新旧世纪之交的光绪二十六年（1900 年），确是多事之秋。这一年，在北方义和团运动风起云涌、长江流域“东南互保”紧锣密鼓的同时，鄂、湘、皖等地的“自立军”运动也在暗中滋长蔓延。
“自立军”运动是康有为“保皇派”与孙中山革命派合作的产物。
戊戌政变后，康、梁亡命日本，继续效力于归政光绪的“保皇”活动，此时的孙中山正在海外推行革命，双方在反对执掌清廷权柄的慈禧集团方面有一定的共识。光绪二十五年（1899 年）夏，孙中山筹划于广东惠州发动反清起义，其时康有为派的重要成员唐才常会见孙中山于日本横滨，共同商讨湘鄂及长江起事计划。唐与孙“订殊途同归之约”，与康有为“时通声气，共图起义”。孙中山委派兴中会员吴禄贞、傅慈祥等协同唐才常，准备以武汉中心，于长江中游各省发动武装起事。光绪二十五年（1899 年）底，唐才常、林圭、吴禄贞、傅慈祥等高日返国，孙中山、梁启超亲自为之送行，孙还将兴中会员容星桥（容闳之侄）在汉口的地址密告唐、林，以为举事之助。
唐才常等回国后，创立”正气会”，后改“自立会”，联络“大刀会”等反清会党，又在清军中发展力量，仿会党方式建富有山堂，发行富有票及有反清勤王内容的揭贴，又于上海、汉口等地设立秘密机关，在”自立会”基础上组建“自立军”，共分前、后、中、左、右以及总会亲军、先锋营七军，选择时机，准备于鄂、湘、皖等地同时举事。唐才常选中武汉以为举事中心，是基于以下考虑：
其一，武汉为“九省通衢”，“扼大江之喉吭，控南北之枢纽，用武之地也，而商务日盛，当道者狃于形胜，防御不密，可袭而取也，举此则中原不足定矣”。
其二，武汉为长江中游要枢，而长江流域久已成为英国势力范围。英国政府出于与沙俄等争夺在华权益的考虑，一向支持帝党。此时更与张之洞、刘坤一等策划“东南互保”，企图在“扬子江流域建立特权，系求在那里不仅占领导地位，并且排除其他列强的参加”，“重建”一个完全听命于己的“中华帝国”。唐才常以武汉为举事中心，是想托庇于英国势力的“保护”以助成功。
其三，唐才常本人曾肄业于张之洞所办两湖书院，与张有“师生之谊”，而之洞素有爱护门生弟子的时誉，其时又抗拒朝廷“宣战”之旨，与英、日等国共谋“互保”。“才常犹恃张之洞与彼有师生之谊欲以勤王大义说之”。“通殷勤于张之洞，欲利用之”。
时任湖广总督的张之洞对自立军活动“固已熟闻之”，对于湖北防军官兵及部属吏员多有加入“自立会”一事，也有所察觉，“而未发觉者，则实以有风以自立军将拥已挈两湖宣言独立者也。”早在光绪二十六年三月，他便在札文中称“长江一带会匪素多，因之造为各种揭贴，公然纠众谋逆，实堪发指，亟应遵旨严禁”。但是实际上，他却对之采取不加干涉的态度，只是密切监视唐才常等人的动向。“作为预防措施，他额外招募了两千人，还设置了特殊的江河巡逻。”光绪二十六年（1900 年）七月，八国联军攻人北京，慈禧太后等仓皇西逃，唐才常认为“此时此机，绝大题目，万不可失”，立即从上海赶赴汉口，准备于七月十五日指挥各路自立军于鄂、湘、皖等地同时举事，但由于康有为承诺的海外筹款迟迟不到，起事被迫一再展期。吴禄贞等未得展期通知，单独于安徽大通起义，“势孤弱，遂为刘坤一所败”。唐才常见事已泄露，箭在弦上，不得不发，遂下令不等海外筹款，于七月二十九日发难，首先占领武汉，然后“由河南出兵西指，劫持西后，为挟天子以令诸侯之图”。
在自立军起事迫在眉睫的最后关头，张之洞一反不予干涉的态度，以迅雷不及掩耳之势，先发制人，于七月二十八日凌晨将唐才常、林圭、傅慈祥等自立军首领一网打尽，旋即处决。康有为、孙中山两派联合，精心谋划的自立军起事就此流产。
