伍、唐两代表接书后，只得共表同情，再事磋商。会闻山东都督孙宝琦取消独立，山西省城太原府又由清军占领，清廷一方面，似乎有些生色。不久，革命党大首领孙文航海归来，沪上各民军代表个个欢喜，一片舞蹈声、喧呼声，与吴淞江水声相应，热闹得了不得。过了两三天，各代表遂开选举大总统会，投票选举，启箱后，孙文票数最多，应任为大总统；继举副总统，是黎元洪当选。大众遂欢呼"中华民国万岁"三声，随由各代表通电各处，于辛亥年十一月十三日，即西历一九一二年一月一号，组织中华临时政府于南京，建号中华民国。民国元年元月元日，孙文赴南京受任，火车上面，遍插国旗，站旁军队林立，专送孙总统上车。由沪至宁，每到一站，两旁皆列队呼万岁。午后抵南京，国旗招展，军乐悠扬，政、学、军、商各界，统来站相迎；驻宁各国领事，亦到来迎接。各炮台、各军舰各鸣炮二十一门，表示欢迎。孙总统下车后，改坐马车至临时总统府，早有黄兴、徐绍桢等左右站着，迎迓入内。是晚即在公堂行接任礼，各省代表与海陆军代表，齐呼"中华民国万岁"！声振屋瓦。代表团报告选举情形，请临时大总统宣读誓词。孙文即朗声诵道：
颠覆满清专制政府，巩固中华民国，图谋民生幸福，此国民之公意，文实遵之，以忠于国，为众服务。至专制政府既倒，国内无变乱，民国卓立于世界，为列邦公认，斯时文当解临时大总统之职。谨以此誓于国民。
读毕，大总统誓词由代表团推举景帝召，捧呈大总统印信，由孙总统接受如仪。各代表又推徐绍桢读颂词，读后，孙总统答称："誓竭心力，勉副国民公意。"大众便欢呼而散。孙总统遂立中央政府，为行政总机关。中央设参议院，各省设省议会，为立法机关。并提议改用阳历，交参院公决。参议院议员，暂以各省代表充选，即日通过改历议案，以十一月十三日为正月一日，并为中华民国纪元，通电各省公布。又议定政府制度，暂仿美国成制，不设总理，但设各部总次长如下：
陆军总长黄兴，次长蒋作宾；海军总长黄钟瑛，次长汤芗铭；司法总长伍廷芳，次长吕志伊；财政总长陈锦涛，次长王鸿猷；外交总长王宠惠，次长魏宸组；内务总长程德全，次长居正，教育总长蔡元培，次长景耀月；实业总长张謇，次长马和；交通总长汤寿潜，次长于佑任。
南京政府成立，民军声焰愈张，遂创议北伐。传檄远迩，各省踊跃起应，连一班女学生也想大出风头，组织北伐队。上海名优阔妓，都借着色艺，募捐助饷，似乎直捣黄龙，指顾间事。各洋商见时势危急，恐碍商务，遂联名发电，直致清廷，要求早日改建国体，安定大局。先是摄政王载沣，因袁大臣已任内阁总理，自己无权无勇，正好借此下台，辞退监国重任。经隆裕太后允准，令他仍醇王爵号，退归藩邸不再予政。此后一切政务，都责成总理大臣；至保护幼帝的责任，归太保世续、徐世昌。此旨颁后，全副重担，都肩在袁总理身上。袁总理倒也不怕，惟南北和战事宜，所关重大，且迭接南方各电，不得不与清皇族会商，遂奏请隆裕太后，开御前会议，把民军提出各条，令皇族自行酌夺。皇族多半反对，袁总理再电唐绍仪，征求意见。绍仪覆称：应速开临时国会，解散政体。袁总理复转达皇族，皇族仍是不决。唐遂辞职，议和事由袁总理直接办理。
袁总理未免着急，仍奏请隆裕太后，如前代表唐绍仪议。太后踌蹰未决，袁总理也奏请辞职，愿退居闲地。急得太后束手无策，只好温词慰留。袁总理仍是固辞，太后复封他一等侯爵。袁复恳切上表，不愿就封。太后只得再与老庆商议，要他至袁总理邸第，竭力挽留，袁乃辞封就职，再与伍廷芳往返电商。奈民军得步进步，先争论国会地点，两方辩驳的电文，差不多有数十通。至南方政府成立，竟将国会一说搁起，定要清帝退位，才肯干休。斯时清廷已无兵无饷，势难再战，只得由隆裕太后出场，再开御前会议。皇族等统已垂头丧气，隆裕太后也垂着两行酸泪，毫无主见。独军谘使良弼抗声道："太后万不能俯允民军，愚见决计主战。"太后道："兵不效力，饷无从出，奈何？"良弼道："宁可一战而亡，免受汉人荼毒。"皇族见良弼非常决裂，倒也胆大起来，随声附和，会议仍然无效。过了两三日，良弼从外归家，突被炸弹击毙。拿住刺客，据供是民党彭家珍，也不知是真是假。家珍当时受戮，从无细询。自是清皇族个个惊慌，逃的逃，躲的躲，哪个还敢来反对逊位？这鄂统领段祺瑞，复联合北方将弁四十二人，电请逊位。隆裕太后不得已，授总理大臣袁世凯特权，电告民国代表伍廷芳，商议优待清室条件。
彼此又辩论数日，适值汪兆铭等释放回南，参赞和议，于优待清室事，恰主张从厚，才得磋商定局。袁总理禀明隆裕太后，且再请皇族议定。隆裕皇太后与太监旧照隆裕太后含泪道："他们都已拥资走避了，剩我母子两人，还有何说？不过祖宗创业维艰，却不道轻送在咱们孤儿寡妇手里，不是千古的憾事吗？咱们不自修政，贻误大事，坐失江山，将来有何颜去对祖宗先帝哩！但事到如今，说也无益，你们去拟旨逊位好了。"说毕痛哭失声，泪如雨下。还是袁总理劝慰数语，才行退出。随即拟定三道谕旨，入呈太后瞧阅。太后只得钤印御宝。