当时清营中欢声雷动，由费扬古飞报捷音，康熙帝大悦，慰劳有加，仍命费扬古留防漠北，遣陕甘军凯旋，自率禁旅还京。噶尔丹复奔回厄鲁特。途中闻报僧格子策妄阿布坦为兄报仇，占据准噶尔旧疆，拒绝噶尔丹。噶尔丹欲归无所，窜居阿尔泰山东麓。康熙帝闻噶尔丹穷蹙，召使归降，噶尔丹仍倔强不服。那美人儿占施拉也劝他服从圣命，保住脑袋，噶尔丹仍不以为然，占施拉就在第二天自尽死了。噶尔丹淌了几滴眼泪便算了事。这时，噶尔丹妻子已被清兵杀死，爱妾又自尽死了，他登在阿尔泰山上，终日不乐，只是不肯就降。越年，康熙帝复又亲征，渡过黄河，到了宁夏，命内大臣马思哈、将军萨布素会费扬古大军深入，并檄策妄阿布坦助剿。噶尔丹闻大军又出，急遣子塞卜腾巴珠到回部借粮。
回部在天山南路，在噶尔丹强盛时，亦归服噶尔丹。至是，回人将其子拘住，囚献清军。噶尔丹待粮无着，不知所为。左右亲信又相率逃去，或反投入清营，愿为清兵向导。噶尔丹连接警信，有的说清兵将到，有的说策妄阿布坦亦领部众来攻，有的说回部亦助清进兵。一夕数惊，彷徨达旦。噶尔丹自言自语道："中国皇帝，真是神圣。我自己不识利害，冒昧入犯，弄得精锐丧亡，妻死子虏。目今进退无路，看来只好自尽罢了。"遂即服毒而死。帐下只遗一女。他的族人丹吉喇便挈了他的女儿，随带噶尔丹骸骨，拟至清营乞降。不想中途被策妄阿布坦截住，将丹吉喇等捆缚起来，送交行在。康熙帝颁诏特赦，命丹吉喇为散秩大臣，噶尔丹子塞卜腾巴球也得了一等侍卫，俱安插张家口外，编入察哈尔旗。土谢图、车臣、札萨克三汗遣归旧牧。辟喀尔喀西境千余里，增编部属为五十五旗。朔漠悉定，康熙帝铭功狼居胥山而还。既至京师，大飨士卒。俘得老胡人数名，能弹筝，善作歌，帝赏以酒，各使奏技。中有一人能说汉语，笳歌凄楚，音调悲壮，但听他呜呜咽咽地唱道：
雪花如血扑战袍，夺取黄河为马槽。灭我名王兮，虏我使歌。我欲走兮，无骆驼。呜呼！黄河以北奈若何？呜呼！北斗以南奈若何？
康熙帝闻歌大笑，并赏他金银数两，橐驼一匹，令他仍回蒙古北边，老人谢恩而去。这时，康熙帝满心快乐，一连赏了几天的庆功酒。
康熙皇帝为了省方观俗，曾南巡六次。他南巡到苏州、南京、杭州、济南等处，皆不许地方官铺张。在大小官员接驾的时候，也准百姓站在路旁瞻仰他的圣容，还常常下马和百姓们谈话，张长李短，垂问不休，把一些老百姓吓得往往回答不出话来。他到一个地方，有时改装打扮，和平民百姓一般，到各处游玩
康熙帝南巡图卷访问。访出贪暴的官员来，总吃他革职问罪。因此，江南的官员，晓得皇帝在四处暗访，便个个谨竞自守，不敢大意。第三次南巡的时候，忽然遇见刺客，但他却仍是不怕，请了不少有本领的好汉，在南巡时保驾。其实他六次南巡的意思，一半是游山玩水，一半是昭示威德，笼络人心。所以禅山谒陵，蠲租免税，凡经过的地方，威德并用。东南的小百姓，从此怕他的威严，感他的德惠，把前明撇在脑后，个个爱戴清朝。清朝二百多年的基业，就此造成。这是康熙皇帝聪明英武，才能够如此。但是他为着立太子的事情，弄得神魂颠倒，懊恨异常，到临了的时候，含着怨恨而死。原来，康熙皇帝一共生了三十五个儿子，人晓得的是允禔、允礽、允祐、允、允祹、允礼、胤祯、允禩、允禟、允祥、允等。这允禔就是出征噶尔丹时，做裕亲王福全的副手。古语道："立嫡以长"。论起年纪来，允禔应作太子。但他乃妃嫔所生，不由皇后产出。皇后何舍里氏，只生一子允礽。允礽生下，皇后便殁。康熙帝夫妇情深，未免心伤，且因允礽是个嫡长，宜为皇储，就于允礽二岁时，先立为皇太子。后来重立皇后，妃嫔亦逐渐增加，一年一年的生出许多儿子。内中有四皇子胤祯，就是民妇卫妃生的外种，他秉性阴沉。八皇子允禩、九皇子允禟，更生得异常乖巧，康熙帝格外爱宠一点。但既立允礽为太子，自然没有掉换的心思。允礽渐长，就令大学士张一为太子师傅，教他诗书礼乐，又命儒臣陪讲性理。南巡北幸时，亦尝带了允礽出去游历，总算是多方诱导。至亲征噶尔丹时，又要太子监国，宫廷中也没有生出事来。噶尔丹既平，东西南北都已平静，万民乐业，四海澄清。康熙帝春秋渐高，也想享点太平洪福，有时读书，有时习算，有时把酒吟诗，选了几个博学宏词老先生，陪侍左右，与他评论评论。