成吉思汗的次子察合台继承了伊塞克湖地区、巴尔喀什湖东南的伊犁河流域， 以及楚河与怛逻斯河流域草原，或者至少是这两条河以东的草原。据志费尼记述， 察合台的冬营地是在马拉什克亦拉，夏营地是虎牙思，两地都在伊犁河流域内，虎 牙思靠近阿力麻里（离今固尔孔不远）。喀什噶尔和河中地区是他的属地。畏兀儿 地区，即别失八里（今济木萨）、吐鲁番（哈喇火州）和库车的原回鹘国境，大约 在1260年左右成了察合台家族的直属领地，尽管在此以前它似乎一直是附属于哈拉 和林的大汗们。河中的不花刺城和撒麻耳干城在一段时间内也由哈拉和林宫廷管理。
察合台汗国一名是来自察合台王子，因他的领地而得名。它的领域相当于原古 儿罕们统治下的喀喇契丹国。像喀喇契丹一样，它也是一个蒙古统治下的突厥地区， 是突厥斯坦的蒙古王国。察合台的统治者们也如同喀喇契丹的古儿罕们，甚至像更 早的7世纪的西突厥可汗们一样，完全不懂得如何以西方国家为模式，或者以中国和 波斯为模式建立一个正规的国家。因为他们缺乏这样做的历史背景。他们的堂兄弟 忽必烈家族，或者波斯的旭烈兀家族，发现古代中央集权国家的古老传统——它的 全部历史是按行政管理的惯例，即衙门和法院——已经处于他们的支配之下。在中 国，他们成了天子；在波斯，他们成了苏丹。他们把自己与在地理上、历史上和文 化上都有严格限定的国家等同起来。察合台的儿子们则与此不同。他们的王国具有 不固定的疆域，没有像北京和桃里寺这样的城市作为它的中心，只有一片草原。他 们从未萌发在塔里木盆地的绿洲内，即在喀什或于阗定居的想法，因为这些绿洲是 被围成一个一个的园地，对他们的骑兵和牧群来说是太小了。他们也不愿意定居在 塔吉克人中和不花刺及撒麻耳干城内或多或少伊朗化的突厥人中，这些人口稠密城 市中的穆斯林狂热和暴民的骚乱必定与他们的游牧天性很不融洽。与其余几个兀鲁 思的亲属们相比，他们在更长时期内完全不懂都市生活，对它的需求和用途缺乏任 何了解。因此，八刺汗单纯是为了得到维持一支军队的基金，就毫不犹豫地下令掠 夺不花刺和撤麻耳干城——这些已是他自己的城市！最后，直到15世纪时，察合台 后裔作为游牧民漫游于伊犁河与怛逻斯河之间，仍然是草原之子。在一个产生了像 阿鲁浑、合赞、完者都、忽必烈和铁穆耳这些政治家的家族中，察合台人代表了蒙 古文化的落后方面。并不是说他们比成为中国人的忽必烈系，或者是成为波斯人的 旭烈兀系更多的抵制他们所处的环境。由于他们生活在突厥地区，从14世纪起他们 成了突厥人，结果，在亚洲通用的突厥语言被称为察合台突厥语。但是，伊犁河畔 的这些突厥人，即原突骑施和葛逻禄突厥人的残余，与这些蒙古人一样没有更多的 文化经历。察合台家族一直悬浮在别失八里的佛教－聂思托里安教的回鹘文化和不 花刺与撒麻耳干的阿拉伯－波斯文化之间，未能作出选择。在初期，察合台家族像 成吉思汗本人一样，无疑较多地接受了回鹘的影响，即受到那些仍信仰佛陀和聂思 托里安十字架的古突厥－蒙古人的影响。后来在14世纪初期，察合台人转向伊斯兰 教，尽管是蒙古式的，不盲从也不顶礼膜拜，以致甚至在当时，在撒麻耳干虔诚的 穆斯林眼中，他们似乎仍是半异教徒，而帖木儿对他们的战争也呈现出穆斯林圣战 的形式。
汗国的建立者察合台从1227年到1242年间统治着该汗国，正如我们已经看到的 那样，他是一位旧式蒙古人。他十分敬畏他的父亲，成吉思汗曾任命他监护札撒— —法典和行为规范——他本人终身遵循这些法规，并使跟随他的人也这样做。有一 天，他与他的弟弟窝阔台（当时已即位为大汗）赛马获胜，第二天，他像一个罪犯 一样地乞求窝阔台的宽恕。顺便提一下，在他的弟弟提升到大汗的位置上时，他没 有嫉恨，因为这是他父亲的决定。由于同样的原因，尽管他统治着穆斯林各族，但 他对伊斯兰教有些敌视，特别是有关斋戒和屠杀牲畜一类的规定。在这些规定中， 古兰经的戒律与蒙古习俗和札撒相抵触。尽管如此，他的一位大臣、讹答刺人哈巴 什·阿密德是一位穆斯林（死于1260年）。此外，成吉思汗曾把河中诸城（不花刺、 撒麻耳干等）的行政和财政事务委托给另一位穆斯林马合谋·牙刺洼赤，他住在费 尔干纳的忽毡。这并不防碍察合台罢免他，但是，由于牙刺洼赤是直接向大汗负责， 当时在位的大汗窝阔台指出察合台这一行为的不轨，并恢复了马合谋的职务。马合 谋之子、麻速忽·牙刺洼赤（或名麻速忽伯格）继其父，仍以大汗之名继续管理河 中诸城，巴托尔德认为，他还管理了察合台的另一些“文明化的省区”，直抵中国 边境。他以这种身份出席了1246年的库里勒台，会上进一步确定了他的职务。1238 －1239年，不花刺爆发了一次广泛的穆斯林运动，目的是反对有产阶级和蒙古行政。 麻速忽镇压了这次运动，同时也尽力保护该城免遭蒙古军的报复。
