李鸿章在苏南每从太平军手中夺得一地，就立即重建政权，以“霸术治民”，并被追采取一些以退为进的政策。所谓“霸术治民”，就是在政治上对人民实行专政。
李鸿章在所谓“用沪平吴”时，认为常胜军“往往破贼而不能多杀贼，故须我军偕作以辅其力所不逮也。”淮军侵入太仓后，“为了搜罗人头，屠杀了几万和平居民”，并对太平军俘虏施以“最精细的残忍酷刑”。据外国目击者说：
他们的衣服全被剥光，每个人被绑在一根木桩上面，……他们身体的各个部分全被刺入了箭簇，血流如注。这种酷刑还不能满足那些刑卒的魔鬼般的恶念，于是又换了另种办法。……从这些俘虏身上割下了，或者不如说是砍下了一片片的肉，……这些肉挂着一点点的皮，令人不忍卒睹。……这些可怜的人们在数小时之内都一直痛苦地扭动着。大约在日落时分，他们被一个兽性的刽子手押到刑场上，这些家伙手里拿着刀，急欲把自己的双手染满鲜血，简直象个恶魔的化身。他抓住这些不幸的牺牲者，威风凛凛地把他们拖到前面， 嘲笑他们，侮辱他们，然后把他们乱剁乱砍，用刀来回锯着，最后才把他们的头砍断一大部分，总算结束了他们的痛苦。李鸿章在会同戈登施展诱降阴谋夺取苏州后，竟然下令：“凡是苏属口音者，悉放归，南京以上，不分良莠尽杀。”当淮军侵占无锡以后，“这批卑劣的家伙本其惯技滥杀无辜的居民，估计惨遭杀戮的达六千人以上，他们唯一的罪名就是居住在太平军的城市里。”淮军对常州也同样进行了烧杀抢掠。赵烈文记载其家乡常州阳湖县被劫惨象时说：
同乡丁听彝来，久谈，饭后去。里中复后，渠从江阴口至家，住七日。城中情形，惨不可闻，尸骸遍地。渠到时为五月底，距城破已五十余日，尚未检拾，臭气四塞。房屋俱被兵占住或毁坏，莫敢一言。守城系张树声所带某字营，分四门，不准乡民人内，每日尚四出往乡村有人处抄扰，……乡间弥望无烟，耕者万分无一。据不完全统计，从 1862 年 5 月淮军与英法干涉军、常胜军会攻南桥开始到 1864 年 5 月淮军与常胜军攻陷常州为止，中外反革命联军仅在苏南几次较大的战役中就杀害太平天国军民约达 10万多人。
李鸿章淮军的残酷屠杀，既是阶级报复，又是为了掠夺财富。
据柴萼记载：
（淮军）初赴上海时，饷项匮乏，食米而外，仅酌给盐菜资。及接仗克城，人人有获，每向夕无事，各哨聚会，出金钏银宝堆案，高数尺许，遇发饷时，多寡不较也。文忠知之，明订九关，杜营哨虚冒，遂为成例，入于奏案。其时米价极昂， 石值银五两，各军克城，辄封存敌所囤米，据为私有，文忠出示收买，定价石银三两，出入一律，亦为成例定案，淮军统将，往往以此致富。
这清楚地说明，李鸿章是淮军官兵肆意焚杀虏掠的罪魁祸首。当群众抓住为非作歹的兵勇来辕喊冤时，“辄以土棍之罪罪之，民益无聊。”据赵烈文的同乡揭露：
（李鸿章）闻人言兵勇不戢，辄大怒。锡人杨艺芳，其年侄，李所[信]任，一言及之，遽曰：“不必言，吾皖人皆当诛。”杨战慄而出。正是由于李鸿章的纵容，致使苏南“剽掠无虚日，杀人夺财，视为应然。”
李鸿章命令各地绅董设立善后局，名曰抚恤民生，实则残民以逞。以常昭为例。李鸿章札委前常熟知县周沐润总办常昭善后事宜，照会富翁赵宗建等设善后局。“自此破靴党已如饿虎出林，挨拥入局办公。巍然董事，扛帮唬诈。”局中“置备刑具，挂牌放告。乡民具享者接踵而来，或控伪乡宫威逼，或控土匪抢夺，一一查拿到案审问。”“一切词讼，悉由局董作主，以钱之多寡，定事之曲直。”乡民进城需有局颁路凭，“如出城再需进城，小民俱于臂上印一方图章为记。”局中还遣绅士“清理城邑”，即“分段同该图地方，往各公馆开写姓名男女数目登册送局，由捐分给清户门牌。阅数日一查，照牌点验，人数不得多少，谓之查门牌。各绅称本邑巡查绅士。时官兵去攻打江阴，百姓纷纷回家，其曾为贼而不当兵者，呼之为毛里光，概逐出城，城中渐就肃清。”
