阿桂擒住了泽旺，一面差人将他送到京师，一面下书到索诺木，叫他将僧格桑引渡出来。谁知索诺木不惟不奉命令，反骂辱来使。阿桂大怒，当下会同温福请旨清廷，廷命温福为定边将军，阿桂为副将军，移师讨大金川，仍分两路进发。大金川地势险恶，从前讷亲、张广泗屡遭失败，如今温福进兵，也被番众阻住。温福令提督董天弼还守小金川，自率军驻扎木果木地方。番众照昔年故事，遍筑碉卡抗拒清兵，温福也徒知攻碉，得不偿失。两边正相持不下，忽番兵从间道围攻，温福的兵和瓮中的鳖一般，被杀死的不可数计。温福到了此时，才奋勇起来，已是不及，被一弹穿过喉际，倒地死了。兵士不是被杀，便是逃走，幸亏海兰察一骑兵杀来，才突出重围。这时，阿桂正在河东，听了这消息，忙报告皇帝，当由皇帝令阿桂为定西将军，丰伸额明亮为副将军，并授福康安为征西总参赞大臣；《平定金川方略》书影一面又将泽旺在西市磔死，饬阿桂等扫穴犁庭，方许蒇事。阿桂等奉了朝命，感激圣恩，奋不顾身，分三路大进。这时是乾隆三十九年正月，直到七月方攻入那穆山。索诺木见清兵攻入，大惧起来，忙将僧格桑杀死，连僧格桑的家属，一并献出。后来阿桂仍是前进，在酷冷的天气，并不停止。到了第二年正月，才到乌勒围。
乌勒围是索诺木的巢穴，防备得格外严密，不知死了多少兵士，才破入乌勒围。那索诺木早吓得一溜烟地逃去，偕同莎罗奔逃走到噶尔崖，会合了残部，死命抵抗，只是不肯投降。清兵到了此时，奋勇前进，番兵分道抵抗，死命拒战。接连又是三月，才到了噶尔崖城下，兵士个个精神陡长，阿桂也奖励兵士。算计自启行以来，至此已历两年，途中几经艰苦，恨不得立平噶尔崖，稍泄胸中忿气。奈攻了三五日，毫不见效；又攻了一二十日，虽轰坏城堞数处，仍被敌兵补好，直至乾隆四十一年二月，城中食尽，索诺木始与莎罗奔挈家族二十余人出降。阿桂立饬人献俘京师，乾隆帝御午门受俘。因索诺木、莎罗奔等罪大恶极，著凌迟处死，其余家族人等，或斩或绞，或永远监禁，或充发为奴。封阿桂为一等诚谋英勇公；丰伸额本袭公爵，加赏继勇字号；明亮封一等襄勇伯；海兰察摧坚夺隘，格外超擢，封为一等超勇侯；福康安参赞有功，加封一等轻车都尉，照王公亲军校例，赏他补从六品蓝翎三缺，给护卫，并同阿桂皆画像紫光阁；又命留明亮为四川将军，改大金川为阿尔古厅，小金川为美诺厅，直隶四川。着令明亮镇守，阿桂等一律凯旋郊劳，如傅恒例。越数月，再命阿桂赴云南，与总督李侍尧勘定边界，严修战备，拟再图缅甸。缅酋孟驳闻风而惧，愿奉表入贡，献还俘虏，惟求开关互市。阿桂令先将俘虏释放，他只放一半。后来孟驳死了，奉暹罗国郑昭为王。郑昭又病死，雍藉牙少子孟云，服中国天威，乃由木邦赉金塔一座、驯象八只及宝石、番毯等，款关求贡，并将俘虏一并送还。清廷乃敕赐册印，封孟云为缅甸国王，并谕暹罗缅甸，不得继续用兵。自是暹罗、缅甸，统服属清朝。乾隆皇帝见大小金川已平，缅甸、暹罗又服，心中快乐，便和福康安、和珅等，不是下棋，便是喝酒；高兴的时候，和珅和皇帝常微服出宫，私逛京城里有名的窑子。弄得不好，被御史们晓得了，叩头谏奏，皇上总是一笑而已。只有刘统勋能正色直言地规谏，皇帝因他是个老忠臣，颇有几分忌惮。便是和珅看见了刘文正，也有点胆寒。这且不说。