察合台死（1242年）时，把王位留给他的孙子、长子木阿秃干的儿子哈刺旭烈 兀，木阿秃于已于1221年围范延［巴米安」的战争中被杀，他的死引起了成吉思汗 家族的极大悲痛。哈刺旭烈兀在察合台遗孀也速伦可敦的监护下从1242年统治到12 46年。1246年，新大汗贵由以他的私友、察合台的弟弟也速蒙哥王子取代了他。贵 由的这位密友因酗酒而头脑呆滞，他把国家的统治事务留给他的妻子和该国的穆斯 林大臣火者·巴海乌丁，志费尼称赞巴海乌丁是文学和艺术的资助者。但是，由于 同样的原因也速蒙哥也只统治了很短的时间（1246－1252年）。在 1249－1250年间发生的、导致整个成吉思汗家族分裂的王位继承的争吵中，也速 蒙哥站在窝阔台家族一边反对蒙哥的候选资格。蒙哥即位之后，于1252年8月罢免了 也速蒙哥，并以五年前被也速蒙哥赶下台的哈刺旭烈兀取而代之。哈刺旭烈兀在他 掌权之后，甚至接受了处死他的叔叔也速蒙哥的任务。正是从这一系列的宫廷政变 中表明了察合台兀鲁思当时几乎没有获得自治，只是哈拉和林宫廷的一个属地，经 受着和林发生的各次家族叛乱所产生的影响。事实上，它只是一个与中央政权紧密 联系的总督区，虽然对窝阔台和拖雷家族来说事实上它是长支，但是，它只是被作 为幼支对待的旁系。
然而，哈刺旭烈兀在前往恢复封地的途中去世（1252年）。执行处死也速蒙哥 这项帝国命令的任务落到他的遗孀兀鲁忽乃身上。原大臣哈巴什·阿密德作为哈刺 旭烈兀的支持者在也速蒙哥统治下曾遭到过迫害，他处死了巴海乌丁，为自己报了 仇。兀鲁忽乃控制察合台汗国达9年（1252－1261年）。
在察合台家族宗主权下继续存在的前成吉思汗时期的那些旧王朝同样也受到了 哈拉和林宫廷革命的影响。别失八里（古城）、吐鲁番和库车的回鹘国便是一例。 上面已经提到过，回鹘统治者巴而术终身一直是成吉思汗的忠实属臣，曾支持成吉 思汗反屈出律、反花刺子模沙赫和攻打西夏。作为回报，成吉思汗打算把他的一个 女儿（据说是他最宠爱的一个）阿勒屯别吉嫁给他。然而，由于成吉思汗和公主本 人先后去世而未能成婚。巴而术本人此后不久也去世了，其子乞失麦继任为亦都护， 即回鹘王，他到蒙古宫廷接受窝阔台为他举行的受职仪式。同样，在乞失麦死时蒙 古的摄政皇后脱列哥那把回鹘王位授予他的兄弟萨伦迪。萨伦迪是佛教徒，他似乎 曾敌视过伊斯兰教，穆斯林们抱怨他的严酷。在1251年发生的窝阔台后裔们与蒙哥 之间的王位之争中，至少萨伦迪的一些近侍是站在窝阔台家族一边。萨伦迪的一位 主要官员八拉与斡兀立·海迷失的同谋者们一道被胜利者蒙哥判处死刑，只是由于 一次幸运的机会才得以逃脱。萨伦迪惶恐不安，赶紧去朝觐蒙哥（1252年），在他 刚从帝国斡耳朵返回来后，回鹘国内爆发了起义，回鹘地区的穆斯林们指控他要杀 害他们，并列举详情。他们说，大屠杀将于星期五在别失八里以及回鹘国内的各清 真寺内举行祈祷时发生。蒙哥的一位代表——原来是一位名叫赛福丁的穆斯林，他 当时住在别失八里——接到指控后，要萨伦迪返回和林向大汗汇报此事。这位倒媚 的回鹘王子受到审讯和拷打，直到他承认了他们所希望得到的供词。蒙哥命他回别 失八里去接受惩罚。多桑评论道：“在一个星期五，他于众目睽睽之下被其兄弟斡 根赤（Ukenj）斩首，那些早就想把这位佛教王公处死的伊斯兰教徒们得到了极大的 满足。”事实上，萨伦迪是作为窝阔台家族的党羽被处决的。他的兄弟作为蒙哥的 支持者取代了他的位置；但是，这次家庭纠纷给予了回鹘地区的少数穆斯林报复多 数佛教徒的机会（1252年）。
兀鲁忽乃被描述成一个美丽、聪明和目光敏锐的皇后，她于1252年到1261年期 间统治着察合台汗国。在1261年，察合台汗国再一次感受到蒙古地区为争夺最高可 汗位置而发生的斗争所产生的影响——这一次是大汗忽必烈和他的弟弟阿里不哥之 间的争夺，当时阿里不哥是蒙古的主人，他提名察合台之孙、拜答儿之子阿鲁忽王 子为“察合台汗”，并交给他防守阿姆河边境以免波斯汗旭烈兀遣援兵支持忽必烈 的任务。于是，阿鲁忽到别失八里，夺取了兀鲁忽乃的权力，没有遭到反对就接管 了从阿力麻里到阿姆河之间的地区。他的统治从1261年持续到1266年，但是，他的 统治所遵循的是一条与阿里不哥的意愿完全不同的路线。