李鸿章还令各乡镇设难民局，“收养流离失所之民”。
请看无锡的惨景：无锡虽然设了难民局，但因“米珠薪桂，终难周全，冬春之饥寒交追，夏秋之暑湿薰蒸，病死无数，非独殓无棺木， 葬亦开千人坑埋之。且夫役扛尸，尝以两尸为一杠，甚至有未气绝者，夫役曰：‘带去。’或能言未死者，则曰：‘早晚一样。’竟带去埋之。”
由此可见，所谓难民局，名曰“收养”实则残害“流离失所之民”。
以李鸿章为首的在苏南复辟的地主政权，积极维护地主利益，没收所谓“逆产”，清查庐舍田地，各还原主，尚未查得业主者，等业主续归，再行给还。因而那些曾在革命风暴打击下一度成为“惊弓之鸟”的大大小小的地主们，现在又依靠封建政权卷土重来，回窜乡里，夺田追租，劫掠农民财产。他们有的自称“原主”，随意圈占荒地；有的乘农民“无以自存”之际，趁火打劫，以极低的代价，“购买”农民的大片土地；有的勾串地保、胥吏之类，任意“飞诡侵挪”。
李鸿章面对被兵地区“人民稀少，田野荒芜，蚩量孑遗仍多冻馁而死”的严酷现实，为了尽快地恢复和稳定封建统治秩序，还采取了“招垦升科”和“蠲减钱漕”的措施。
李鸿章深知欲复元气，应首重农功，而要恢复农业生产，就必须招徕农民，垦辟荒田。1863 年 12 月李鸿章攻陷苏州后，采取“招垦抚恤”政策，“资遣难民回籍十余万人，并发牛种，招集流亡垦荒。”他的丁未同年溧阳陈鼐时在幕中，“赞襄其事甚力”。李鸿章虽然“日与官绅谋所以招垦抚恤之方，但苦无款可筹”，加之没有妥善章程，未能切实筹办，因而成效甚微。
除“招垦抚恤”外，李鸿章还在苏南因地而异地奏准暂行“豁免钱漕”或永久裁减粮赋浮额。1863 年 6 月始而奏准豁免太仓州、镇洋、常熟、昭文、昆山、新阳、嘉定、金山等县本年漕粮，继而奏准裁减苏松太粮赋浮额，1864年 11 月又奏准豁免江宁府属上元、江宁、六合、句容、江浦、溧水、高淳 7县钱漕三年。清朝大吏把李鸿章的“蠲减钱漕”吹嘘为“恤民至计”，是造福于“遗黎”的“惠政”。其实在阶级社会既无超阶级的“民”，又没有代表全民利益的“惠政”。李鸿章的“蠲减钱漕”纯属地主阶级的阶级政策。
据说减赋之议，首倡于冯桂芬，李鸿章遂请郭嵩焘与冯桂芬研究有关事宜。吴云向郭嵩焘进言并著书申述重赋之害和减赋之利。郭篙焘得吴云书后，携至幕府，与冯桂芬等互相传阅。李鸿章适至，看到是书，赞佩不已，连称“聪明，聪明！是极，是极！”因告郭嵩焘：“可即上详文”，并嘱咐冯桂芬：“老前辈即拟奏稿”。李鸿章认为此举事体重大，函请曾国藩主奏。曾国藩夏信表示赞同，请李鸿章主稿并挈衔速奏。1863 年 6 月曾、李会奏请旨核减苏松太粮赋浮额，7 月奉旨准行。
李鸿章认为漕粮乃“天庾正供”，而苏松太三属漕粮积弊太深，急需改革，他提出应“以核减浮粮为理漕之纲，即以办理均赋为治漕之用。”
