继位大汗成吉思汗死后，少子拖雷根据蒙古族少子“守灶”元太宗像的传统，继承了成吉思汗统治的中心区域和主要军队，包括60多个千户军。而作为大汗继位人选的窝阔台只继承了4个千户军。正是这种亲中选贤的大汗推举制与“幼子守灶”的财产继承制，导致了蒙古汗国和元朝在汗位、皇位继承问题上的一系列矛盾与冲突，导致了蒙古汗国时期的汗位转移和元朝中后期的宫廷政变。根据惯例，大汗死后，继位者必须经过宗亲、贵戚和勋臣参加的库里台推举，大汗与臣属各自宣誓之后，才能算正式即位，合法地行使汗权。在这段汗位空缺时期，先可汗的幼子可以以大斡耳朵继承人身份监国，也可以由先可汗大妃监国，同时负责筹备召开选举大汗的库里台事宜。于是拖雷权任监国，掌握了当时蒙古汗国主要的军事力量和中央政权，成为当时蒙古汗国的实际统治者。当时的汗廷重臣耶律楚材倾向于立一个有政治才能的人做大汗，他一方面要求拖雷坚决执行成吉思汗遗诏，另一方面又努力做当时的蒙古长王察合台的工作，希望他带头拥立窝阔台为大汗。他说：“王虽兄，位则臣也，礼当拜。王拜，则莫敢不拜。”察合台同意了这一重要建议。同时耶律楚材“定册立仪礼，皇族尊长皆令就班列拜”。在这次汗位继承问题上，耶律楚材发挥了关键作用，被窝阔台誉为“社稷臣”，从此更受到蒙古大汗的信任和尊重。朝臣跪拜之礼的确定，对蒙古汗国汗权的巩固发挥了重大影响。
现存于和林遗迹的龟趺（选自《帝国草原成吉思汗》）
定都和林成吉思汗的根本之地在三河源头，即今蒙古国的大肯特山一带。当时他们逐水草而居，还没有首都可言。据蒙古国学者考证，大概在1220年左右，西征路上的成吉思汗曾经谈到：想在克烈部活动的区域建立一座首都。但和林作为蒙古汗廷，是直到窝阔台称汗之后的1235年才确立的。和林位于今蒙古国后杭爱省厄尔得尼召北，色楞格河南面，其西面有一条小河从南向北注入色楞格河。周围有平缓的山包，山上有茂密的树林，而城的东南方则是一望无际的大草原。这里有山、有水、有草、有树，既适于放牧，又是大草原上一处易守难攻之地。从此之后直到忽必烈称汗之前，这里一直是蒙古汗国的大本营和首都。实际上，所谓首都，也不过是一座长约1公里，宽不足1公里的小城（一说方圆12公里）。城设4座城门，南北向与东西向两条大道交会于城中心并通向4门。城内建有大汗所居的万安宫，这是一座长60米、宽50米，由64根石基木柱支撑的金顶大殿；并建造了一些类似金朝和宋朝的官宦府邸。还有回回人区和汉人区，以及12座佛寺、两座清真寺和一座基督教堂。但在和林城内外，金顶大殿周围，还有若干个蒙古包，甚至像汗妃的斡耳朵（宫帐），几位亲王的营地，也仍然是蒙古包和帐篷，武装的蒙古兵（选自《帝国草原成吉思汗》）
只是比普通的蒙古包大一些，里边的陈设更豪华而已。其他王爷、万户、千户们都各有各的封地，各有各的部众，当然也各有各的帐篷。蒙古腰牌（选自《成吉思汗陵》）它是从草原游牧生活向定居生活过渡时期的产物。
改定官制成吉思汗时中央官制比较简单，随着统治区域的扩大和汗廷政务的日趋繁多，在逐步接受周围政权先进管理经验的基础上，窝阔台开始进行汗廷和地方官制的改革。1229年，开始设立课税所。1231年，始立中书省，任命耶律楚材为中书令，粘合重山为左丞相，镇海为右丞相。这时中书省的权力虽然不能与隋、唐、宋朝的中书省相提并论，与以后忽必烈建立元朝后的中书省也有所不同，但它毕竟标志着蒙古政权的最高行政机构已经从内廷初步分立出来，标志着军政合一制开始发生变化。正是在这一基础上，才出现了蒙古政权和元朝的一系列汉化即封建化改革。