阿鲁忽利用忽必烈与阿里不哥之争，以一位独立汗的身份行事，这在他的家族 中是第一次。他的宗主阿里不哥曾派专员到察合台境内征收赋税、马匹和武器。阿 鲁忽垂涎这些财物，将使者处死夺取其物，并宣布归顺忽必烈（约1262年）。阿里 不哥对这种叛逆行为发怒，前往攻阿鲁忽。但是，阿鲁忽旗开得胜，在赛里木湖和 艾比湖之间的普拉德打败了阿里不哥的先头部队。这次胜利之后他认为自己已安然 无恙，于是，错误地解散了军队，安心地返回伊犁河畔的大本营。就在这时，阿里 不哥的另一副将率新军到达，入侵伊犁河流域，占领阿力麻里，迫使阿鲁忽朝喀什 和于阗逃跑。接着，阿里不哥本人进入察合台兀鲁思的中心地阿力麻里，在那里过 冬，而阿鲁忽向撒麻耳干撤退（约1262－1263年）。阿里不哥在富饶美丽的伊犁河 流域的行为是如此野蛮，他蹂躏农村、屠杀他的政敌的所有党徒，以至于发生了饥 荒，他自己的一些将领也率军离开了他。阿里不哥看到他的军队陆续瓦解，便设法 与阿鲁忽和谈。他使兀鲁忽乃皇后站在他一边。兀鲁忽乃是为抗议她在察会合汗国 的统治权被剥夺而来的，于是，阿里不哥委托她和麻速忽·牙刺洼赤带着和平协议 到撒麻耳干阿鲁忽处。然而，在撒麻耳干情况发生了戏剧性的转变。兀鲁忽乃一到， 阿鲁忽就与她结婚，并任命麻速忽为他的理财大臣。麻速忽的支持产生了不可估量 的价值。这位贤明的行政官从不花刺和撒麻耳干征收到大量的钱财，使阿鲁忽和兀 鲁忽乃得以募集到一支精军。阿鲁忽后来能够击溃从叶密立领地南下的窝阔台系宗 王海都的一次入侵。与此同时，阿里不哥由于缺乏物资，并且又遭到忽必烈和阿鲁 忽的东、西夹攻，正如我们已经看到的，他于1264年被迫投降忽必烈。
这些事件的结果，如果不是在法理上，也是在事实上把直到当时由大汗们严格 控制下的察合台汗国解放出来。直到当时一直以大汗的名义管理着不花刺和撤麻耳 干的麻速忽（死于1289年），从此为阿鲁忽征集这些地区的税收。阿鲁忽也通过与 钦察汗别儿哥的战争而扩大了汗国领土，他从别儿哥手中夺取讹答刺（他摧毁了该 城）和花刺子模省。
阿鲁忽死（1265或1266年）后，遗孀兀鲁忽乃把她与前夫（哈刺旭烈兀）所生 之子木八刺沙扶上王位，他是在河中地区的影响下第一位皈依伊斯兰教的察合台后 裔（贾马尔·喀什记载他即位日期是1266年3月）。然而，另一位察合台宗王、木阿 秃干之孙八刺从忽必烈那儿获得了札儿里黑，任命他与他的堂兄木八刺沙共同执政。 八刺一到伊犁河地区，就策动军队叛乱，在忽毡捉住木八刺沙本人（据贾马尔·喀 什，此事发生在1266年9月），夺取了他的王位，把他贬为管理王室狩猎的长官。尽 管八刺把他获得的王位归功于忽必烈，但是，不久与忽必烈发生争吵。大汗指定他 的使者蒙古台去统治东突厥斯坦。八刺驱逐之，并以自己的一个部属取代之。忽必 烈派一支由6千骑兵组成的部队帮助被罢免的蒙古台，但是，八刺以3万军队迎战， 迫使忽必烈的骑兵不战而退。八刺还遣军掠夺忽必烈统治下的于阗城。
八刺在反海都的战争中很不走运。上面已经提到过塔尔巴哈台地区、叶密立河 畔的窝阔台家族首领海都如何与忽必烈争夺大汗称号和争夺对其他几个成吉思汗兀 鲁思的宗主权的斗争。海都是以要求八刺效忠于他以及进攻八刺而开始这一斗争的。 在阿姆河附近发生的初期的一次战斗中，八刺诱敌进入包围圈，俘获了许多人和战 利品。但是，海都得到钦察汗忙哥帖木儿的支持，忙哥帖木儿派了一支5万人的军队 由别儿克贾统率进攻八刺。在一次大战中，八刺被别儿克贾打败，退入河中地区， 在此他以牺牲不花刺和撤麻耳干为代价，通过进一步的勒索而得以重新装备他的军 队。当他正在为进行最大的努力作准备时，海都提出与他议和。海都要抽身去对付 在蒙古的忽必烈，就让八刺继续统治河中。作为回报，八刺不得不让海都成为伊犁 河地区和东突厥斯坦的真正控制者，甚至在突厥斯坦他也得承认自己是海都的属臣。 在此基础上，他们召开了一次调解性的库里勒台，据瓦撒夫认为它大约于1267年在 撒麻耳干北的卡特文草原上召开的，尽管拉施特认为它是于1269年春在怛逻斯河畔 召开的。巴托尔德写道：“这样，一个完全独立于大汗忽必烈的帝国在中亚兴起， 它处于海都的宗主权之下。参加这次协议的所有宗王都必须相互看成是血缘兄弟 （安答）。城乡居民的财产将受到保护，宗王们不得不满足于山间或草原牧地，使 游牧民的牧群远离耕地。河中的三分之二地区留给了八刺，但对河中耕地的管理由 海都又委托给麻速忽。”
