兆惠从乌什攻喀什噶尔，富德由和阗攻叶尔羌，每路兵各一万五千。大小和卓木闻清兵大至，不敢迎敌，带了妻孥仆从，携辎重，逾葱岭西遁。清兵奋勇追赶到阿尔泰山，前面见有回众，大半是老弱残兵，富德料是诱敌，令明瑞、阿桂为左翼，阿里衮、巴禄为右翼，先据了左右二峰，然后富德领着中军，从山口进去。进了山口，果然伏兵四起。那时清兵左右两翼，从上杀下，把伏兵一齐杀退，追攻二十余里，戮回兵无数，并斩骁将阿布都。大小和卓木逃至巴达克山，大和卓木那布敦挈了家眷先走，小和卓木霍集占手下还有万人，倚山为阵，率众死战。富德又分军两路左右夹攻，用了大炮，向敌轰击。霍集占不能支，逾山而遁。谁知前面山路逼兆惠像促，又有辎重塞住，一时急走不脱，后面又被清兵追上，进退两难。富德令降人鄂对等，竖起回纛，大呼招降。回众情愿投顺，蔽山而下，声如奔雷。霍集占忙夺路逃脱，偕那布敦急入巴达克山。巴达克山部酋闻大小和卓木护众而至，遣使探问。霍集占见了来使，命回报酋长，立刻亲迎。来使出语不逊，霍集占拔出佩刀，把他斩首。于是巴达克山部酋，兴兵拒战。和卓木兄弟，连妻孥旧仆，只有三四百人，被巴达克兵围住，上天无路，入地无门，都束手就缚，个个被他擒去。巴达克部酋为使臣报仇，将大小和卓木一齐枭首，还想将他家属统行处死。适清使持到檄文，索献罪犯，他乐得买个人情，把大小和卓木的头颅及其家眷等，尽行缴出。富德命军士押着回酋家属，驰归大营。兆惠将军不敢居功，忙把两颗人头送到福康安营里。
福康安专折入奏，圣旨下来，封福康安为靖安伯，准用亲王仪仗；命陕甘总督杨应琚筹办回部善后事宜，兆惠等俱召还京师。遂封兆惠为一等公，加赏宗室公品级鞍辔；富德封一等侯，并赏戴双眼翎；参赞大臣阿里衮、明瑞等，俱赏戴双眼翎。又把回部总名，改做新疆，分设伊犁、塔尔巴、哈台、乌鲁木、喀什噶尔四部，做了几篇平定回部的碑文，内外勒石，称颂功德。这时，福康安、兆惠等奏凯还朝，乾隆帝亲至良乡，举行郊劳典礼。福康安等领队到坛，格外严肃。乾隆帝下坛迎接，福康安以下都下马见驾，叩首谢恩。乾隆亲自扶起，说了许多慰劳话儿，遂一同登坛。乾隆皇帝满心欢喜，见福康安少年将军，立功异域，又因是自己的私生子，格外满意。接着，又献上俘来。皇帝升了御幄，当由军士将大小和卓木家眷推到坛前，个个匍匐在地，不敢抬头。
皇帝一面翻阅献俘名册，一面向下看去，只见有一个酋妇低着头，显出雪白的粉颈，看她生长得雪肤花貌，虽属云鬓蓬蓬，总掩不住她的妩媚颜色。皇帝看了，心中诧异，不禁怜惜起来。便问兆惠道："这是叛回的家属么？"兆惠应了声"是。"乾隆帝道："妇女无知，也遭此缧绁。瞧她情状，很是可怜，朕拟一律赦宥。"兆惠忙道："罪人不孥，乃是圣主仁政。皇上恩赦了她，她定然感激不浅。"乾隆帝传旨释缚，众回家眷，叩首谢恩。独这绝色女子，虽是随班俯伏，她口中却绝不道谢。郊劳礼毕，御驾还宫，立召和珅入内。和珅进内请安毕，乾隆帝问道："朕见叛回眷属中有个绝色妇人，未知是谁？"和珅道："待奴才探问的确，再来奏闻。"说毕，趋出。不一时，又入大内，奏称："绝色妇人，乃是小和卓木霍集占的妃子，回人叫她香妃。因她身上有一种奇香，天然生成，所以有此佳号。"乾隆帝叹道："朕做了天朝皇帝，不及那回部逆酋。"和珅道："逆酋已死，这个佳人被我军挈来，《平定伊犁回部战图》册页之一圣上要如何处置，便作如何处置。据奴才想来，回酋的幸福，究竟不及我天朝皇帝哩！"乾隆帝道："朕想把她叫入宫中，但恐外人谈论，奈何？"和珅道："罪妇为奴，本是我朝成例。今将香妃没入掖廷，有何不可？"乾隆帝大喜，便命宫监四名，随和珅去取香妃。好一歇，和珅已到。宫监导入香妃，玉容未近，芳气先来，既不是花香，又不是粉香，别有一种奇芬异馥，沁人心脾。走近御座前，乾隆帝见她柳眉微蹙，杏脸含颦，益发动人怜爱。宫监叫她行礼，她却全然不睬，只是泪眼莹莹。乾隆帝道："她生长外域，未识中朝体制，不必多事苛求。"便命宫监引入西苑，收拾一所寝宫，令她居住，并命宫监小心伺候。宫监已去，和珅亦退。次日，乾隆帝视朝毕，又召和珅入内。和珅见乾隆帝面带愁容，暗暗惊异。只听乾隆帝谕道："香妃不从，如何是好？"和珅道："她蒙恩特赦，又承圣上格外抬举，如何不从？"乾隆帝道："她口中说的回语，朕却不能尽懂。幸宫中有个番女，颇谙回文，朕命她翻译出来，据言国破君亡，情愿一死。朕亦不好强逼。