上任伊始，作为监察御史，马周先在长安城转了几天，上书提出几条改进意见：
一、京城各条街，每天早晨和黄昏，派人大声传呼，以为警戒，此浪费人力，老百姓听了也觉不得劲，不如置鼓代之，同样起到警戒的作用。
二、城门平日出入人很多，有时造成拥挤碰撞，应该规定入由左，出由右，这样就秩序井然了。
马周提了许多切实可行的建议，众人都感到方便，太宗更加赏识他。不久，即升任给事中。
天渐渐变热了，九成宫也修缮一新，太宗下诏，将幸九成宫。通直散骑常侍姚思廉上书，以九成宫离长安太远，千乘万骑，来回花费巨大，再者，百官衙门办事也不方便，请求圣上留在长安。太宗叫人召来姚思廉，先赐给他绢五十匹，肯定他的切谏精神，而后对他说：
“朕有气疾，一到暑天就加剧，只得到九成宫去避避。”
姚思廉听圣上这么一说，只得拱拱手，领着绢帛退了下去。他前脚刚走，马周又赶来递上奏疏，情真意切地谏道：
臣每读前史，见贤者忠孝事，未尝不废卷长想，思履其迹，臣不幸早失父母，犬马之养，已无所施；顾来事可为者，惟忠义而已。是以徒步二千里，归于陛下，陛下不以臣愚，擢臣不次。窃自惟念无以论报，辄竭区区，惟陛下所择。
臣伏见东宫在宫城之中，而大安宫乃在宫城之西，制度比于宸居，尚为卑小，于四方观听，有所不足。宜增修高大，以称中外之望。又，太上皇春秋已高，陛下宜朝夕视膳。今九成宫去京师三百余里，太上皇或时思念陛下，陛下何以赴之？又，车驾此行，欲以避暑，太上皇尚留暑中，而陛下独居凉处，温凉之礼，窃所未安。今行计已成，不可复止，愿速示返期，以解众惑。
太宗看了马周的疏奏，深以为然，叫人召来马周，道：
“不是朕没安排太上皇去九成宫避暑。当年隋文帝就崩于九成宫，太上皇恶之，怎么也不愿去那里住。”
为了不给地方上增加不必要的麻烦，太宗命令轻车简从，前往九成宫。哪知御驾尚未到九成宫，就有监察御史前来奏道：“打前站的右卫将军陈万福依仗权势，非法榨取驿站三石麩皮。”
“朕行前三令五申，不准额外掠扰地方，他要这三石麩皮干啥？”太宗没好气地问道。
“喂马呗。”监察御史道。“怎么处理的？”
“按规定已将三石麩皮充公。”
三石麩皮的小事也来上奏于朕，太宗有些不高兴，挥手命道：
“拿三石麩皮来，传陈万福见朕。”
此时御驾正在途中稍事休憩，快马赶来的陈万福见了圣驾，伏地叩头，一句话也不敢多说。太宗指着旁边的三石麩皮说：
“朕把这三石麩皮赐予你，你打算怎么处理啊？”陈万福又不敢说不要，想了想说：
“臣这就派人把麩皮转还给驿站。”
“你自己犯的错怎能再动用别人，朕给你二天假期，你去把麩皮还给驿站。”
“谢主隆恩。”陈万福自信地说，“不用请假了，臣快马加鞭，半天时间就能打个来回，还不耽误护驾。”
“嗬嗬”太宗笑道：“朕让你背着三石麩皮，步行送还给驿站。”
陈万福一听，头上的汗就下来了，但只得叩头谢恩，过去背起那沉甸甸的三袋子麩皮，摇摇晃晃地逆着队伍往回走。太宗令陈将军背还麩皮的事马上传遍了整个护驾队伍。大家不敢怠慢，自动整肃，整个大部队秋毫无犯，规规矩矩地来到了九成宫。
九成宫原名仁寿宫，依山傍水，环境幽雅，古木参天。太宗流连其中，觉得身心愉快了许多，人也放松了许多。这天傍晚，太宗和尉迟敬德、宇文士及一班文臣武将在庭院里散步，但见一棵巨大的柏树，周身裹着斑斑点点的树皮，好像披着一身鳞甲，显出它的苍劲与威严。太宗抚摸着树干说：
“比起笔直娟秀的其他树木，这种挂甲树更符合朕的心情，人生在世，就应该竭尽所能有一番作为。”群臣听了，频频点头，宇文士及想讨太宗喜欢，立即对这一棵树赞不绝口：
“此巨柏树干粗大，树冠呈圆锥形，比起周围的树更显得阅尽沧桑，它浑身的纵横成行的鳞斑，让我想起当年圣上身披战甲，驰骋疆场的英姿。”
太宗一听宇文士及张嘴就是满篇的好话，心中不悦，马上转过身来，指着他严肃地责备道：
“魏征经常劝我疏远阿谀奉承的人，朕不知道这佞人是谁，猜想是你，现今听你说话，果然不错。”
宇文士及顺嘴说出，没想到拍马屁拍到马蹄子上，慌得急忙跪倒在地，叩头谢罪不已。太宗念他年纪大了，叫人把他扶了起来，告诫道：
“朕不是隋炀帝，恭维的话最好不要说给朕听。要知道朕遇千虑一失，必望有犯无隐。那些只说好话的人，只会让朕下情不通，贻害无穷。”
宇文士及擦着头上的汗，连连称是。
在九成宫住了一段时间，太宗又忽然想回出生地武功乡下去看看，于是传旨摆驾庆善宫。这是太宗第二次巡幸武功旧邸了，乡里故旧和当地绅耆一起赶来晋见。天下太平，荣归故里，太宗心情也极为舒畅，传旨设宴相待。