褚遂良一番话说得入情入理，由不得太宗不动情，当即下诏道：“即刻宣玄龄入朝！”
房玄龄任事一段时间后，怕再惹皇帝不高兴，于是以老病为由，避位在家。这天，房玄龄正在后园给花草剪枝浇水，闻听不远处的芙蓉园隐隐有鼓乐声，家人报说皇帝幸芙蓉园，房玄龄忙走到前厅，换上衣服，命子弟赶快洒扫门庭。子弟见不年不节，老爷又一身郑重装束，有些奇怪，问：“洒扫门庭？今天有什么事吗？”
“銮舆且至。”房玄龄弹了弹衣服说。
果然是君臣同心，数十年的相处，房玄龄最知皇帝的心情。庭院刚刚洒扫完毕，大门外即车马喧腾，圣驾来到。房玄龄恭恭敬敬把太宗迎进家里，太宗略坐片刻，命载房玄龄一同回宫。中书门下三品宋公萧瑀是后梁明帝之子，九岁时即封新安王，隋炀帝时，其姊萧氏又贵为皇后，事唐后萧瑀官居宰相，常常摆摆老资格，看不惯其他寒门出身的宰相，常常在太宗跟前说：
“房玄龄与中书门下众臣，结伙拉帮，抱成一团，陛下若不详查，恐以后会出大问题。”
太宗听了这话有些反感，说：
“卿言有些过分，人君选贤才以为股肱心膂，当推诚任之。不能求全责备，而当舍其所短，求其所长。朕虽不能聪明，也不至于连忠奸善恶也看不见。”
萧瑀认为皇上偏信原先秦王府的人，心里不高兴，常常借口足疾不上朝，数次忤旨，太宗以其忠直居多，一直忍着没有处分他。
太宗一直对把尊佛崇佛挂在嘴上的人表示反感，一次上朝一位大臣又“佛，佛”说个不停，太宗反问他：“卿既事佛，何不出家？”
那大臣一听，默默无语，萧瑀不知上了什么劲，上来请道：
“佛使人为善，臣崇之至深，臣年已老，时刻渴望出家。”
“这是好事。”太宗当着众臣的面笑着对萧瑀说，“亦知公雅好桑门，今不违公意，允你马上出家！”
萧瑀一听，拱了拱手，真个的转身出了朝堂，大步走了。群臣以为萧宰相真的出家了，唏嘘不已，没想到一会儿萧瑀又转了回来，对太宗说：
“臣又思之，还有许多事需要臣做呢，现在还不能出家。”
太宗以萧瑀对群臣发言反覆，十分生气，手诏数其罪道：
“朕于佛教，非意所遵。求其道者未验福于将来，修其教者反受辜于既往，至若梁武穷心于释氏，简文锐意于法门，倾币藏以给僧祗，殚人力以供塔庙。及乎三淮沸浪，五岭腾烟，假余息于熊蹯，引残魂于雀彀，子孙覆亡而不暇，社稷俄顷而为墟，报施之征，何其谬也！瑀践覆车之余轨，袭亡国之遗风；弃公就私，未明隐显之际；身俗口道，莫辨邪正之心。修累叶之殃源，祈一躬之福本，上以违忤君主，下则扇习浮华。自请出家，寻复违异。一迥一惑，在乎瞬息之间，自可自否，变于帷扆所。乖栋梁之体，岂具胆之量乎！朕隐忍至今，瑀全无悛改。可赴商州刺吏，仍除其封。”
诏夺爵位，下除商州刺史，萧瑀反无怨言了。太宗了解其情况后，不久，又恢复其封号，加特进。后萧瑀年七十四而卒，遗命敛以单衣，无卜日。诏赠司空、荆州都督，陪葬昭陵。太常谥曰肃，太宗以其性忌，改谥贞褊。
御驾亲征高丽无功而返后，太宗心内不快，仍想在垂暮之年，再伐高丽。那盖苏文自从阻止住唐军的进攻后，更觉得了不起，对来访的唐使者倨傲无礼，与唐的文书也显得口气挺大。太宗气不过，决定再伐高丽，延臣会议军情。朝臣们一致认为：“高丽依山为城，攻之难于猝拔。前时御驾亲征，高丽人不得耕种。势必乏食，现在不如屡遣偏师，扰其边疆，令他东奔西走，无遐农事。不出数年，即会千里萧条，人心离散，鸭绿江北，可不战自定了。”
太宗以为良策，贞观二十一年（６４７年），令左卫大将军牛进达，为青邱道行军大总管，右武侯将军李海岸为副，率兵万人，乘楼船由莱州泛海入高丽。又遣太子詹事李祐为辽东道行军大总管，左武卫将军孙贰朗为副，率兵三千人，会同营州都督府兵，自新城道入高丽，水陆两路并进，侵扰敌人。李祐军渡过辽河，直捣南苏城，高丽兵背城作战，为唐军所破。李祐命纵火毁敌城郭。高丽兵善守，外部被毁，又固守内城，李祐率军攻打数日，不见成效，于是引兵退回国内。
牛进达这一路军倒很顺利，累战皆胜，攻克石城，又进兵至积利城下，高丽兵出城迎战，李海岸乘敌未稳，麾军猛击，一鼓作气，击败高丽兵，斩首二千级。高丽兵缩回城内，军民合力死守。牛进达料难速下，也引兵航海退回国内，与李祐军依次复旨。
此次以少量兵力侵扰高丽，虽无大功，亦无大失。太宗伐高丽之心不死，老想在垂暮之年，彻底解决高丽的问题，于是拟发第二次东征令。先敕宋州刺史王波利等发江南十二州工人造大船数百艘，预作战备。越明年，新罗女王金善德卒，太宗遣使封其妹真德为柱国，乐浪郡王。接着又命右武卫大将军薛万彻为青丘道行军大总管，右卫将军裴行方为副总管，将兵三万乘楼船战舰，自莱州泛海，以击高丽。
东师方发，在西方太宗也展开了争斗，时龟兹五伐叠卒，其弟诃黎布失毕立，时常侵扰邻国，太宗闻之大怒，诏左骁卫大将军阿中那社尔、右骁卫大将军契苾何力、安西都护郭孝恪等将兵击之。