大贝勒护着父皇回到大营，太祖清醒过来，觉得满身疼痛，自知内伤甚重，心里恨着袁崇焕，要令众贝勒反攻明朝。众贝勒经了这一次厉害，又见父皇伤重，皆不肯再战，劝太祖返驾，再图后举。太祖没法，只得忍着气回到沈阳。乌拉氏日夜守护，百般调理，各贝勒、大臣每日进宫问安。太祖皇帝睡在床上，一天沉重一天，常常晕厥过去。清醒过来，晓得自己难得再好，便召集众贝勒、文武大臣进宫听旨。贝勒、大臣到了宫内，俱跪在床前。太祖见了，便说道："朕自二十五岁起兵，努尔哈赤福陵图大小数十百战，战无不胜，攻无不克，辛苦半生，创了这关外基业，今方进取中原，与汝等共享安乐，不料攻一小小宁远，遇见这'袁蛮子'，受此大败，可恨可恼。朕年已六十有余，死不足惜，务望众大臣，帮助贝勒夺取明朝天下。"说毕，泪如雨下，叹了一声，又昏厥过去。乌拉氏忙上前叫应，众贝勒、大臣俱跪在地上，不敢起身。
停了半晌，太祖又清醒过来，一手拉住乌拉氏，将四贝勒皇太极唤至榻前，说道："乌拉氏是我最爱的妃子，我死后你须当母亲看待，九王子多尔衮也要时常照应。"说罢，又对众贝勒、大臣说道："立太子的事情，朕登极时候，已立四贝勒为太子，朕死后，汝等立四贝勒皇太极为君。"众贝勒、大臣齐声说："遵旨。"这时，太祖皇帝气色已变，停了半晌，两眼翻动，众贝勒俱围立在榻边。太祖环视，微微一笑，然后双脚一蹬，见玉皇大帝去了。乌拉氏号啕大哭，代善等弟兄十几个也泣不成声。当下，范文程在旁边说道："请诸贝勒节哀，国不可一日无君。"接着，便由众大臣将皇太极拥出宫来，登上大殿，文武官员一字儿跪在下面，磕头朝贺，口称："皇帝万岁，万万岁！"皇太极坐在殿上，想起弟兄们皆是父皇嫡子，独我做了皇帝，不觉动起骨肉的情分来，便拉住大贝勒、二贝勒、三贝勒，并肩儿坐下。
皇太极坐在殿上，触动了弟兄之情，便将大贝勒等三人拉来同坐一起，并肩儿受百官朝贺。朝贺已毕，便将太祖皇帝的遗骸，收殓起来。正在大吹大擂的时候，那宫女出来报说："大妃乌拉纳喇氏殉节了。"皇太极令殓后殉葬，各事完毕。从此改年号，称天聪元年，皇帝称为太宗。
隔了几个月，大学士范文程出班奏道："陛下年届壮年，当立皇后，庶万民有国母之称。"太宗皇帝听了，心想："俺之皇后，定立那博尔济吉特氏。"便一道圣旨下去，册立博尔济吉特氏为"孝庄文皇后"。第二天，宫中办起喜事，皇帝、皇后行大婚礼。皇太极朝服像这文皇后本是个再醮之妇，乃科尔沁部部主博尔济吉特塞桑贝勒的大女儿，她名字叫大玉儿，她妹妹叫小玉儿，姊妹两个好似一对玉人，生得十分娇艳。在太祖皇帝出兵抚顺的时候，留皇太极做监国。一天，皇太极为追一只鹿，竟迷路到科尔沁部。也该天缘凑巧，偏偏这大玉儿也在山内打猎，两下在深山里遇见，从来佳人爱才子，两个人便定下爱情。后来，皇太极回去请人做媒，竟迟了一脚，这美人儿被她表兄娶去了。隔了几年，太祖灭了叶赫部，皇太极想的第一件事，就是把大玉儿娶来做妃子。
这时，明朝经略使袁崇焕，听得太祖皇帝已死，便借了吊丧、贺位的名义，遣李喇嘛到沈阳递书，探探满洲的虚实。李喇嘛到了满洲，太宗皇帝坐朝，宣召入觐。喇嘛见了太宗，合十叩安，将两封文书呈上。太宗见了文书，对李喇嘛说道："书中的意思，是息兵言和，我国酷爱和平，只要他出于至诚，俺答应就是。"李喇嘛奏道："阿弥陀佛，请皇帝慈悲生灵，免动干戈。"太宗当下令范文程写一封答书，令通事官方吉纳、参军温塔石二人赉了国书，与李喇嘛同到宁远城，见了袁崇焕，递上国书。崇焕将书展开，见上面写道：
大满洲国皇帝致书于大明国袁经略，尔停息兵戈，遣李喇嘛等来吊丧，并贺新君即位，既以礼来，我亦当以礼往，故遣官致谢。至两国和好之事，前皇考至宁远时，曾致尔书，令尔转达，尚未见答，汝主如答前书，欲两国和好，当以诚信为先，尔亦无事文饰。
袁崇《清太宗文皇帝实录》中后金议和条件
