中俄交涉才了手，那蒙古又发生了事端。原来中国长城外，就是蒙古地方，分作三大部：一部与长城相近，叫作漠南蒙古，亦称内蒙古。内蒙古的北境，又有一部，叫作漠北喀尔喀蒙古，亦称外蒙古。这两部通是元太祖成吉思汗的后裔。还有一部在西边，叫作厄鲁特蒙古，乃是元太祖脱欢及瓦剌汗也先的后裔。漠南蒙古，内分六盟。清太宗时，已先后归附，独喀尔喀、厄鲁特两大部，尚未帖服。喀尔喀还遣使乞盟，厄鲁特从未通使，清朝亦视同化外，不去过问。厄鲁特自分四部：一名和硕特部，一名准噶尔部，一名杜尔伯特部，一名土尔扈特部。准噶尔部最强。顺治年间，准噶尔部长巴图尔浑台吉并吞附近部落，势力渐盛。康熙初，巴图尔浑台吉死，其子僧格嗣立。僧格弟噶尔丹，把侄儿杀死，厄鲁特蒙古图篡了汗位（外人称头目为汗），并将和硕特、杜尔伯特、土尔扈特等部，尽行霸据，于是向东略地，欲夺喀尔喀蒙古。喀尔喀蒙古，旧分土谢图、札萨克、车臣三部。土谢图与礼萨克，离着不远。这札萨克地方，有一个美人儿，名占施拉，姿色绝代，在蒙古地方远近闻名。她仗着自己美貌，便打扮得异样动人。他家里人出去打猎，她也跟着一块儿去。因此，土谢图、札萨克、车臣各部汗她都认识，常常和部汗在一块儿打围，追飞逐走，玲珑活泼。那班部汗见了这位美人，个个被她引诱得馋涎欲滴，恨不得把她一口吞下肚去。这许多部汗之中，以札萨克汗最是个情种，面貌也长得端正。他因为爱上占施拉，便常常到那里游玩。
后来占施拉也爱上他，两人便结下了私情。隔了几个月，占施拉得了父母的允许，便嫁与札萨克汗了。那札萨克汗自娶了她，便天天和她行卧不离，恩爱万分。这消息传到土谢图汗和车臣汗两人的耳朵，皆吃惊不小。土谢图汗格外捻着醋酸，镇日里胡思乱想，抓耳摸腮。后来他竟想出了一个计策，佯称到札萨克部贺喜，令部下包裹军械，分载橐驼身上，说是贺喜的礼物，随带了部役数百名，向札萨克部进发。这蒙古地方，本没有什么宫宝城郭，即使是头目住所，也不过立个木栅，叠些土垒，便算了事。土谢图汗既到，就有札萨克部役接着，通报头目。札萨克汗出来迎入，席地而坐。土谢图汗便道："闻得贵汗新纳宠姬，特来道贺。"札萨克汗答道："不敢当！不敢当！小妾已娶得多日了。"土谢图汗道："敝处与贵部虽系近邻，有时也消息不通，直到近日方知，特备薄礼相遗，尚祈笑纳。"札萨克汗道："这是更不敢拜领了。"土谢图汗道："何必客气，这是贵妃艳名远噪，叨在邻谊，可否一容相见。"札萨克道："这又何妨。"说罢，便唤爱姬出室与土谢图汗行相见礼。土谢图汗见她越发白晰，楚楚可人，不觉心旌摇曳，魂魄飞扬。马上定一定神，召部役解囊入内，喝声道："何不动手？"札萨克汗茫无头绪，但见土谢图汗的部役，从囊中取出物件，光芒闪闪，都是腰刀。札萨克汗也管不得占施拉，转身就逃。那位占施拉正想随走，怎奈两脚如钉住一般，不能前行，被土谢图汗拦腰抱住，出外就跑。这些部役一声吆喝，赶了橐驼，都回去了。