再颁大札撒窝阔台继位后，曾经两次在库里台上颁行大札撒。如1234年曾在库里台上针对应召参加库里台的诸王、贵戚与首领们颁布了若干条礼仪和纪律，其中包括“凡当会不赴而私宴者斩”；“诸公事非当言而言者，拳其耳；再犯，笞；三犯，杖；四犯，论死”；“诸千户越万户前行者，随以木镞射之”等规定。
设置驿传从成吉思汗到元朝诸帝，都将置邮传当作立国的大计。国土的不断扩大，从人迹稀少的蒙古草原，通往中国北方、东方，再通往西域各地，使臣来往、商品交流、赋役征发、军队调动乃至军令政令传达，都离不开驿路和驿站。窝阔台大汗也充分认识到了这一点，正是在他的提议下，“为使诸王或合罕陛下的急使能够不断到达，以利于办理重要事务，在各地设立了驿站”。他要求诸王要分别派出负责官员，在各自的管辖范围之内，分开道路，分拨站户。另外还规定了驿站马夫和车辆的数量、站户的差发，以及使臣乘驿的标准等。《元史》卷101《兵志四》“站赤”条对此做了明确记载。
定立赋税制度在窝阔台即位之前，蒙古草原也有贡赋的征发，《蒙古秘史》上称为“忽不赤儿”，但对于征收的数量并无明确的规定，于是出现了“行无定制、取无限量”的情况。窝阔台即位之初，即依照中原和西域诸国的赋税制度，确定了草原税制：规定蒙古民有100匹马输牝马1匹，100头牛输牝牛1头，100只羊输羚羊1只，并定为永制。这种“百税一”的草原税制相对农业地区的“十税一”来说自然是一种很轻的负担，这与蒙古民族所处的统治地位不无关系。对于汉地和中亚地区的税制，窝阔台也采纳臣下的建议，做出了因地制宜的规定。
部署镇戍军成吉思汗命令木华黎偏师经营中原，其主力就是由几部兵员混编而成的探马赤军，当时号称先锋军。窝阔台则进一步将这类军队部署在已经征服的各个地区，负责对各地的占领和镇戍。从此探马赤军成为镇戍军的重要组成部分。元朝建立后，各种军队的驻防地区大体上与民族分布区域相一致。原蒙古地区与东北地区由诸王统军镇守，中书省直辖的“腹里”地区以蒙古、探马赤军屯守，中原地区主要由汉军镇守，淮水以南主要是汉军与新附军。在军队的分布上，蒙古统治者基本上采用了“以汉人治汉人”、“以南人治南人”的政策。
耶律楚材，开基元德在蒙古政权由奴隶制向封建制转化过程中，耶律楚材是一个不容忽视的人物。尤其是在成吉思汗死后、窝阔台掌权之时，耶律楚材利用自己在蒙古汗廷的特殊地位，对蒙古最高统治者的政策施加影响，促使蒙古政权由游牧奴隶制向封建制转化，对蒙古政权的发展做出了杰出的贡献。
保护农业，实行封建赋役制度成吉思汗时率主力西征，“未暇经理中原，官吏多聚敛自私，资至巨万”，而国家的“仓耶律楚材像（选自《图说北京史》）
廩府库无斗粟尺帛”，于是蒙古贵族得出了一个错误结论：“汉人无补于国，可悉空其人以为牧地。”耶律楚材驳斥说：“陛下将南伐，军需宜有所资，诚均定中原地税、商税、盐、酒、铁冶、山泽之利，岁可得银五十万两、帛八万匹、粟四十余万石，足以供给，何谓无补哉?”窝阔台尽管对此还不大相信，却责成耶律楚材“试为朕行之”。耶律楚材设立了十路征收课税所，这是蒙古政权保护农业经济、实行封建赋税制度的开端。