何谓“核减浮粮”？在李鸿章看来，苏省钱粮甲于天下，而苏松太三属尤甲于通省，比毗连的常州多三倍，比同省之镇江等府多四五倍，比他省多一二十倍。由于“赋重民穷，有不能支持之势”，所以出现了极不正常的现象。一曰：“坚持不减之名”，而行“暗减之术”。督抚部臣默许州县捏灾，致使“无岁不荒，无县不缓，以国家蠲减旷典，遂为年例。”一曰：“宫垫民欠”，“所谓垫者，岂州县之果能垫哉？不过移杂垫正，移缓垫急，移新垫旧，移银垫米， 以官中之钱，完官中之粮，将来或额免，或摊赔，同归无著、犹之未完也。”这就造成了赋额重而征收实少的问题。本来苏属全漕 160万，但在咸丰朝十年中征收百万以上者仅 1 年，80 万以上者 6 年，而皆有官垫民欠 10 余万在其中，是最多之年民完实数不过 90 万。
苏松太粮漕甚重，平时都难以承担，何况战乱之余，按额征收更是难上加难。经过拉锯战，苏省“一望平芜，荆榛塞路，有数里无居民者，有二三十里无居民者，间有破壁颓垣，孤嫠弱息百存一二，皆面无人色，呻吟垂毙”，伤心惨目之状，实非郑侠流民图可比。一个常胜军的军官透露：“程[学启]和李[鸿章]就是最大的破坏者，现在遍地蔓延着的巨大灾难全都得感谢他们两人所赐。”面对这种残破局面，“欲责以重赋，责以数倍他处之重赋，向来暴敛横征之吏，所谓敲骨吸髓者，至此而亦无骨可敲无髓可吸矣。”
正是基于上述种种，“减赋”就成了历史之必然。李鸿章建议“比较历来征收各数，酌近十年之通，改定赋额，不许捏灾，不许挪垫，于虚额则大减，于实征则无减。”李鸿章的“减赋”实质上是一种以退为进的政策，即所谓“以与为取，以损为益者，方将借减赋之名，为足赋之实。”
减赋乃“转移之善术”。在李鸿章看来，“办灾办缓，权在胥役， 防弊虽有百法，舞弊奚止千端，止此民力，止此地产，不减额之弊， 在多一分虚数，即多一分浮费，减额之效，在少一分中饱，即多一分上供，减额既定，胥吏无权，民间既沾实惠，公家亦有实济。”
减赋乃“劳来之善术”。李鸿章认为，“吴民死亡之外，大半散之四方，故乡赋重，望而生畏，寻常蠲缓，不足去重赋之名，招之不来，荒田愈久愈多，何法以治之？惟闻减赋之令，必当争先复里。”
减赋乃“固结招徕之一法”。李鸿章说：“乡民”“一闻减赋之令，必当感激涕零，望风增气，他日军麾所指，弩矢之驱必更奋，箪壶之雅必更诚。”
由此可见，李鸿章奏请减赋，一方面是想“借减赋之名，为足赋之实”；使清政府得到“实济”；另一方面是想动员“吴民”“争先复里”、“踊跃输将”和积极支持反革命战争。
李鸿章笔下之“吴民”，从阶级成分来看，主要是指地主而言，同时也包括自耕农和佃农在内。
漕粮是以土地所有者为征收对象，而当时的土地大部分掌握在地主手里，少部分归自耕农所有。因而减赋直接涉及地主和自耕农的利益自不殆言，但同无田而租人之田者也并非毫无关系。因为早在“康熙四十八年，给事中高遐昌奏，遇蠲免钱粮，将佃户田租亦酌捐免，奉旨必得均平，方为有益，寻户部议业主蠲免十分之七，佃户十分之三，永远为例。”
当时“散之四方”的，如果只有“殷实”地主，而无“绝苦之家”，那就绝不会出现“田多佃少”、“土地荒芜”的情况。李鸿章所说的“招抚流亡”，显然不限于动员逃亡地主回家，也有争取逃亡农民返乡、借以恢复生产、稳定统治之意。
抵死抗拒太平军的“乡团”，是由地主绅士倡率，而以“农夫牧竖”为基本成员的。所谓“农夫牧竖”，就是李鸿章所说的“愚贱”者流。李鸿章减赋的目的之一，就是动员从地主阶级中浮现出来的那股反动势力和诱骗闭塞落后的“农夫牧竖”起而对抗农民造反。
