确行本还真有两下子，所造的巢车高约十余丈，比高昌城头还高五六尺。弓箭手、投掷手站在上面正好俯瞰城中，居高临下，孤注一掷地向城上的守敌发射利箭和飞石。一阵狂射乱掷，竟压制得敌人抬不起头来。与此同时，唐军第三梯队也迅猛冲上，搭上云梯开始爬城，与守城的高昌军展开了拉锯战……
嗣主麹智盛本来就心气不足，对守城没有丝毫的信心，闻听唐军犹如神助，以巢车攻城后，麹智盛长叹一声，遂决定大开城门投降。
城破之前投降，应该说很及时，双方也没死多少人。接到城中投降的请求后，侯君集命令停止攻城，部队集结在城门口受降。城门大开，麹智盛手捧王印，率文武百官垂头丧气出城来降。侯君集二话不说，即于军前拘住麹智盛，而后指挥大军昂首阔步开进高昌城。
高昌王投降，高昌城被占领，其他城更不在话下，唐军犹如赶集上店一般，连下二十二城，共收降八千多户，一万七千多口，得地东西八百多里，南北五百多里。
高昌被平后，太宗召开御前会议，提议把高昌划归唐朝版图，置为州县，号西昌州。别的大臣没敢说什么，独有魏征表示反对，魏征谏道：
“陛下即位，文泰就来朝谒，近因骄倨不臣，抗阻西域贡献，乃兴师往讨。文泰身死，天罚已申，为陛下计，应抚他人民，存他社稷，立他子嗣，威德互施，方足柔远。今若以高昌土地，视为己利，改作州县，此后须千余人镇守，数千余人往来，每年供办衣资，远离亲戚，不出十年，陇右且空，陛下终不得高昌撮粟尺帛，佐助中国，有损无益，臣窃为陛下不取哩。”
魏征的劝谏也不是事事都对，太宗这次是笑而不纳。这时褚遂良又来奏道：
“魏大夫所言极是，臣也以为宜择高昌可立者立之，召其首领悉还本土，长为藩翰。”
太宗默然不纳，他心中早有考虑。这次御前会议后不久，太宗即下诏将高昌行政区域划归唐王朝版图，改为西州，更置安西都护府，岁调千兵，谪罪人以戍。自此大唐领地东至大海，西至焉耆，南尽林邑，北抵大漠。凡东西九千五百一十里，南北一万零九百一十八里。
西州府安置妥当，太宗乃召侯君集还朝。侯君集率领大军押着麹智盛及其弟智湛凯旋而归。观德殿献俘完毕，太宗从大局出发，封麹智盛为左武卫将军、金城郡公，麹智湛为右武卫中郎将，天山郡公，许住长安。
侯君集作战有勇有智，为唐初名将之一，但此人常常好夸耀自己，惹得人家嫉妒，灭掉高昌国回长安后，侯君集更是得意非凡。不久，有人在背后说闲话道：“高昌王珪文泰死，侯君集方得克。”更有甚者，京师盛传侯君集未经奏请，随意配没无罪之人，而且私藏宝物无数，将士效法，纷纷抢夺财物，军纪十分败坏。有司将侯君集犯法一事上奏后，太宗诏将侯君集下狱，按查其罪。剿灭敌国、奏凯旋师的功臣没过两天舒心日子就被关进监狱，中书侍郎岑文本看不下去了，仗义执言，洋洋洒洒写了十几页纸的疏奏，为侯君集开脱，文本写道：
“君集等人，或位居辅佐，或职隶爪牙，并蒙陛下拔擢，受将士之任。侯君集等不能正人奉法以报天恩，举措肆意，负罪盈积，实宜绳以典刑，以肃纲纪。高昌王昏庸，人神共弃，朝中议者以为地属荒远，均以置之度外。惟陛下运独见之明，授决胜之略，君集等奉行圣算，遂得指期平殄。若论事实，并是陛下之功。君集有道路之劳，未足称其勋力，而陛下天恩弗宰，乃推动于将帅，露布初至，便降大恩，从征之人，皆获恩泽，及其凯旋，特蒙曲宴，又对万国加以重赏。内外文武咸欣陛下赏不逾时，而不经旬日并付大理。虽乃君集等自投罗网，而在朝廷之人，尚未知所犯何罪，恐海内又疑陛下唯录其过而忘其功。
臣以下才，谬参近职，既有所见，不敢默然。臣闻古之人君，出师命将，克敌则获重赏，不克则受严刑，是以赏其有功也，虽贪残淫从，必蒙青紫之宠；当其有罪也，虽勤躬洁己，不免斧钺之诛。故《周书》曰：记人之功，忘人之过，其宜为君也。昔汉贰师将军李广利，捐五万之师，靡亿万之费，经四年之劳，惟获骏马三十匹，虽斩新宛王之首，而贪不爱卒，罪恶甚多，武帝为万里征伐，不录其过。遂封广利为海西侯，食邑八千户。又校尉陈汤，矫旨兴师。虽斩郅支单于，而汤素贪盗，所收康居财物，事多不法，为司隶所系。汤乃上书曰：与吏士共诛郅支，幸得擒灭。今司隶收系案验，是为郅支报仇也！元帝赦其罪，封汤为关内侯，又赐黄金百斤。
又晋龙骧将军王浚，有平吴之功，而王浑等论浚违诏，不受节度，军人得知吴王孙皓宝物并烧皓宫及船。浚上表曰：‘今年平吴，诚乃大庆，于臣之身，更为咎累。’晋武帝赦而不推，拜辅国大将军，封襄阳侯，赐绢万匹。
隋新义郡公韩擒虎，平陈之日，纵士卒暴乱陈后主宫内，文帝亦不问罪，晋爵拜擒虎上柱国，赐物八千段。
由此观之，将师之臣，廉慎者寡，贪求者众，是以黄石公军势曰：‘使智，使勇，使贪，使愚。’故智者乐立其功，勇者好行其志，贪者邀趋其利，愚者不计其死。是知前圣莫不收人之长，弃人之短，良为此也。