改革政治体制，提拔重用儒臣耶律楚材认为，天下可以马上得之，不可以马上治之。要想治理好天下，必须重用儒生。成吉思汗在世时，虽然采取了一些重用道士、禁止杀掠的措施，但并没有重用儒者来“治天下”。只是在窝阔台责成耶律楚材负责征收赋税工作时，才给他提供了一个提拔重用儒生的机会。十路征收课税所的正副长官“悉用士人”，并且都是“宽厚长者，极天下之选”。当时共选用了20名天下著名的儒生，其参佐也全部任用熟悉封建制度的“省部旧人”。这是蒙古政权第一次大规模起用汉族知识分子做官，正是由于这些知识分子的共同努力，才使耶律楚材征收赋税的工作取得了可观的成绩。也正是在这种情况下，窝阔台才在中央正式设立了中书省，将更多的权力交给耶律楚材，“即日拜中书令”，规定“事无巨细，皆先白之”。耶律楚材祠（选自《图说北京史》）
从而出现了蒙古宗王、将领掌军权，大断事官掌司法权，中书省掌行政、财政大权的三权分立的局面。直到这时，耶律楚材才由掌文书、管占卜的必阎赤变成了蒙古大汗名符其实的亲臣、重臣。
军政分立，互相制约，削弱地方，中央集权，这是唐宋以来汉族封建制度的一个突出特点。窝阔台上台的第二年，耶律楚材就向他提出了18条建议，其中第一条就是“郡宜置长吏牧民，发万户总军，使势均力敌，以遏骄横”。使军政与民政分开，由文臣牧民，万户总军，互相牵制。耶律楚材被任命为中书令之后，又一次重申了这一主张，建议窝阔台：“凡州郡宜令长吏专理民事，万户总军政，凡所掌课税，权贵不得侵之。”同时推举熟悉汉族封建传统的畏兀儿人镇海、女真人粘合重山“均与之共事”、“同握鞑柄”。这种做法不仅限制了蒙古军事贵族的势力，而且推动了蒙古政权进一步向封建制转化。
1230年，耶律楚材提出：“中原之地，财用所出，宜存恤其民，州县非奉上命，擅行科差者罪之。”主张征收赋税应由中央统一规定，反对地方违反上命，擅行科差。同时还提出：“应犯死罪者，具由申奏待报，然后行刑。”主张将刑法大权收归中央。后来窝阔台打算“裂州县赐亲王功臣”，耶律楚材根据汉族的历史教训，对窝阔台说：“裂土分民，易生嫌隙。不如多以金帛与之。”只因当时窝阔台已答应分封，不便收回成命，于是耶律楚材建议由“朝廷置吏，收其贡赋，岁终颁之，使毋擅科征”，借以防止分封势力威胁中央集权。耶律楚材的建议，无疑对削弱贵族势力，加强中央集权发挥了重大作用。
1237年，耶律楚材再次建议选拔儒生做官，他上奏说：“制器者必用良工，守成者必用儒臣。儒臣之事业，非积数十年，殆未易成也。”窝阔台同意了耶律楚材的主张，说：“可官其人。”第二年，蒙古汗廷派出宣课使“随郡考试，以经义、词赋、论分为三科，儒人被俘为奴者，亦令就试，其主匿弗遣者死。得士凡四千三十人，免为奴者四之一”。在这次中选的儒士当中出现了一批杰出的人才，这是元朝统一中国前一次最大规模的选拔儒生做官的举动，可惜并没有形成制度。
反对屠杀政策，保护百姓生命早在成吉思汗时，耶律楚材就不断宣传“好生恶杀”的道理，既反对蒙古军队的大肆屠杀，也反对“州郡长吏，生杀任情”。窝阔台南征金朝时，他又建议窝阔台下达了“逃难之民，来降者免死”的诏令，并“请制旗数百，以给降民，使归田里，全活甚众”。金朝首都开封即将被攻破时，大将速不台派使臣到蒙古汗廷，说：“金人抗拒持久，师多死伤，城下之日，宜屠之。”耶律楚材听到这个消息，立即“驰入奏曰：‘将士暴露数十年，所欲者土地人民耳。得地无民，将焉用之!’”“奇巧之士，厚藏之家，皆萃于此，若尽杀之，将无所获”。这时窝阔台同意了他的建议，“诏罪止完颜氏，余皆勿问”。当时汴梁城共有147万人，正是由于耶律楚材的建议才得以保全生命。“其后攻取淮汉诸城，因为定例”。从此蒙军屠城的现象大大减少了。