八刺现在的宗主海都为了使八刺远离东突厥斯坦，派他去从旭烈兀家族手中夺 取波斯汗国，当时该家族的代表人是旭烈兀之子和继承者阿八哈汗。八刺不顾麻速 忽的忠告，再次对不花刺和撤麻耳干城民过度的征税，以满足军队的开支，如果不 是麻速忽恳求的话，他将会把这两个城市洗劫一空。接着，八刺率领一支由成吉思 汗宗王为全军支柱的军队渡阿姆河，在莫夫附近扎营，军队中有不里和他的堂兄弟 捏古伯与木八刺沙（被八刺废黜了的前任察合台汗）。他的第一个目标是征讨阿富 汗地区，他索取这一地区无疑是由于他的祖父木阿秃干在1221年围攻范延时被杀。
战争开始时很顺利。八刺在赫拉特附近打败了呼罗珊长官、阿八哈兄弟布金。 他占领了呼罗珊的大部分地区（约1270年5月），洗劫尼沙普尔，迫使赫拉特的沙姆 斯哀丁·穆罕默德向他称臣纳贡。但是，匆忙从阿哲儿拜占赶来的波斯汗阿八哈诱 他入赫拉特附近的埋伏圈，于1270年7月22日使他遭到一次决定性的失败。八刺率残 军回到河中。他从马上跌下来，致残腿跛。他在不花刺度冬，并在此以苏丹加秃丁 一名皈依了伊斯兰教。
八刺的灾难使他的主要亲属和属臣们不再支持他。因此，他到塔什干向他的宗 主海都求援。海都率2万军到战地，不是去援助他，而是趁火打劫。据说，在海都到 达时八刺惊吓而死（据贾马尔·喀什此事发生在1271年8月9日）——或者是在周密 的策划下被海都军消灭。
八刺死后，他的四个儿子与阿鲁忽的两个儿子联合，企图使河中摆脱海都军队 的控制，尽管他们也有机会夺取在麻速忽英明治理下已经开始繁荣起来的河中诸城， 但是，他们陆续被海都打败。于是，海都没有把察合台汗国给他们中的任何一人， 而是于1271年给予另一个察合台宗主捏古伯。当捏古伯企图摆脱海都的控制时，海 都处死了他，并以察合台家族的另一位宗王、不里之孙秃花帖木儿取代他为汗（约 1274年？）。然而，此后不久秃花帖木儿去世，海都后来把王位给予八刺之子都哇 （约1274年？）。与此同时，波斯汗阿八哈开始了报复，他没有忘记1270年的八刺 入侵事件。1272年底，他派军队侵入花刺子模与河中，在那里，劫掠了玉龙杰赤 ［乌尔根奇］与希瓦，并于1273年1月29日进入不花刺。在不花刺烧杀虏掠持续了一 个星期，未能逃走的那些居民以十人抽杀一的方式被屠杀，旭烈兀家族的军队带着 5万俘虏回到波斯。
从这些事件中可以看出游牧统治强加于都市居民的骇人听闻的情况。当这些游 牧的首领们不再毁灭已属于他们自己的城市时，他们就以不可融合的家族纠纷为借 口，不时地袭击那些附属于对方的城市，并摧毁它们。
侵略者走后，麻速忽又在河中那些不幸城市的废墟上开始了重建工作。这些废 墟是因周期性的蒙古内战后留下来的。他致力于这一工作，直到1289年10月（或11 月）去世时。以后，他的三个儿子继续了他的工作，他们依次管理着不花刺和撤麻 耳干：阿布·别克尔管理到1298年5月（或6月）；萨替尔密什·伯克管理到1302年 （或1303年）；后来是苏英尼奇。但是，他们都回避察合台的后裔，依靠可怕的海 都，前两位是海都认命的，而苏英尼奇是从海都之子继承者察八儿手中获得的权力。
都哇无疑是从他的前任几个察合台王的例子中吸取了教训，他表明自己是海都 的忠实属臣。由于畏兀儿亦都护一直保持着对忽必烈大汗表示效忠，为了强迫他转 向他们一边，海都和都哇于1275年入侵其地。接着，他们向其都城别失八里进军， 但是，一支及时赶到的帝国军队解除了畏兀儿境内的危险。1301年，都哇又作为海 都的杰出副手，参与了在哈拉和林以西抗爱山地区发生的海都与忽必烈的继承者铁 穆耳军的战争。正是在这次战争中，都哇于1298年9月俘虏了铁穆耳的女婿、汪古部 王子、基督教徒阔里吉思，他野蛮地处死了他。这次胜利之后，都哇准备进攻吐鲁 番和甘肃之间的帝国边境地区，但是，他自己的军队反而遭到帝国军队的袭击而溃 散。此时，海都和都哇发现他们受到来自白帐汗（术赤家族的东支）伯颜侧击的威 胁，伯颜统治着巴尔喀什湖西北和咸海以北地区。最后在1301年，为从帝国军队手 中重新夺取和林，都哇随海都远征，同年8月，反大汗的窝阔台后裔在和林和铁米尔 之间遭到惨败，都哇也陷入了这次失败。正像已经叙述过的，海都在撤退时去世。