你可有什么计策？"和珅想了一会，便道："从前豫亲王多铎，得了刘三秀，起初也是很倔强，后来好好儿做了豫王福晋，和睦得了不得。妇人家大都如此，总教待得她好，她自然回心转意。"乾隆帝道："恐不容易。"和珅道："她是做过回妃，一切饮食起居，统是回部格式。现若令她吃回式的蔬菜，穿回式的衣服，居回式的房屋，另择回部老妇，伺候了她，不怕她不渐渐服从。"乾隆帝依了和珅的计策，凡香妃服食，概募回教徒供奉。又在西苑造起回式房屋，并筑回教礼拜堂，选了数名老回妇，导香妃出入游览。怎奈香妃情钟故主，泪洒深宫，一片真心，始终不改。乾隆帝百计劝诱，她却寂然漠然。有一日，被宫女苦劝不过，她竟取出一柄匕首来，刀光闪闪，冷气逼人，宫女都吓得倒退躲避。这事传到慈宁宫，太后恐乾隆帝被害，趁着乾隆帝郊天，住宿斋所，竟传旨宣召香妃，问她志趣，她只说了一个"死"字。太后遂勒令殉节。后人有诗咏香妃事道：
鬟雏生长大宛西，钿合无情宝剑携；帝子不来花已落，红颜黄土玉钩迷。
香妃被侍卫拉去行刑，只是憨笑，毫不怕死。倒是皇太后和一般宫女们，看她这样的美貌，觉得心酸。后来皇帝郊天礼毕，回至宫中，闻报香妃已死，这一惊非同小可，忙走入香妃寝室，但见室迩人远，凄寂异常，便把侍过香妃的宫监，传来问话。宫监就将太后赐香妃自尽事，说了一遍。乾隆皇帝泪如雨下，悄悄问了一个太监，晓得尸首停在月华宫西厢房里，忙跑到厢房，见了香妃的尸体，只说了一句"朕害了你也！"那眼泪如潮水般地涌了下来。哭够多时，又亲手替她捺上了眼皮，说道："香妃！香妃！我和你真是别离生死两悠悠。"说着，皇帝还自不肯走，经太监们催促几次，才走出了月华宫，仍是回顾不已。又到内务府和内务大臣商量，用上好棺木盛殓，埋到南下洼陶然亭东北角上，堆了一个大冢，冢前竖一方石碑，上面刻着"香冢"两个大字，碑的阴面，又刻着一首词儿道：
浩浩愁，茫茫劫；短歌终，明月缺。郁郁佳城，中有碧血。碧亦有时尽，血亦有时灭，一缕香魂，无断绝。是耶非耶？化为蝴蝶。
这首词儿，是乾隆皇帝托一位翰林院编修做的，刻在碑阴，表明他终古遗恨的意思。这座香冢直到现今还巍然独存。这且不说。再说乾隆皇帝自从香妃死过之后，心中十分烦恼，几乎激成一种急病。还亏御医早日调治，方能渐渐平安，只是悲怀未释，无从排解。偏偏皇十四子永璐，皇三子永琪，又接连病逝。正是花凄月冷，方深埋玉之悲；芝折兰摧，又抱丧明之痛。人孰无情，谁能遣此？傅恒、和珅等百计替他解闷，总不能得乾隆帝欢心。还是和珅知心着意，想出重幸江南的计议来。乾隆帝也颇愿意，到慈宁宫禀知太后。太后正因皇帝过伤，没法劝慰。闻了此语，便道："我也想出去散闷。俗语说得好，上有天堂，下有苏杭。这苏杭地方的风景，很是可玩。只前次南巡，皇后未曾随去，她已正位数年，也应叫她玩耍一番，你意何如？"乾隆帝不敢违命，只得答道："圣母命她随去，谨当遵旨。"当下定了日子，启跸南巡。一切仪仗，仍照前时南巡成制，不过多备了皇后凤辇一乘，龙舟等略加修饰。水陆起程，概如上年旧例。各省督抚，接驾当差，格外勤谨。只是山东济宁州知州颜希深，下乡赈饥，擅令开仓发粟，把供奉皇差的事情，反一律搁起。两宫到了济宁州，御道上并没有什么供张，也不见知州迎驾。
和珅道："那个混账知州，敢如此藐法么？"便令役从立传知州颜希深，回报颜希深下乡赈饥去了。和珅大怒，方想饬拿知州家属，适山东巡抚前来接驾，和珅向他发怒道："你的属官，为什么这般糊涂？想是你前时忘记下札的缘故。"山东巡抚道："卑职于月前下札，早饬他恭迎銮舆，哪里敢忘记一点？"和珅道："他下乡赈饥，应有公文申详，你既叫他办差，哪里还有工夫赈饥？这件事显见得老兄糊涂了。"山东巡抚道："卑职也没有允他赈饥，他也没有公事上来，真正不解。"和珅微笑道："芝麻粒大的知州官儿，不奉抚台札饬，擅敢发仓赈饥，自来也没有的。老兄欺我，我去欺谁？你自己去奏明皇帝罢。"这句话，吓得山东巡抚屁滚尿流。一面令仆役去拿颜希深，一面下了龙舟，跪在两宫面前，只是磕头，口称"奴才该死，奴才该死。"两宫倒惊疑起来，问他何故？这时和珅已踱了进来，代奏道："济宁知州颜希深目无皇上，既不来供差，又不来迎驾。奴才正问这山东抚臣哩！"乾隆帝道："颜希深到哪里去了？"和珅答道："闻说颜希深下乡赈饥，抚臣糊涂，佯作不知，求圣上明察。"乾隆帝正想亲鞫山东抚臣，忽听得岸上远远有哭泣的声音，向御舟而来。