加以拒绝，因为它需要从美国陆军聘用九位教师和教官，还加上一个学六年英语的方案。1880年，戈登也敦促李鸿章兴办一所武备学校，但只是在1884年他才认真地考虑这个问题，这显然是因为：中法战争方兴未艾；几位德国教官已到达中国；他的某些将领——特别是周盛传——改变了态度。
迟迟不能开办陆军学堂，无疑是由于大多数勇营军官抵制向他们带领的部队中输进新成分。新式海军则不那么威胁既得利益集团，虽然李鸿章早期的海军军官据说很快就养成了反对新培养的士官生的偏见。甚至周盛传也表示，他虽然赞成按照西方模式兴办一所中国武备学堂，但他也觉得不一定会培训出许多将领来。周盛传基本上满意淮军的指挥结构，他对许多老军官会反对人事的变动是了然于胸的。
李鸿章最初关于开办这种学堂的建议是很有节制的。他只计划训练约一百名下级军官和一些从淮军及练军营伍中选送来的士兵，再加上若干愿意学点军事的文员而已。经过压缩的课程包括天文学、地理、科学、测量、打样、数学、筑城学和军事操练及作战。六名德国军官开始在学堂教书。课程主要以德文讲授，由从同文馆或其他地方调来的译员帮助翻译。李鸿章希望学生们能在一年内完成学业（实际上要两年），然后他们回到原单位把新学来的知识传授给同伴们。从1885至1900年用这种方法共对大约一千五百名士官生进行了训练。大多数人只充当教官；只有少数人成了军官。
1887年春，李鸿章增加了一项旨在培养军官的五年计划。应试者年龄限在十三至十六岁，并要求所受的中文教育应与其年岁相当。是否合格，应以入学考试为准。最初有四十名学生被录取，每个学生必须保证连续在校五年，不得参加科举考试，也不许结婚。父丧或母丧可以准假，但假期很短。这五年学程是相当严厉的：头三年学一门外语（德语或英语）、算术、代数、几何、机械学、天文学、自然科学、地理、地图绘制、中国历史和经书；后两年包括射击学、军操、筑城学及其他工艺科目。定期考试用来测验熟练程度，评定升级或留级，并作为向上奏报学习进展情况的根据。这种一般的教学方法也用于李鸿章办的威海卫和山海关的军事训练学校中：这些学校被认为是天津训练计划的扩大。
和天津水师学堂一样，这所武备学堂的财源也是来自日益枯竭的北洋“海防经费”。虽然它经办不善和贪污腐化，与外籍教官的关系有困难，学校中存在着语言障碍，学生中间存在种种问题，但中国二十世纪初期历史上的许多重要人物都是该校培训出来的。
此外，在1894年以前开办的唯一的另一所武备学堂就是张之洞的广东水陆师学堂中的陆军部分。1885年，张之洞曾经在他新建的勇营部队——即广胜军——中聘用过德国教官。有一两名德国军官在该学堂里教书，但中国教官承担了大部分教学任务。张之洞看来很满意于他们的教学工作，因为他后来选派了毕业生充当他于1896年初在南京成立的自强军的军官，而且聘用该校教官去他于同一年稍晚时候在武昌建立的湖北武备学堂执教。
在不敏锐的观察家看来，中国在中日甲午战争前夕已拥有一支不容轻视的陆海军。对李鸿章的淮军和其他中国部队的赞赏不乏其例，北洋海军也赢得了不少好评。当中国和日本之间的战争可能爆发时，大多数西方人士认为中国有优势。它的陆军数量庞大，海军在数量和威力上都超出日本。德国参谋本部认为日本不可能取胜。在路透社的一篇访问记中，琅威理预言日本必败。琅威理认为中国的海军受过良好的训练，舰只合格，炮火至少是猛烈的，而且海岸要塞很强大。他说，威海卫是不可攻破的。虽然琅威理也强调过，一切得取决于中国部队的领导如何，但他相信，“归根到底，毫无疑问的是日本必然最后被彻底粉碎”。