在元朝的历史上，海都只是昙花一现的人物，他似乎是一位具有强烈个性的杰 出的王子，是想仿效贵由而未能成功的人。总之，窝阔台家族的这位最后一位伟大 王子，在他身上具有君主的才能。他强加于阿鲁忽的那些保护河中城市和农民的英 明措施证明了他的眼光超越了游牧民通常采取的掠夺性袭击。他参加的41次战役 （他参加过1241年远征波兰和匈牙利）表明了他是战争中的真正指挥者。在整个亚 洲，他是唯一能够左右忽必烈命运的人，忽必烈甚至在其权力的鼎盛时期也没有战 胜他。他给予聂思托里安教旅行者列班·扫马和麻古思的欢迎，以及教皇尼古拉四 世对他寄予的希望（1289年7月13日曾写信给他，敦促他皈依天主教），证明了他像 以往所有的蒙古人一样，是同情基督教的。他的厄运在于他生不逢时，当时忽必烈 已在中国牢固地建立起国家，成吉思汗的其余各支已经半中国化，半突厥化，或者 半伊朗化了。中亚的这位末代汗在很多方面也是蒙古人的最后一位君主。
都哇一直忠实地追随着海都。这位可怕宗主的去世可能是一种解脱，但是，都 哇设法要使这种变化渐渐地发生。海都留下一个儿子察八儿，他继承了海都的全部 头衔。都哇承认了他的宗主地位，但是，大窝阔台家族的这位继承人缺乏能力维持 由他父亲一手创建的帝国。都哇的变化是以向察八儿提议他应该承认铁穆耳皇帝的 宗主权而开始的；1303年8月，他们两人承认归顺于北京，于是，在以往40年中一直 破坏着中亚的内战结束了，蒙古的统一又重新建立起来。但是，都哇一经确信他得 到了帝国的支持后，就与察八儿决裂。两军在忽毡和撒麻耳干之间的地区相遇，察 八儿首先被打败。然而，在第二仗中，察八儿的兄弟沙·斡兀立获胜。于是，都哇 向察八儿提议他们应该言归于好，双方同意由都哇和沙·斡兀立两人在塔什干会面 讨论这件事情。但是，沙·斡兀立具有典型的游牧人的轻率，竟解散了他的一些军 队。都哇率全军抵塔什干，袭击并驱逐了沙·斡兀立。接着，夺取了察八儿的别纳 客忒和怛逻斯城。当时察八儿是在也儿的石河上游与裕勒都斯河之间的地区扎营， 在他似乎还不知道这个卑鄙阴谋时，新的打击降临了：铁穆耳皇帝的军队从哈拉和 林出发，越阿尔泰山南部，从后方攻察八儿。不幸的察八儿除了向都哇投降外别无 选择。都哇以礼相待，但是夺取了他的所有领地。于是，一度被海都家族限制在河 中地区的察合台宗王们收回了伊犁河流域和喀什噶尔，使他们重新获得了他们最初 享有的全部遗产（约1306年）。
都哇几乎未来得及享受他的好运气，因为他于将近1306年底去世了。其长子宽 阇即位也不过一年半就去世了。他死后，不里之孙塔里忽夺取了权力。多桑描述他 道：“此人老于戍阵，信奉伊斯兰教，在蒙古人中极力传播这种宗教”。但是，都 哇家族的党羽们起义反对他，其中一人在一次宴会上将他暗杀（1308或1309年）。 接着，这些阴谋者们拥立都哇的幼子怯别为汗。与此同时，这些内争多少鼓起了觊 觎王位的窝阔台宗王察八儿的希望，他在早些时候曾被都哇打败，并被剥夺了领地。 察八儿攻怯别，但被打败，他又渡过伊犁河，奔元朝皇帝海山宫廷避难。这次胜利 结束了窝阔台家族进行的最后的斗争，此后，察合台系宗王们召开了一次库里勒台， 会上，他们决定指定都哇的一个儿子、当时仍在北京宫廷的也先不花王子为汗。瓦 撒夫说，当时也先不花是出于自愿登上他弟弟怯别让给他的王位。也先不花死（约 1320年）后，怯别重新掌权。
尽管在个人之间发生了这些变化，但是，由于都哇使察合台系宗王们回复到君 主的高度，他们开始对外部世界产生影响。在中国方向，或者阿拉伯－里海草原和 波斯方向的扩张对他们来说都已经被堵死（这些地方已被忽必烈、术赤和旭烈兀家 族牢牢地把守着），他们把目光转向阿富汗和印度。波斯诸汗的宫廷设在伊朗另一 端，在阿哲儿拜占，几乎很少注意阿富汗事务。察合台人趁机进入巴达克山，向喀 布儿和加兹尼移动。事实上，在阿富汗西部，一个强大而适应性很强的地方政府已 经崛起，即是克尔特人的阿富汗古尔王朝，克尔特人处在波斯的宗主权下，实际上 是自治的。察合台人在此不可能取得任何进展，他们向东阿富汗地区挺进，并由此 对西北印度进行有利可图的袭击。1297年，都哇洗劫了旁遮普，但被击退。当时由 阿拉丁·哈勒吉（1295－1315年）苏丹统治的德里国实际上是一个强大的军事君主 国，它粉碎了察合台人的各次进攻，然而，在一段时期内，这种威胁无疑是严重的， 使苏丹和他的马木路克全力以赴地抵抗。与这些事件同时代的人甚至相信，最后 （75年之后）印度将屈服于成吉思汗蒙古人的征服。