札萨克汗既失爱姬，顿时大怒，召齐部役来攻土谢图汗部。土谢图汗知札萨克不肯干休，急遣人联络车臣汗与礼萨克汗对敌。札萨克汗不能抵挡，率众败走。三部相哄，遂惹出一个大祸祟来。祸首非别，便是准噶尔部大头目噶尔丹。当时，噶尔丹闻了此信，差人到札萨克部，愿与调停。札萨克汗大喜，便叫原使到土谢图部索还爱妾。原使应命至土谢图，坐索札萨克汗的爱姬。土谢图汗费了好些心机，把这个美人儿抱回取乐，哪里肯完璧归赵？偏这使人恶言辱骂，恼了土谢图汗，将使人杀死。噶尔丹借词报复，扬言借俄罗斯兵来攻土谢图。土谢图汗大惧，忙整守备，待了数月，毫无影响。到边界窥探，亦没有俄兵入境，只有几个外来喇嘛，四处游牧。蒙俗向以游牧为生，邻境往来，也是常事。土谢图汗毫不在意，镇日里与抢来的美人调情饮酒。不防噶尔丹领了三万劲骑，道出札萨克部，越过杭爱山，直入土谢图境，与游牧喇嘛会合，使为前导，引至土谢图汗住所。时正夜静，土谢图汗拥着美人酣卧帐中，忽听得火焰飙起，呼声震天，宛如千军万马，排山倒海而来。他也不辨是何处人马，忙从帐后窜出去。噶尔丹杀入帐中，不见一人，到处搜寻，只剩得一个美人儿睡在床上，光着洁白的身子，躲在被里，只是发抖。那粉庞儿吓得红一阵，白一阵，令人看了，越发怜爱。
噶尔丹心想：这样的美貌，怪不得他们抢来抢去，拿性命来陪她。再看时，这占施拉正在那里哭泣，和带雨梨花一般，不觉心里一动，正想要拉她的手，回心一想，给骑兵们看见不庄重，便回头来把手里的马鞭子一挥，说声"退去"，那班骑兵便如潮水般地退出帐外去了。噶尔丹这才挨身上去，搂住她说道："美人儿受惊了！俺和你来压惊好吗？"占施拉娇羞满面，拒也无用，只得听凭噶尔丹轻薄。到了次日，噶尔丹竟分兵两路：一路东出、袭破车臣部；一路西去，袭破札萨克部。他便踞着喀尔喀王庭，募集兵士数十万，声势大张。这喀尔喀三部人民穷蹙无归，只得投入漠南，到中国乞降。康熙帝命尚书阿尔尼发粟赈赡，且借科尔沁水草地，暂畀游牧。噶尔丹也遣使入贡。康熙帝便令阿尔尼劝谕噶尔丹，要他率众西归，尽还喀尔喀侵地。噶尔丹拒绝清命，反日夕练兵，竟于康熙二十九年，借追喀尔喀部众为名，选锐兵东犯，侵入内蒙古。
尚书阿尔尼忙率兵抵御，竟吃了一个大败仗。噶尔丹更觉得意，不顾轻重地向前进兵。康熙皇帝得了这个消息，大为震怒。自己正因为近来闷在宫里烦腻，又恨噶尔丹这样猖獗，目无天朝，当下便发下一道紧急圣旨来，说噶尔丹目无天朝，朕决意亲征。便命裕亲王福全为抚远大将军，率同皇子允禔，出长城古北口；命恭亲王常宁为安北大将军，率同简亲王雅布出长城喜峰口；并命阿尔尼率旧部会裕亲王军，听裕亲王制节；又别调盛京、吉林及科尔沁兵助战。车驾拟亲幸边外，调度各路大兵。是年七月，康熙帝启銮出巡。方出长城，忽得探报说："恭亲王军在喜峰口九百里外，被噶尔丹杀败回来。"康熙帝命诸军急进，途次又闻噶尔丹前锋已到乌兰布通，距京师只七百里。康熙帝倒也惊愕起来，飞诏征调恭亲王军到乌兰布通，会截敌兵。旋得裕亲王军报，已至乌兰布通驻扎，帝心少安。
