这场战争的过程在很多书中都有专门的介绍，经过了丰岛海战、黄海大战、威海卫战役之后，战争最后以北洋海军全军覆没的悲惨下场而告终。在许许多多各式各样的历史著作中，李鸿章都被写成是由于他严令北洋海军“避战保船”、株守威海卫军港而直接造成了北洋海军全军覆灭的结局。当时，李鸿章在天津使用有线电报直接指挥驻泊威海卫或旅顺口军港的北洋海军。有专家依据官方档案，特别是当时作战指挥系统的往来电报稿进行分析，最后得出一个结论：他们从没有发现任何一封电报是李鸿章严令北洋海军“避战保船”株守军港。
在甲午战争初期，李鸿章曾电令北洋海军提督丁汝昌，要他注意保存战舰以牵制日军。这是一种“保船制敌”的方略，与“避战保船”株守军港，是完全不同、也决不能混为一谈的两个概念。在甲午战争的过程中，李鸿章尤其坚决反对北洋海军株守军港。例如，1894年11月上旬，旅顺口军港告急，而北洋海军龟缩于威海卫军港。李鸿章发电报斥责丁汝昌道:“寇在门庭，汝岂能避处威海，坐视溃裂？”再如，在1894年12月下旬，李鸿章致电丁汝昌:“日兵轮一在龙须岛，有小火轮欲渡兵上岸。 ……应速带现有师船赴龙须岛、成山一带巡探，如日船少，即设法驱逐，否则，听其由后路包抄，则威危，而兵船无驻足之地，弟获罪更重矣。”又如，在1895年1月下旬，李鸿章连续多次电令无所作为的丁汝昌:“我海舰虽少，而铁甲坚利，则为彼所无，与其坐守待敌，莫若乘间出击，断其归路”，“此时救急利胜，舍断其接济、助台 (指海岸炮台) 夹击，更无别法，决无株守待攻之理！”此外，清廷也多次下达同样意图的作战命令。
但十分遗憾的是，李鸿章和清廷的意图和明确的作战命令，并没有被丁汝昌坚决执行。因为丁汝昌面对强敌徒有一腔热血却是束手无策。北洋海军最终还是落得一个株守军港全军覆灭的悲惨下场。在这场大战中，涌现了许许多多英勇的战士和将领。那些以身殉职的官兵，用他们的鲜血浇铸了铮铮爱国心，成为民族英雄，留下了壮烈的感人的篇章。
北洋海军的覆灭还有官兵纪律差、战斗力弱和武器落后等原因，其中有些炮弹甚至是过期的。导致武器装备的落后，是因为海军经费被挪作修颐和园之用。关于挪用的数目一般认为修颐和园花了白银2000多万两，而三海 (中海、南海、北海) 工程，又用了五六百万两。另一说是：“据不完全统计，迄于甲午战争为止，清政府用于颐和园工程的经费为库平银一千一百多万两，其中挪用的海防经费约为库平银八百六十万两。”而“到一八九五年五月的十年间，三海工程共挪用了海军经费四百三十六万五千余两……挪用的海军经费总数达到了一千三百万两。”这不是一个小数目，相当于当时一年全国财政收入的三分之一。
这场战争充分暴露了大清帝国的腐朽顽症已经深入骨髓，单单靠李鸿章的北洋海军这一点点的消炎药是根本不可能医治的。作为北洋海军的缔造者和直接统帅，李鸿章亲手把这支他所钟爱的舰队送上了穷途末路。20 年苦心的经营，耗资千万的船舰，还有那 20 年间培养出来的一大批接受过正规教育的海军人才，都随着那苍凉的绯红的海水慢慢地远去了。他们永远的离开了自己的战舰，离开了李鸿章。他们的忠肝义胆，他们的铁血丹心，他们不甘于失败的灵魂仿佛会在李鸿章的身边久久游荡……李鸿章禁不住老泪纵横，仰天长叹。他深深地知道，大清国此后面临的将是国将不国，而自己面临的必是人将不人，但是，纵然是刀山火海，他又何以回避？
李鸿章想起了曾国藩，想起了这个一直和他并肩战斗的老朋友。如今斯人已去！环顾左右，李鸿章只看到自己蹒跚的、孤单的身影，没有人陪伴在他的身边。他的孤独，他的痛苦，他的悲凉，只能留给自己。特别是他还要为了大清国、为了大清国的子民去向日本求和。这是大清帝国的悲哀，也是李鸿章的悲哀，也是那个悲哀时代所有中国人的悲哀。