都哇的一个儿子、忽都鲁·火者在东阿富汗地区定居。他一占有这块领地，就 发动了一次向着德里的大门进军的掠夺性远征（1299－1300年？）1303年察合台宗 王图盖率12万军又进行了一次入侵。蒙古人在德里城下扎营，封锁该城达两月之久。 后来，这支大军对整个地区进行大扫荡后撤退——也许是因为缺乏攻城器械——回 到阿富汗地区。1304年又进行了一次入侵。4万蒙古骑兵蹂躏了拉合尔以北的旁遮普， 兵锋直至德里以东的阿姆罗赫，在阿姆罗赫他们终于被苏丹的副将吐格鲁格击溃。 9千蒙军俘虏被大象踩死。为了替死者报仇，察合台宗王怯别（后来继任为汗）洗劫 了木尔坦地区，但是，当他返回时，在印度河畔遭到吐格鲁格的袭击，吐格鲁格在 蒙古人中进行大屠杀（1305－1306年）。俘虏再次被带回德里被大象踩死。
对波斯诸汗来说，以忽都鲁·火者之子达乌德·火者为首在阿富汗东部地区内 形成的这些察合台系封地是一种侵占行为。1313年，波斯汗完者都派军队驱逐了达 乌德·火者，迫使他退入河中。达乌德·火者向其宗主、他的叔叔察合台汗也先不 花求援。也先不花派一支军队，由其弟怯别和达乌德共同率领，攻打波斯汗国。这 两位统帅渡过阿姆河，在穆尔加布河畔打败敌军，洗劫呼罗珊，一直打到赫拉特 （1315年）。但是，由于察合台汗国在后方受到元军的攻击，他们被迫放弃了对波 斯的征服。事实上，也先不花同时卷入了反对北京朝廷的另一场战争，并且，在 “腾格里”山附近已经被丞相秃合赤率领的元军打败，“腾格里”山无疑是在库车 和伊塞克湖之间。为了报仇，他杀死了从波斯宫廷返回北京的大汗（当时是普颜笃， 或称爱育黎拔力八达）的使者们。因此秃合赤率元军入侵察合台汗国，洗劫了也先 不花在伊塞克湖畔的冬营地和在怛逻斯的夏营地。最后的冲突是一位名叫牙撒吾儿 （yassawur）的察合台宗王与也先不花和怯别之间的争斗。牙撒吾儿率领他的拥护 者们渡过阿姆河投奔波斯汗；他们中大多数人是来自不花刺和撒麻耳干，波斯汗把 这些新到者安置在已经成为察合台领地的东阿富汗地区：巴里黑、巴达克山、喀布 尔和坎大哈（1316年）。然而，牙撒吾儿不久反叛波斯汗，占据了呼罗珊的部分地 区（1318年）。但是，刚继其兄也先不花成为察合台汗的怯别是牙撒吾儿的私敌， 他帮助波斯汗打倒牙撒吾儿。于是，当波斯军队从后方进攻牙撒吾儿时，察合台军 队渡过阿姆河从正面攻击他。牙撒吾儿被他的军队遗弃后，在逃跑时被杀（1320年 6月）。
据残存的钱币来看，怯别的统治似乎一直持续到1326年。正像巴托尔德所观察 到的那样，他统治的重要性在于他与他的前辈们不同，他对具有古文明的河中地区 和城市生活感兴趣：“怯别在那黑沙不（即撒麻耳干西南）附近的地方为自己建造 了一座宫殿，该城因宫殿而得名为卡尔施，即蒙古语：宫殿。正是怯别开始发行一 种以后称为怯别币的钱币，它是察合台汗国最早发行的官方货币。在此以前，察合 台汗国内流通的只是个别城市或地方王朝发行的钱币。不过，尽管河中地区的生活 十分惬意，怯别仍未皈依伊斯兰教。
怯别的三位兄弟继承了汗位：燕只吉台、笃来帖木儿和塔儿麻失里。前两位只 统治了几个月。塔儿麻失里的统治（大约1326－1333年？）似乎很重要。1327年， 他恢复了对印度进行大规模掠夺性远征的传统。他一直远征到德里，据一些史书记 载，只是在获取大量贡赋后才撤军。另一些史书记载，德里苏丹穆罕默德·伊本· 吐格鲁格打退了他，并一直追至旁遮普。