噶尔丹乘胜南趋，到乌兰布通遇着清营阻住，遂遣使入见裕亲王，略言追喀尔喀仇人，阑入内地，非敢妄思尺土，但教执畀土谢图汗，即当班师。裕亲王福全把来使叱回。次日，两军对仗，噶尔丹用了'驼城'，依山为阵。什么叫作驼城？它用橐驼万余，缚足卧地，背加箱垛，蒙盖湿毡，环列如栅，作为前蔽，所以名叫驼城。清军隔河立阵，前面纯列火炮，遥轰中坚。自午至暮，驼皆倒毙，驼城中断，清军分作两翼，越河陷阵，遂破敌垒。噶尔丹乘夜遁去。次日，遣喇嘛至清营乞和。福全飞报行在，有诏速即进兵，毋中他缓兵之计。于是福全急发兵追赶，已自不及。噶尔丹奔回厄鲁特，遗失器械牲畜无算，复遣人赍书谢罪。康熙皇帝本想再行进兵，陡然这夜发起寒热，饮食不进，从征的将士，个个惊慌起来。隔了一天，看看皇帝的病仍不消退
第二天皇帝的病仍是不好，便有将士们奏请班师，康熙帝准奏。当下御驾班师，回到京城，便住在宫里养病。到了康熙三十年，康熙帝以喀尔喀新附，部众数十万，应用法令部勒，且准部寇边，由土谢图汗启衅，不能不严加训斥，乃议出塞大阅。先檄内外蒙古，各率部众预屯多沦泊百里外，静候上命。过了数日，车驾出张家口，至多沦泊，盛设兵卫，首召土谢图汗，责他夺妾开衅。土谢图汗顿首谢罪，帝乃加恩特赦，留他汗号。复谕车臣、札萨克二汗约束本部，永远归清，二汗亦叩首谢恩。于是编外蒙古为三十七旗，令与内蒙古四十九旗同列。又因蒙俗素信佛，命在多沦泊附近设立汇宗寺，居住喇嘛，仍听蒙人游牧近边。自从外蒙归命，隔了两年，拟遣三汗各归旧牧。谁知噶尔丹又来寻衅，屡奉书索土谢图汗，并阴诱内蒙古叛清归己。科尔沁亲王据实奏闻，康熙帝令科尔沁亲王覆书噶尔丹，康熙帝给噶尔丹敕谕伪许内应，诱令深入。
噶尔丹果选骑兵三万名，沿克鲁伦河南下。克鲁伦河在外蒙古东境，他到了河边，竟停住不进。康熙帝又令科尔沁致书催促，去使还报："噶尔丹声言借俄罗斯鸟枪兵六万，等待借到，立刻进兵。"科尔沁复驰奏北京。康熙帝道："这都是捏造谣言，他道是前次败走，因火器不敌我军的缘故。所以佯言借兵，恐吓我朝。朕岂由他恐吓？"遂召王大臣会议，再次亲征。康熙三十五年，命将军萨布素率东三省兵出东路，遏敌前锋。大将军费扬古、振武，将军孙思克等，率陕甘兵出宁夏西路，断敌归道。自率禁旅出中路，由独石口趋外蒙古，约至克鲁伦河会齐，三路夹攻。是年三月，中路军已入外蒙古境，与敌相近。东西两军，道阻不至，帝缓兵以待，讹言俄兵将到，大学士伊桑阿惧甚，力请回銮。康熙帝怒道："朕祭告天地宗庙，出师北征，若不见一贼，便即回去，如何对得住天下？况大军一退，贼必进攻西路，西路军不要危殆么？"叱退伊桑阿，命禁旅疾趋克鲁伦河，手绘阵图，指示方略。从行王大臣，还是议论纷纷，各执一见。帝遣使噶尔丹，促他进战。噶尔丹登高遥望，见河南驻扎御营，黄幄龙纛，内环军幔，外布网城，护卫兵统是勇猛异常，不由得心惊脚痒，拔营宵遁。翌日，大军至河北岸，已无人迹。急忙渡河前追，到拖诺山，仍不见有敌踪，乃命回军。独命内大臣明珠，把中路的粮草分运西路，接济费扬古军。是时噶尔丹奔驰五昼夜，已到昭莫多。那里地势平旷，林菁丛杂。噶尔丹防有伏兵，格外仔细，步步留心。