康熙皇帝复立允礽为太子，颁诏天下，遣官祭告天地宗庙社稷，并封皇三子允祉为诚亲王，皇四子胤祯为雍亲王，皇五子允祺为恒亲王，皇七子允祐为淳郡王，皇十子允为敦郡王，皇九子允禟、皇十二子允祹、皇十四子允，俱为固山贝子。又追究魇魅事，将蒙古喇嘛巴汉格隆处以磔刑。
康熙皇帝在第四次南巡的时候，他暗暗地打听，约有许多读书人不服清朝，做了许多毁谤朝廷的诗文，便悄悄下了一道密谕，约外省的督抚、司道，叫他们四下察访，如有毁谤本朝的文字，从速举发，不得循私。谁知密谕下得不多几天，在浙江湖州府地方闹出一起文字的大狱来。那是康熙初年，浙江湖州府庄廷，素习儒业，平时颇留心史籍。一日，到市上闲游，见有一爿旧书坊，他即踱将进去，随手翻阅，旧书内有一抄本夹入，视之，乃是明故相朱国桢的稿本。稿中记录明朝史事，自洪武至天启，都有编述。他即将此稿买回，招了几个好朋友，互览一番。友人统未曾见过，个个说是秘本。文人常态，专喜续貂。就各搜集崇祯年间事情，补入卷末，并将自己姓名及友人姓名，一一附记，算是生平得意之作。廷死后，家人将此书刊行，适故归安县令吴之荣，失职家居，见了此书，读到崇祯朝有毁谤满人之语，之荣遂上书告讦。清廷即令浙江大吏按书中姓名，庄氏史案本末一一搜捕，已死的开棺戮尸，未死的下狱正法。廷是个首犯，开棺戮尸，不消说得，还把他兄弟骈戮，家产籍没，真是可怜。
吴之荣复职升官。为了此事，士人多箝口结舌，不敢妄谈。偏偏有个戴名世，身居翰苑，清闲无事，著了一部《南山集》出来。集中采录明桂王事，乃抄袭桐城人方孝标遗书，并不是名世创作的。都察院御史赵申乔竟指他是诽谤朝廷，拜疏奏发。康熙帝准了奏章，即饬拿名世下狱，命六部九卿会审。名世供认抄录方孝标《滇黔纪闻》是实，当由六部九卿议奏，内说戴名世有心抄录，作大不敬论，应置极刑，方孝标亦应戮尸，方、戴族人，俱应坐死。此奏一上，自然照准。可怜名世为这文字因缘，身被寸磔。戴氏族中，与名世五服相连，统皆斩首。进士方苞，因是方孝标同宗，亦系狱论死。幸亏大学士李光地极力洗释，方苞才得以出狱。这是康熙五十年间事。从此以后，一班读书人都缩着颈、钳着口，不敢多写一个字。只是皇帝已六十岁，精神也渐渐的不好，比不得壮年的时候，事事明察。到了五十一年，那宫里的皇子，互相妒恨，互相残杀，每人身边皆养着不少的剑客侠士，替他保护，京城里顿时有许多英雄好汉。东宫允礽是个读书的书呆子，雍亲王胤祯是个武术绝伦的好汉，那允禩、允祐、允禟，皆各有各的本领，各有各的党羽。他们的目的物，就是想继位做皇帝。到了第二年，皇帝巡幸关外，那皇太子允礽不知为着什么事，触怒了康熙帝，又把他废黜，禁锢起来。但闻有御笔硃谕一道，说：
前因允礽行事乖戾，曾经禁锢，继而朕躬抱疾，念父子之恩，从宽免宥。朕在众前，曾言其似能悛改。伊在皇太后众妃诸王大臣前，亦曾紧持盟誓，想伊自应痛改前非，昼夜警惕。乃自释放之日，乖戾之心，即行显露。数年以来，狂易之疾，仍然未除，是非莫辨，大失人心。今朕年已六旬，知后日有几？天下乃太祖、太宗、世祖所创之业，传自朕躬，非朕所创立。恃先圣垂贻景福，守成五十余载，朝乾夕惕，耗尽心血，竭蹶从事，尚不能详尽，如此狂易成疾，不得众心之人，岂可付托乎？故将允礽仍行废黜禁锢。为此特谕。
允礽再废后，康熙帝立定主意，不再言立太子事。诸皇子个个窥测，探不出什么消息，便浼王大臣上书奏请。谁知上一次书，受一次训责，甚且还要治罪。诸王大臣方在疑虑，忽西域来了警信，报称大策零在西藏作乱，准噶尔兵入犯藏边。康熙帝特命富宁安为靖逆将军，率兵驻扎巴里坤；又命傅尔丹为振武将军，祁里德为协理将军。出阿尔泰山，会合富宁安军，严备准噶尔入寇。另遣西安将军额鲁特督兵入藏，侍卫色棱为后应。康熙五十七年，两军次第渡木鲁乌苏河，分道深入。大策零分军迎战，只数合便退。额鲁特率兵追入，色棱继进。到喀喇乌苏河岸，大策零留有伏兵，顿时四起，截住清兵。额鲁特等料知陷入重围，率兵猛扑。怎奈这番敌军，纯是精锐，与前时接仗，大不相同。额鲁特不能前进，只得后退。不料后面流星马又到，报称：准兵绕出后路，把军饷截夺去了。清兵闻军饷被劫，不战自乱。额鲁特和色棱两人极力弹压，勉强镇定。过了数日，粮尽矢穷，准兵四面聚集，好似天罗地网一般。一阵攻击，清兵全营覆没，都做了沙场之鬼。
康熙帝接了败报，再命皇十四子允为抚远大将军，驻节西宁；升任年羮尧为四川总督，备兵成都，拟分道进发。敕封噶尔藏坚错为达赖六世，檄蒙古兵扈从达赖，随大军直入西藏。于是蒙古各汗王、贝勒，各率部兵至青海，恭候清兵出塞。康熙五十九年春，诏允移驻木鲁乌苏河治饷；抚远大将军西征拉萨图令西宁军副都统延信出青海；年羹尧仍坐镇四川；令川军副护军统领噶尔弼出打箭炉，分趋藏境。大策零闻清兵分出，自拒青海军，另遣部兵三千余人，抵挡噶尔弼。噶尔弼副将岳钟琪，素有胆略，领亲兵六百名，首先开路，至三巴桥，此系入藏第一险要。岳钟琪招募番众，许他重赏，令诈降守桥兵，里应外合，把三巴桥占住。噶尔弼率军来会，忽闻准部兵来夺三巴桥，头目叫黑喇玛，有万夫不当之勇，噶尔弼惊慌起来。岳钟琪道："有钟琪在，即使来了红喇玛，也不怕他，待明日捉他便是。"是夕，岳钟琪率兵出营，潜掘陷坑，上面用青草盖住，令兵士带了钩索，伏在陷坑里面。部署已定，然后回营。