张之洞在起事爆发前的陡然变脸，是他审时度势、权衡利害之后作出的决断。原来，张之洞在相当长的时间内对自立军运动持不闻不问的“超然”态度，是因为北方政局不稳，慈禧太后”开罪”洋人，地位似乎岌岌可危，而在长江流域占有庞大势力的英国政府正力图策动地方督抚脱离亲俄的慈禧集团，因此对于自立军计划拥戴张之洞出面与朝廷“独立”，并未有任何反对的表示。在这种情况下，张之洞所能采取的最高明对策，自然是静观时势发展，相机行事。而到了自立军起事前夕的七月末，形势已基本明朗。慈禧虽逃离京师，但并未失去对中央政权的控制，列强政府从义和团运动的沉重打击中领教到中国人民不甘沦为亡国奴的坚强决心和反抗斗志。以光绪取代慈禧的地位不太现实，而彻底瓜分中国更无可能，列强因而得出维持中国形式上的独立和统一，扶持一个傀儡政府，将比自己直接出面统治中国更为有利的结论。就英国来说，策划南方“独立”的企图也因为俄、德、法诸国的强烈反对而告吹，“东南互保”已经失去意义，因而有关约款也未正式签订。在这种情况下，自立军对英国方面已完全丧失利用价值，相反只会带来麻烦。英国驻汉口代理总领事傅磊斯说：
“即使这一运动（指自立军）是一个真正的“改良”运动，没有一个行动是针对外国人的，但如果推翻了合法当局，这三个城市所有目无法纪的暴民便会对我们放肆起来；还因为现在的当局，迄今还在这里努力维持秩序，它比起一个自命的、有着堂皇目标的、但其经验与能力令人怀疑的政府来，是更可取的。”
张之洞看准了这一切，在取得英国领事签字同意后，于七月二十八日派兵包围设于汉口英租界与华界相接地段的李慎德堂（位于汉日上海路教堂之侧）的自立军总机关，以及另一秘密据点前花楼街宝顺里四号，共捕获自立军首领唐才常以下共三十余人，仓促审讯后，于次日将唐才常、林圭、傅慈祥等杀害于武昌紫阳湖畔。
张之洞处理自立军事件，先是不加干涉静观变化，在看清形势后，又当机立断，出手迅猛，充分体现了一个老练官僚的权谋与机诈。不过就张之洞的本意，只是将自立军起事平息于发难之先，并不情愿大动杀机。特别是自立军重要人物唐才常、傅慈祥等，皆为自己的门生，深究起来，于己未必有利，所以唐才常等被捕后，之洞“颇欲从轻治罪”，但湖北巡抚于荫霖力主处以极刑，之洞不得已从之，但在禀报此事的奏折中，除唐才常外，其余皆隐其名，显然是不愿张扬自立军骨干与自己的师生关系。张之洞此时的心理状态正如康有为所剖析：“既惧亡国大夫之诮，又羞蒙杀士之名，内疚神明，外惭清议”。
关于张之洞有意开脱唐才常，说法颇多。其一云，之洞至唐才常案发赴审之时，“犹欲为烈士免，方鞠问时，顾左右曰：‘唐才常儒者，宁出此？且吾固识之，斯人不类，得毋捕者误耶？’烈士厉声曰：‘事之不成，有死而已，唐才常岂苟脱者？！’”这种稗官野史当然不足为据，但张之洞平生一贯的作法确实不嗜杀人过滥，此后对于湖北新军中的革命党人，他也一般以开除了事，并不予以深究。扑灭自立军，是张之洞作为封疆大吏的必然之举，然而对于谋求政治变革的人们来说，却是一大教训。在日本出版的《清议报》1901 年刊发的一篇文章说：
“中国维新之机，西太后挫之于北京，张之洞戕之于汉口，义和团阻之于直省，震旦新机宜其绝，中国国命宜其死矣；然挫之戕之阻之者频仍矣，而维新之气焰不少减，反有挟浪乘风披靡中原之势。可见，原康有为派系中人，有些已经决意走向推翻清廷的道路。这是镇压自立军起义的张之洞始料未及的后果。”