在这年的秋天，中国的属境台湾，又有个林爽文作乱，闹得天翻地覆，死掉不少的官兵。谈起这林爽文本没什么势力，只因台民半是土著，半是客籍，彼此不睦，时常械斗。林爽文起义军军令地方官不去弹压，爽文假和解为名，结了几个党羽，设起一个天地会来。起初入会的人不过数十名，后来越结越多，连官署的差役也都入会。官吏虽有些风闻，终究得过且过，不愿查究，因此天地会竟横行了数十年。此时，适值总兵官柴大纪受职到台，闻知天地会横行无忌，遂命台湾知府孙景燧、彰化知县俞峻、副将赫生额、游击耿世文带兵缉捕。这孙景燧等统是酒囊饭袋，哪里敢去缉捕会徒？奈因上峰督饬，没奈何前去搜查。林爽文本住彰化县的大理杙，地方很是险僻。孙景燧等不敢深入，只在五里外扎营。无缘无故地将五里外的村落纵火焚毁，兵役乘势抢掳劫夺一空。村中的百姓并非天地会党羽，无罪遭祸，铤而走险，都逃入大理杙中，哭报爽文，哀求保护。爽文乃纠众出来，夤夜攻营。孙景燧等连忙逃走，带去的兵士，多被杀死。爽文遂进陷彰化，破诸罗，扰淡水。贪官污吏死的死，逃的逃。柴大纪忙令兵备道永福固守府城，自率兵出城五十里，到盐埕桥，遇着爽文前锋，奋力杀退，府城总算保全。大纪派人到福建告急，水师提督黄仕简、陆路提督任承恩、副将徐鼎士陆续带兵渡海，来援台湾。大纪接着，由黄仕简分派将士，督令恢复诸城。不想福建的援兵统是没用，都被爽文杀败。任承恩亲攻敌巢，见了路途险僻，也畏惧不前，只差大纪收复诸罗，凌濠增垒，力任守御。清廷因黄任无功，严旨召还；命提督常青为靖逆将军，往台湾督师；又命署闽浙总督李侍尧，调粤兵四千、浙兵三千、驻防满兵一千，赴台助剿。
且因江南提督蓝元枚系蓝廷珍子，素习台事，调赴军前，与福州将军恒瑞同为参赞，各将吏次第进行。蓝元枚到台病卒，常青、恒瑞率兵数千，至府城相近，与林爽文相遇。望将过去，旗戟隐隐，队伍层层，不知有多少人马，吓得常青、恒瑞拍马而逃，走入城中。林爽文料他没用，不去攻城，只蚕食村落，号召入会，旬日得十余万众，围攻诸罗。诸罗当南北要冲，为府城屏蔽，爽文因大纪扼守，最称勇悍，誓要破灭此城，免他作梗，因此把诸罗城团团围住，并分了一支党羽，截他饷道。大纪率守兵四千，昼夜防御。看到敌势少懈，复引兵突出，夺他辎重，城中粮饷赖以不绝。爽文遣人诈降，又贿通内应，都被大纪察出，一一斩首。这时候，常青也遣总兵魏大斌、参将张万魁、游击田蓝玉、副将蔡攀龙等往援诸罗。三次进兵，三次败退。恒瑞督兵进援，亦因敌势浩大，在途中扎住。清廷屡次催问，常青、恒瑞只请添兵。乾隆帝又将他革职，命福康安代常青，海兰察代恒瑞，升柴大纪为陆路提督参赞大臣，密令大纪卫民出城，再图进取。