裴虔通与元礼领兵涌入，在内官魏氏的指点下，来到永巷，高声喝问：
“陛下安在？”
有一美人走出屋子，朝西阁轻轻一指。校尉令狐行达拔刀直进。隋炀帝隔着窗子问疾步赶来的令狐行达：“尔欲杀我耶？”
行达刀一扬，道：
“臣不敢，但欲奉陛下西还耳。”
隋炀帝战战兢兢，在行达搀扶下，走出西阁，看见裴虔通，伤感地说：
“我为晋王时，你就跟着我，何故而反？”虔通提着宝剑，施礼道：
“臣不敢反，但将士思归，欲奉陛下还京师耳。”隋炀帝抹抹眼角的泪说：“归欤，今与汝归欤！”
天明，孟秉领甲骑去迎宇文化及，宇文化及见如此隆重，战慄不能言，有人来谒，就低头扶着马鞍，连称罪过罪过。宇文化及迎入朝堂，号为大丞相。后殿里，裴虔通对隋炀帝说：“百官悉在朝堂，陛下必须亲自抚慰！”
说着，令人牵来一匹马，逼帝乘骑，隋炀帝这时候还嫌马鞍粗鄙，直到换过了，方肯乘骑。
裴虔通执辔挟刀出宫门，乱兵见状，喜噪动地。昔日奴颜卑膝的宇文化及，此时却最恨隋炀帝，大呼道：“这时候何用持此物出！快拉回去处理掉！”
裴虔通、司马德戡随即把隋炀帝带回寝殿，拔出白刃。隋炀帝长叹一声，说：“我何罪至此！”
旁边的马文举喝道：
“陛下弃宗庙，巡游不息，外勤征讨，内极奢淫，使丁壮尽于矢刃，女弱填于沟壑，四民丧业，盗贼蜂起；专任佞谀，饰非拒谏，何谓无罪！”
隋炀帝道：“我实负天下百姓，但尔等之辈，皆因我荣禄兼极，为何反我？今日之事，何人为首？”
司马德戡晃晃手中的刀，说：“普天同怨，何止一人！”
这时，宇文化及派人来催着下手，隋炀帝的爱子越王杲，吓得扯着隋炀帝的衣裳号哭，裴虔通咬咬牙，手起刀落，砍死越王，血溅帝衣。马文举也举刀欲杀隋炀帝，血淋淋的场面，也让隋炀帝明白什么叫死了，他抬了抬胳膊，抖了抖袖子，叫道：“天子自有死法，安得加以锋刃？来人哪！取鸩酒来！”
这会上哪找鸩酒去，马文举不许。隋炀帝解下练巾，缠在脖子上，一头交给令狐行达，一头交给马文举，令俩人使劲拉。这一拉，结束了炀帝残暴的生命。
宇文化及又命人杀了蜀王秀、齐王暕以及内史侍郎虞世基、御史大夫裴蕴等多人，自称大丞相，总百揆，以皇后令立秦王浩为帝，另居别室。以弟宇文智及为左仆射，宇文士及为内史令，裴矩为右仆射，自组了一套领导班子，拟筹集车船粮草，返回关中。
隋炀帝的凶信传至东都洛阳，留守官即秦越王杨侗即皇帝位，改元皇泰，以段达为纳言、陈国公，王世充为纳言、郑国公，元文都为内史令、鲁国公，皇甫元逸为内史侍郎、杞国公。又卢楚为内史令，郭文达为内史侍郎，越长文为黄门侍郎，共掌朝政，时人谓之为“七贵”。即皇帝位的杨侗眉目如画，温厚仁爱，风格俨然。连同李渊，宇文化及挟持的两个傀儡皇帝，天下一时出现三个杨家同为隋皇帝的罕有局面。
宇文化及拥众十余万，平日居住六宫，饮食奉养一如隋炀帝。排场有了，却没有多少主见，每于帐中南面坐，人有言事，默然不对，下了帐以后才找几个狗头军师商议。
未几日，在部下的催促下，宇文化及统军北上。洛阳的新朝廷一下子面临来自李密和宇文化及的双重压力。一个叫盖琮的人上疏，说服李密与洛阳合力抗击宇文化及。元文都和卢楚为此事计议道：
“今君仇未报，国耻未雪，兵力不足。若赦免李密罪，使其拒宇文化及，两虎相斗，洛阳可坐收渔人之利。此计大妙！”
当即，以盖琮为通直撤常侍，带了皇帝杨侗的敕书去见李密。李密久攻洛阳不下，今见宇文化及西来，恐受两面夹击，正自烦恼，忽报洛阳有敕诏来，大喜，即上表称臣，且请讨灭宇文化及。皇帝杨侗立即下诏，册封李密为太尉、尚书令、东南道大行台行军元帅、魏国公，并以徐世勣为右武侯大将军。解除了洛阳的后顾之忧，李密率精兵全力对付宇文化及。两军在黎阳仓城对垒，隔着淇水，李密手持马鞭斥责对岸的宇文化及说：
“卿本匈奴皂隶破野头耳，父兄子弟，并受隋恩，富贵累世，举朝莫二。主上失德，不能死谏，反行逆杀，欲行篡夺。不追诸葛瞻之忠诚，乃为霍禹之恶逆，天地所不容，将欲何之！若速来降我，尚可保全后嗣。”
宇文化及被呛了一顿，无言以对，俯视良久，方恼怒地吼道：“与尔论相杀事，何须作书语邪！”李密笑对左右说：
“宇文化及庸愚如此，还想称王称帝，吾当折杖驱之耳！”
李密知道宇文化及军中缺粮，利在急战，乃让徐世勣在城外挖深沟以固守，并掘地道，四下里出兵奇袭，宇文化及招架不住，几次败下阵来。
七月，宇文化及军粮将尽，乃率军渡永济渠，在童山与李密做最后一搏。两军混战，李密身中流矢，从马上掉下来摔晕，幸秦叔宝单骑冲入敌阵救出李密。几员大将统兵合力奋战，终于击退宇文化及。宇文化及率残兵败走魏县，一蹶不振，其部将陈智略率岭南骁众万余人，樊文超率江淮地区的排予赞手，张章儿率江东骁众数千人，皆投降了李密。