焕将书看过，抛在旁边，对使臣厉声道："你国教你来下书，是挑战呢，还是讲和呢？"方吉纳见袁经略发怒，不觉发起抖来，低着头回答道："我国皇帝差卑职来，是请和的。"崇焕说道："既是来请和，为何书上写着高大的格式呢？你国皇帝休想同我国并称。下次要来请和，要卑行藩属礼，不然领兵前来厮杀便了。"说着，站起身来走入里面。方吉纳吓得面如土色，急忙回国奏报。太宗皇帝听后，勃然大怒，便想发兵，三贝勒上前奏道："我国在大丧时，不宜动兵，如今不若面子上同他讲和，暗地里操练兵马，等他防守懈怠下来，再发兵攻击，杀他个片甲不留，报去年的仇恨。"太宗听贝勒这样说，也只得作罢，令范先生写了一封书，又差方吉纳、温塔石二人到宁远城去。他二人前次吃了亏，本不敢再去，因不敢违逆皇帝的旨意，只得硬着头皮再到宁远城。先请了李喇嘛，邀他一同去见袁经略。袁崇焕见满洲又来国书，便将书拆开展看，书上写道：
大满洲国皇帝致书明袁经略：吾两国所以构兵者，因昔日尔辽东广宁臣，高视尔皇帝如在天上，自视其身如在云汉，俾天生诸国之君，莫能自主，欺藐陵轹，难以容忍，用是昭告于天，兴师致讨，惟天不论国之大小，止论事之是非。我国循理而行，故仰蒙天佑；尔国违礼之处，非止一端，可致尔言之。如癸未年，尔国无故兴兵，害我二祖，一也。癸己年，叶赫、哈达、乌拉、辉发与蒙古会兵侵我，尔国并未援我，后哈达复来侵我，尔国又未曾助我；己亥年，我出师报哈达，天以哈达畀我，尔国乃庇护哈达，逼我复还其人民，及已释还，复为叶赫掠去，尔国则置若罔闻，尔既称为中国，宜秉公持平，乃于我国则不援，于哈达则援之，于叶赫则听之，偏私至此，二也。尔国虽启衅，我犹欲修好，故于戊申年勒碑边界，刑白马乌牛，誓告天地，云两国之人毋越疆圉，违者殛之；及癸丑年，尔国以卫助叶赫，发兵出边，三也。
又曾誓云：凡有越边境者，见而不杀，殃必及之。后尔国之人潜出边境，扰我疆域，我遵前誓杀之，尔乃谓我擅杀，缧系我使臣莽古礼、方吉纳，索我十人，杀之边境，以逞报复，四也。袁崇焕画像尔以兵备助叶赫，俾我国已聘叶赫之女改适蒙古，五也。尔又发兵焚我累世守边庐舍，扰我耕耨，不令收获，且移置界碑于沿边三十里外，夺我疆土，其间人参、貂皮、五谷、财帛、马匹，我民所赖以生者，攘而有之，六也。甲寅年，尔国听信叶赫之言，遣我遗书，种种恶言，肆行侮慢，七也。我之大恨，有此七端，至于小忿，何可悉数？陵逼已甚，用是兴师。今尔若以我为是，欲修两国之好，当以金十万两、银百万两、缎百万匹、布十万匹为和好之礼。既和之后，两国往来通使，每岁我国以东珠十颗、貂皮千张、人参十斤馈尔，尔国以金十万两、银十万两、缎十万匹、布三十万匹报我。两国诚如约修好，则当誓诸天地，用矢勿渝，尔即以此言转奏尔皇帝。不然，是尔仍愿兵戈之事也。
袁崇焕看毕，心中更为愤恨，转想辽西一带兵备尚未完固，再等一二年后，修城筑垒，屯垦田，叫他无懈可击时，再与他决个雌雄。主意想定，遂命亲兵取纸笔过来，执笔写道：
辽东经略使致书于满洲国汗帐下：再辱书教，知汗渐息兵戈，休养部落，即此一念好生，天自鉴之，将来所以佑汗而昌大之者，尚无量也。往事七宗，抱为长恨者，不佞宁忍听之。但追思往事，穷究根因，我之边境细人，与汗家之部落，口舌争竞，致起祸端。今欲一一辨晰，恐难问之九原，不佞非但欲我皇上忘之，且欲汗并忘之也。然十年苦战，为此七宗，不佞可无一言乎？今南关北关安在？辽河东西，死者宁止十人？仳离者宁止一老女？辽沈界内之人民，已不能保，宁问田禾，是汗之怨已雪，而志得意满之日也，惟我天朝难消受耳！今若修好，城池地方，作何退出；官生男妇，作何送还；是在汗之仁明慈惠，敬天爱人耳。天道无私，人情忌满；是非曲直，原自昭然。一念杀机，启世上无穷劫运；一念生机，保身后多少吉祥？不佞又愿汗图之也。若书中所开诸物，以中国财用广大，亦宁靳此，然往牒不载，多取违天，亦汗所当前我也。我皇上明见万里，仁育八荒，惟汗坚意修好，再通信使，则懔简书以料理边情。有边疆之臣在，汗勿忧美意不上闻也。汗更有以教我乎？为望。