还值得注意的是，塔儿麻失里尽管是佛教名（来自梵文Dhar－masri），但是， 他皈依了伊斯兰教，成为苏丹阿拉丁。他的改宗可能使河中居民满意，但却引起了 在伊塞克湖和伊犁河流域的游牧民们的反对，他们认为这样做违背了成吉思汗的札 撒。在这些地区爆发了反塔儿麻失里的叛乱（大约1333－1334年），结果是选举都 哇之孙靖克失为新汗，大约从1334年到1338年，靖克失汗在伊犁河流域进行统治。 成为靖克失汗统治特征的反穆斯林行为支持了聂思托里安教徒，阿力麻里和皮什比 克的原基督教会一直很活跃。对天主教传教士们也很有利，在几个月内，他们又能 够传教和建教堂。靖克失汗的一个七岁的儿子，据说在他父亲的同意下已经接受了 洗礼（取名约翰）。1338年，教皇本尼狄克十二世能够又任命了一位驻阿力麻里的 主教：勃艮地的方济各会修士李嘉德。但是，几乎立刻（大约1339或1340年）李嘉 德就壮烈去世，死于伊犁地区穆斯林之手，与他一起遇难的有亚历山大港人弗朗希 斯，西班牙人巴斯喀尔，安科纳人劳伦斯和作为译员的印度籍教士彼得，以及商人 基罗托。第二年罗马教廷使者马黎诺里确实来到伊犁河流域。正如我们所看到的那 样，他是作为派往北京大汗处的官方使者，途经喀法、钦察汗国和察合台汗国。他 在阿力麻里逗留期间，曾传教、兴建或者是重建了一座教堂，给大批人施洗礼。作 为派往大汗处的使者的地位必定使他在其前任教友们被杀之地受到尊重。但是，在 他走后，阿力麻里的基督教会注定要迅速消失。伊犁河流域这一古代聂思托里安教 中心所遗留下来的一切未能逃脱帖木儿时期的宗教迫害。
原察合台汗国现在在王室不同支派的统治下分裂成两部分，变成了河中地区， 和怛逻斯河与玛纳斯河之间的伊塞克湖地区，即蒙兀儿斯坦。
河中的统治者是牙撒吾儿之子哈赞汗（大约1343一1346年在位），其都城在卡 尔施。《武功记》，把他描绘成一位暴君，确实，他似乎试图镇压不顺从的河中突 厥贵族，是他们拥立他登上王位的。当时这些贵族的首领是异密［埃米尔］迦慈罕， 他的封地在阿姆河北岸的萨里·萨莱，今卡巴迪安，即米高扬纳巴德稍偏东南处和 昆都士的正北面。他反叛哈赞，在帖木儿兹和卡尔施之间的铁门以北打了第一仗， 哈赞首战告捷，据说边兹罕眼中一箭。但是，哈赞没有乘胜追击，而是去卡尔施度 冬，他的一些部队在此离开了他。事实证明他的轻率是致命的。他又遭到迦慈罕的 攻击，迦慈罕在卡尔施城附近打败并杀死了他（1346—1347年）。
现在迦慈罕成了河中的真正君主，他毫不犹豫地与正统的察合台系绝交，把河 中的王位（无论如何是傀儡王位）给了一个名叫答失蛮察的窝阔台后代（大约1346 －1347年）。然而，拥立者后来把他自己立的王处死，又转向察合台家族，选都哇 之孙巴颜合里取代他的位置（1348－1358年在位）。《武功记》对巴颜合里大加赞 扬，表明了他是迦慈罕所期望的那种俯首贴耳的工具。
河中的察合台人实际上仅仅是形式上的统治者。权力已经转到地区突厥贵族手 中；今天的迦慈罕，明天的帖木儿。这个所谓的蒙古汗国实际上是一个突厥汗国。 迦慈罕的统治并非默默无闻（1347－1357年）。他开始使伊朗感受到河中的力量。 赫拉特的伊朗族国王克尔特人胡赛因冒失地掠夺了安德克霍和沙普甘地区，这些地 区虽然在阿姆河以南，但是已经成为河中的属地。迦慈罕挟持傀儡王巴颜合里一起 封锁赫拉特（1351年），迫使胡赛因称臣，并以这种身分在此后不久前往撒麻耳干 朝见他。于是，就在波斯的蒙古汗国消失，东伊朗的伊朗王朝又出人意料地恢复之 际（克尔特人在赫拉特的王朝赛尔巴朵尔人在撒卜兹瓦儿的王朝，以及泄刺失的穆 扎法尔朝，帕木儿的真正先驱迦慈罕，以河中贵族之首的身份介入了重建突厥人霸 权的活动。
1357年迦慈罕被暗杀，事实证明其子米尔咱·阿布达拉赫无能力继续父业。他 垂涎于巴颜合里汗之妻，便派人在撒麻耳干把这位汗暗杀掉（1358年），于是，引 起了河中封建主们的不满和速勒都思部巴颜的仇恨——尤其是引起了帖木儿的叔叔、 巴鲁刺思部哈吉的仇恨。他是撒麻耳干以南的渴石的君主，渴石即今沙赫里夏勃兹 （绿城）。这两个贵族把阿布达拉赫驱逐到兴都库什山以北的安德里布，他在那儿 去世。河中封建主之间的这些斗争削弱了他们的力量，激起了成吉思汗蒙古人意想 不到的反击。
当河中的察合台分支正在沦为服务于突厥封建主的一个个傀儡王时，蒙兀儿斯 坦（即怛逻斯河、楚河上游、伊塞克湖，伊犁河、艾比湖和玛纳斯河流域）的游牧 民们在经历了一个动乱时期之后重建了察合台王权。该地的主要蒙古氏族是杜格拉 特氏，他们在蒙兀儿斯坦的伊塞克湖周围和喀什噶尔两地都拥有大片的领地，喀什 噶尔当时称阿尔蒂·沙尔，即“六城”。14世纪中期，杜格拉特氏族由吐利克、播 鲁只和哈巴儿丁三兄弟领导；他们是该地的真正君主。据《拉失德史》，大约在13 45年，播鲁只统治着从伊塞克潮到库车和布吉尔，从费尔干纳边境到罗布泊之间的 地区，以阿克苏为基地。正是他首先开始要寻找某位没有从河中人手中得到封地的 察合台系成员，以便以他为首领，重建伊犁地区的察合台汗国，即当时称蒙兀儿斯 坦。