禁止掠民为驱，实行编户制度在早期的征伐战争中，许多被征服地的百姓变成了蒙古贵族的驱口，沦为奴隶。“时诸王大臣及诸将校所得驱口，往往寄留诸都，几居天下之半”。耶律楚材力图改变这种状况，提出“括户口，皆籍为编民”。但对于如何编户，朝内大臣也有意见分歧，多数人主张像蒙古和西域各国那样“以丁为户”。耶律楚材“独以为不可”，说：“自古有中原者，未尝以丁为户。若果为之，可输一年之赋，随即逃散矣。”耶律楚材主张，制定政策要充分考虑当地的实际情况和历史传统，这是一种实事求是的态度。
反对扑买课税，禁止以权谋私西域各国实行的是一种由商人包税的扑买制度，后来一些西域和汉族商人要求把这种制度搬到中原，“以银一百四十万两扑买天下课税”。耶律楚材坚决反对，说：“此贪利之徒，罔上虐下，为害甚大。”从表面看，用耶律楚材征收赋税的办法，一年才能征收50多万两银子，加上其他收入，数目也不太大。而那些商人提出包税，一下子就上交国家140万两白银，确实有一定诱惑力。但耶律楚材深知，商人拿出140万两，就会向百姓加倍地征收赋税，会大大加重百姓的负担，因此他不同意采取这种办法。当时，“所在官吏取借回鹘债银，其年则倍之，次年则并息又倍之，谓之羊羔利。积而不已，往往破家散族，以至妻子为质，然终不能偿”。“楚材奏令本利相侔而止，永为定制，民间所负者，官为代偿之”。这是打击高利贷剥削的一项重要措施。当时蒙古贵族不仅抢掠奴隶、财富，还勾结回回商人经商谋利，往往借贷官钱作为本钱，实质上是挪用公款，借公物以肥私，既危害国家利益，又危害百姓。耶律楚材建议“贸易借贷官物者罪之”，要求禁止官吏以公款官物经商取利。他还提出：“监主自盗官物者死。”“贡献礼物，为害非轻，深宜禁断”。对于后一条主张窝阔台说：“彼自愿馈赠者，宜听之。”耶律楚材说：“蠹害之端，必由于此。”
主张尊孔重教，整理儒家经典1232年，当汴梁即将被攻破时，耶律楚材就建议窝阔台“遣人入城，求孔子后，得五十一代孙元措，奉袭封衍圣公，付以林庙地”，借以争取大批儒生。同时“命收太常礼乐生，有诏名儒梁陟、王万庆、赵著等，使直译九经，进讲东宫。又率大臣子孙，执经解，知圣人之道”。1234年，蒙古汗廷正式建立了国子学，“以冯志常为国子总教，命侍臣子弟十八人入学”。在此前后，各地的庙学也逐步恢复，并得到了耶律楚材的大力支持和鼓励。在尊孔兴学的同时，耶律楚材还注意搜集整理儒家经典。早在1226年，当成吉思汗的军队攻下西夏灵武时，“诸将争取子女玉帛，楚材独收遗书及大黄药材”。因为他认为儒家典籍可以使人了解圣人之道，而大黄药材却可以治病救命，它们比子女玉帛更重要。
1236年，他正式向窝阔台提出建议，在燕京、平阳两地设置了编集经史的机构：“八年丙申……耶律楚材请立编修所于燕京、经籍所于平阳，编集经史，召儒士梁陟充长官，以王万庆、赵著副之。”两个编集经史机构的设立，对保存儒家经典、传播文化起了重大作用。
宋子贞在《中书令耶律公神道碑》中对耶律楚材进行了充分肯定：“国家承大乱之后，天纲绝，地轴折，人理灭。所谓更造夫妇，肇有父子，信之有矣!加之南北之政每每相戾，其出入用事者又皆诸国之人，言语之不通，趋向之不同。蒙古军三次攻打金中都路线图（选自《图说北京史》）当是之时，而公以一书生孤立于庙堂之上，而欲行其所学，戛戛乎其难哉!若此时，非公则人之类又不知其何如耳。”作为被征服的一介书生，“孤立于”蒙古政权的“庙堂之上”，终于对成吉思汗父子的政策发生了重大影响，从而使中原先进的经济文化得到恢复和发展的机会，使征服者最后被“圣人门徒”所征服。