大纪奏言"诸罗为府城北障，诸罗失陷，府城亦危，且半年来深沟高垒，守御甚固，一朝弃去，难以克复，城厢内外的百姓不下四万，也不忍一概抛弃，任贼蹂躏，只有死守待援"等语。乾隆帝览了奏章，随即传旨到台湾，嘉奖大纪，封大纪为义勇伯，改诸罗县为嘉义县，俟克复台湾，与福康安同来瞻观云云。这福康安本是公爵。又新得了镇远大将军威号，沿途声势煊赫，颐指气使。
那些讨好的官员，一路上供献约有五六十万银钱，并选了几个绝色女子给福康安宠爱。到了福建，闻得林爽文势盛，有点胆寒。却是副将军海兰察，英雄威武，愿当前敌，飞速进兵，仗着顺风，越海抵港，帆樯列数里。各村民见大兵云集，望风解散，争为向导。海兰察扬言攻大理杙，暗中拟直趋嘉义城。爽文恐大理杙有失，分兵回救。海兰察遂进兵嘉义。沿途遇着几处埋伏，统由海兰察冲散，纵马直入，所向披靡。到嘉义城下，奋战一场，杀退敌围。福康安闻前锋得胜，自然胆大起来，也领兵到嘉义城。柴大纪出城相迎，只向福康安请安，不行跪拜礼。福康安心中已是不悦，佯为谦逊，叫大纪并马入城，大纪也不推辞，跨马导入。照清朝军制，下属迎接上司，须要身执橐鞑，不能并马入城。柴大纪屡受褒封，身膺伯爵，自思与福康安也差不多，少许失礼，料亦不妨。岂知这福康安度量浅狭，挟恨怀雠，柴大纪的性命后来竟断送在福康安的手中。福康安入城后，休息一昼夜，仍命海兰察先进，自率兵为后应，往捣大理杙巢穴。到了大理杙，时已昏暮，大理杙中冲出一支人马，列炬迎战。海兰察分兵千余，暗伏沟塍间，候敌近来，铳矢齐放，从暗击明，发无不中。敌众连忙灭火，鸣鼓来攻。海兰察复命军士按声冲击，毙敌无数，大理杙战役图敌众倒也抵死不退。海兰察跃马入阵，冲出敌背，竟赴大理杙，部众想回马去追，福康安兵已到，此时敌众仓皇失措，霎时溃散。海兰察入大理杙，爽文拦截不住，携家属走集埔。大理杙巢穴，一鼓荡平。
只林爽文遁入集埔间，依险窍伏，垒石为垒，回环数里。海兰察偕侍卫数十名，易服辑捕。寻至集埔，已得敌踪。遂暗伐箐中老藤，扳垒而上。林爽文不及防备，被他擒住；爽文家属，没一个走脱，献至京师，尽行磔死。福康安、海兰察俱晋封公爵，独柴大纪偏革职拿问。原来福康安入嘉义城后，已着人驰递密奏，说大纪诡谲取巧，奏报不实。乾隆帝倒也圣明，料知大纪屡蒙褒奖，稍涉自满，对福康安失礼，因被参劾，遂将这种旨意，批发出来。福康安受了几句申饬，接连又是几本弹章，复运动那奉旨查办的德成，覆奏大纪如何贪黩，如何宽纵，乾隆帝尚在未信，便命闽浙总督李侍尧查奏。李侍尧畏福康安威势，自然随声附和。乾隆帝又将任承恩、恒瑞等逮回亲讯，任承恩、恒瑞等一干人犯都说大纪酿成祸乱，暗中掣肘。凭你乾隆帝怎么英明，柴大纪怎么义勇，至此昏蔽诬蔑，就降了革职拿问的圣旨。柴大纪自念无辜到京被讯，宁有凭空自诬的道理？自然呼冤不置。乾隆帝亲加复讯，大纪仍微诉枉曲。