何谓“办理均赋”？在李鸿章看来，苏松漕粮积弊视他省为甚，其最不平者，莫如大小户之分。因有大小户之名，不是根据土地占有情况，而是“以贵贱强弱定钱粮收数之多寡”。缙绅大户凭藉权势“包揽短交”，而小户则被官吏任意抑勒，以为挹彼注兹之计。“小户不胜其苦，其黠者又诡寄于大户”，结果“大户益多，小户益少，其势遂偏重于一二安分之平民，而催科敲扑之惨，拘系之繁，无一非伤民气者。”
由于苏松征收漕粮，向有大小户名目，轻重不均，不仅使地主阶级内部大地主和中小地主发生利害冲突，而且也使地主和自耕农的矛盾日益激化。李鸿章深感这种局势的危险性，力主采取措施抑制一下“短交钱漕之绅户”，缓和地主内部以及地主同自耕农的矛盾，以期巩固清朝统治，更有力地镇压农民造反。他建议在苏松漕粮核减后，应“明立章程，酌定折价，绅衿平民一例完纳，永远革除大小户名目，不使州县陵虐小民敢为暴敛而不顾，亦不使各项陋规困苦州县迫使病民而不辞。”
清廷接受李鸿章关于减赋和革除大小户名目的意见，下令苏松太减三分之一，常州、镇江减十分之一，并严禁大小户，声称“傥仍有大户包揽短交等弊，即著该地方官执法严办，毋稍宽客”。
苏松太常镇五属减赋后，实际得利的主要是地主，而佃农虽应受益但并未“蒙其惠”，因为地主破坏了康熙四十八年有关蠲免钱粮的规定。据 1881年苏州士绅潘遵祁等披露：“同治三年，恩减漕粮，城中绅业，格外体恤，将业主应免十分之七，尽数蠲入佃户，而乡业将佃户应免十分之三，概行吞没入己”。这是农村地主公然藐视国法之一例。有的地主则采取阳奉阴违的态度，“声言减租，以虚额之数，亩减其三斗，故向止一石二斗而无增者，今亦一石二斗。而又将催甲等钱，增入一二升于其外。”
至于大小户名目，虽屡经谕禁，但并未革除，可谓名亡实存。以元和而言，官府公然设立两种征收钱粮的粮柜，“粮柜设于堂， 而又有所谓内柜者，则以堂柜为外柜”，“内柜可减成，犹大户也， 外柜则全完，犹小户也，特避其名耳”，“内柜皆绅及富室之强者， 其费省，外柜则富之懦老与乡里小户属焉。”李鸿章也供认：“苏松钱漕最重，自减赋改章后，大户仍不免包抗，州县更加苦累，此亦积重难返之势。”
由此可见，李鸿章虽然试图在政治经济领域有所作为，但因限于主客观条件而成效甚微，1865 年统治营垒中间就有人抨击李鸿章“战功虽著，而子惠未孚，百姓之流离者未尽收恤，地亩之荒芜者未尽开垦，不闻德政，惟闻厚敛。”有人拿左宗棠与李鸿章相比，断言“左公吏冶实胜李数十倍”。
李鸿章为了尽快地恢复和稳定封建统治秩序，除了在政治经济领域采取了相应的措施之外，还特别注意加强思想文化方面的工作，力图用功名利禄笼络知识分子，用“尊孔读经”“化民成俗”。
1864 年李鸿章在苏抚任内，根据苏州、太仓诸绅的要求，为便于士子参加岁考和科考，兴建苏州试院，派冯桂芬负责筹划， 并以苏州籍的宋代贤臣范仲淹勉励诸生，取名景范堂。他还特地撰写《苏州试院记》，以资纪念。
同年曾国藩奏准补行乡试，李鸿章作为江苏巡抚，例应轮派监临。他对自己能以皖人而监临江南乡试颇为得意，致函其师说：
“监临本无可诿，又蒙殷殷见属，而皖人谓程梓庭、杨安卿两先生后，续成佳话。”“科场事宜，承为经画周密，鸿章此行，殆如新妇回娘家之逸乐也。”他还作了《甲子仲冬监临入闱感赋七律四首》，以表达其难以抑制的兴奋心情。
除此之外，李鸿章还在苏州建复紫阳书院，改建正谊书院，分别聘请俞樾、冯桂芬主讲席，“课四书文、试帖如旧制”。