一位声称是也先不花之子的秃忽鲁帖木儿，当时默默无闻地生活在蒙兀儿斯坦 东部，他留下了一连串令人难以置信的冒险。播鲁只当时召见的就是这位真假不明 的察合台人。他在阿克苏正式接见了他，并宣布他为可汗。播鲁只的哥哥吐利克成 了汗国的首席异密，即兀鲁思别乞。
如果杜格拉特人仅仅是想找到一位傀儡，使他们与察合台的正统性联系起来， 以对付他们的对立派河中的正统察合台系的话，那么，他们可能大失所望。秃忽鲁 帖木儿似乎是一位具有很强个性的人，他在生活的各个领域内都施加影响。首先， 从宗教的角度出发，他的统治（1347－1363年在位）就是很重要的。尽管河中的突 厥化塔吉克人（或者说不花刺和撒麻耳干的市民们）是热诚的穆斯林，然而，蒙兀 儿斯坦的突厥化蒙古人，或者说伊犁河流域和阿克苏的半游牧民们，大部分仍是 “异教徒”，即佛教徒或萨满教徒。但是，穆斯林的宣传也开始在上述地区盛行。 杜格拉特人的长者、异密吐利克当时住在喀什，他本人皈依了伊斯兰教。五年以后， 秃忽鲁帖木儿追随他，履行了誓言，《拉失德史》记述，他度过了苦恼的时光。 “他接受了割礼，同一天，16万人剃了头，表示信仰伊斯兰教”。正像穆罕默德· 海达尔二世回忆的那样，秃忽鲁帖木儿是一位精明能干的统治者。且不考虑伊斯兰 教可能对他产生的任何精神上的吸引，他必定估计到皈依伊斯兰教在他获取河中的 目标上是有利的。不花刺和撒麻耳干两城就值得他向古兰经拜倒。无论如何，他一 旦巩固了在蒙兀儿斯坦的地位，就提出他对原察合台汗国的西部领土的要求。形势 对他十分有利。自从阿布达拉赫被驱逐后，河中又陷入分裂和混乱之中。速勒都思 部巴颜和巴鲁刺思部哈吉两位异密战胜了阿布达拉赫，但是，他们没有能力进行牢 固和持久的统治。《武功记》把巴颜描述成“宽大为怀”的人，由于酗酒恶习而变 得无能。哈吉虽然固守他的渴石封地，但是，后来表明了自己是一个有些软弱的人。 最后，河中的其余地区在无数的地区突厥封建主之间四分五裂了。对秃忽鲁帖木儿 来说，时机似乎已经成熟了。1360年3月，他入侵河中，从塔什干直接向沙赫里夏勃 兹进军。哈吉率领着从沙赫里夏勃兹和卡尔施征集的军队，最初想进行抵抗；后来， 在敌人的优势面前，他渡过阿姆河退入呼罗珊。
秃忽鲁帖木儿获得了如此彻底的胜利，以致哈吉的侄儿、当时年仅26岁的帖木 儿认为与胜利者一方联合是明智的。为帖木儿朝歌功颂德的《帖木儿武功记》极力 表明仅仅是为了更有效地抵抗这次入侵，帖木儿才承认了这位统治者，他这样做是 得到了他那位自动逃跑了的叔叔同意的。然而，这些陈述是前后互相矛盾的。帖木 儿归顺秃忽鲁所得到的回报是接受了沙赫里夏勃兹作为他的封地，在此以前，该城 一直是属于他的叔叔哈吉。其后不久，当秃忽鲁返回蒙兀儿斯坦时，哈吉又从呼罗 珊回到河中，打败了帕木儿，不仅使他归还了沙赫里夏勃兹，而且还像年轻的巴鲁 刺思人将要做的那样，又成了哈吉的俯首贴耳的属臣。然而，秃忽鲁不久又从蒙兀 儿斯坦返回河中，从他进入忽毡的时刻起，河中贵族们前来迎接，并纷纷表示归顺。 巴颜一直护送他到撒麻耳干，这次，哈吉也来向他献殷勤，但是，当秃忽鲁处死了 忽毡异密后不久，哈吉变得惊慌失措，并逃往呼罗珊，在该地的撒卜兹瓦儿附近被 土匪们暗杀。这一戏剧性事件的结果是帖木儿在默认秃忽鲁的宗主权下，成了巴鲁 刺思氏族的首领，同时也成了沙赫里夏勃兹领地的无可争辩的君主。迦兹罕的一个 孙子迷里忽辛在阿富汗东北为自己辟了一块领地，包括兴都库什山南北两面的巴里 黑、昆都士、巴达克山和喀布尔。秃忽鲁帖木儿前往攻之，在瓦赫什河畔打败了他， 进入昆都士，直抵兴都库什山，按其祖先成吉思汗的方式，在该地度过春、夏两季。 他一返回撒麻耳干，就处死了速勒都思部巴颜，然后返回蒙兀儿斯坦，以其子也里 牙思火者作为河中总督留下，并以帖木儿作为他的辅臣。帖木儿的行为看来是他的 忠诚的可靠保证。 于是，在这位令人畏惧的强大可汗的统治下，原察合台汗国的统一重新恢复了。 当时没有一个人能够预见，要不了许多年以后，秃忽鲁给他儿子作为良师益友和辅 臣的帖木儿将结束重新恢复的这一察合台汗国，而以新的帝国取代它。但是，在接 着研究河中征服者史之前，我们必须折回来研究波斯的蒙古汗国的兴衰。